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이 사건 금원은 사업용 고정자산과 함께 양도한 영업권에 대한 대가임
서울행정법원-2024-구합-73547생산일자 2025.10.31.
AI 요약
요지
이 사건 금원은 사업용 고정자산과 함께 양도한 영업권에 대한 대가임
질의내용

사 건

서울행정법원2024구합73547 양도소득세등부과처분취소

원 고

박AA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2025. 8. 29.

판 결 선 고

2025. 10. 31.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20XX. X. X. 원고에 대하여 한 20XX년 귀속 양도소득세 X원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 20XX. X. XX. 경 XX시 XX동 XX-XXX, XX-XXX, XX-XX 지상에 건물을 신축하여 XX시 XX동 XX-XXX 일대에 XX요양병원(이하 ‘이 사건 병원’이라 한다)을 개원하였다.

나. 원고는 20XX. X. XX. 이 사건 병원의 건물과 부지(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 X에게 X원에 매도하였고, 20XX. X. XX. X에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

다. 원고는 20XX. X. XX. 이 사건 부동산의 양도가액을 X원, 취득가액을 X원, 양도차익을 X원으로 각 산정하여 이 사건 부동산에 관한 양도소득세를 신고 · 납부하였다.

라. X는 20XX. X. XX. 원고에게 X원을 지급하였고, 원고는 위 금액을 기타소득으로 하여 20XX년 귀속 종합소득세 및 지방소득세를 신고 · 납부하였다.

마. 피고는 20XX. X. XX.부터 20XX. X. XX. 까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 원고가 20XX. X. XX. 부터 20XX. X. XX. 까지 X로부터 생활비 등의 명목으로 지급받은 X원과 영업권 양수대금 명목으로 지급받은 X원(이하 위 각 금액의 합계인 X원을 ‘이 사건 금원’이라 한다)을 ‘사업용 고정자산인 이 사건 부동산과 함께 양도한 영업권의 대가’로 보아, 20XX. X. XX. 원고에게 20XX년 귀속 양도소득세 X원(가산세 포함)을 경정 · 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4,6,8,10 내지 12호증, 을 제1 내지 5, 2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 금원은 사업용 고정자산과 함께 양도한 영업권의 대가에 해당하지 않으므로, 양도소득세의 과세대상이 될 수 없다.

2) 설령 원고가 X에게 사업용 고정자산과 함께 영업권을 양도하였다고 보더라도 원고의 행위는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하지 않아 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하므로, 이 사건 처분은 5년의 부과제척기간을 도과하여 위법하다.

나. 인정사실

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 위에서 본 증거, 갑 제7, 9호증, 을 제8, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 이를 인정할 수 있다.

1) 원고는 X년, X년 경 이 사건 부동산 중 토지를 매입하여 원고 명의로 소유권 이전등기를 마쳤고, 이 사건 부동산 중 건물을 신축하여 20XX. X. XX. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳣다.

2) 원고는 이 사건 병원을 개원하기 위하여 한국산업은행으로부터 시설자금대출 X원과 운영자금대출 X원 합계 X원을 대출받았다.

3) X은행은 이 사건 부동산에 관하여 20XX. X. XX. 채권최고액 X원, 20XX. X. XX. 채권최고액 X원으로 각 근저당권을 설정하였고, 20XX. X. XX. 위 각 근저당권 설정을 해지하였다. X은행은 이 사건 부동산에 관하여 20XX. X. XX. 채권최고액을 X원으로 하는 근저당권을 설정하였는데, 이 사건 부동산의 소유권이 X 명의로 이전된 20XX. X. XX. X가 위 근저당권의 피담보채무를 인수하였다.

4) 원고와 X는 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결한 20XX. X. XX. 무렵 ‘이 사건 병원 전체 양도에 따른 각서 및 약속사항’이라는 제목의 각서(이하 ‘이 사건 각서’라 한다)를 작성하였다. 이 사건 각서의 주요 내용은 다음과 같다.

1.이 사건 병원 X는 원고에게 매월 급여로 네트 X원, 두 장의 신용카드 대금 X원 정도, 자동차리스비용을 이 사건 병원을 통해 지불한다.

