[주 문]

 oo세무서장이 2024.12.6. 및 2024.12.13. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 OOO원의 소득금액변동통지는 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.8.27. 설립되어 화장품, 건강기능식품 등을 매입하여 소비자 등에게 도소매로 판매하는 업체로, 2020년 8월부터 2020년 10월까지 주식회사 A 등 9개 업체(이하 “쟁점거래처”고 한다)로부터 화장품과 건강기능식품을 공급받은 것으로 하여 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서를 수취(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 법인세 신고 시 매입액 상당을 손금에 산입하였다.

나. 처분청은 2023.8.17.〜2023.11.28. 기간 동안 청구법인에 대한 2020년 제2기 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 실제 재화를 공급받지 아니하고 쟁점거래처로부터 가공세금계산서를 수취한 것으로 보아 쟁점금액을 손금불산입하여, 2024.12.6. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하는 한편, 쟁점금액 상당액을 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표이사인 B에 대한 상여로 소득처분하여, 2024.12.13. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 「법인세법」 제19조는 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다고 정하고(제1항), 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 정하고 있으며(제2항), 같은 법 제19조 제4항 및 같은 법 시행령 제19조 제1호는 ‘판매한 상품의 매입가액’을 대표적인 손금 항목으로 정하고 있다.

 (2) aa세무서장은 관계회사인 주식회사 C(이하 “쟁점관계사”라 한다)이 쟁점거래처로부터 화장품 등을 매입하고 지급한 대가를 「법인세법」상 손금으로 인정하였음에도 처분청은 청구법인의 동일한 쟁점거래에 대하여 합리적인 이유 없이 손금을 부인하였다. 즉, 쟁점관계사는 청구법인의 관계회사로, 청구법인과 동일하게 화장품 등을 매입하여 소비자 등에게 도소매로 판매하는 업체로, 2020년 1월부터 2021년 상반기까지 쟁점거래처로부터 화장품 등을 공급받고 약 OOO원의 대가를 지급하였고, 매입한 화장품 등을 D, E 등의 플랫폼을 활용한 전자상거래 방식으로 최종소비자에게 판매하였다. aa세무서장은 2023년경 쟁점거래처가 자료상으로 확정되었다는 파생자료에 근거하여 쟁점관계사에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점관계사가 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과하면서도 쟁점관계사가 제출한 재고자산 수불부 등 매입자료 및 매출자료 등을 근거로 실제 상품의 매입이 이루어진 것으로 보아 쟁점거래처에 지급한 금액의 대부분(약 OOO원 중 약 OOO원으로 90%)을 손금으로 인정하였다.

 (3) 청구법인은 2024년경 진행된 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 쟁점관계사에 대한 세무조사 결과를 소명하였고, 처분청도 당시 aa세무서장의 쟁점관계사에 대한 2023년 세무조사 및 과세처분에 대한 내용을 충분히 인지하고 있었음에도 아무런 합리적인 이유도 없이 쟁점금액을 전액 손금 부인하였다. 따라서 이 건 처분은 아무런 근거 없이 실질적으로 동일한 두 거래를 달리 취급하여 부당하므로, 쟁점관계사가 쟁점거래처에 지급한 매입대금이 「법인세법」상 손금에 해당하는 것과 동일하게 청구법인이 쟁점거래처에 물품대금으로 지급한 쟁점금액 역시 손금으로 인정되어야 한다.

 (4) 청구법인은 사업을 영위하는데 필요한 화장품 등을 매입하고 그 대가를 지급하였으므로 쟁점금액은 「법인세법」상 손금에 해당한다.

  (가) 매입세금계산서가 사실과 다르다고 하더라도, 실물거래가 인정될 경우 지급한 대가는 「법인세법」상 손금으로 인정되어야 한다. 대법원은 “과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다”고 판시하여(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결), 과세요건 사실인 상품의 매입가액(손금) 부인에 대한 증명책임은 원칙적으로 처분청에 있음을 분명히 하고 있다. 따라서 처분청은 어떠한 근거에서 쟁점거래처에 지급한 쟁점금액이 손금 부인되어야 하는지 증명할 책임이 있다.

