1. 처분개요

가. 청구법인 등 6개 법인과 2명의 개인은 2017.6.16. 주식회사 A 공장부지 부산광역시 OOO(총 면적 OOO㎥, 공장용지, 이하 “A부지”라 한다)를 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)으로부터 공동으로 매입하는 매매계약을 체결하였고, 위 A부지를 분할한 후 변경계약을 거쳐 최종적으로 2017년 10월경까지 총 62명(개인 42명, 법인 20개, 이하 “토지소유자들”이라 한다)이 A부지를 취득하였다.

나. 토지소유자들 중 청구법인은 조선기자재 등 선박부품 제조 및 판매, 선박건조 및 수리를 주된 사업으로 하는 법인으로 2017.10.31. A부지 중 부산광역시 OOO(총 면적 16,884㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인의 대표이사와 함께 매수하여 2분의 1 지분을 OOO원에 취득하였고, 이후 2021.3.18. 쟁점토지의 2분의 1 지분을 주식회사 B에게 OOO원에 양도한 후, 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 2021사업연도 법인세를 신고하였다.

다. 처분청은 청구법인의 법인세 신고 내용을 검토한 후, 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 2024.12.4. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 쟁점토지는 「법인세법」제27조 제1호에서 규정하는 업무무관 자산에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 같은 법 제55조의2에서 규정하는 비사업용 토지에도 해당하지 않으므로, 이 건 처분은 모두 취소되어야 한다.

 (1) 쟁점토지는 행정청이 행정작용의 일환으로 사전협상형 도시계획의 수립을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인‧허가를 일절 해주지 않아(일률적으로 통제하고 있어) 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 토지이므로 「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제2호 가목에서 규정하는 ‘법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산’에 해당한다.

  (가) 청구법인은 공장을 신축하여 고유사업(선박부품 제조, 선박건조 및 수리)에 직접 사용할 목적으로 쟁점토지를 취득하였고, 취득 당시 해당 지역은 준공업지역, 지목은 공장용지라 공장 건물을 신축하는데 아무런 제한이 없었다.

  일반적으로 지구단위계획 입안 중인 토지이거나 그밖에 사용에 제한이 있는 경우 필지 분할이 허가되지 않는데, 부산광역시 OOO구청이 필지 분할을 지체 없이 허가해 준 것만을 보더라도 쟁점토지를 취득할 당시, 준공업지역으로서 공장건물로 건축허가를 받는 데 아무런 제한이 없었음을 알 수 있다.

  부산광역시는 쟁점토지를 포함한 A부지를 사전협상형 도시계획으로 추진하고자, 2017년 11월 ‘OOO’을 발표하였는데, 해당 자료에 따르면 쟁점토지를 포함한 OOO 일원 및 A부지를 사전협상형 도시계획 주요 대상지로 검토하고 있었고, 사전협상형 도시계획으로 확정되지는 않은 상태였다.

  (나) 이후 OOO구청은 쟁점토지를 포함한 A부지를 사전협상형 지구단위계획(도시관리계획)의 수립을 위해 도시관리계획(지구단위계획)안 열람공고 후 관련 공부(도시계획확인원) 상 “도시관리계획 입안 중”으로 등록하여 토지 이용(건축허가)을 일률적으로 제한(규제)하였다.

  부산광역시는 쟁점토지를 포함한 대상지를 사전협상형 도시계획으로 추진하고자 2018.1.11. OOO구청에 “OOO 지역이 OOO에서 해양 관광 전략 개발지로 사전협상형 지구단위계획 검토 중임에 따라 난개발 방지에 대한 협조 요청”을 시달하였다.

  이에 따라 (i) OOO구청은 사전협상형 지구단위계획 수립시까지 건축허가를 제한하기 위해 2018.1.29. 부산광역시에 대상지 일원에 대한 건축허가 제한 제안서를 제출하여 2018.2.14. 건축허가 제한에 대한 승인을 얻은 다음, (ii) 2018.5.23. 도시관리계획(지구단위계획)안 열람공고 후 관련 공부상 “도시관리계획 입안 중”으로 등록하였다.

  OOO구청이 이러한 일련의 행위를 하게 된 이유는 사전협상형 지구단위계획(도시계획)의 수립을 위해 쟁점토지를 포함한 대상지 일원의 건축허가(토지 이용)를 일률적으로 제한하기 위함이다.