2.근저당설정은 X원으로 한다. 위 1.항의 약속을 이행하면 원고는 어떠한 요구도 하지 못한다. 약속 불이행 2개월 시 X원을 집행한다. 최소병원 유지기간은 X년이며 그 전에 병원 매각시는 위약금 X원이다.

3.X장례식장 임대는 X로 하며, 보증금 X원에 부가세포함 임대료 X원의 조건으로 보증금과 임대료 인상 없이 X년을 보장한다.

4.20XX년 X월 X일부터 20XX년 X월 X일까지 동업사업자해지, 병원토지와 건물 양도일까지 발생되는 세금과 추가발생 가능한 세무상의 과태료와 추징금 등 모든 세금은 이 사건 병원에서 지불한다.

5.이와 같이 서로 약속하고 인증하며 근저당을 설정한다.

5) 원고는 이 사건 각서에 따라 20XX. X. XX.부터 20XX. X. XX. 까지 X로부터 생활비 등의 명목으로 X원을 지급받았고, 20XX. X. XX. dl 사건 부동산에 관하여 X를 채무자로 하는 채권최고액 X원의 근저당권설정등기를 마쳤다.

6) 원고와 X는 20XX. X. 경 원고가 X에게 이 사건 병원에 대한 영업권 일체를 양도하고, X가 원고에게 그 대가로 20XX. X. XX. 까지 X원을 지급하기로 하는 내용의 영업권 양수도계약서를 작성하였고, X는 20XX. X. XX. 원고에게 X원을 지급하였다. 위 영업권 양수도계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

양도인(원고)와 양수인(X)은 이 사건 병원 운영에 대한 영업권 일체에 대해 다음과 같이 양도 · 양수하기로 한다.

- 다 음-

1.양도 · 양수 대상 목적물

XX XX시 X길 X(X동) 소재 이 사건 병원에 대한 영업권(노하우)일체

1.양도 · 양수의 내용

양수인은 양도인에게 위 영업권 일체를 양수받고 대가로 20XX. X. XX. 까지 X원을 지급하기로 한다.

1.계약의 해지 및 손해배상

양수인은 위 금액의 지급이 지연됨을 이유로 동업계약 정산의 무효를 주장하지 못하며, 별도로 손해배상청구를 하지 아니한다.

다. 이 사건 금원이 양도소득세의 과세대상에 해당하는지에 관한 판단

1) 관련 규정

소득세법 (2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제4호 가목은 ‘사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권의 양도로 발생하는 소득’을 양도소득으로 규정하고, 위 영업권에 ‘별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권’을 포함하고 있다. 또한 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것) 제41조 제3항은 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업용 고정자산과 함께 양도되는 영업권은 기타소득의 대상이 되는 법 제21조 제1항 제7호의 영업권에 포함되지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

위에서 본 사실과 증거, 갑 제16호증, 을 제7, 13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 금원은 사업용 고정자산인 이 사건 부동산과 함께 양도한 영업권의 양도로 발생한 소득에 해당하다고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 금원을 양도소득에 포함하여 이 사건 처분을 한 것이 위법하다고 볼 수 없고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 각서의 제목은 ‘이 사건 병원 전체 양도에 따른 각서 및 약속사항’으로, 이 사건 부동산과 이 사건 병원의 영업권 일체가 함께 양도되는 것을 전제로 작성되었다. 또한, 원고 주장에 따르더라도 이 사건 부동산에 관한 매매계약 체결 전까지는 원고가 병원 운영 전반을 맡고, X가 진료를 담당하여으나, 위 매매계약 체결 이후에는 원고가 병원 운영에 관여하지 않았다.

이러한 사정에 이 사건 부동산과 이 사건 병원에 관한 영업권은 이 사건 병원 운영에 필수적인 자산으로서, 원고와 X가 이를 분리하여 별도로 매매할 특별한 사정을 찾아볼 수 없는 점 등을 더하여 보면, 이 사건 병원의 영업권은 이 사건 병원의 사업용 고정자산인 이 사건 부동산과 함께 양도되었다고 보는 것이 사회통념에 부합한다. 원고가 X와 20XX. X.경 영업권 양수도계약서를 작성하고, X원을 뒤늦게 지급받았다는 사정만으로 원고가 이 사건 부동산과 이 사건 병원의 영업권을 별개로 양도하였다고 보기 어렵다.