 (나) 또한, 대법원은 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상 공급자가 다른 세금계산서 혹은 소위 자료상으로부터 수취한 세금계산서의 경우에도 실제로 공급대상 물건을 매입한 실물거래가 확인될 경우 해당 매입액은 사업과 관련하여 통상적으로 지출된 비용으로서 손금으로 인정되어야 한다고 판시하였고(대법원 2012.1.26. 선고 2011두23443 판결 등), 조세심판원 역시 다수의 결정례에서 공급자가 사실과 다른 세금계산서 또는 자료상으로부터 수취한 세금계산서라 하더라도 실물거래가 확인될 경우 해당 매입액을 「법인세법」상 손금으로 인정하였다(조심 2016전165, 2016.09.29 등 다수).

  (다) 이상과 같이 법원 판례 및 조세심판원 결정례는 ① 매입거래 관련 자료(거래명세서, 세금계산서, 재고자산 수불부 등), ② 매입대금 지급에 관한 금융거래 내역(계좌이체 내역), ③ 통상적인 자료상 거래와 같이 지급한 대금을 납세자가 반환받지 않았다는 사정, ④ 매입한 상품을 매출하였음을 알 수 있는 매출관련 자료, ⑤ 처분청이 매출거래는 정상거래로 본 사정(특히 도매업에 대하여 매출액은 정상거래로 인정하면서 이에 상응하는 매입액을 불인정하는 것은 비합리적이다) 등을 근거로 실물거래 및 그에 따른 손금을 인정하고 있다.

 (5) 청구법인은 쟁점거래처에 쟁점금액을 지급하고 확보한 화장품 등을 모두 도소매 거래를 통하여 판매하였으므로, 쟁점금액은 매입원가로서 「법인세법」상 손금에 해당한다.

  (가) 청구법인은 2020년 8월부터 2020년 10월까지 쟁점거래처에 화장품과 건강기능식품을 발주하였고, 청구법인은 이러한 발주에 관한 증빙자료로 구매전표와 이에 대응되는 세금계산서를 갖추면서 각 거래대금을 모두 청구법인의 법인계좌에서 쟁점거래처의 계좌로 이체하는 방법으로 지급하였으며, 청구법인이 쟁점거래처로에 발주한 화장품 등을 실제로 공급받았다는 사실은 청구법인의 매입 재고자산(품목수 : 총 4,576종) 수불부를 통해서도 명확하게 확인된다.

  (나) 쟁점거래처 관련 구매전표와 세금계산서, 이체 내역 등에 따르면 청구법인이 2020년 8월부터 2020년 10월까지 쟁점거래처로부터 매입한 품목은 총 691종으로 그 입고 수량은 109,934개, 매입대금은 OOO원으로 나타나는데, 이 중 청구법인이 쟁점거래처에 발주한 품목과 시기(8월 이후)를 기준으로 살펴보면, 청구법인이 실제로 쟁점거래처로부터 화장품 등을 공급받았고 이를 판매한 사실이 객관적으로 확인된다.

  예컨대 ① ‘OOO’란 상품의 2020년 8월 기준 재고수량은 0개였으나, 쟁점거래처로부터 이 건 기간 동안 10개를 매입하여 이를 모두 판매함으로써 2020년 기말재고는 0개이고, ② ‘OOO’은 2020년 8월 기준 재고수량이 0개였으나, 쟁점거래처로부터 720개를 매입한 것을 포함하여 여러 매입처로부터 총 3,852개를 매입하여 이를 모두 판매함으로써 2020년 기말 재고는 0개이다. 또한, ‘OOO’의 경우 2020년 8월 기준 재고수량은 61개였으나, 쟁점거래처로부터 1,900개를 매입한 것을 포함하여 여러 매입처로부터 총 52,525개를 매입하여 52,586개를 모두 판매하여 2020년 기말재고는 0개이다. 이와 같이 어느 경우이든 청구법인은 쟁점거래처로부터 화장품 등을 실제로 매입하여 해당 상품을 모두 판매하였음을 확인할 수 있다.

 (6) 청구법인이 쟁점거래처로부터 물품대금인 쟁점금액을 돌려받는 등의 사정은 전혀 없다. 쟁점거래가 실물거래가 아닌 가공거래라면 가공거래의 통상적인 사례들과 유사하게 청구법인이 쟁점거래처로부터 제품의 실물 공급 없이 세금계산서만을 발급받은 후에 청구법인이 쟁점거래처에 지급한 대금을 돌려받았다는 등의 추가적인 정황이 있어어야 하나, 청구법인은 쟁점거래처로부터 쟁점금액을 지급한 후 동 물품대금을 돌려받은 사실이 없다.

