주 문
A세무서장이 2024.6.17. 청구법인에게 한 2019 사업연도 법인세 1,244,594,995원에 대한 과세예고통지는
청구법인의 주장과 관련된 여러 의문사항들(상세내용은 62면에서 64면 “판단”부분 참조)에 대한 면밀한 확인을 위해, 쟁점조합, 舊B, 新B, C, 그의 처 D 및 ㈜E, ㈜F, B개발㈜에 대한 문답, 관련 금융조사 등 정밀한 재조사를 하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 정하여 다시 통지합니다.
이 유
1. 사실관계 및 통지내용
가. A세무서 조사과(이하 “조사청”이라 한다)는 G지구 토지구획 정리조합(이하 “쟁점조합”이라 한다)을 서면확인(2023.3.17. 〜 2023.12.16.) 대상으로 분류하여 분석을 진행하였다. 조사청은 쟁점조합이 2019 〜 2021 사업연도에 조합 소유 토지(체비지)를 양도하였으나 법인세 수입금액 신고를 누락한 혐의를 발견하고, 2024.2.1. 2019 사업연도 법인세를 결정·고지하였다.
나. 조사청은 상기 토지의 취득자가 ㈜B종합건설(이하 “청구법인”이라 한다)인 것을 파악하고 거래처에 대한 분석을 진행하였는데, 청구법인은 쟁점조합이 진행한 G지구 토지구획 정리사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 시공사로서 도급계약에 대한 대가로 체비지를 획득한 사실을 발견하였다.
이에 조사청은 청구법인이 법인세 수입금액 누락 및 자산 계상을 누락한 혐의가 있음을 이유로 2024.2.28. A세무서 법인세과(이하 “통지관서”라 한다)에 과세자료를 파생하였다.
다. 통지관서는 2024.3.22. 청구법인에 과세자료해명안내통지를 하는 등의 절차를 진행하였고, 그 결과 청구법인이 쟁점조합과 쟁점사업을 위한 공사계약을 체결하고, 총 사업비 6,566백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 체비지를 공사대가로 이전받았으나(2003.1.20 〜 2020.1.30.), 관련 수입금액 및 공사매출 신고를 누락한 것으로 확인하고, 2024.6.17. 2019 사업연도 매출누락액 6,566백만원(부가세 예수금 597백만원 포함)을 익금산입(법인세 1,244,594,995원)하고 귀속 불분명으로 대표자에게 상여처분하는 내용의 과세예고통지를 하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.9. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
2. 청구주장
<표>
가. 청구법인이 정당한 납세의무자인지와 부과제척기간이 경과하였는지 여부
1) 건설업의 양도와 양수
舊B종합건설 주식회사(***-**-*****, 이하 “舊B”이라 한다)는 C 등을 주주로 해서 1998.11.12. 설립되었다. 이 법인은 2009.5.20. C등 주주가 주식 전부를 양도하여 타인에게 매각되었다. 매각후 회사의 상호는 H건설 주식회사로 변경되었으며 대표이사도 C에서 I로 변경되었다.
2002.10.2. 설립된 법인은 상호가 J종합건설 주식회사(***-**-*****)이었다. C 등 주주는 2009.5.20. 주식전부를 양수하여 J종합건설 주식회사를 취득하였다. 양수 후 상호를 B종합건설 주식회사(이하 “新B” 또는 “청구법인”이라 한다)로 변경하였으며 대표이사는 C로 변경하였다.
2) 토목공사를 한 법인
청구법인은 2002.10.2. 설립된 법인(***-**-*****)이다. 청구법인은 쟁점조합과 토목공사 계약을 할 당시인 2000년에는 설립되지 않았다. 그리고 토목공사가 완료된 2002년에는 C 등이 청구법인을 인수하지도 않을 때이다.
쟁점조합의 토목공사를 수주한 법인은 1998.11.12. 설립된 舊B이다. 이 법인이 쟁점조합으로부터 토목공사를 수주하여 공사를 시행하였다. 2000년 체결된 위수탁계약서상 “B종합건설 주식회사”는 舊B이다. 왜냐하면 新B은 2002년에 설립되었기 때문이다.
3) 토목공사의 완료시기
청구법인은 쟁점조합과의 계약에 의하여 토목공사를 2000년경 시작하여 2002년경 완료하였다.
G지구의 토목공사의 완료시기는 사실상 2002년경이며 이는 구획정리 사업지구의 항공사진에서도 알 수 있다. 항공사진에 의하면 2000년 구획정리의 대략의 윤곽이 보이고, 2001년 공사가 진행 중인 모습이 보인다. 2004년 공사가 완료되어 일부 지역에 건축물이 들어서 있고, 2008년 건축물이 여러 군데 들어서 있는 것을 확인할 수 있다.
또한 구획정리사업지구내 일부 건축물의 건축물관리대장을 보면 허가일 등은 다음과 같다.
<표>
구획정리사업지구내 건축행위는 토목공사가 완료되어야 가능하다. 따라서 상기 표에서 보는 바와 같이 K면 L리의 건축허가는 2002.1월이고 건축착공시점이 2002.5월이므로, 2002년말 이전 G지구의 토목공사가 완료되었다고 판단된다. 그 외 번지의 경우에도 같은 논리가 적용된다.
한편, 구획정리사업 준공 전이라도 준공전사용허가신청서를 제출하여 승인 받는 경우 토지의 사용이 가능하다. 즉 환지F지의 지정이 완료된 경우 구획정리사업 준공 전이라도 토지의 사용이 가능하다. 구획정리사업 준공 전에 건축허가를 받기 위해서는 조합에서 토지소유자에게 토지사용 승락을 해야 하며 토지사용 승락과 건축허가는 기반시설이 갖추어지지 않으면 할 수가 없다.
구획정리구역의 설치한 시설과 설치는 다음과 같다.
<표>
건축허가를 받기 위하여는 관련 법령에 따른 제반 사항을 허가권자(M 군청)에 제출하여야 한다. 「건축법」제11조 제5항에 의하면 여러 서류가 필요하며 그 중 구획정리사업과 관련한 내용을 요약하면 다음과 같다.
<표>
이러한 건축허가조건을 충족하기 위하여는 「도시개발법」제55조에 의한 도시기반시설이 완료되어야 한다. 그렇지 않은 경우 건축허가를 받을 수 없는 것이다. 따라서 상기 L리의 건축물관리대장상 건축허가일을 보면 2002.1.26.이다. 그러면 이때에 이미 토목공사는 완료된 것이다.
항공사진을 보면 도로포장공사가 되어 있는데 도로포장공사는 상하수도 관로공사 및 전기등 토목공사가 완료되어야 가능하다. 왜냐하면 도로 포장이 끝난 후 관로공사를 하려면 도로를 철거한 후 다시 도로 포장을 하여야 해서 공사비가 증가하기 때문이다.
4) 공정율 90%
한편 청구법인이 제출한 A시 공고문에 의하면 2003.9월 G지구토지구획정리사업의 공정율이 90%라고 되어 있다. 동 공고상의 공정율 90%의 의미는 토목공사뿐아니라 구획정리사업의 공과금 납부 등을 고려한 것으로 원인자부담금등을 미납하여 공정율이 90%가 된 것이다. 2003.9월에 토목공사가 90%는 완료하고 있었으므로 「법인세법」상 최종 손익귀속시기는 2003.9월 이전이 되는 것이다.
