1. 피고가 20**. *. *. 원고에 대하여 한 20**년 귀속 양도소득세 ******원 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

가. 원고는 19**. *. **. ○○ ○○구 ○○동 *** 대 ***㎡ 및 그 지상 주택(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하여 보유하여 오다가, 20**. *. *. KKK, JJJ에게 이 사건 부동산을 ******원에 양도하였다.

나. 이 사건 부동산을 비롯한 인근 부지에서는 “AAA 주택재재건축정비사업“이 진행되어 ”AAA 주택재건축정비사업조합“(이하 ”이 사건 조합“)이 설립인가되었고, 위 조합은 20**. *. **. ○○구청장으로부터 관리처분계획을 인가받았다.

다. 원고는 20**. *. **.경 이 사건 부동산의 양도차익 전액에 대하여 1세대 1주택인 고가주택에 적용되는 장기보유 특별공제율(80%)을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

라. 피고는 20**. *. *.경에 이르러 원고는 조합원 입주권을 양도한 것이므로 구 소득세법

(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항에 따라 관리처분계획인가전 양도차익에 대하여만 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다고 판단한 다음, 원고에 대하여 양도소득세 및 가산세 ******원에 대한 과세예고 통지를 하였다.

마. 원고는 20**. *. **. 과세전적부심사청구를 하였으나, 피고는 20**. *. **. 과세예고

통지일로부터 국세부과제척기간의 만료일(20**. *. **.)까지의 기간이 3개월 이하라는 이유로 원고에게 과세전적부심사청구 심사제외결정을 하였고, 원고의 장기보유특별공제에 관한 일부 주장을 받아들여 20**. *. *. 원고에 대하여 양도소득세 *****원, 가산세 *****원 합계 *****원 부과처분을 하였다(이하 ”이 사건 부과처분“이라고 한다).

바. 한편, 원고가 이 사건 부동산을 처분할 당시 관리처분계획에 따르면 이 사건 부동산의 평가액은 ******원(비례율 133.01%)이었으나, 원고가 이 사건 부동산을 양도한 이후인 20**. *. **. 이 사건 조합은 ○○구청장으로부터 관리처분계획변경 인가를 받았는데 그에 따르면 이 사건 부동산의 평가액은 *******원(비례율 245.00%)으로 변경되었다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 20**. *. *. 과세예고통지를 하고 원고의 과세전적부심사청구에 대하여 심사제외

결정을 한 다음 20**. *. *. 이 사건 부과처분을 하였다. 피고가 부득이한 사정으로 인하여 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 거칠 여유가 없게 되었다고 인정할 근거가 없으므로, 피고의 이 사건 부과처분은 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 절차적 하자가 있다.

2) 이 사건 조합의 관리처분계획은 20**. *. **. 변경되었으므로 이 사건 부동산의 양도와 관련하여 관리처분계획인가전 양도차익을 계산할 때에도 위 변경된 관리처분계획에 따른 평가액(*******원)을 기준으로 산정하여야 하고 해당 금액에 대하여는 장기보유특별공제가 인정되어야 한다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 판단

1) 관계 법령 및 관련 법리

가) 과세전적부심사 관련 국세기본법 규정

나) 관련 법리

(1) 사전구제절차로서 과세예고 통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전

적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 12. 27. 선고2016두49228 판결 등 참조).

(2) 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전

적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고

통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척

기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척

기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부

심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전

적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 관세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다.

2) 판단

위의 증거들, 갑 제8호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 피고가 별다른 이유 없이 양도소득세 부과를 위한 후속

절차를 지연시킨 것으로 볼 수 있고, 과세예고통지로부터 국세 부과제척기간 만료일까지 남은 기간이 3개월 이하라는 점을 들어 원고의 과세전적부심사청구에 대하여 심사제외결정을 한 것은 원고의 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차상 하자가 있다고 할 것이다. 이 사건 부과처분은 위법하다.

① 원고는 20**. *. **.경 양도소득세를 신고·납부하였다. 이 사건 부동산은 이 사건 조합의 관리처분계획에 따라 조합원입주권이 되었으므로 양도차익 중 관리처분계획인가전 양도차익과 관리처분계획인가후 양도차익을 구분하여 전자에 대하여만 장기보유 특별공제가 적용될 수 있다는 점은 소득세법령에 명백히 규정되어 있다. 그렇다면 피고가 원고의 양도소득세 신고내용 중 장기보유 특별공제 적용에 문제가 있음을 포착하고 양도소득세 부과절차를 진행하기 위하여 별도로 사실관계를 조사·확인할 필요가 있었다고 볼 수 없고, 이러한 사항과 관련하여 법령 해석상 의의(疑義)가 있었다고 보기도 어렵다. 그렇다면 피고가 20**. *. **.경에 이르기까지 원고의 20**년도 양도소득세 신고와 관련하여 양도소득세 부과를 위한 아무런 절차를 진행하지 않은 합당한 사유가 있다고 보기는 어렵다.

② 원고가 양도소득세를 신고·납부한 20**. *. **.경 이후 20**. *. **.경에 이르기까지 피고가 원고에 대한 양도소득세 부과 여부를 검토하거나 관련 사실을 조사하는 등 어떠한 후속절차를 진행하였다고 인정할 만한 근거가 없다. 피고는 20**. *. **.경에 이르러 이 사건 조합에 이 사건 부동산과 관련한 관리처분계획 내역을 확인하고 20**. *. **. 이 사건 조합

으로부터 이를 제출받은 것으로 확인된다. 피고는 해당 관리처분계획 내역을 확인한 다음 변경된 관리처분계획의 내용을 반영하지 않고 원고의 관리처분계획인가전 양도차익을 산정

하기로 하고 20**. *. *. 원고에 대하여 과세예고통지를 하였으나, 해당 과정에 소요된 기간

(약 15일)만으로는 과세관청이 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 하게 된 부득이한 사정이 있다고 평가하기 어렵다.

③ 피고는 원고가 과세전적부심사청구에서 주장한 내용 일부를 반영한 다음 이 사건 부과처분을 한 사정은 인정된다. 그렇지만 과세전적부심사 청구가 있으면 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하여 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 하고

(국세기본법 제81조의15 제4항), 납세자는 과세전적부심사 절차에서 과세전적부심사 청구와 관련한 서류를 열람할 수 있으며(같은 조 제6항, 같은 법 제58조), 국세심사위원회의 심사 과정에서 과세관청 소속 공무원 등 관계인의 신문, 감정, 검증 등 증거조사를 신청하거나

(같은 법 제81조의15 제7항, 행정심판법 제36조 제1항), 구술심리를 신청할 수도 있음은 물론, 이를 신청한 경우에는 서면심리만으로 결정할 수 있다고 인정하는 경우 외에는 구술심리를 원칙으로 하게 되어 있는 등(같은 법 제81조의15 제7항, 행정심판법 제40조)의 강력한 절차상의 보장이 뒤따르므로, 과세처분 전에 원고가 의견을 개진하였고 과세처분에 그 내용이 일부 반영되었다고 하더라도, 원고에게 과세전적부심사의 기회를 박탈하는 결과가 정당화된다고 보기는 어렵다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.