 (7) 처분청도 쟁점거래처로부터 매입한 상품들과 관련한 매출은 정상거래로 인정하였다. ‘손금’이란 수익에 대응되는 비용을 의미하고(「법인세법」 제19조 제2항), 청구법인과 같이 도소매업을 영위하는 경우 매입한 재고가 있어야만 매출이 성립하는 것이 원칙이다(대법원 1989.7.11. 선고 88누10589 판결 참조). 따라서 처분청이 매출거래를 정상거래로 인정하면서 이에 상응하는 매입액을 손금으로 인정하지 아니하는 것은 모순이다. 즉, 처분청과 같이 매출거래는 정상거래이고 해당 거래에서 발생한 매출분이 과세대상소득에 해당함에도 매입거래를 실물거래로 인정하지 않는다면, 청구법인이 어떤 물품으로 매출거래를 할 수 있었는지에 대하여 설명할 수 없게 되므로, 매출거래는 정상거래로 인정하면서 이에 대응하는 매입거래를 인정하지 않는 것은 불합리하다.

  처분청은 이 건 처분을 하면서 청구법인에게 ‘쟁점거래처와의 매입거래는 가공거래이고, 별도의 제품 공급처가 있다’는 취지의 설명을 한 사실도 없고, 별도의 제품 공급처를 특정하기 위한 조사를 진행한 사실도 없이 쟁점거래처에 관한 과세자료를 통보받아 쟁점거래만을 떼어 내어 가공거래로 보아 쟁점금액을 「법인세법」상 손금으로 인정하지 아니하였다. 결국, 청구법인의 매출을 정상거래로 인정하였다면, 해당 매출을 발생시키기 위하여 지출한 비용은 매입원가로서 「법인세법」상 손금으로 인정됨이 타당하다.

 (8) 한편, 청구법인이 쟁점거래처에 지급한 쟁점금액이 「법인세법」상 손금에 해당하는 이상, 이와 다른 전제에서 한 이 건 소득금액변동통지는 위법하다. 특히 청구법인이 화장품 등을 공급받고 실제 판매하는 과정에서 쟁점거래처에 지급한 쟁점금액이 거래 상대방에게 귀속되어 사외유출된 것이 분명하고, 청구법인이 이를 돌려받은 사정도 없음에도 이를 청구법인의 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점거래가 실물거래라는 사실에 대한 입증책임은 청구법인에게 있다. 손금 부인과 관련한 입증책임에 대하여 대법원은 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 매입세액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부 등이 다투어지고 납세의무자 측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우 등에 한하여, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점 등에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보았다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

 이 건의 경우 청구법인이 처분청의 부가가치세 조사과정에서 실물거래를 인정할 만한 증빙자료를 전혀 제시하지 못하여 재화의 공급 없이 가공세금계산서를 수취한 것으로 조사되었고, 쟁점금액의 이체가 사실과 다르다는 대표이사 B의 진술이 있었으며, 실제 매입처라고 주장하는 ‘F’의 인적사항 및 거래내역 자료를 제출하지 못하는 등 거래 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었으므로 실물거래에 대한 입증은 청구법인에게 있다 할 것이다.

 (2) 청구법인은 ‘F’이라는 매입자로부터 실제 물품을 매입하였다고 주장하면서도 그 증빙자료로 F이 아닌 쟁점거래처에 대한 입금내역, 매출·매입장, 세금계산서만 제출하고 있을 뿐 거래 사실을 신뢰할 만한 입증자료 즉, 계약서, 운송장, 재고관리 내역, 해당 상품의 판매처 자료 등은 제출하지 못하였다. 또한, B는 쟁점거래처의 대표자, 사업장 소재지 및 거래 담당자 등에 대해서도 아는 바가 없다고 진술하였으며, 실제 거래 당사자라고 주장하는 ‘F’의 인적사항을 확인할 만한 메일, 문자, 통화 내역 등도 전혀 제시하지 못하여 실제 거래 당사자를 특정할 수 없으므로 쟁점거래를 가공거래로 확정할 수밖에 없다.