5) 장기공사의 경우 공사진행률에 따라 익금으로 계상하여야 한다.
통지관서는 청구법인의 토목공사에 대하여 완성기준을 적용하여 2019년 귀속으로 법인세를 과세하는 통지를 하였다. 그러나 「법인세법」에 따르면 1년 이상의 장기공사는 공사진행률에 따라 익금으로 계상하여야 한다.
6)「법인세법」상 익금귀속시기
「법인세법」제40조 및 「법인세법 시행령」제69조에 의하면 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우에는 작업진행률에 의하여 수익을 계상하도록 하고 있다. 舊B이 수행한 토목공사의 경우 위에서 보는 바와 같이 2000년에서 2002년까지 공사를 수행하여 공사기간이 1년 이상이므로 작업진행률에 의하여 수익을 계상하여야 한다. 따라서 「법인세법」상 익금귀속시기는 2000년부터 2002년까지로 판단된다.
7) 정당한 납세의무자 착오와 부과제척기간 경과
가) 정당한 납세의무자는 舊B이다.
통지관서는 新B이 토목공사를 수행하였다고 판단하여 법인세의 과세예고통지를 하였으나, 新B은 2002년 설립 후 2009년에 인수된 법인이므로 토목공사를 수행하지 않았다. 그러므로 新B에 대한 과세예고통지는 취소되어야 한다.
나) 부과제척기간이 경과하였다.
장기공사는 작업진행률에 의하여 익금을 계상하여야 하며 이 경우 최종 익금귀속시기는 공사가 완료된 때인 2002년이다. 따라서 「국세기본법」제26조의2에 의하면 국세의 부과제척기간은 5년이므로 舊B이 조합에 수행한 토목공사의 부과제척기간이 이미 경과하였으므로 청구법인에게 한 과세예고통지처분은 취소되어야 한다.
나. 단순히 조합에 대여한 금액이 청구법인의 매출액에 해당하는지 여부와 부과제척기간이 경과하였는지 여부
1) 청구법인의 도급 범위
위수탁계약서 제4조의 도급내용을 보면 “갑이 을에게 도급시키는 내용은 인가된 공사설계도서 및 인가조건과 같다”라고 규정하고 있다. 또한 위수탁계약서 제6조 도급범위를 보면 다음과 같다.
<표>
2) 쟁점조합의 총사업비의 내역은 다음과 같다.
<표>
상기 사업비 중 공사비는 위수탁계약서 제4조 및 제6조의 의해 舊B 이 도급받은 사항이며, 나머지 원인자부담금, 농지전용부담금, P원인자부담금, 환지청산금(사업지구내 토지매입비), 재산세 및 구상금 등은 쟁점조합에서 부담하여야 하며, 이는 위수탁계약서에서 보는 바와 같이 청구법인과는 무관한 것이다.
3) 쟁점조합에서 공과금 등 2,722,827,000원을 지출하여야 하나 쟁점조합의 자금여력 상 불가능하여 동 자금을 쟁점조합에서는 차입하였다.
청구법인과 C가 조합에 대여한 내역은 다음과 같다.
<표>
상기 표에서 보는 바와 같이 원인자부담금 등 총 2,722,827,000원 중 청구법인이 조합에 대여한 금액은 979,523,260원이며 C가 대여한 금액은 1,743,303,740원이다.
4) 청구법인이 조합에 대여한 979,523,260원을 청구법인은 단기대여금으로 회계처리하고 있다.
- 원인자부담금(614,256,090원) : 2018.1.2. 납부시 미완성공사로 처리하였으나 계정과목오류로 2019.1.1.자로 단기대여금으로 수정
- P부담금(110,000,000원) : 2018.10.26. 단기대여금으로 회계처리
- 환지청산금-Q(91,500,000원) : 2017.9.24. 단기대여금으로 회계처리
- 구상금 등(163,767,170원)의 내역과 회계처리
<표>
상기 구상금 등은 해당일자에 단기대여금으로 회계처리되어 있다.
<표>
5) C가 대여한 내역은 다음과 같다.
<표>
C가 조합에 대여한 금액은 총 1,743,303,700원이다.
<표>
6) 대여금은 청구법인의 매출액이 아니다.
통지관서는 토목공사는 舊B이, 쟁점조합에 대한 자금대여는 新B이 각각 하였음에도 토목공사와 자금대여를 구분하지 않고 전부 청구법인[新B]의 매출액으로 보아 법인세를 과세하는 통지를 하였다.
법적 행위인 토목공사는 舊B이 2000년부터 2002년 사이에 수행하였고 자금대여는 新B이 2018년과 2019년에 하였다. 新B이 자금을 대여한 시기에 舊B은 타인에게 매각된 상태였다. 그러므로 토목공사를 新B의 매출로 본 과세예고통지는 취소되어야 한다.
또한 위에서 설명한 내용과 같이 위수탁계약서에 의하면 토목공사비 이외에는 쟁점조합이 지출하여야 하며 쟁점조합의 자금사정상 공과금등의 지출을 위하여 청구법인과 C가 조합에 자금을 대여한 것이다. 자금대여를 청구법인의 매출액로 보는 것은 부당하므로 과세예고통지는 취소하여야 한다.
7) 부과제척기간이 경과하였다.
대여금을 매출액으로 본다고 하여도 청구법인이 조합에 대여한 시기는 위 표에서 보는 바와 같이 2017년과 2018년이므로 부과제척기간(5년)이 경과하였다.
다. 청구법인이 아닌 개인(C)이 조합에 대여한 금액이 청구법인의 매출액으로 볼 수 있는지 여부와 부과제척기간이 경과하였는지 여부
통지관서는 C가 조합에 대여한 금액까지 청구법인의 매출액으로 보아 법인세를 과세하는 통지를 하였다. 그러나 위에서 보는 바와 같이 1,743,303,740원은 C가 직접 송금하거나 지급하였으므로 이는 청구법인과 무관한 것이다. 따라서 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다.
또한 대여금을 청구법인의 매출로 본다고 하여도 C의 대여현황에서 보는 바와 같이 대여시기가 2018년 이전인 1,267,380,610원은 부과제척기간(5년)이 경과하였다.
라. 청구법인이 수령한 공사대금과 조합에 대한 대여금 회수액이 대표이사 상여처분으로 볼 수 있는지 여부와 부과제척기간이 경과하였는지 여부
1) 연도별 체비지의 수령액 및 매각내역은 다음과 같다.
<표>
상기와 같이 체비지는 총 6,421,920,000원이다. 이 중 170,000,000원은 청구법인이 보유하고 있다. 체비지매각액 중 2005년 이전의 매각대금은 총 3,035,920,000원이며 2019년과 2020년의 매각대금은 3,286,000,000원이다.
한편 2019년과 2020년에 매각현황은 다음과 같다.
<표>
매각대금 3,286,000,000원은 2023.12월과 2024.1월에 회수되었다.
<표>
위 표 체비지매각대금의 사용내역에서 보는 바와 같이 매각대금 6,321,920,000원중 3,035,920,000원은 청구법인의 토목공사비로 지출되었다. 그리고 나머지 3,286,000,000원은 차입금 상환, C가 쟁점조합에 대여한 금액 지급 및 청구법인의 외상대금 결제에 사용되었다.
2) C에게 귀속된 유출액은 없다.
