이 유

1. 처분내용

가. 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2013.2.1. 개업하여 선용품, 선박기자재 등 도소매업을 영위하다 2021.6.10. 폐업한 법인사업자이고, 청구인은 2019.7.4. 쟁점법인의 대표이사로 취임하였다.

나. K지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022년 쟁점법인의 2018사업연도~2020사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하였고 조사 결과 쟁점법인이 대표이사 가지급금을 지급하면서 외상매입금을 감소시키는 회계처리를 한 것으로 보아 아래와 같이 2018사업연도~2020사업연도 법인세 경정시 외상매입금을 손금산입하고 유보로 처분하고 가지급금을 익금산입하고 기타사외유출로 처분하는 소득금액 조정 및 소득처분을 하였다.

<표 생략>

다. 한편 처분청(법인세과장)은 쟁점법인이 폐업 후 2021사업연도 법인세를 무신고함에 따라 쟁점법인에 대하여 2021사업연도 법인세 무신고 추계결정을 하였는데 추계결정시 쟁점법인의 가지급금이 폐업시까지 남아있었던 것으로 보아 대표이사인 청구인에게 가지급금, 가지급금 인정이자 및 추계소득금액에 대한 인정상여 소득처분을 하였다.

라. 처분청(소득세과장)은 인정상여 소득처분 과세자료에 따라 2024.11.4. 청구인에게 종합소득세 528,120,890원을 경정고지 하였으며, 2024.11.25. 납부고지서가 청구인에게 교부송달되었다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.21. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 처분개요

 1) 청구인은 주식회사 A의 대표이사로서 회사를 운영해 왔으며 경영상의 어려움으로 2021.6.10. 폐업하였다.

 2) 폐업이후 2022년에 조사청은 쟁점법인에 대한 세무조사를 진행하였다.

 3) 조사결과 쟁점법인에 대하여 2018년~2020년 사업연도에 대한 법인세 고지 및 상여처분에 대해 소득금액변동통지를 하였다.

 4) 이후 처분청에서 쟁점법인의 2021년 폐업당시 가지급금 1,200,447,442원에 대해 청구인에게 인정상여처분 하였으며,

  2024.11.25. 인정상여분에 대해 2021년 과세연도 종합소득세 545,884,010원을 청구인에게 고지하였다.

 5) 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 제기하는 바이다.

나. 사실관계

 1) 조사청의 쟁점법인에 대한 세무조사 결과 소득금액조정내역 중 청구인에 대한 상여처분은 다음과 같다.

  - 2018년 귀속 : 77,109,038원

  - 2019년 귀속 : 102,842,457원

  - 2020년 귀속 : 222,800,624원

  상기 상여처분에 대한 내용은 사적경비 및 인정이자에 대한 것이며 청구인에게 상기 상여처분에 대한 종합소득세가 부과된 상태이다.

 2) 조사서에는 가지급금에 대한 세무조정이 있으나 전부 기타사외유출로 소득처분된 것이다. 사후관리 대상인 유보에 대한 처분은 없다.

다. 청구인 주장

 1) 쟁점법인의 청구인에 대한 가지급금은 존재하지 않는다.

청구인은 어떻게든 쟁점법인의 정상화를 위해 노력하였으나 사업부진 및 자금경색 등으로 인해 부득이 2021년에 폐업하게 되었다.

  청구인은 쟁점법인의 대표이사로서 책임경영을 다하겠다는 신념으로 경영을 해왔다. 회사의 자금사정이 좋지 않아 오랫동안 청구인은 급여도 제대로 받지 못하였으며, 오히려 회사 자금이 필요할 때마다 개인적으로 차용하여 쟁점법인의 운영자금으로 사용한 경우가 다반사이다.

  청구인에 대해 가지급금이 존재한다고 보아 상여처분 후 소득세 부과한 것은 청구인으로서는 도저히 납득할 수 없는 처분이다.

2) 조사청 세무조사 결과 가지급금에 대한 유보가 없음에도 처분청에서 가지급금이 있는 것으로 보아 상여처분한 것은 잘못된 처분이다.

라. 결론

 1) 위 사실관계와 같이 청구인은 쟁점법인의 대표이사로서 쟁점법인의 경영 정상화를 위해 노력하였음에도 2021년 폐업에 이르게 되었다.