나) X는 조세범칙혐의자(참고인) 심문 당시, 이 사건 부동산에 관하여 20XX. X. XX. 원고 명의로 채권최고액 X원의 근저당권설정등기를 마친 이유에 대하여 ‘20XX. X. 경 원고가 떠나면서 요구한 매매가액이 X원 가량이었고, 그에 동의하였기 때문에 미지급액 담보를 위하여 설정하였다’는 취지로 답변하였고, ‘위 X원은 되도록 빠른 시일 내에 지급하기로 약속하였다’고 진술하였다. 또한, X는 20XX. X. XX. 자 영업권 양수도계약서가 작성된 경위에 대해서 ‘20XX. X. 말 구두약정한 X원이 준비되었기에 원고에게 연락을 했더니, 원고가 영업권 양수도계약서를 제시하였다’는 취지로 진술하였다.

다) 이 사건 각서에서는 X가 원고에게 매달 지급하기로 정한 위 돈의 명목, 지급기한, 총액 등이 구체적으로 명시되어 있지 않다. 다만 이 사건 각서에는 ‘X가 원고에게 매월 지급하여야 할 돈을 X월 동안 불이행할 경우, X원을 지급하여야 한다’, ‘최소병원 유지기간은 X년이며 그 전에 병원매각 시 위약금은 X원이다’ , ‘근저당설정은 X원으로 한다’는 등의 내용이 포함되어 있어, 위약금이나 근저당권 설정 등을 통해 사실상 원고가 X로부터 최소한 X원을 지급받을 수 있도록 정하고 있다.

라) 원고가 이 사건 부동산과 함께 이 사건 병원의 영업권을 양도한 것으로 보이는 점에다가 X의 진술과 이 사건 각서의 내용을 더하여 보면, 원고와 X는 이 사건 각서를 작성할 당시 이 사건 부동산에 관한 매매계약에서 정한 대금 외에 영업권의 대가로 최소한 X원을 추가로 지급하기로 합의하였고, 다만 X가 X원을 일시에 지급하기 어려워 이를 지급할 때까지 매월 일부 금원을 지급하기로 하였던 것으로 봄이 타당하다.

마) 이에 대하여 원고는 공동사업에서 탈퇴할 당시 X가 원고에게 일시금으로 거액의 정산금을 지급하기 어려워 원고가 생계를 유지할 수 있도록 매울 정해진 금액을 지급하기로 합의하였고, 이후 20XX. X.경 X가 원고에게 X원을 지급하고 모든 채권채무 관계를 정리하자는 의사를 표시함에 따라 영업권 양수도계약서를 작성하였다는 취지로 주장한다.

그러나 원고의 주장에 따르더라도 이 사건 각서에서 원고가 매울 지급받기로 정한 금원은 이 사건 병원의 영업권 양도에 따른 대가로 보인다. 원고는 그 대가의 총액인 X원이 20XX. X. 경 비로소 정해졌다는 취지로 주장하나, 이는 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결할 무렵인 20XX. X. 경 이미 이 사건 부동산에 관한 매매계약에서 정한 대금 외에 최소한 X원을 추가로 지급하기로 합의하였고, 다만 이를 지급한 20XX. X 경 사후적으로 영업권 양수도계약서를 작성하였다는 X의 진술과 배치된다. 또한, 20XX. X. 경 이 사건 부동산과 이 사건 병원의 영업권이 모두 이전되었음에도 그로부터 상당한 기간이 지난 후에야 영업권의 대가를 정하였다는 것은 쉽게 납득하기 어려워 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