「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호에 의하면 “익금에 산입한 금액이 사외유출된 것이 분명한 경우에는 귀속자에 따라 처분”하도록 규정하고 있다.
가) 2005년이전 매각분
2005년 이전에 매각된 금액 3,035,920,000원에 대하여는 토목공사비로 지출되어 C가 개인적으로 사용하지 않았다. 또한 설사 C에게 귀속되었다 하여도 「국세기본법」 제26조의 2에 의하여 부과제척기간이 경과되었다고 판단된다. 따라서 C에 대한 상여처분은 취소되어야 한다.
나) 2019년과 2020년 매각분
청구법인은 2019년과 2020년에 조합으로부터 체비지를 수령하여 (주)F, (주)E, B개발(주) 및 C, D 등에게 매각하였다. 매각대금 3,286,000,000원은 2019년과 2020년 현재 미수상태였고 미수금은 2023년과 2024년에 회수되어 차입금 상환 등에 사용되었다.
통지관서는 2019년에 체비지를 매각하여 대금이 회수되지 않았음에도 C에게 상여처분을 하였다. 조심 2010서0375(2010.8.17)과 조심2013중4971(2014.6.30)등에 의하면 매출대금이 미회수된 경우에는 상여처분을 할 수 없다고 판시하고 있다. 또한 조심2017광0470(2017.7.10)에 의하면 법인의 사업을 위하여 사용한 것이 확인되는 경우 상여처분에서 제외하도록 판시하고 있다. 따라서 체비지 매각대금은 2019년에 미회수되었고 C가 개인적으로 사용한 금액은 없으므로 상여처분은 취소되어야 한다.
마. 매출누락이라고 볼 경우 토목공사 원가와 공과금 납부액을 손금으로 인정하여야 하는지 여부
통지관서는 토목공사 수입과 공과금 대여금등을 익금으로 보아 5,969,293,636원에 대하여 법인세를 과세하였다.
<표>
그러나 토목공사의 경우에 공사수행하기 위하여는 공사원가가 발생함에도 불구하고 공사원가 3,493,996,363원을 손금으로 공제하지 않았다. 또한 자금대여를 매출로 보는 경우 지출된 공과금 등 2,722,827,000원을 손금으로 공제하지 않았다.
<표>
익금에 대응하는 손금을 공제하지 않아 부당하므로 손금을 공제하여 법인세를 부과하여야 한다.
바. 통지관서 의견에 대한 항변
1) 舊B과 新B은 법적실체가 다르다.
(가) 법적실체
「상법」제169조에 “회사란 상행위나 그 밖의 영리를 목적으로 하여 설립한 법인”을 말한다고 규정하고 있다. 법인이란 자연인 이외에 법인격(권리능력)이 인정된 것, 즉 권리·의무의 주체가 되는 것을 말한다. 따라서 법인은 법인격을 가지게 되며 각각의 법인은 각각 다른 법인격을 가지게 된다. 통지관서가 주장하는 경제적 실체가 동일한 법인은 있을 수가 없다.
舊B과 新B은 비록 동일한 대표자가 주식지분과 경영권을 양도·양수하였으나 「상법」상 독립된 회사이며 별개의 법인격을 가진 별도의 법인이다.
<표>
(나) 舊B을 매도한 경위는 매수인은 건설공사 실적이 필요하였고 매도인은 자금이 필요하였기 때문에 상호 이해관계가 일치하였기 때문이다. 회사 상호를 계속 B종합건설㈜를 사용한 것은 기존 거래처와의 관계 유지를 위해 더욱 유리할 것으로 생각되었기 때문이다.
(다) 2009년 舊B은 주식매도 이전에 밀린 토목공사비로 조합으로부터 여러 필지의 체비지를 인수하여 이미 정산완료하였고 하청업체에게도 밀린 공사비 지급을 완료하여 新B에게 인계된 권리 및 부채는 없는 상태였다.
2) 법인세 신고와 부가가치세 신고를 하였다.
항변서 제출과정에서 청구법인은 기장대리 회계사무소에 2000년부터 2009까지의 회계자료를 확인한 결과 NEOPLUS 회계소프트웨어에 그 당시 파일이 남아 있었다. 지금으로부터 24년 전의 기억이라서 조합에 대해 토목공사를 하고 세금계산서를 발행하지 않은 것 같다는 생각으로 통지관서에 자료를 제출하지 못하였으나, 확인한 결과 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발행하고 모든 신고를 하였다.
2000년, 2001년, 2002년의 법인세 신고서와 동 기간의 부가가치세 신고서와 매출처별세금계산서합계표 및 매출장부등을 제출한다. 이러한 자료는 국세청전산망에서도 확인이 가능할 것이다.
舊B은 토목공사를 2000년부터 2002년까지 수행하였다는 사실은 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인되며 또한 공사수익에 대한 법인세 신고도 적법하게 한 사실이 확인되므로 법인세 과세예고통지는 취소하여야 한다.
3. 토목공사비 대금은 2005년 이전에 전액 수령하였다.
2000년부터 2002년까지 부가가치 신고서를 통해 舊B의 3년간 토목공사비가 총 2,530,892,001(부가세 포함)으로 확인된다. 따라서 3년 간의 총토목공사비와 조합운영비등은 최소 25억원 이상으로 판단하는 것이 합리적이며 2001년부터 2005년까지의 체비지 3,035,920,000원을 인수·매각하여 舊B은 상기 토목공사비와 조합운영비 등은 전액 회수하였다.
체비지 매매내역서상 체비지 31필지의 매매일자를 확인하여 보면 舊B의 마지막 체비지(L리 899-6, 2005년 1일 10일)와 新B의 최초 체비지(L리 896-3, 2019년 10월 25일)가 매매기간의 약 15년 정도 차이가 난다.舊B의 2005년 마지막 체비지 매매를 통해 조합과의 채권·채무가 2005년 이전에 정산완료되었음을 미루어 짐작할 수 있다.
4. 준공검사일은 「법인세법」이 아닌 「부가가치세법」상 공급시기
쟁점사업의 시행자는 쟁점조합이다. 통지관서는 건설용역의 완료가 불분명한 경우 준공검사일(2019.4.4.)을 「법인세법」상 손익귀속시기라고 주장하고 있으나 다음의 이유로 부당하다.
(가) 2019.4.4.(조합의 준공검사일)은 쟁점조합이 시행한 쟁점사업의 준공검사일이다. 이 준공검사일은 舊B이 수행한 토목공사의 용역제공완료일(준공일)과는 아무런 관련이 없다.
부가가치세법 기본통칙 16-29-3(지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역이 공급시기)에서의 준공검사일이 당해 건설용역(토목공사)의 준공검사일을 말하는 것인데도 불구하고 통지관서는 쟁점사업의 준공검사일을 토목공사의 용역제공 완료일(준공일)로 착오 적용하였다.
(나) 통지관서는 공급시기를 준공검사일이라고 하면서 제도46015-12013 (2001.7.9.)과 (구)부가가치세법 기본통칙 9-22-3을 근거로 들고 있으나 이는 「부가가치세법」상 공급시기를 규정하는 것이므로 「법인세법」상 손익귀속시기를 판단하는 근거가 될 수는 없다.
또한 (구)부가가치세법 기본통칙 9-22-3은 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우에만 적용하도록 하고 있으나, 위수탁계약서 제13조에 지급시기를 정하고 있으므로 동 통칙을 적용할 수 없다.