  청구법인이 2023.6.26. OOO구청에 제기한 진정민원에 대한 OOO구청의 회신에 따르면, OOO구청은 (i) 지구단위계획 수립 취지와 목적을 감안(검토)하여 대상지의 사용(개발사항)을 제한하여 지금까지 건축허가는 1건도 없었고(공장 건축허가 불가), (ii) 대상지는 “OOO” 등 상위계획에서 해양관광 거점으로 지정됨에 따라 준공업지역으로서 공장 건축허가는 불가하였다고 회신함으로써 건축허가 제한 사실을 스스로 인정하였다.

  당시 토지소유자들이 수차례 질의서, 탄원서 등을 통해 건축허가 가부에 대한 구체적인 답변과 함께 대상지를 준공업지역 용도로 사용할 수 있도록 요청하였으나, OOO구청은 대상지가 부산광역시 도시계획에서 사전협상형 지구단위계획으로 추진하도록 되어 있다는 답변만을 되풀이 할 뿐, 건축허가(토지 이용) 가부에 대한 답변을 거부하였는데, 이는 사실상 토지 이용을 금지하거나 제한한 것이다.

  (다) 관련 판례 및 심판 결정례에 비추어 보더라도 쟁점토지는 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 토지에 해당한다.

  대법원 1994.11.22. 선고 94누2503 판결은 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산”에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라도 행정청이 그 행정작용의 일환으로 도시계획의 수립 등을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인․허가를 일체 하여 주지 아니하고 있어 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우도 포함한다고 할 것이다”고 판시하였고 조세심판원 또한 이와 같은 입장(국심 98부1651, 1999.2.20.)이다.

  특히 이 건은 대법원 1995.6.13. 선고 95누1026 판결과 사실관계 등이 매우 유사하다.

 (2) 쟁점토지는 (i) “OOO” 등 상위계획에서 해양관광 거점으로 지정되어 준공업지역으로서 공장 건축허가는 불가하였으므로 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지에 해당하고, (ii) 부산광역시 도시기본계획에 따라 사전협상형 지구단위계획으로 추진되도록 되어 있어 개별 필지만으로 개발을 할 수 없고 대상지 전체를 토지주들이 공동으로 개발해야 하는 토지이므로 「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제2호 가목에서 규정하고 있는 ‘법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산’에 해당한다.

  (가) OOO구청이 작성한 건축허가 제한구역 지정 요청을 위한 검토보고서에 따르면, (i) 대상지는 현재 준공업지역으로 건축행위가 가능하여 공장, 위험물처리시설 등 허가 신청 시 주변경관 부조화 및 환경 악영향 등 난개발 우려가 있으므로, (ii) 대상지 일원의 체계적 개발계획 수립 및 난개발 방지를 위한 지구단위계획 수립 등 관련계획 수립시까지 건축허가를 제한하는 것으로 되어 있어, 쟁점토지를 포함한 대상지는 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지임을 알 수 있다.

  (나) 쟁점토지는 사전협상형 지구단위계획으로 추진되도록 되어 있어 개별 필지만으로 개발을 할 수 없는 토지이다.

  사전협상형 도시계획(지구단위계획)으로 추진되면, 해당 구역 전체가 민간과 공공이 정해진 원칙과 기준에 따라 협상을 통해 개발계획이 수립되게 되므로 적어도 일괄 협상이 결정될 때까지는 개별 필지별로 개발이 불가능하여 그 기간에는 토지주에게 개별적으로 건축 인허가를 제한하거나 불허하게 된다.

  이 건의 경우에도 OOO구청은 부산광역시의 승인을 얻어 사전협상형 지구단위계획이 수립될 때까지 개별 건축허가(개별 개발사항)를 일률적으로 제한하였고, 현재까지 건축허가는 단 1건도 없었다.

 (3) 쟁점토지는 「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제2호 다목에서 규정하고 있는 「건축법」제18조 및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지이다.

「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제2호 다목은 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 신청한 법인이 「건축법」제18조 및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지를 업무무관 자산에서 제외하도록 규정하고 있다. 여기서 “행정지도”란 행정기관이 그 소관 사무의 범위에서 일정한 행정목적을 실현하기 위하여 특정인에게 일정한 행위를 하거나 하지 아니하도록 지도, 권고, 조언 등을 하는 행정작용을 말한다.

