[주 문]

 서산세무서장이 2025.1.24. 청구인에게 한 종합소득세 2022년 귀속분 OOO원, 2023년 귀속분 OOO원의 감액경정에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO에서 A을 개업하여 보건업을 영위하는 사업자로, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조 제1항에 따라 한국장애인고용공단에 2019부터 2023년까지 장애인고용부담금(이하 “쟁점부담금”이라 한다) 합계 OOO원((2019년 OOO원, 2020년 OOO원, 2021년 OOO원, 2022년 OOO원, 2023년 OOO원)을 세금과 공과로 필요경비 계상하여 2019년부터 2023년까지 종합소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2024.12.9.∼2025.1.16. 기간 동안 청구인에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 청구인이 2019년부터 2023년까지 필요경비로 계상한 쟁점부담금 합계 OOO원과 수선비로 계상한 고정자산 매입액 OOO원을 각각 필요경비불산입하고, 코로나19 손실보상금 수입금액등을 불산입하여 2025.1.24. 청구인에게 종합소득세 2019년 귀속분 OOO원, 2020년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO원, 2022년 귀속분 OOO원, 2023년 귀속분 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점부담금은 「소득세법」 제33조 제1항에 규정된 필요경비불산입 대상이 아님에도 처분청은 청구인이 납부한 쟁점부담금을 필요경비에 불산입하였으므로 이는 타당하지 아니하다.

  (가) 장애인고용부담금은 사회 연대책임을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주 간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위한 사업주의 공동 분담금의 성격으로, 장애인 고용부담금의 필요경비 산입은 사업의 내용에 따라 장애인을 직접 고용하기가 좀 더 용이한 사업이 있고 경우에 따라서는 장애인이 수행하기에 적합하지 않은 일이 있을 수 있어, 이러한 상황에 장애인 고용부담금을 손금불산입하는 세법상의 불이익을 통해 장애인 고용촉진 등을 달성하려고 하는 것은 조세정책적으로도 바람직하지 않다.

  (나) 또한 장애인 고용의무가 완벽하게 지켜져서 부담금을 징수하지 않아도 되는 상태가 바람직하다는 점에서 볼 때, 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다고 할 것(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정)이고, 최근 법원(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결)은 장애인 고용부담금이 ‘법령에 따른 의무 불이행’에 대하여 부과된 공과금이라고 하더라도 그 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과된 것이라고 보기 어렵다고 판결한바 있으므로 쟁점부담금을 의무 불이행에 대한 제재로 보아 필요경비불산입하여 과세한 처분은 타당하지 아니하다.

 (2) 감액경정(환급) 역시 부당하므로 이 역시 불복청구의 대상으로 보아야 한다.

  처분청의 조사 결정과정에서 2022년과 2023년도 귀속 종합소득세의 환급금이 발생하게 된 것은 코로나19관련 전담병원으로 지정되어 국가로부터 수령한 손실보상금이 수입금액에서 제외되어 종합소득세 과세표준이 감액되었기 때문으로, 환급결정된 사업연도의 장애인 고용부담금에 대한 필요경비의 적법성 여부의 판단도 고지된 사업연도와 동일하게 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 것이므로 이는 불복청구의 대상으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

  청구인은 쟁점부담금을「소득세법」상 필요경비 산입대상이라고 주장하나,

  기획재정부는 쟁점부담금을「법인세법」상 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 해석(법인세제과-145, 2018.2.21.)하고 있고, 청구인이 제시한 판례(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결)는 현재 대법원 계류 중으로 확정되지 않았으며, 쟁점부담금은 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조 등에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로, 이는 의무불이행에 대한 제재, 즉「소득세법」제33조 제1항 제12호의 필요경비불산입대상 공과금에 해당한다고 보는 것이 타당한바, 장애인 고용부담금을 필요경비불산입하여 경정한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① (감액경정) 적법한 심판청구인지 여부

 ② 장애인고용부담금이 「소득세법」제33조 제1항 제12호의 필요경비불산입 대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분

2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분

② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다.

 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

 가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

 나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

 다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

 라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

 마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.

 제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

 (2) 국세기본법 시행령

 제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1.심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우

2.심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우

 (3) 소득세법

  제33조(필요경비불산입) ① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

 12. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금이나 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금

 (4) 장애인고용촉진 및 직업재활법(2017.11.28. 법률 제15110호로 개정된 것)

 제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다.

 제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 특정한 장애인의 능력에 적합하다고 인정되는 직종에 대하여는 장애인을 고용하여야 할 비율을 대통령령으로 따로 정할 수 있다. 이 경우 그 비율은 의무고용률로 보지 아니한다.

③ 의무고용률은 전체 인구 중 장애인의 비율, 전체 근로자 총수에 대한 장애인 근로자의 비율, 장애인 실업자 수 등을 고려하여 5년마다 정한다.

④ 제1항에 따른 상시 고용하는 근로자 수 및 건설업에서의 공사 실적액 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 50명 이상 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

 1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설ㆍ장비의 설치, 수리에 드는 비용

 2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

 3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

 1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

 2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

 3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.

⑨ 고용노동부장관은 사업주가 납부한 부담금이 실제 납부하여야 할 부담금을 초과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 초과한 금액에 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 산정한 금액을 가산하여 환급하여야 한다.

⑩ 부담금은 대통령령으로 정하는 대로 분할 납부를 하게 할 수 있다. 이 경우 분할 납부를 할 수 있는 부담금을 제5항에 따른 납부 기한에 모두 납부하는 경우에는 그 부담금액의 100분의 5 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액을 공제할 수 있다.

⑪ 제4항에 따른 도급의 기준, 그 밖에 부담금 감면의 요건ㆍ기준 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인은 아래 <표>와 같이 쟁점부담금을 납부하였고, 이를 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고하였으며, 처분청은 이를 필요경비불산입하여 종합소득세를 경정·고지하였다.

 <표> 쟁점부담금 납부 내역 및 필요경비불산입 내역

○○○

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대,

 「국세기본법」제55조 제1항은 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바,

  과세관청의 감액경정․결정은 당초 납세의무자가 신고하여 확정된 과세표준 및 세액 중 일부를 취소하는 효력을 갖는 것에 불과하여 별개의 독립된 처분으로 보기 어렵고, 나아가 납세의무자에게 불이익한 행정행위로 보기도 어려우므로 2022년 귀속분과 2023년 귀속분 종합소득세 감액경정에 대한 심판청구는 불복청구의 대상인 처분이 존재하지 아니하므로 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부담금이 「소득세법」제33조 제1항 제12호의 필요경비 산입대상이라고 주장하나,

  어떠한 공과금이 「소득세법」제33조 제1항 제12호의 ‘법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금이나 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 필요경비불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 등 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바,

 「장애인고용촉진 및 직업재활법」은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점,

 쟁점부담금은 필요경비불산입 대상인 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금으로 보는 것이 타당해 보이는 점(조심 2024서747, 2024.4.3., 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점부담금을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유가 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호와 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.