5) 「법인세법」상 공사수익 인식시기
통지관서는 항공사진이 객관적인 자료가 될 수 없다고 주장하나 별첨된 카카오맵의 로드뷰사진(2008년과 2012년)을 보면 도로포장과 상하수도관로공사(맨홀) 및 전봇대등이 설치되어 토목공사가 완료되었음이 확인되고 있다.
공사기간이 1년 이상인 경우 작업진행률에 의하여 공사수익을 인식하여야 하나, 토목공사 완료 전이라도 사용승낙으로 인하여 당해 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날에 공사수익을 인식하도록 규정하고 있다(「법인세법」 제68조 및 법인세법 기본통칙 40-68-4).
조심2017광78(2018.5.23)과 전주지방법원2018구합2053(2019.8.14.)에서도 기반공사 완료 전에 토지사용승낙을 하였다면 토지사용승낙일이 속한 사업연도에 공사수익을 인식하도록 판시하고 있다.
통지관서는 「부가가치세법」상의 준공검사일을 용역제공 완료일로 주장하고 있으나 도로포장공사가 완료된 항공사진과 카카오맵의 로드뷰사진 및 최초의 건물신축이 2002년에 허가되었으며 A시의 공고상 공정률이 90%(나머지 10%는 하자보증금임)인 점 등을 종합적으로 고려하면, 준공검사일보다 앞서 토목공사가 완료되고 토지가 실제 사용하기 시작된 때인 2002년을 손익귀속시기로 보아야 하는 것이 조세심판례와 법원판례등에 비추어 타당하다고 판단된다.
舊B은 2000년, 2001년, 2002년에 청구법인이 제출한 증거와 같이 부가가치세 신고를 하였고 또 각각의 연도에 대한 법인세 신고도 한 사실이 확인되고 있다. 그러므로 청구법인에 대한 법인세 과세예고통지는 취소되어야 한다고 판단된다.
6) 토지 사용시기
통지관서는 일부 건축물의 허가로 G지구의 전체 토지공사가 완료되었다고 볼 수 없다고 주장하나, 환지도상 건축현황도면에서 보는 바와 같이 2002년부터 허가된 건축물은 G지구내에서 골고루, 폭넓게 분포하고 있으므로 토지 사용시기는 준공검사일(2019년)보다 2002년이 타당하다.
7) 도급범위와 보상금에 대한 의견
(가) 도급범위에 대여금은 포함되지 않는다. 위수탁계약서에 의하면 쟁점조합은 7면의 항목에 대하여 도급을 주었다. 따라서 조합이 부담·납부해야하는 원인자부담금 등을 지출하기 위한 대여금(아래 표 참조)은 7면 도급범위 1.부터 6.까지 어느 조항에도 포함되지 않다.
<표>
(나) 위수탁계약서 제8조의 보상금과 대여금은 다르다. 위수탁계약서 제8조(보상금)을 보면 [“을”은 사업지구내 일체의 철거 및 이전하여야 할 물건의 보상비용을 “갑”에게 예치시켜 ··· (중략)]라고 규정하고 있다. 제8조에서의 보상금은 위수탁계약서 제6조(도급범위) 3) 공사시공 및 철거보상, 지장물 보상에서 규정하는 것을 말한다. 新B과 C의 대여금은 위수탁계약서상의 보상금(철거보상, 지장물보상)과는 아무런 관련이 없는 원인자부담금, 농지전용부담금, 청산금, 구상금등, 재산세이다.
(다) 일반기업회계기준 16.30의 보상금은 대여금과 다르다. 16.30에 “발주자의 보상금은 발주자에 의하여 공사가 지체되거나 제시한 설계의 오류가 있을 때, 또는 공사내용의 변경과 관련하여 분쟁이 있을 때 발생하는 것”으로 정의하고 있다. 통지관서는 新B과 C가 대여한 것을 일반기업회계기준 16.30에 의한 보상금으로 보아 공사수익에 포함해야 한다고 주장하나 新B과 C의 대여금은 일반기업회계기준 16.30에서 규정하는 보상금이 아니다.
(라) 대여금이 보상금이라서 공사수익이라는 통지관서의 주장은 위수탁계약서와 일반기업회계기준을 오해한 것이며 또한 토목공사는 첨부한 부가가치세 신고서 및 법인세 신고서에 의하여 舊B이 수행한 것이 명백히 확인된다. 토목공사는 쟁점조합과 舊B의 계약에 의하여 수행되었고 대여금은 쟁점조합과 新B 간의 약정에 의한 것으로 토목공사와는 아무런 관련이 없다.
新B과 C의 대여금은 쟁점조합의 자금사정으로 대여한 것에 불과하고 토목공사와는 관련이 없다. 또한 위수탁계약서상 도급범위에 포함되지도 않기 때문에 원인자부담금등을 조합이 부담·지출하기 위한 대여금을 공사수익으로 하여 법인세를 과세예고통지한 처분은 취소되어야 한다.
8) C 대여금
통지관서는 C의 대여금을 보상금이라고 주장한 후 개인적으로 대여한 것임을 인정하고 있으며 청구법인(新B)의 자금여력이 없어 대표자가 대신 지불할 경우 청구법인을 거쳐야 한다고 주장하고 있다. 또한 청구법인의 자금여력이 없는 경우 개인자격(C)으로 조합에 대여할 수 없다는 통지관서의 주장은 상식에 맞지 않다. C의 대여금은 舊B의 토목공사와는 아무런 관련이 없는 자금대여이므로 공사수익으로 보아 법인세를 과세예고통지한 처분은 취소되어야 한다.
9) 대여금은 체비지를 인수하여 전액회수 되었다.
新B과 C의 대여금 2,722,827,000원은 2019년과 2020년 체비지 3,286,000,000원은 인수매각하여 전액회수되었다. 체비지인수액과 대여금이 차이가 나는 이유는 원인자부담금가산금 등을 추가로 대여하였기 때문이다.
3. 통지관서 의견
가. 청구법인이 정당한 납세의무자인지의 여부와 부과제척기간 경과하였는지 여부
1) 청구법인이 정당한 납세의무자인지의 여부
가) 대표자 C는 배우자 D를 대표자로 하여 2000.8.22. ㈜B종합건설(舊B)을 사업자등록하고 운영해오다 2009.5.25. I에게 법인 양도하고 상호는 ㈜H건설로 변경되었다.
나) 대표자 C는 2002.10.2. 설립한 J종합건설㈜를 2009.5.25. 인수하고 상호를 ㈜B종합건설(新B)로 변경하여 현재까지 운영하고 있다.
다)청구법인은 쟁점조합과는 2000.9월에 계약하고 토목공사를 2002년 완료한 바, 통지관서가 과세예고통지한 新B은 2009.5.25. 인수한 법인으로 과세대상에 해당하지 않으며, 쟁점조합과의 계약당시 당사자는 舊B이므로 청구법인은 정당한 납세의무자가 아니라고 주장하고 있다.
라) 舊B과 新B은 인수·매각 당시 ‘A O구 소재’ 동일장소에서 사업영위하던 업체이며, 2010년말 新B의 근로자(23명) 중 舊B의 근로자(10명) 계속근무하는 것으로 확인되며, 쟁점사업을 실질적으로 주도하던 대표자 C가 新B의 주식 100% 인수한 것으로 나타난다.
