1. 사실관계

○’22.12.23.비상장 벤처기업 A법인의 대주주인 甲이 보유하는 A주식과 비상장법인 B이 보유한 자기주식과 교환^*

    *조특법§46의7①의 과세이연 요건을 충족한 것으로 전제함

○’23.02.28.甲, A주식 양도소득에 대한 과세이연 신청 없이^* 예정신고

    *중소벤처기업부에서 발행하는 주식교환확인서 발행 지연

○’23.05월 甲, A주식 양도소득세 확정신고시 과세이연신청서 제출

2. 질의내용

○확정신고시 과세이연신청서를 제출한 경우에 조특법§46의7(전략적 제휴를 위한 비상장주식교환 등에 대한 과세특례) 적용 여부

3. 관련법령

□조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것) 제46조의7 【전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환등에 대한 과세특례】

①｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인(코넥스상장기업이 아닌 경우만 해당한다)을 제외한 벤처기업(대통령령으로 정하는 매출액 대비 연구ㆍ인력개발비 투자 비중이 5퍼센트 이상인 중소기업 및 대통령령으로 정하는 기술우수 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 “벤처기업등”이라 한다)의 주주(그 법인의 발행주식 총수의 100분의 10이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 소유하는 벤처기업등의 주식을 다음 각 호의 요건을 갖추어 2024년 12월 31일 이전에 주식회사인 법인(이하 이 조에서 “제휴법인”이라 한다)이 보유한 자기주식 또는 제휴법인의 주주(발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식과 교환하거나 제휴법인에 현물출자하고 그 제휴법인으로부터 출자가액에 상당하는 주식을 새로 받음으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 “주식교환등”이라 한다)로 인하여 취득한 제휴법인의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2015.12.15, 2018.12.24, 2019.12.31, 2021.12.28>

 1.대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업등과 제휴법인 간의 전략적 제휴계획을 추진하고 그 계획에 따라 주식교환등이 이루어질 것

 2.벤처기업등의 주주 1인과 대통령령으로 정하는 특수관계인이 제휴법인의 대통령령으로 정하는 최대주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 않을 것

 3.벤처기업등의 주주가 주식교환등으로 인하여 취득한 주식과 제휴법인 또는 제휴법인의 주주가 주식교환등으로 취득한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 벤처기업등과 제휴법인 간에 체결할 것

②제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 벤처기업등의 주주는 제1항제3호의 계약을 위반하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다.

③제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

□조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제43조의7 【전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례】

⑩법 제46조의7제3항에 따라 양도소득세의 과세이연 신청을 하려는 자는 주식교환등을 한 날이 속하는 분기의 말일부터 2개월 이내에 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 벤처기업등 주식교환ㆍ현물출자 주식양도차익 과세이연신청서에 전략적 제휴계획, 주식교환계약서와 세제지원대상 여부를 확인할 수 있는 서류로서 기획재정부령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. <개정 2020.2.11, 2022.2.15>

□조세특례제한법 시행규칙(2022.3.18. 기획재정부령 제904호로 개정된 것) 제19조 【벤처기업 주식교환 등에 대한 세제지원대상임을 확인한 서류】

 영 제43조의2제9항에서 “기획재정부령이 정하는 서류로서 세제지원대상임이 확인가능한 서류”라 함은 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣제14조제3항의 규정에 따라 중소벤처기업부장관이 세제지원대상임을 확인한 서류를 말한다. <개정 2005.3.11, 2008.4.29, 2021.3.16>