 청구법인을 포함한 토지소유자들은 OOO구청에 서면으로 공장 건축허가에 대한 질의를 수차례 제출(2018.5.23. 서면 질의서, 2018.5.29. 서면 요청서, 2018.6.7. 서면 의견서, 2019.9.19. 탄원서)하였으므로 사실상 서면질의 방법으로 건축허가를 신청한 것이다.

 그런데 OOO구청은 부산시가 추진하고자 하는 사전협상형 도시계획(지구단위계획)을 추진하기 위해 청구법인을 포함한 토지소유자들을 대상으로, (i) 지구단위계획구역 지정을 위한 절차가 진행 중에 있으므로 토지의 효율적인 개발을 위하여 진행 중인 행정업무에 협조해 달라고 지도하거나, (ii) 부산시와 사전협상형 지구단위계획에 대한 원만한 협의를 통해 토지 활용 계획을 수립하는 것이 좋을 것이라는 권고 또는 조언을 하였으며, (iii) 건축허가 가능여부에 대한 명확한 서면 회신을 거부하는 등 다양한 행정지도에 의하여 건축허가를 제한(또는 거부)하였다.

 (4) 쟁점토지는 「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제30호에서 규정하는 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 토지이다.

「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제30호는 도시계획의 변경으로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산은 ‘정당한 사유’에 해당한다고 규정함으로써 ‘도시계획의 변경 등’을 정당한 사유에 해당하는 직접적인 원인으로 정의하고 있다.

 ‘도시계획의 변경 등’과 관련하여, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다) 제2조 제2호는 ‘도시계획’을 ‘도시기본계획’과 ‘도시관리계획’으로 구분하고 있고, 제4호는 도시관리계획을 가호부터 마호까지 열거하고 있는데, 마호는 ‘지구단위계획구역의 지정 또는 변경에 관한 계획과 지구단위계획’을 도시관리계획 중 하나로 정의하고 있다. 따라서 ‘지구단위계획구역의 지정 또는 변경에 관한 계획과 지구단위계획’은 ‘도시계획’에 해당한다.

 ‘정당한 사유’와 관련하여, 대법원 2002.5.10. 선고 2000두4989 판결에 따르면, 「구 법인세법 시행규칙」(1994.3.12. 재무부령 제1968호로 개정된 것) 제18조 제3항 제1호(개정 후 「법인세법 시행규칙」 제26조 제5항 제30호)에서 말하는 ‘정당한 사유'에는 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유를 포함한다고 판시하고 있다.

 또한, 과세관청의 유권해석(사전-2020-법령해석법인-99, 2020.3.25)은 “내국법인이 취득한 토지가 지구단위계획의 변경 등으로 인해 개발이 지연되고 있는 경우, 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산에 해당하는지 여부는 부동산의 취득 목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항”이라고 해석하고 있다.

 OOO구청은 2018.5.23. 쟁점토지를 포함한 대상지를 도시관리계획(지구단위계획구역)안 열람공고를 하였는데, 이는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에서 규정하고 있는 ‘도시계획의 변경 등’에 해당한다. 따라서 쟁점토지는 위 열랑 공고일인 2018.5.23.부터 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당하여 비사업용 토지로 볼 수 없다.

 (5) 쟁점토지는 「법인세법」제55조의2에서 규정하고 있는 비사업용 토지에도 해당하지 않는다.

 「법인세법」제55조의2 제1항 제3호에 따른 ‘비사업용 토지’란 토지를 소유한 기간 중 대통령령이 정하는 기간에 같은 조 제2항 각 호에서 열거하고 있는 토지를 말한다. 다만, 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

 쟁점토지는 소유기간이 3년 이상 5년 미만이고(2017.10.31.부터 2021.3.18.까지 1,235일), 해당 기간 중 지구단위계획 공고일인 2018.5.23.(부산광역시 OOO구 공고 제OOO호)부터 양도일인 2021.3.18.까지(양도일 현재에도 지구단위계획 입안 중이었음)는 비사업용 토지에 해당하지 아니하므로 비사업용 토지로 볼 수 없다.