마) 2024.5.23. 청구법인이 제출한 ‘체비지 매각현황 및 대금송부’를 살펴보면 G지구토지구획정리에 대한 용역대가로 받은 체비지 매각액 6,491,920천원 중 3,286,000천원이 청구법인의 통장으로 입금된 내역 확인되고
바) 2024.6.1. 청구법인이 제출한 ‘체비지 수령 및 매각에 대한 세무처리 의견서’를 살펴보면, 청구법인은 G지구토지구획정리와 관련한 대여금 계정별 원장과 회계처리 누락조정사항 등을 제출한 것으로 확인된다.
사) 상기와 같이 舊B과 新B은 청구법인은 법인등록번호만 바뀌었을 뿐 대표자 C가 지배하는 경제적 실체가 동일한 법인으로, 실제 용역대가인 체비지 매각대금을 청구법인이 수취하였으며, G지구 용역제공 관련 회계처리 내역 및 매출관련 누락한 회계처리 조정사항 소명하고 있다.
아) 한편, 청구법인은 수입금액 누락신고하였음을 인정하고, 여러차례 소명자료 제출하였음에도, 과세예고통지 발송되자 2024.7.5. 대표자 C와 세무대리인 R는 A세무서를 내방하여, 대표자 C는 ‘전체공사는 자신이 했으나 청구법인은 G지구 관련 공사와 무관한 법인으로, 법인세 등의 고지는 舊B에게 부과해야 한다’ 며 G지구와 아무런 관련이 없는 현재 舊B의 법인등록번호를 쓰고있는 ㈜H건설로 고지하라고 요구하였다.
자) 이러한 C의 행태는 통지관서를 기만하는 행위로, 「국세기본법」 제15조의 신의성실의 원칙에 위반되는 것이며, 「국세기본법」제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙에 대해 ‘형식이나 외관을 이유로 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 아니하고 실질적으로 귀속되는 납세의무자를 삼겠다는 의미로, 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯되는 경우에는 재산을 실질적으로 지배 관리하는 사람에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다(대법원 2012.1.19.선고 2008두8499 전원합의체 판결, 대법원 2015.11.26.선고 2014두335판결 등 참조).’라고 판시하고 있다.
차) 舊B에서 新B으로 외형상 법인등록번호만 바뀌었을 뿐 대표자 C가 지배하는 인적․물적 실체가 동일한 법인으로, 청구법인이 소득을 향유하고 있으며, 쟁점조합과의 거래 관련 회계처리 확인되는 등, 청구법인이 정당한 납세의무자로 보아야 하며, 만약 정당한 납세자가 아니라고 한다면 청구법인과 대표자 C는 이와 같이 통지관서를 기만하는 변칙적인 행태를 통해 고의적 · 계속적으로 조세를 회피할 것이라 판단된다.
<표>
2) 부과제척기간 경과하였는지 여부
가) 청구법인은 토지공사의 완료시기를 항공사진과 G지구토지구획정리사업지구내 일부 건축물(M군 K면 L리 898-6)의 건축착공일이 2002. 5.10.이므로 2002년말 이전이라며 부과제척기간이 경과했다고 주장하나 이는 사실과 다르다.
나) 관련법리
「부가가치세법 시행령」제22조 제1항에서 규정하고 있는 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때이고, 부가가치세법 기본통칙 9-22-3에 의하면 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때, 다만 건설용역의 완료가 불분명한 경우에는 준공검사일이다.
다) 위수탁계약서에 사업범위(공사 시공 일절, 청산 및 대위등기, 환지 F지 측량 및 확정 측량, 총 사업에 수반되는 일체의 업무) 및 도급범위(사업계획 시설결정 신청 및 사업시행 인가서 작성 및 인가, 공사실시 설계도서 작성 및 승인, 공사시공 및 철거보상, 지장물 보상, 환지F지 지정 승인신청서 및 인가, 환지처분 및 대위등기 청산업무, 사업계획변경, 설계변경)로 쟁점조합은 청구법인에게 본사업 전체를 일괄도급하였고 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때이고, 청구법인이 주장하는 일부 건축허가로 인한 모든 토지공사가 완료되었을 것이라고 주장하고 있는 시기는 정확한 토지공사 완료시기로 볼 수 없으며, 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때, 다만 건설용역의 완료가 불분명한 경우에는 준공검사일이므로 2019.4.4.로 판단된다.
라) 관련법리
「법인세법」제69조에 의하면 건설․제조기타용역 (도급공사 및 예약매출을 포함, 건설등)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 익금과 손금을 산입하나, 작업진행률을 계산할수 없다고 인정되는 경우는 그 목적물의 인도일(그 제공을 완료한 날)이 속하는 사업연도에 익금과 손금을 각각 한다.
마) 관련 법리에 따라 통지관서는 쟁점사업의 토지공사에 2000년〜2019년 각 사업연도의 총공사비(재료비, 노무비, 기타 공사경비), 총 공사F비용 및 총 공사비누적금액 등 2000년〜2019년 사업연도의 작업진행률의 산정근거자료를 2024.3.22. 해명안내 이후 자료제출이 없어 수차례 자료를 요청하였으나,
바) 작업진행률을 산정할 근거서류는 2022년〜2024년 이전 자료이므로 원가계산자료, 매입세금계산서, 금융증빙자료, 공사 관련 거래증빙(계약서, 견적서, 시방서 등 증빙자료를 찾을 수 없다는 답변만을 반복하며, 과세전적부심 청구서류에도 관련 근거서류를 전혀 제시하지 않았다.
2024.7.5. A세무서를 내방하여 진술시 청구법인의 대표 C는 ‘30대 젊은 나이에 일만하고 세무적인 건 무지했으며 그 당시에는 건설업이 다들 그렇게 일을 해왔다’는 진술만이 있을 뿐이고, 객관적인 증거는 제출하지 못하였다. 청구법인은 쟁점사업을 진행하면서 법인세 등 고의적으로 제세 누락하고자 관련 증빙을 갖추지 않은 혐의가 있다.
또한, 청구법인이 제출한 항공사진(2000년〜2010년)은 토지공사의 완료를 객관적으로 증명할 수 없고, 준공검사전에 냈던 공문(감리원에 준공검사서 미제출 사유서)에서도 잠정적 공사중단으로 준공검사사를 미제출하였고 잔여공사를 마무리 한 후 보고서를 제출했다는 내용이 있으며, 구획정리사업내 일부 건축물의 허가는 「도시개발법」제53조에 따라 준공검사 전 또는 공사완료 공고 전에 지정권자로부터 사용허가를 받으면 사용할 수 있고, 「도시개발법」제53조에 따라 준공 전에 사용하려면 그 범위를 정하여 준공전사용허가신청서에 사업시행상의 지장 여부에 관한 검토서를 첨부해서 허가를 받으면 일부 사용하고자 하는 건축물 등에 허가가 나오는 것으로, 그 일부 건축물의 허가로 쟁점조합의 전체 토지공사가 완료되었다고 볼 수 없으며(A광역시 도시균형개발과 서재교 주무관 자문참고), 청구법인이 주장하는 일부 건축허가를 전체 토지공사 완료로 주장하는 것은 논리적으로 맞지 않다.