 (3) 또한, B가 2023.10.25. 작성한 심문조서에 의하더라도 쟁점거래가 실물거래임을 확인하기는 어렵다. B는 2020년 당시 운송업체는 ‘G’라고 진술하였는바, 운송업체가 특정되어 운송 내역을 확보가능함에도 청구법인은 이를 제출하지 아니하였고, 매입 상품에 대한 대금결제 방식은 선금을 지급한다고 진술하였는데, 선금 거래의 특성상 거래가 안전하게 보장되지 아니하여 거래 상대방에 대한 최소한의 인적사항 등은 확인하여야 함에도 B는 이에 대한 자료를 전혀 제출하지 않았고, 주문과정에서 텔레그램과 카카오톡을 통해 연락하였다고 진술하면서도 이에 대한 증빙자료 또한 제출하지 못하였다. 따라서 B의 이러한 진술은 일반적인 상거래에서의 상식적 행태와 상당히 괴리된다고 볼 수 있다.

 (4) 청구법인이 이 건 심판청구 시 제시한 증빙자료만으로는 쟁점거래를 실물거래로 볼 수 없다. 즉, 청구법인이 제출한 증빙자료는 언제든지 임의로 작성가능한 내부자료이고 이체내역 또한 가공으로 확정된 사업자에 대한 것이다. 도소매업체가 재화를 매입할 때 통상적으로 ‘시장조사 및 제품선정→도매업체 탐색 및 품질 확인→계약체결→주문 및 결제→배송→재고관리→지속적인 관계유지’의 과정을 거치는데, 청구법인은 이 중 정상거래임을 입증할 수 있는 신빙성이 높은 자료 즉 재화구입 계약서, 배송(운송)업체와의 운송계약 및 운송 내역, 운전기사의 진술, 거래처 관리를 위한 연락 내역 등과 같은 객관적 자료를 전혀 제시하지 못하고 있다.

 (5) 한편, 쟁점관계사에 대한 손금인정 사실이 자동으로 청구법인의 실물거래를 입증하는 것으로 간주되는 것은 아니다. 청구주장대로 쟁점관계사의 사업방식이 청구법인과 유사하다고 하더라도 쟁점관계사는 청구법인의 한 사업부가 아닌 별개의 법인이다. aa세무서장이 쟁점관계사에 대하여 실물거래를 인정하여 그 매입액 상당을 손금으로 인정하였다면 이는 실물거래가 있었음을 객관적으로 확인하였기 때문일 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구법인이 쟁점거래처에 지급한 쟁점금액이 실물매입에 따른 거래대금으로서 「법인세법」상 손금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법

  제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 법인세법 시행령

  제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 ”손비“(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청은 청구법인에 대한 과세자료를 근거로 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 실제 재화를 공급받지 아니하고 쟁점거래처로부터 가공세금계산서를 수취한 것으로 보아, 아래 <표1>과 같이 쟁점금액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 경정·고지하는 한편, 쟁점금액 상당액을 귀속이 불분명한 것으로 보아, 대표이사인 B에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 이 건 소득금액변동통지를 하였다.

<표1> 이 건 법인세 경정 내역

○○○

 (2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 처분청은 청구법인이 2020년 제2기 부가가치세 과세기간에 재화의 공급 없이 세금계산서를 수취한 혐의로 파생된 과세자료를 분석한 결과 청구법인을 조사대상자로 선정하여 이 건 세무조사를 착수하였는바, 청구법인의 부가가치세 신고 및 세금계산서 발급 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 부가가치세 신고 및 세금계산서 발급 내역

○○○

  (나) 청구법인이 2020년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점거래처로부터 수취한 매입세금계산서의 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서

○○○

  (다) 처분청이 청구법인에 대한 이 건 조사 시 작성한 조사보고서상 ‘거래처 조사내용’은 다음과 같이 기재되어 있다.