나.처분청 의견

 (1) 쟁점토지는 법령에 따라 사용 금지 또는 제한된 토지(「법인세법 시행령」제92조의11 제1항 제1호)에 해당하지 않는다.

  (가) “법령에 따라 사용 금지 또는 제한된 토지”란 토지의 용도에 따라 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 말하며(서울고등법원 2022.5.10. 선고 2021누58419 판결 외 다수), 이때 토지의 용도에 따라 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우에 해당하는지는 토지의 본래의 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용 현황 및 본래용도의 변경 가능성 등도 아울러 고려하여 판단(대법원 2013.10.31. 선고 2011두14425 판결)하므로, 쟁점토지는 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하지 않는다.

  (나) 쟁점토지는 취득 당시 준공업지역으로 공장 건축이 가능하며, 사전협상형 지구단위계획은 토지소유자와 지방자치단체가 협의하여 진행하는 것으로 법적 강제성이 없다.

  사전협상형 지구단위계획으로 용도지역이 상향되는 경우 주거지역·상업지역으로 변경되지만, 사전협상형 지구단위계획이 무산되더라도, 당초 용도지역(준공업지역)이 녹지지역 등으로 하향되거나 당초 용도지역의 건축 가능한 건물(공장, 오피스텔 등)의 건축제한을 할 가능성은 상당히 낮은데도 청구법인은 법적인 근거 없는 막연한 추상적인 가능성을 주장하고 있다.

  또한, 도시관리계획(안) 열람공고는 주민의견을 청취하는 것으로 지구단위계획의 결정전 사전절차이며, 공장 건축을 일률적으로 금지·제한하는 효력이 생기는 것은 아니며, 열람공고에는 쟁점 토지의 사용을 제한하거나 개발을 제한하는 내용은 없는 것으로 확인된다.

  (다) 지구단위계획 결정의 효력은 지형도면을 고시한 날 발생하며, 주민의견 청취 및 도시관리계획 입안 중인 사항은 이후 의견 수렴, 수정 및 변경 절차를 거쳐 구체적 입안이 가능한 것으로 현실적인 법령 시행 또는 사업계획의 확정시기가 도래하지 아니하였다.

  또한, 지구단위계획 결정 전 이미 사업이나 공사에 착수한 경우 도시관리계획 결정과 관계없이 사업이나 공사를 계속할 수 있는데도(국토계획법 제31조 제2항), 청구법인은 질의·탄원서만 제출했을 뿐 실질적인 행정절차인 건축허가 신청을 한 사실이 없다.

  (라) 쟁점토지는 청구법인이 취득하기 전인 2011년부터 부산도시계획의 예정지였다가 A부지 매각 진행으로 2017년 1월경 사전협상 주요 검토대상지로 선정되었고,

  ‘단지 개발계획 수립 및 지구단위계획 수립’, ‘단지 전체 매각 협상’ ‘개인의 난개발 방지’ 등 토지 개발이익 목적으로 만들어진 단체인 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 창립총회회의록에는 2018.1.19. 임시이사회를 개최했다고 되어있고, 청구법인 대표자의 양도소득세 신고 첨부서류에는 2017년 12월경부터 단체 결성을 위한 준비를 했다고 되어 있는바, 질의·탄원서에 대한 답변을 받기 전부터 OOO의 결성을 준비했다는 사실은 청구법인의 토지 취득 목적이 공장건축이 아니었음을 의미한다.

  (마) A부지의 최초계약자 중 하나인 주식회사 C의 대표자 a는 A부지의 취득부터 매각까지 중개한 주식회사 D의 대표자이자 OOO의 총무이고, 창립총회회의록에 따르면 본 업무를 주도적으로 처리했다고 기재되어 있으며, OOO에 토지매각 업무 중개 및 아파트 단지 계획 등을 홍보한 것으로 보아 최초 토지 취득부터 지가상승에 따른 시세차익 목적으로 토지를 취득한 것으로 보인다.