사) 이와 같이 용역의 제공의 완료가 불분명한 경우에는 준공검사일이 용역의 제공이 완료된 때로 M군청에서 제출한 준공검사서의 2019.4.4.이 용역의 공급시기이며 토지공사의 완료시기가 되므로, 부과제척기간의 미경과로 청구법인에게 2019년 사업연도의 법인세 과세예고는 정당한 처분이다.
<표>
나. 쟁점조합에 대여한 금액이 청구법인의 매출액에 해당하는지 여부
1) 쟁점조합에 대여한 금액이 청구법인의 매출액에 해당하는지를 판단하기 앞서 통지관서가 매출액을 산정한 근거를 먼저 살펴볼 필요가 있다. 매출누락의 근거가 되는 6,566백만원의 자료금액은 대여금 포함 여부를 고려하여 결정된 것이 아닌 쟁점조합이 청구법인에 토지구획 정리사업을 도급하면서 작성한 위수탁계약서에 근거가 있다.
2) 청구법인이 제출한 위수탁계약서 제5조에 도급금액을 ‘평균감보율 50%의 유, 무상 체비지와 토지구획 정리사업법 제 53조 2항의 해당 토지’로 정하였다. 기업회계기준에 따르면 공사수익은 수취하였거나 수취할 대가의 공정가치로 측정토록 규정되어 있다. 따라서 청구법인이 공사 대가를 체비지로 받기로 계약한바 공사계약으로 인해 취득한 체비지의 공정가치, 즉 공사대가로 받은 체비지를 매출금액으로 측정함이 타당하다.
3) 청구법인이 쟁점조합에 대여한 금액을 매출액으로 볼 수 있는가에 대한 의견에는 증거로는 제출되지 않았으나 해명 과정에서 수취한 위수탁변경계약서를 살펴볼 필요가 있다.
4) 위수탁변경계약서는 2019.3월에 작성된 것으로 원 위수탁계약서의 총사업비 4,822백만원을 6,566백만원으로 증액하여 발생한 변경계약이다. 총사업비 변경내역은 보상비, 조합운영 및 대체농지 전용부담금 등으로 인한 것으로 원 계약서 및 변경계약서 제8조 보상금 항목에서 ‘쟁점조합이 보상금을 지급하되 부득이한 사정으로 지불하기 전 보상비용의 증감이 있을 경우 상호협의하여 처리토록하며 이에 소요되는 비용 증감에 대해서는 청구법인이 책임지고 부담키로 한다’고 약정한 사실이 있다.
5) 일반기업회계기준 제2절 건설형 공사계약 적용범위 16.30에 따르면 보상금은 건설사업자가 공사계약금액에 포함되어 있지 않은 비용을 발주자나 다른 당사자로부터 보전받는 금액으로 명시하고 있으며, 보상금이 지급 요청을 수락할 가능성이 높고 그 금액을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우 공사수익에 포함한다고 규정하고 있다.
6) 상기 사실을 근거로 요약하면, 통지관서가 매출액으로 본 자료금액은, 첫 번째로 쟁점조합과 청구법인과의 위수탁계약에서 도급금액을 체비지로 정하기로 하여 공사대금으로 받은 체비지를 매출액으로 산정한 것이며, 두 번째로 대여금 채권의 발생 원인이 보상금 등인 것을 고려할 때 일반기업회계기준에 따라 보상금 또한 공사수익으로 인식하여야 한다는 것에 따라, 매출액이 맞으며 대여금은 별개의 것이다.
다. 청구법인이 아닌 개인(C)이 조합에 대여한 금액이 청구법인의 매출액으로 볼 수 있는지 여부
1) 위 “나”에서 매출액을 산정한 논거와 동일하게 C가 조합에 대여한 금액은 조합이 지불해야 할 보상금 등을 개인적으로 대여하여 발생한 것으로 보아야 할 것이므로 청구법인의 공사 매출액의 가감과는 무관한 것이다.
2) 오히려, 쟁점조합에 대해 보상금 등을 지급할 주체는 청구법인임에도 불구하고, 대표자인 C가 1,743백만원의 보상금 등을 대납할 이유가 없으며, 당시 청구법인의 자금여력이 없어 대표자가 대신 지불한 경우라면 청구법인의 법인세 신고서 및 재무상태표상 대표자로부터의 차입금 계상내역 또는 가지급금등 인정이자조정명세서상 가수금 계상내역이 있어야 함에도 그 내용이 확인되지 않는다. 또한 C의 이자소득에 대한 원천징수내역이 확인되지 않으며, C의 종합소득세 신고서상 이자소득 명세서에 청구법인이 기재되어 있지 않으므로 법인세 및 소득세를 과소신고납부하지 않은 혐의가 있다 할 수 있다.
3) 2024.6.13. 과세예고통지를 하자 24.7.9. 과세전적부심사청구하면서 제출한 금전소비대차계약서는 본 통지관서에서 근거자료 요청하였음에도 근거서류 없다고 하다가 제출한 것으로 쟁점조합의 이사이기도 하면서 청구법인의 대표 C의 금전소비대차계약서는 신빙성이 없으며,
4) 대표 C가 쟁점조합에 대납했다고 주장하는 자료 또한 거래내역, 이체내용, 영수증 등 은행에서 발급받은 신뢰할 수 있는 자료를 제출하지 않고 수기로 작성한 영수증, 수령증, 확인서등을 제출하고, 거래내역 후 잔액을 지우고 자료를 제출하고, C가 대납했다는 재산세 또한 배우자 D가 납부하는 등, 성실하지 못한 자료제출을 하고 있다.
<표>
5) 따라서, 청구법인과 쟁점조합과의 공사계약으로 체결한 총매출액과 C의 대여금은 별개이며, 제출한 자료 또한 억측이고 조작으로 본 통지관서를 기만하는 것이다.
라. 청구법인이 수령한 공사대금과 조합에 대한 대여금 회수액이 대표이사 상여처분으로 볼 수 있는지 여부
1) 청구법인이 수령한 공사대금은 대여금을 회수한 것이 아니며 공사대금을 체비지로 현물 수령 후 매각하고 그 매각대금을 현금으로 받았을 것으로 추정되나 익금(자산의 양도금액)으로 계상하지 않고 누락하였으며,
2) 2005년 이전 공사비로 사용하였다는 주장은 단지 청구법인의 주장일 뿐 수차례 공사비 증빙서류 요구하였으나, 전혀 제시하지 못하고 있으며, 차입금 상환증빙, C의 조합대여금 1,743백만원, 청구법인의 외상대금결제금액 등은 매각금액을 원천으로 지급하였다는 어떠한 증빙도 확인할 수 없다(청구법인이 제출한 증거를 보면, 원인자부담금 납부영수증만 있고 계좌이체내역 납부인 불분명하고, S, T, U, V만 이체내역 있음).
3) 청구법인은 2002.6.20. ～ 2005.1.10. 기간에 걸쳐 취득한 체비지 중 타인에게 매각된 19건의 3,035백만원의 매각금액은 공사비로 지급되었다고 하나, 청구법인은 그 지급을 확인할 수 있는 증빙서류 또한 전혀 제시하지 않고 있으며,
4) 2023년 및 2024년 회수된 매각대금에 대해 청구법인이 제출한 통장증빙 살펴보면, 체비지 매각대금 송금인은 모두 C와 특수관계에 있는 자들로, 2019년에 매각된 체비지가 3년이 지난 2023년 12월 말에 집중적으로 송금되고 있는 것으로 확인되며, 청구법인의 통장이 아닌 특수관계법인의 통장 송금내역을 제시하는 것은 정상적인 거래로 볼 수 없다.