 2) 쟁점법인의 자금사정이 좋지 않아 청구인은 급여도 제대로 받지 못했으며 오히려 회사 자금이 필요할 때마다 개인적으로 차용하여 쟁점법인의 운영자금으로 사용한 점 등,

  청구인에 대해 가지급금 상여처분은 청구인으로서는 도저히 납득할 수 없는 처분이다.

 3) 또한 조사청 세무조사 결과 가지급금에 대한 유보가 없음에도 처분청에서 가지급금이 있는 것으로 보아 상여처분한 경우 이는 잘못된 처분이다.

 4) 따라서 청구인이 쟁점법인에 대해 가지급금이 있다고 보아 인정상여 처분 및 소득세를 부과한 것은 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

가. 청구주장의 반박 및 처분의 정당성

 1) 법인통합조사시 가지급금 관련 확인서를 보면 “당 법인은 2018~2020사업연도에 대표자에게 가지급금을 지급하면서 ㈜B의 외상매입금을 차감하는 장부처리를 하여 특수관계인인 가지급금 계상을 누락하였습니다”라고 되어 있다. 이후 쟁점법인은 2021사업연도 법인세를 무신고하여 해당 가지급금이 회수되었는지 여부가 확인되지 아니하므로 이는 폐업시까지 대표자인 청구인에게 가지급금으로 지급되어 회수되지 아니한 금액이 1,129백만원이 있음을 의미한다.

2) 쟁점법인은 2021.6.10. 폐업시까지 2021사업연도 법인세 수입금액 572,606천원이 있음에도 법인세를 무신고하여 법인세법 제66조에 따라 법인세를 (추계)결정하면서 폐업 등으로 특수관계가 소멸될 때까지 회수되지 아니한 가지급금 1,129,993천원 및 이자상당액을 법인세법 시행령 제11조제9항 등에 따라 소득처분(상여)한 법인세 결정은 적법한 것으로 청구인의 주장은 이유가 없다.

나. 결론

 위 내용과 같이 쟁점법인의 2021사업연도 무신고 결정 시 직전 사업연도 결의서 상의 대표자 가지급금을 상여처분한 것은 정당하며 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 따라서 이 건 이의신청을 기각하여 주시기 바란다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점법인 폐업시 가지급금이 남아있는 것으로 보아 쟁점법인 무신고 추계결정을 하고 대표이사인 청구인을 귀속자로 하여 가지급금, 가지급금 인정이자 및 추계소득금액을 인정상여 소득처분 한 과세자료를 근거로 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

  ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 2) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

 3) 법인세법 제67조【소득처분】

다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

  1. 제60조에 따른 신고

  2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

  3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

 4) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

   가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

   나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

   다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

   라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

 5) 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】

  ② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

   1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

   나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

   다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

  3. 「조세특례제한법」 제7조제1항제2호가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법

   가. 수입금액에서 수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액

   나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액

   다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액

 6) 법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】

법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

9. 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 "가지급금등"이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

  가. 제2조제8항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)

  나. 제2조제8항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자

다. 사실관계

국세통합전산망, 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면 아래와 같은 사실관계가 나타난다.

1) 국세통합전산망에 따르면 처분청은 쟁점법인에 대한 2021사업연도 법인세 무신고 추계결정시 쟁점법인의 매출세금계산서 발급금액을 수입금액으로 산정 후 기준경비율을 적용한 추계소득금액, 직전 사업연도 소득률을 적용한 추계소득금액, 단순경비율을 적용한 추계소득금액을 비교하여 가장 적은 금액을 과세표준으로 하여 법인세 추계소득금액을 산정한 것으로 나타난다.

2) 국세통합전산망에 따르면 처분청의 쟁점법인에 대한 2021사업연도 법인세 무신고 추계결정시 청구인에 대한 인정상여 소득금액변동통지 금액의 구성 내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 3) 쟁점법인은 2020사업연도 법인세 신고시 세무조정계산서를 함께 제출하였는데 쟁점법인은 세무조정계산서 내용 중 ‘가지급금등의인정이자조정명세서(을)’ 서식 작성시 2020.12.31. 현재 쟁점법인의 가지급금 잔액이 0원인 것으로 하여 내용을 작성한 것으로 나타난다.