  (바) 청구법인이 포함된 OOO 및 OOO구청의 사전협상형 지구단위계획의 의견협의 과정을 보면 공장건축이 아닌 용도변경(준공업지역→주거·상업지역)을 통한 토지 개발 목적이 있음이 확인되고, 건축허가 여부는 「건축법」, 국토계획법 등 수많은 관계법령에 따라 건축허가 신청내용에 대해 소관과의 검토를 거친 후 종합적으로 승인할 사항으로 당초부터 질의·탄원서만으로 건축 허가여부를 답변 받을 수 있는 사항은 아님에도, 수차례 질의·탄원서를 보내며 건축허가 불가 답변을 요구한 것은 오히려 비사업용 토지세율을 회피하기 위해 건축허가 불가 답변을 요구하는 형식적인 행위만 취한 것으로 보이며, 질의·탄원서 제출을 공장건축을 위한 진실한 노력이나 시도로 볼 수 없다.

  (사) 청구법인은 쟁점토지를 시세차익을 통한 재산증식의 수단으로 보유하다가 3년 만에 양도하면서 OOO원의 시세차익을 얻었다.

  쟁점토지에 대해 법령상 제한이 없었고, 토지 소유자 개개인의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경 가능성을 고려하지 않고, 형식적인 건축허가 질의·탄원서에 대한 답변을 법령상 제한이 있었던 것으로 인정하는 것은 비사업용 토지를 제재하는 규정의 입법 취지에 반한다.

 (2) 쟁점토지는 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 신청한 자가 「건축법」제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지에 해당하지 않는다(「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제1호).

 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.

「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제1호에 해당하기 위해서는 토지 취득 후 당해 사업과 관련된 인·허가 등을 신청하였으나,「건축법」제18조의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지에 해당하여야 한다. 이는 법령상 사용제한 요건 외에 인ㆍ허가 신청 및 허가제한을 요건으로 한다는 점에서 「법인세법 시행령」제92조의11 제1항 제1호와 구별된다(부산고등법원 2011.6.1. 선고 2010누3992 판결)

 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 건축허가 신청 또는 개발행위 허가 신청을 한 사실이 없으므로 위 요건을 충족하지 못하였다.

 (3) 쟁점토지는 취득 후 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당하지 않는다(「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제13호).

  (가) 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지란 토지계획의 변경 등으로 인해 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별이 사용이 제한된 토지를 의미(창원지방법원 2020.2.5. 선고 2019구단11737판결 외 다수)한다.

  나아가, ‘정당한 사유’의 유무를 판단함에 있어서는 업무에 사용할 수 없는 법령상‧사실상의 장애사유 및 장애정도, 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다했는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단해야 한다(대법원 2004.2.13. 선고 2002두11479 판결).

  (나) 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지에 해당하는지 여부는 앞에서 살펴본 바와 같고, 법령상‧사실상의 장애사유가 있다거나 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다했는지 여부를 살펴보면,

  청구법인은 적법한 절차를 거쳐 건축허가를 신청한 사실이 없고, OOO구청의 건축허가 구두 반려 주장도 사실이 아니며, 매수 전부터 사전협상형 지구단위 예정지였음을 알고 취득했다고 볼 사정이 앞서 처분청이 밝혀낸 사실들로 충분히 확인된다.

  또한, 주거‧상업지역으로 용도변경을 통해 사전협상형 지구단위계획을 진행하였다가 스스로 무산시킨 점 등을 종합적으로 고려해보면, 청구법인을 포함한 토지소유자들이 수지타산에 의해 일부러 건축허가 신청을 하지 않았음이 상당하므로, 법령상‧사실상의 장애사유가 있다거나 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다했다고 보기 어렵다.

 (4) 청구법인이 제시한 판례는 공동주택사업계획 승인을 신청한 것에 대해 행정청이 거부한 경우여서 이 건과 사실관계에 차이가 있으며, 법원 등은 단순히 개발구역 등이 지정된 사실만으로는 특별히 사용이 제한된 토지 등으로 볼 수 없고, 건축허가 신청을 하는 등 진지하고 가시적인 시도나 노력을 했어야 한다고 매우 엄격하게 법령을 해석하여 일관되게 판단하고 있다(대법원 2023.6.29. 선고 2023두34637 판결 등 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점토지는 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당되어 비사업용 토지에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 쟁점토지를 포함한 A부지는 A이 OOO 공장을 운영하고 있던 곳으로, 아래 <표1>과 같이 개발계획이 수립되었다.

<표1> 쟁점토지 인근 A 공장부지 개발계획

○○○

  (나) A부지는 청구법인을 비롯한 다수의 공동매수인이 매입하였는바, 매입경위는 다음과 같다.