<표>
5) 2024년 조사청에서 세무조사로 자료가 파생되어 과세처분이 있을 것을 미리 알고 2023.12.18. 〜 2024.4.1.까지 극히 단기간 동안 누락한 금액을 뒤늦게 법인계좌로 일괄 송금토록 하여 법인이 정상 회수한 것으로 위장한 것으로 판단된다.
6) 따라서 「법인세법 시행령」제106조 제4항에 의거 실질적 매출이 청구법인의 매출로 귀속되고 매출누락한 행위는 과세대상소득을 탈루한 것으로 특별한 사정이 없는 한 매출누락 상당의 법인의 수익이 사외유출되었다고 보아야하고, 유출된 자금의 귀속시기와 귀속자를 입증하지 못하고 불분명한 경우로서, 손익의 귀속이 확정된 시기에 대표자에 대한 인정상여로 소득처분하는 것이 합리적이다.
마. 토지공사 원가와 공과금 납부액을 손금으로 인정하여야 하는지 여부
토목공사원가(재료비, 인간비등)는 원가 지출을 증명할 수 있는 근거자료(재료구입등 각종 거래 명세서, 하도급공사계약서, 노무비 대장 등, 공제 사유, 손금의 기초가 되는 사실관계를 입증할 수 있는 자료)를 제출할 입증책임이 청구법인에게 있으나, 그 원가와 공과금 납부액을(청구법인이 조합에 대한 대여금이라고 주장하는 금액) 손금으로 보아야 한다는 청구법인의 주장만 있을 뿐, 상기 쟁점별 검토내용과 같이 과세전적부심청구시까지도 이를 입증할만한 객관적이고 합리적 근거자료를 제시하지 않고 있다. 따라서 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
① (주위적 청구) 쟁점금액 중 일부는 舊B 귀속이고, 나머지는 청구법인(新B) 등의 대여금 회수이므로 매출누락과 무관하고, 부과제척기간도 도과하였다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 매출누락이라고 하더라도 대응원가는 손금으로 인정되어야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령
1) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1-2) 법인세법 시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】
① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. <개정 2010.12.30, 2012.2.2, 2013.2.15>
1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우
2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우
② 제1항을 적용할 때 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.
1-3) 법인세법 시행규칙 제34조【작업진행률의 계산등】
① 영 제69조제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.
1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.
2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율
② 제1항에 따른 총공사F비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.
③ 영 제69조제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.
1. 익금
2. 손금
당해사업연도에 발생된 총비용
④ 영 제69조제2항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 경우"란 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.
2) 법인세법 제67조【소득처분】
다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
2-2) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득
(이 면 이하 여백)
다. 사실관계
1) 舊B 및 新B(청구법인) 사업자 기본사항 등
가) 舊B의 사업자 기본사항 등
국세통합전산망을 통해 조회한 舊B의 사업자 기본사항 등은 아래와 같은데, 舊B은 2000.8.22. A을 사업장 소재지로 상호는 B종합건설(주)로 하여 신규개업한 법인사업자로 심리일 현재 계속사업자이다.
개업 이후 대표자는 C(新B의 대표자)와 그의 처 D가 번갈아 맡다가, 2009.5.20. C, D 등이 소유하고 있던 주식을 I 등 8인에게 양도(양도세 신고일 2009.8.31.)한 후인 2009.5.25. 상호는 ㈜H건설로, 대표자는 I로, 사업장 소재지는 부산으로 변경된 것으로 확인된다.
<표>
나) 新B(청구법인)의 사업자 기본사항 등
국세통합전산망을 통해 조회한 新B(청구법인)의 사업자 기본사항 등은 아래와 같은데, 2002.10.2. A을 사업장 소재지로 상호는 J종합건설 주식회사로 신규개업한 법인사업자(계속사업자)로 확인된다.
C는 舊B의 주식을 양도한 날인 2009.5.20. J종합건설 주식회사의 주식 100%를 취득하고, 2009.5.25. 상호를 B종합건설(주)로 대표자를 C로 사업장 소재지를 A으로 변경한 것으로 확인되는데, 변경한 사업장 소재지는 C가 舊B의 주식을 양도하기 직전의 舊B 사업장 주소지와 동일한 것으로 확인된다.
<표>
2) 쟁점사업(G지구 토지구획 정리사업) 관련 도급계약서
가) 2000.9월 최초 도급계약서
청구법인이 제출한 쟁점사업(G지구 토지구획 정리사업) 관련 도급계약서는 아래와 같은데, 도급인은 G지구 토지구획 정리조합(조합장 W), 수급인은 B종합건설 주식회사(대표이사 C)로, 계약일은 2000.9월로 적시되어 있으며, 총사업비는 4,822백만원에 공사비는 2,554백만원으로 적시되어 있는 것으로 확인된다.
<표>
나) 2019.3월 변경 도급계약서(2건)
(1) 통지관서는 2024.3월 청구법인(新B)에 대한 과세자료해명안내를 통해 2024.4월 청구법인 측으로부터 수령한 아래와 같은 2019.3월 변경 도급계약서를 제출하였는데, 위 2000.9월 최초 도급계약서와 마찬가지로 도급인은 G지구 토지구획 정리조합(조합장 박춘호), 수급인은 B종합건설 주식회가(대표이사 C)로 적시되어 있으며, 계약일은 2019.3월로 기재되어 있다.
2000.9월 최초 도급계약서와 달라진 부분은 총사업비를 4,822백만원에서 6,566백만원으로 변경하면서 총사업비 산정내역서가 첨부서류로 추가되었는데, 공사비가 당초 2,554백만원에서 3,843백만원으로 변경되어 있다. 이 외에 나머지 부분은 2000.9월 최초 도급계약서 내용과 동일하게 작성되어 있다.
(2) 한편, 청구법인은 2024.4월 위 2019.3월 변경 도급계약서(이하 “2019.3월 변경 도급계약서①”이라 한다)를 통지관서에 제출한 후, 2024.5월 변경 도급계약서①과 내용이 다소 달라진 변경 도급계약서(이하 “2019.3월 변경 도급계약서②”라 한다)를 다시 제출하였는데,
변경 도급계약서②는 변경 도급계약서①과 마찬가지로 총사업비가 4,822백만원에서 6,566백만원으로 변경되는 것으로 적시되어 있으나, 그 세부구성 내역을 보면 공사비는 2000.9월 최초 도급계약서와 변동이 없는 것으로 기재)되어 있다(변경 도급계약서①은 공사비가 2,554백만원에서 3,843백만원으로 변경되는 것으로 기재되어 있음).
<표>
3) 쟁점사업장 관련 체비지 매매 내역
가) 청구법인은 아래와 같은 체비지 매매 내역을 제출하였는데, 연번1〜20의 매매금액 3,035백만원은 舊B이 쟁점사업 관련 공사비를 수령한 것으로, 연번21〜31 매매금액 3,456백만원은 新B 및 C가 조합에 대한 대여금을 회수한 것이라고 주장하고 있다.
<표>
나) 위 체비지 매매 내역 상 토지들에 대한 등기사항전부증명을 확인한 결과를 정리하면 아래와 같다.