 4) 조사청은 쟁점법인에 대한 2018사업연도~2020사업연도 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점법인에 대한 법인세를 경정한 것으로 나타나는데, 경정내역 중 소득금액 조정 및 처분내역에 따르면 조사청은 쟁점법인이 대표자에게 가지급금 지급시 외상매입금의 감소로 회계처리한 것으로 보아 아래와 같이 ‘외상매입금’ 과목을 손금산입 후 유보로 소득처분하고, ‘가지급금’ 과목을 익금산입 후 ‘기타사외유출’로 소득처분한 것으로 나타난다.

<표 생략>

 5) 조사청이 쟁점법인에 대한 2018~2020사업연도 법인세 통합조사 당시 쟁점법인의 대표이사인 청구인으로부터 작성받은 ‘가지급금’ 세무조정 내용 관련 확인서 및 이에 대한 붙임자료는 아래와 같이 나타나는데 해당 내용에 따르면 조사청은 거래상대방의 외상매출금 계상액과 쟁점법인의 외상매입금 계상액 차이 금액을 대표자 가지급금 소득금액 조정액으로 산정한 것으로 나타난다.

<그림 생략>

6) 조사청의 조사보고서에 쟁점법인 소득금액조정시 ‘가지급금’ 계정을 기타사외유출로 소득처분한 사유에 대하여는 달리 기재가 되어 있지 않은 것으로 나타나고 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에서도 기타사외유출로 소득처분한 사유에 대하여는 확인되지 않는다.

라. 판단

1) 법인세법 제66조제1항 및 제3항에서는 각 내국법인이 신고를 하지 아니할 경우 관할 과세관청이 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정할 수 있다는 내용 및 장부나 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우 추계할 수 있다는 내용을 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제11조제9호(제33265호, 2023.2.28. 일부개정 전의 것)에서는 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금 및 그 이자를 수익으로 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제106조제1항에서는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 하도록 규정하면서 귀속이 불분명한 경우 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있다.

 2) 한편 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2006.9.22. 선고, 2006두6383 판결 등 참조).

 3) 청구인은 쟁점법인에 대한 조사청의 세무조사 결과 가지급금을 소득금액 조정하면서 소득처분을 ‘기타사외유출’로 처분하였으므로 쟁점법인 폐업시 가지급금이 남아있는 것으로 보아 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분청의 처분은 부당하다고 주장하고 있으나,

 4) 쟁점법인 조사당시 쟁점법인의 대표이사인 청구인이 작성한 확인서 내용을 살펴보면 외상매입금을 차감하는 장부처리를 하여 가지급금 계상을 누락하였다고 확인하고 있는 바 특별한 사정이 없는 한 가지급금은 쟁점법인에 남아있는 것으로 보는 것이 자연스러운 점, 대표이사 가지급금 계상 누락에 대한 소득처분이 기타사외유출이 되는 경우는 경험칙상 극히 이례적인 경우로 보여지는 바 해당 소득처분이 기타사외유출인 것으로 인정되기 위해서는 발생한 가지급금이 반제된 후 별도로 사업자 등에게 사외로 유출 되는 등의 구체적 근거가 확인되어야 함에도 조사청의 조사보고서 등에 해당 내용이 확인되지 아니하며 청구인도 계상을 누락한 가지급금이 기타사외유출이 된 사유를 제시하고 있지 못하므로 조사청의 기타사외유출 소득처분만을 근거로 쟁점법인 폐업당시 가지급금이 남아있지 않은 것으로 보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 조사청의 소득처분에도 불구하고 실질은 가지급금이 쟁점법인에 유보되어 폐업당시 남아있었던 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

 5) 또한 처분청의 종합소득세 부과의 근거가 된 인정상여 내역 중 쟁점법인의 추계소득에 대한 인정상여 부분의 경우 추계소득금액 산정 및 해당 산정금액에 대한 대표자 인정상여 처분에 달리 위법사유가 있는 것으로 보이지 않는다.

 6) 따라서 가지급금, 가지급금인정이자, 추계소득금액의 과목으로 청구인에게 소득처분된 인정상여금액을 근거로 하여 종합소득세 과세표준 및 세액을 산정 후 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분청의 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호(기각)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.