○○○

  (라) 그 밖에 처분청이 B에 대하여 작성한 조세범칙혐의자(참고인) 심문조서(2023.10.25.)의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

  (마) 청구법인은 쟁점거래는 실물거래를 동반하였으므로 그 매입대금 상당을 「법인세법」상 손금으로 인정하여야 한다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

   1) 청구법인은 쟁점거래처로부터 화장품 등을 실제로 매입하여 해당 상품이 모두 판매되었다고 주장하며 재고자산 수불부를 제시하였는데, 그 중 쟁점거래처 매입품목에 대한 일부 내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점거래처 매입품목 재고자산 수불부

○○○

  2) 청구법인은 aa세무서장이 쟁점관계사가 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과하면서도 쟁점거래와 사실상 동일한 형태로 거래한 쟁점관계사의 거래에 대하여는 실제 상품매입 사실을 인정하여 매입액 대부분을 「법인세법」상 손금에 산입하였다고 주장하며 쟁점거래와 쟁점관계사의 거래분을 아래 <표5>와 같이 비교하고 있고, 처분청도 aa세무서장의 손금인정 사실에 대하여는 인정하나 청구법인과 쟁점관계사의 거래를 동일시할 수는 없다는 입장이다.

<표5> 쟁점거래와 쟁점관계사 거래의 비교

○○○

   3) 또한, 청구법인은 2020년 8월부터 2020년 10월까지 쟁점거래처로부터 총 691종의 상품 109,934개를 총 OOO원에 매입하였고, 같은 기간 동안 이를 포함한 상품 307,242개를 112개의 매출처에 총 OOO원에 판매하였다고 주장하며 2020년 8월〜2020년 12월 동안의 거래처별 매출자료 및 매출전표, 매출세금계산서, 매출 입금확인증 등을 제시하였다.

   4) 그 밖에 청구법인은 쟁점거래와 관련한 이체확인증, 발주서 합본, 구매전표 등을 추가로 제시하였다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 실제로 화장품 등을 매입하였는지 확인되지 아니하고 사실과 다른 매입세금계산서를 수취하였으므로 쟁점금액을 손금부인하고 해당 금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 정당하다는 의견이나, 매매업은 매입한 상품의 수량만큼 매출이 성립하는 것이 원칙이므로 장부에 기재된 재고량보다 재고량이 더 있었다는 등의 사정이 없는 한 매출은 인정하면서 매입에 해당하는 필요경비를 부인하는 것은 부당하므로 매입비용은 손금으로 인정함이 타당하다 할 것(대법원 2016.3.10. 선고 2015두59143 판결 등, 같은 뜻임)인바,

 도소매업의 경우 매입한 상품의 수량만큼 매출이 성립하는 것이 원칙이므로 장부에 기재된 재고량보다 부외재고가 더 있었다는 등의 사정이 없는 한 매출은 인정하면서 매입에 해당하는 손금을 부인하는 것은 부당하다고 할 것인데 이 건 과세기간 동안 가공 재고량 내지 매출량이 있다고 인정할 자료가 없는 상황에서 처분청이 매출거래를 전부 정상거래로 인정하면서도 이에 상응하는 매입액을 불인정하는 것은 불합리해 보이는 점, 청구법인이 쟁점거래 관련 매입량과 그 외 매입처로부터의 매입량 대부분을 2020사업연도 내에 판매하였고, 재고량이 거래처별 매출원장, 재고자산 수불부 등을 토대로 장기간 연속해서 관리되고 있는 점 등을 고려하면 매입량에 관한 장부기재 내용을 부정하기는 어려워 보이는 점, 청구법인은 쟁점거래 시 쟁점거래처가 알려주는 계좌로 상품 매입대금 명목으로 쟁점금액을 지급하였는데 이후 위 대금을 다시 반환받은 사정은 없는 점, 특히 aa세무서장은 쟁점관계사가 쟁점거래처 등으로부터 수취한 세금계산서를 공급하는 자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 부인하면서도 화장품 등의 매입 사실은 인정하여 그 매입대금의 90% 상당을 「법인세법」상 손금으로 인정한 반면, 처분청은 쟁점거래가 위 거래와 유사한 형태이고 청구법인이 쟁점관계사와 거의 유사한 증빙자료를 제시하였음에도 aa세무서장과는 달리 실물 매입을 인정하지 아니하였는바, 처분청이 쟁점금액을 손금 부인한 합리적인 근거가 부족해 보이는 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 쟁점금액 상당의 화장품 등을 실제 매입하였다고 봄이 타당하다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 내려진 이 건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.