   1) 2017.6.16. 쟁점토지에 대해 청구법인 등 법인 6개 및 개인 2명이 공동으로 A과 토지 매매계약(매매가액 총 OOO원)을 체결하였다.

   2) 매매계약서 특약사항 제2항에는 ‘매매대상 부동산의 개발 및 인허가시 청구법인을 비롯한 매수자의 전적인 책임과 비용으로 추진하며, 사업계획 승인 및 건축인허가 절차 지연이나 결과를 이유로 매도인에게 어떤 이의나 청구도 할 수 없다’고 기재되어 있고, 처분청은 이를 청구법인이 쟁점토지가 개발계획 예정지라는 것을 인지하고 있었다는 의견을 제시하고 있다.

   3) 이후 A부지를 분할 및 추가매수자를 모집하여 법인 및 개인 62명이 OOO㎡(OOO평)를 2017.10.31. OOO원에 매입하였고(이 중 청구법인은 쟁점토지를 약 OOO원에 매입), 토지의 매입 및 매각은 ㈜E이 중개하였으며, 처분청 제출자료에 따르면 위 법인의 대표 a는 OOO의 감사이자 A부지 최초 매수자 중 하나인 법인의 대표자고, 위 중개법인은 OOO 등을 통해 아파트부지 개발가능성을 홍보한 사실이 나타난다.

   4) A부지 토지소유자들은 2018.2.22. OOO를 창립하였는바, OOO의 설립목적은 ‘단지 개발계획 수립 및 지구단위계획 수립’, ‘단지 전체 매각 협상’ ‘개인의 난개발 방지’ 등이다.

   5) A부지를 매수한 토지소유자들은 2021.3.18. 주식회사 B에 약 OOO원(이중 청구법인이 보유한 쟁점토지는 약 OOO원)에 양도하였고, OOO는 2021.5.20. 폐업신고 하였다.

  (다) 청구법인은 쟁점토지를 공장용지로 사용하기 위해 매입한 것이라고 주장하며 2017.5.22. 개최된 이사회 회의록, 품의서 등을 제출하였다.

  (라) 부산광역시 OOO구청장은 2018.5.23. 국토계획법 제28조 등에 따라 쟁점토지를 포함한 부산광역시 OOO 일원에 대해 도시관리계획(지구단위계획구역)안 열람공고(부산광역시OOO구 공고 제OOO호)를 하였다.

  (마) A부지 토지소유자들과 관할 지방자치단체의 일자별 질의ㆍ답변 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 토지소유자들과 관할 지방자치단체의 질의ㆍ답변 내역

○○○

  (바) OOO구청과 부산광역시의 내부 공문에 따르면, 부산광역시는 2018.1.11. OOO구청에 A부지의 난개발 방지 협조 요청을 하였고, OOO구청은 2018.1.29. A부지에 대해 ‘건축허가 제한 제안서’를 제출하였으며, 부산광역시는 2018.2.14. OOO구청에 해당지역의 체계적 개발이 될 수 있도록 적의조치하여 달라는 취지의 회신을 한바, 청구법인은 이를 근거로 건축허가가 제한된 것으로 볼 수 있다는 취지로 주장하고, 처분청은 행정청 내부의 검토자료일 뿐 건축허가가 제한되었다는 근거로 볼 수 없다는 의견이다.

  (사) 부산지방국세청장은 쟁점토지의 관할 지방자치단체인 OOO구청 도시정비과 및 건축과에 건축제한 여부에 대해 문의하였는데, OOO구청 건축과장은 2021.8.24. ‘건축허가를 제한한 사실이 없음’으로, OOO구청 도시정비과장은 2021.8.26. ‘건축 허가 제한 등 행정지도한 사항 없음’으로 회신하였음이 나타난다.

