1. 사실관계

○ 질의법인은 OO시 도시계획시설 조성사업을 위해 ’19.11.설립한 프로젝트 금융투자회사(부동산 개발업)이며, ’20.6. ‘OO도시계획시설 사업실시계획인가’를 받음

○ 사업은 1구역 비공원시설(아파트), 2구역 공원시설로 구분되어 시행되며, 2구역 공원시설은 완공 후 OO시에 기부채납 예정으로

 - OO시와의 협약에 따르면 2구역 공원시설을 우선 착공한 후 추진경과에 따라 1구역의 비공원시설 공사를 착공할 수 있음

○ 사업시행 부지에 대한 문화재 지표조사^* 과정(’20.3월) 중 삼국시대부터 조선시대까지의 유적이 발견되면서 착공이 불가능하였고,

 - ’21.9월 문화재청으로부터 문화재 발굴 허가를 받아 ’22.1월부터 문화재 발굴조사를 실시하였으며, ’22.9월 1구역 일부 부지에 대해 부분착공 허가를 받음

    * ｢매장유산 보호 및 조사에 관한 법률｣제6조에 따라 건설공사의 시행자는 해당지역의 매장문화재 지표조사 실시 의무가 있음

○ 문화재청으로부터 1구역에 대한 착공허가를 받았음에도 OO시와의 협약내용(2구역 우선 착공)에 따라 계속하여 착공이 지연되었고,

 - ’24.1.31. 1구역 비공원시설을 우선 착공할 수 있도록 OO시와 협약 내용을 변경한 후에야 비로소 ’24.11.1. 착공이 이루어짐

2. 질의요지

○ 사업 시행부지에 문화재 발굴로 인해 부득이하게 착공이 지연된 경우에도 조특법§77③(1)에 따른 납부 사유에 해당하는 것으로 보아야 하는지 여부

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 35(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 45)]에 상당하는 세액을 감면한다.

 1. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 2. ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

 1. 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업을 시작하지 아니하는 경우

 2. 제1항제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 사업시행계획인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

⑤ 제1항제1호ㆍ제2호또는제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조제3항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조제6항을 준용한다.

□ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 2. “공익사업”이란 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

□ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조【공익사업】

이 법에 따라 토지 등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

 3. 국가나 지방자치단체가 설치하는 청사ㆍ공장ㆍ연구소ㆍ시험소ㆍ보건시설ㆍ문화시설ㆍ공원ㆍ수목원ㆍ광장ㆍ운동장ㆍ시장ㆍ묘지ㆍ화장장ㆍ도축장 또는 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

□ 매장유산 보호 및 조사에 관한 법률 제6조【매장문화재 지표조사】

① 건설공사의 규모에 따라 대통령령으로 정하는 건설공사의 시행자는 해당 건설공사 지역에 문화재가 매장ㆍ분포되어 있는지를 확인하기 위하여 사전에 매장문화재 지표조사(이하 "지표조사"라 한다)를 하여야 한다.

□ 매장유산 보호 및 조사에 관한 법률 제7조【지표조사 절차 등】

② 건설공사의 시행자는 제1항에 따라 지표조사를 마치면 그 결과에 관한 보고서(이하 "지표조사 보고서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업지역을 관할하는 지방자치단체의 장과 문화재청장에게 제출하여야 한다.

□ 매장유산 보호 및 조사에 관한 법률 제9조【지표조사에 따른 문화재 유존지역의 보호】

① 제7조제2항에 따라 지표조사 보고서를 받은 문화재청장은 문화재 보존 조치가 필요한 경우에는 해당 건설공사의 시행자에게 문화재 보존에 필요한 조치를 명하고, 해당 건설공사의 허가기관의 장에게도 이를 통보하여야 한다.

② 제1항에 따른 통보를 받은 건설공사의 시행자는 문화재 보존에 필요한 조치를 하고, 그 결과를 해당 건설공사의 허가기관의 장과 문화재청장에게 보고하여야 한다.

□ 매장유산 보호 및 조사에 관한 법률 제11조【매장유산의 발굴허가 등】

① 매장유산 유존지역은 발굴할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 국가유산청장의 허가를 받은 때에는 발굴할 수 있다.

 1. 연구 목적으로 발굴하는 경우

 2. 유적(遺蹟)의 정비사업을 목적으로 발굴하는 경우

 3. 토목공사, 토지의 형질변경 또는 그 밖에 건설공사를 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 부득이 발굴할 필요가 있는 경우

 4. 멸실ㆍ훼손 등의 우려가 있는 유적을 긴급하게 발굴할 필요가 있는 경우

○ 심사-양도-2020-3, 2020.6.3.

청구인이 쟁점주택 양도일 현재 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 사실은 명백하고, 투기 목적이 없었다거나 일시적으로 3주택에 해당한다고 하여 1세대 3주택자의 양도소득세 중과세 규정 적용을 배제하라는 명문 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

○ 조심-2012-서-3833, 2012.11.1.

｢소득세법｣제104조 제1항 제2호에 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것의 양도소득세율은 과세표준의 100분의 40로 규정되어 있고, 공공용지의 수용으로 인하여 토지의 보유기간이 2년 미만이 된 경우에 양도소득세율을 달리 적용한다는 규정이 없으므로, 처분청이 양도소득세 세율 100분의 40을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없음

○ 부산지방법원-2011-구합-3310, 2011.10.6.

  종전토지가 수용된 2007. 12. 21.로부터 법령이 정한 2년 내인 2009. 12. 11.에 이 사건 대토농지를 취득하였으나, 그 후 2010. 7. 20. 위 대토농지 취득계약이 해제된 이상, 위 대토농지 취득계약의 해제가 원고의 잘못이 아닌 매도인의 사기에 의한 것이라고 하여도, 원고는 이 사건 대토농지를 “처음부터 취득하 지 않은 것이 되는 것이어서, 원고는 이 사건 종전토지가 수용된 2007. 12. 21.로부터 2년이 되는 날까지 다른 대토농지를 취득하지 아니한 이상 위 양도세감면대상이 되지 않는 것으로 보아야 함

○ 감심-2023-61, 2003.6.10.

  8년 이상 자경한 농지라 하더라도 환지예정지정일부터 3년이 지나 양도하는 농지는 감면대상에서 제외하는 것으로 사업시행자의 사업지연 등으로 3년이 지난 경우 제외하는 예외규정이 없는 바 양도인의 귀책사유 없이 사업지연으로 3년이 지난 후 양도하였더라도 양도소득세 감면대상에서 제외되는 것이 아닌 것임