바) 원고와 X는 20XX. X. XX. 이 사건 부동산에 설정된 근저당권의 채무액인 X원을 이 사건 부동산에 관한 매매대금으로 정하였다. 그런데 ㅇㅇ감정원이 대출실행 담보를 목적으로 실시한 이 사건 부동산의 감정평가액은 20XX. X. XX. 기준으로 약 X원이고, 이 사건 부동산의 취득 당시의 장부가액인 약 X원을 양도시 기준시가로 환산하여 계산한 가액은 약 X원이다. 위 감정평가액과 장부가액 기준 평가액 등에 비추어 보면, 이 사건 부동산 매매계약서에서 정한 금액은 실제 부동산 가치에 미치지 못하는 것으로 보인다. 이러한 사정에 비추어 볼 때에도, 원고가 20XX. X. 경 이 사건 부동산과 영업권을 함께 양도하였음에도 당시 X로부터 지급받기로 한 양도대금이 이 사건 부동산에 관한 매매계약서에 기재된 금액에 불과하다는 취지의 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

라. 10년의 부과제척기간이 적용되는지에 관한 판단

1) 관련 법리

가) 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있으나(제3호), ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ’부정행위‘라 한다)로써 국세를 포탈하거나 환급 · 공제받은 경우’에는 그 부과제척기간을 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 연장하고 있다(제1호). 위 조항의 내용과 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청은 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데 있다.

나) 구 국세기본법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것) 제12조2에 의하면, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 말하는 ‘부정행위’란 구 조세범처벌법 제3조 제6항에 규정된 ‘조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위’로서 각 호에서 정하는 행위(제4호 : ‘재산의 은닉, 소득 · 수익 · 행위 · 거래의 조작 또는 은폐’, 제7호 : ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위’)를 의미한다. 즉 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 부정행위는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7767 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위에서 본 사실과 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 양도소득세의 부과제척기간은 10년이다. 따라서 이 사건 처분이 부과제척기간을 도과하여 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

가) 앞서 본 바와 같이 원고는 20XX. X. 경 이 사건 부동산과 함께 이 사건 병원의 영업권을 양도하고 그 대가도 이미 정한 것으로 보인다. 그럼에도 원고는 실질적으로 하나의 거래인 이 사건 부동산과 영업권의 양도를 이 사건 매매계약서와 이 사건 각서로 나누어 작성하고, 양도소득세 신고 시에는 이 사건 매매계약서만 제출하면서 이 사건 각서를 은닉하였다. 이로써 원고에게 귀속된 양도소득 금액이 이 사건 매매계약서에 기재된 금액에 불과한 것처럼 양도소득세를 신고 · 납부한 원고의 행위는 전체 거래가액을 축소하기 위한 ‘재산의 은닉, 소득 · 수익 · 행위 · 거래의 조작 또는 은폐’에 해당한다. 따라서 원고가 이를 기초로 양도소득세를 신고 · 납부한 것은 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급, 공제받는 경우’에 해당한다.

나) 원고는 20XX. X. XX. 종합소득세를 신고하면서 사후적으로 작성된 영업권 양수도계약서만을 제출하고, 이 사건 각서의 존재를 숨긴 채 마치 이 사건 부동산과 이 사건 영업권이 별도로 양도된 것처럼 꾸며 X원을 기타소득으로 하여 종합소득세 및 지방소득세를 신고·납부하였다. 또한 원고는 20XX. X. XX. 부터 20XX. X. XX. 까지 X로부터 생활비 등의 명목으로 지급받은 X원에 대하여는 아무런 과세신고를 하지 않았다.

다) 원고는 조세범칙혐의자 심문 당시 ‘이 사건 부동산에 관한 원고 명의의 근저당권 설정가액 X원을 지급받기로 약속하는 문서를 별도로 작성하였는지’에 관한 질문에 ‘없었다. 근저당권만 믿고 진행했다’는 취지로 답변하며 이 사건 각서의 존재를 숨겼다. 원고는 세무조사가 종결 된 후 이의신청 과정에서야 처음으로 피고에게 이 사건 각서를 제출하였다.

라) 원고는 20XX. X. XX. 양도소득세 예정신고 당시 세무대리인 X 세무사에게 이 사건 각서의 존재를 알리거나 제공하지 않았다. 이와 같이 세무대리인에게 이 사건 각서를 제공하지 않은 이상 세무대리인이 알아서 신고하였다는 취지의 원고 주장은 받아들이기 어렵고, 오히려 조세를 포탈하려는 납세의무자 본인인 원고의 적극적인 행위가 있었다고 봄이 타당하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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