<표>
4) 쟁점사업 준공 시점 관련 양당사자 주장 및 관련 증빙
가) 청구법인 주장 및 제시 증빙
청구법인은 쟁점사업 관련 토목공사의 완료시기는 2002년이라고 주장하며 아래와 같은 항공사진 등 증빙을 제시하였다.
<표>
나) 통지관서 주장 및 제시 증빙
통지관서는 쟁점사업의 토지공사 완료시기는 2019년이라고 주장하며 아래와 같은 A M군의 준공검사 관련 공문 등을 제시하였다.
<표>
4) 舊B의 쟁점사업 수입인식에 대한 청구법인 제시 증빙
청구법인은 아래와 같은 舊B의 2000년 2기〜2002년 2기 부가가치세 신고서 및 매출처별 세금계산서합계표(갑) 등을 제시하며 舊B이 쟁점사업 관련 공사수입을 인식하고 관련 제세를 신고하였다고 주장하고 있다.
<표>
청구법인이 제출한 舊B의 부가가치세 신고내역 중 쟁점조합 관련 금액을 정리하면 아래와 같다.
<표>
5) 청구법인과 C의 대여 여부 관련 청구법인 제시 증빙
청구법인은 8면 표(조합에 대한 대여금 현황)와 같이 2019.3월 변경 도급계약서①의 원인자부담금 730백만원, 농지전용부담금 430백만원 등 합계 2,722백만원을 청구법인과 C가 쟁점조합에 대여하였다고 주장하며 아래와 같은 증빙들을 제시하였다.
<표>
라. 판단
1) 관련 법리
장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명치 않은 한 과세관청은 「법인세법」제32조 제5항 및 같은법 시행령 제94조의 2 제1항 제1호 단서의 규정에 의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분을 할 수 밖에 없는 것이고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 입증책임은 이를 주장하는 납세자에게 있다 할 것이다(대법원 1992.8.14. 선고 92누6747 판결 참조).
2) 쟁점금액 중 일부는 舊B 귀속이고, 나머지는 청구법인(新B) 등의 대여금 회수이어서 매출누락과 무관한지에 대한 판단
가) 위 법리와 다음과 같은 사정들을 종합해보면, 청구법인의 주장에 일부 타당한 부분이 있기는 하나 여러 가지 의문점들이 상존하므로, 재조사를 하여 청구법인이 주장하는 사실관계에 대한 정확한 확인이 필요한 것으로 판단된다(청구법인의 예비적 청구에 대해서는 더 나아가 판단하지 아니한다).
(1) 舊B의 쟁점조합에 대한 공사수입 관련 부가가치세 등 신고서, 新B의 쟁점조합에 대한 대여금 관련 금전소비대차계약서 등에 비추어 청구법인의 주장 중 일부 타당해 보이는 부분이 있는 것으로 추정된다.
(2) 그러나, 청구법인은 2019.3월 변경 도급계약서①을 기초로 동 계약서 상의 총사업비 중 공사비 3,843백만원은 舊B의 귀속이고, 원인자부담금 등 2,722백만원은 新B 및 C가 쟁점조합에 대여해 준 것이라고 주장하고 있는데, 2019.3월 현재 “B종합건설㈜”라는 상호를 사용하는 법인은 舊B이 아닌 新B이므로, 동 계약서 상 계약당사자(수급인)로 표시되어 있는 “B종합건설 주식회사”는 新B으로 추정되고, M군의 2019.4.4. 준공검사서, 쟁점조합의 2019.4.3.자 “감리원의 준공검사조서 미제출 사유건” 공문 등에도 新B으로 추정되는 “B종합건설 주식회사”가 기재되어 있어, 도급계약의 당사자가 舊B이라는 청구주장의 타당성에 의문이 있고, 변경 도급계약서도 내용이 서로 다른 2건이 제출되어 변경 도급계약서의 진위여부, 2000.9월 최초 도급계약서의 계약당사자 지위가 新B으로 승계된 것은 아닌지 등에 대한 확인이 필요해 보인다.
(3) 또한 청구법인이 제출한 체비지 매매내역 상 연번 1 〜 20번까지의 체비지는 舊B이 2005년까지 쟁점조합으로부터 공사대금 명목으로 수령·매각하여 환가한 것이라고 주장하고 있으나, 동 토지들의 등기사항전부증명을 보면 쟁점조합이 2019.8.7. 보존등기를 하고 (舊B 명의의 등기 없이) 대부분 일반 개인들에게 소유권이 이전된 내역만 확인되며 등기원인도 매매가 아닌 진정명의회복이고, 특히 그 중 연번 15번은 新B의 대표자 C의 처가 대표로 있는 B개발㈜에 2019.9.26. 소유권이 이전된 것으로 확인되고, 2019.3월 변경 도급계약서① 상 공사비는 3,843백만원이나 舊B의 쟁점사업 관련 부가가치세 신고액은 2,530백만원이므로, 舊B이 공사수익을 인식·신고하였고 체비지 수령·매각을 통해 대금을 회수한 것이라는 청구주장에 대한 실체적 진실 확인이 필요해 보인다.
(4) 한편, 체비지 매매내역 연번 21 〜 30번과 관련하여, 新B이 쟁점조합으로부터 동 체비지를 현물로 수령한 후 제3자에 매각하여 新B과 C의 대여금을 일괄 회수한 후 C 대여금 상당액을 C에게 지급하였다는 취지로 주장하고 있는데, 그 제3자가 C, 그의 처 및 처가 대표로 있는 ㈜E, ㈜F, B개발㈜이고,
- 新B 명의로 등기가 된 것은 연번 30번뿐(등기원인일 2020.1월)이며 나머지 체비지들은 新B 명의의 등기 없이 쟁점조합의 2019.8.7. 보존등기 후 위 제3자들에게 매매를 원인으로 소유권이전등기가 경료(등기원인일 2019.10월〜2020.1월)되었고, 청구법인이 위 제3자로부터 매매대금을 회수한 것은 등기원인일로부터 최소 2년 10개월에서 최대 4년 3개월 후인 2023.12월과 2024.1월인데, 이는 조사청의 쟁점조합에 대한 서면조사 막바지 기간으로 新B에 대한 과세예고가 예상되던 시점이고,
- 新B의 대여금(979백만원) 인식에 대한 회계처리는 있는 것으로 보이나, 新B이 체비지 수령시 자산으로 계상했는지, 체비지 매각 및 대금수령 시, C 대여금 상당액(1,743백만원) 지급시 관련 자산, 부채를 누락하지 않고 인식한 것인지에 대한 별다른 주장이 없고,
- 新B이 주장하는 대여금 2,722백만원과 관련 체비지 수령액 3,456백만원은 734백만원 상당의 차이가 있는데, 이에 대해 新B은 원인자부담금가산금 등 추가로 대여한 것이 있다고 주장만 하고 있을 뿐이어서, 대여금 관련 청구주장에 선뜻 납득하기 어려운 면이 다수 있어 이에 대한 정확한 사실관계 확인이 필요해 보인다.
나) 이상에서와 같은 청구법인의 주장과 관련된 여러 의문사항들에 대한 면밀한 확인을 위해, 쟁점조합, 舊B, 新B, C, 그의 처 D 및 ㈜E, ㈜F, B개발㈜에 대한 문답, 관련 금융조사 등 정밀한 재조사를 하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 정하여 다시 통지함이 타당하다.
5. 결론
이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조의 15 제5항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.