1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송 비용은 원고가 부담한다.

피고가 2022. 5. 9. 원고에 대하여 한 양도소득세경정처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1990. 5. 1. ○○시 △△동 293-14 전 430㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다가 2016. 4. 29. 주식회사 A에 262,812,000원에 양도한 뒤 2016. 6. 30. 이 사건 토지의 양도와 관련하여 일반세율(35%)과 장기보유특별공제를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 20,764,340원을 신고·납부하였다.

나. 피고는 2022. 5. 9. 이 사건 토지가 소득세법 제104조의3 제1항 제1호에서 정하는 비사업용 토지인 농지에 해당한다는 이유로 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율(48%)을 적용하여 원고에 대하여 2016년 귀속 양도소득세 50,900,520원(과소신고가산세 3,032,374원, 납부불성실가산세 17,544,406원 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 1. 원고의 청구를 기각하였다.

라. 한편 원고는 1968. 10. 20.부터 2009. 4. 28.까지 서울 B구, C구, D구, E구에서 거주하였고, 2009. 4. 28.부터 현재까지 이 사건 토지로부터 30㎞가 넘게 떨어져 있는 □□시 ●●동에서 거주하고 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4, 5호증, 을 제1, 2, 3, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

 이 사건 토지는 이 사건 토지 일원을 대상으로 한 ○○ ▲▲지구 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 개발계획이 수립되어 그 사업구역의 지정 및 고시가 있었던 2008. 1. 14.부터는 도시개발법 제9조 제5항 및 제9항, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제58조 제1항 제3호에 의해 사용이 제한되었고, 그렇지 않더라도 이 사건 사업구역 내 유적 지역에 대하여 2005. 12.경 ■■■청장에 의하여 매장문화재 보존대책이 발하여진 때로부터 2017. 8.경 최종적인 보존조치가 발하여진 때까지는 구 매장문 화재 보호 및 조사에 관한 법률(2023. 8. 8. 법률 제19587호 매장유산 보호 및 조사에관한 법률로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 매장문화재법’이라 한다)에 따라 사용이 제한되었으므로, 이 사건 토지는 소득세법 제104조의3 제2항, 동법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로서 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

다. 판단

 1) 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호에서 농지라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하고, 구 소득세법제104조의3의 규정을 적용함에 있어 농지의 판정은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하되, 사실상의 현황이 분명하지 않은 경우에는 공부상의 등재 현황에 의하는바(구 소득세법 시행령 제168조의8 제1항, 제168조의7), 을 제4, 5,6호증의 각 기재에 의하면 이 사건 토지의 공부상 지목이 ‘전’인 사실을 인정할 수 있는 반면, 이 사건 토지의 사실상의 현황이 위 공부상 지목과 다르다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3 제2항의 예외조항에 해당하지 않는 한 같은 조 제1항 제1호 가목, 나목에 의하여 원칙적으로 비사업용 토지에 해당한다.

 2) 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것이고, 여기에서 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조),구 도시개발법 제9조 제6항 제2호, 같은 법 시행령 제16조 제3항에서는 허가를 받지않고도 할 수 있는 행위들을 규정하면서 그 제2호에서 ‘경작을 위한 토지의 형질변경’을 두고 있어 경작을 위한 형질변경과 경작행위 자체가 금지되거나 제한되는 것은 아니므로, 구 도시개발법 제9조 제5항으로 인해 이 사건 토지가 농지 본래의 용도로 사용하는 것까지 금지 또는 제한된다고 볼 수 없다.

 다만 구 도시개발법 제36조 제1항에 의하여 환지 예정지가 지정되면 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없으므로, 을 제6호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 이 사건 사업의 환지예정지 지정 효력발생일인 2014. 6. 27.부터는 이 사건 토지의 사용이 법령상 제한된다고 보아야 한다.

 3) 갑 제7 내지 11, 15, 16호증(일부 가지번호 생략, 이하 같다), 을 제7, 9호증의 각 기재 내지 영상에 의하면 이 사건 사업구역 부지에 대한 지표조사 결과 2005. 12. ■■■청장이 매장문화재 보존대책통보를 한 뒤 이 사건 토지가 포함된 1지점 147,007㎡에 대하여 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지 문화재 시굴조사가 실시된 사실, 문화재 시굴 및 발굴조사 지역 내에서 조사를 실시하는 동안에는 매장문화재가 훼손될 가능성과 안정상의 이유로 경작행위가 제한되는 사실을 인정할 수 있으므로, 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지는 이 사건 토지의 사용이 법령상 제한되었다고 볼 수 있다.

 한편 위 증거들에 의하면 2010. 11. 22.부터 2015. 12. 14.까지 위 1지점 중 22,723㎡에 대하여 정밀발굴조사가 실시된 사실, 2017. 8. 이 사건 사업구역 중 합계 17,188㎡에 대하여 현지보존 조치가 이루어진 사실을 각 인정할 수 있기는 하나, 2009. 9. 30. 이후 이 사건 토지에 대하여 정밀발굴조사가 이루어진 사실을 인정할 뚜렷한 증거가 없는 이상, 원고가 제출한 증거들만으로는 2009. 9. 30. 이후로도 법령상이 사건 토지의 사용이 제한되었다는 점이 입증되었다고 보기 어렵다.

 원고는 ■■■청장이 매장문화재 보존대책통보를 한 2005. 12.경부터 이 사건 토지가 포함된 1지점과 관련한 최초 부분완료조치가 이루어진 2014. 5. 1.까지의 기간 전부에 대하여 법령상 사용제한의 효력이 유지되는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 구 매장문화재법 제4조, 제8조, 제9조, 제10조의 규정 취지에 비추어 볼 때 건설공사 시행자의 개발사업이나 허가 없는 조사·발굴 행위를 제한하는 것일 뿐 실제 발굴조사가 이루어지지 않는 농지의 경작행위까지 제한된다고 보기는 어렵다.

 4) 결국 이 사건 각 토지의 사용이 법령상 제한되지 않은 기간이 양도일 직전 5년 중 2011. 4. 29.부터 2014. 6. 26.까지로 2년을 초과하고, 직전 3년 중 2013. 4. 29.부터 2014. 6. 26.까지로 1년을 초과하며, 소유기간 약 26년 중 1990. 5. 1.부터 2009. 4. 5.까지, 2009. 10. 1.부터 2014. 6. 26.까지 23년 이상으로 40%를 초과하는 것이 계산상 분명하므로, 이 사건 각 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호의 기간기준을충족하여 비사업용 토지에 해당하고, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

 따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.