  (아) 청구법인은 2023.6.26., 2023.7.28. OOO구청에 진정민원을 제출하여 건축허가가 불가했던 사유 및 근거 법령 등을 문의하였고, OOO구청은 2차례에 걸쳐 ‘토지소유자들이 수차례에 걸쳐 방문, 진정서, 탄원서 제출 등을 통하여 준공업지역 용도로 토지를 사용할 수 있도록 요청하였으나 상위계획에서 해양관광 거점으로 지정되어 공장 건축허가는 불허하였다’는 취지로 회신한바, 청구법인은 이를 근거로 OOO구청이 건축허가를 제한하였다는 것을 인정한 것이라고 주장하고, 처분청은 약 5년여의 시간이 지난 후의 답변이므로 인정할 수 없다는 의견이다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 「법인세법」제27조 제1호에서 규정하는 업무무관 자산에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 같은 법 제55조의2에서 규정하는 비사업용 토지에도 해당하지 않는고 주장하나,

 부산광역시 OOO구청장이 2018.5.23. ‘A 폐업으로 대규모 유휴토지가 발생되어 효율적 개발과 도시기능의 재배치 및 정비로 토지의 활용 잠재력을 높이기 위해 지구단위계획구역으로 지정’하기 위하여 고시한 도시관리계획(지구단위계획구역)안 입안에 관한 주민 의견 청취 공고는 쟁점토지 본래의 용도인 공장용지에 대한 사용을 금지 또는 제한한 것으로 보기 어려운 점, 쟁점토지와 관련하여 관할관청에 건축허가 가능여부를 단순히 질의한 것은 「건축법」에 따른 건축 인․허가 신고 및 신청을 한 것으로 볼 수 없고, 청구법인이 적법한 절차를 거쳐 인․허가 신고 및 신청을 한 사실은 확인되지 않는 점, 쟁점토지가 소재한 부산광역시 OOO 일원은 청구법인이 쟁점토지를 매수하기 이전부터 개발계획이 있었던 것으로 확인되고, 청구법인 및 토지 공동매수자들이 결성한 OOO의 설립목적은 ‘단지 개발계획 수립 및 지구단위계획 수립’, ‘단지 전체 매각 협상’, ‘개인의 난개발 방지’인 점 등을 감안하면 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 새로운 사정변경이 발생하였다고 보기 어렵고, 청구법인이 정당한 사유로 쟁점토지를 사업에 사용하지 않았다고 보기도 어려운 점, 관할 지방자치단체인 OOO구청은 청구법인이 2023.6.26., 2023.7.28. 제출한 진정민원에 대해서는 A부지에서 공장 건축허가가 불가하였다고 답변하는 등 사실상 건축허가 사실을 인정하는 취지의 답변을 한 것이 인정되기는 하나, 이는 청구법인이 2017.10.31. 쟁점토지를 매수한 이후 오랜 기간이 지난 후의 답변이고, 부산지방국세청장이 2021.8.24. 발송한 건축허가 제한 여부 사실확인 요청에 대해서는 제한한 사실이 없다고 답변한바, 이를 근거로 OOO구청이 건축허가를 제한하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

 (1) 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정된 것)

 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

 (2) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 것)

 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.

 1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

  가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

 3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

 (3) 법인세법 시행규칙(2021.3.16. 기획재정부령 제844호로 개정된 것)

 제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ⑤ 영 제49조 제1항제1호 각 목 외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

 2. 해당 부동산의 취득 후 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)

  가. 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)

  다. 유예기간이 경과되기 전에 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ면허 등을 신청한 법인이 「건축법」제18조 및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지(건축허가가 제한된 기간에 한정한다)

 30. 당해 부동산의 취득후 제2호부터 제29호까지의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산

 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

 (4) 건축법

 제18조(건축허가 제한 등) ① 국토교통부장관은 국토관리를 위하여 특히 필요하다고 인정하거나 주무부장관이 국방, 문화재보존, 환경보전 또는 국민경제를 위하여 특히 필요하다고 인정하여 요청하면 허가권자의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

② 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 지역계획이나 도시ㆍ군계획에 특히 필요하다고 인정하면 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

③ 국토교통부장관이나 시ㆍ도지사는 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축허가를 받은 건축물의 착공을 제한하려는 경우에는 「토지이용규제 기본법」 제8조에 따라 주민의견을 청취한 후 건축위원회의 심의를 거쳐야 한다.

④ 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한기간은 2년 이내로 한다. 다만, 1회에 한하여 1년 이내의 범위에서 제한기간을 연장할 수 있다.

 (5) 토지이용규제법

 제8조(지역ㆍ지구등의 지정 등) ① 중앙행정기관의 장이나 지방자치단체의 장이 지역ㆍ지구등을 지정(변경 및 해제를 포함한다. 이하 같다)하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 미리 주민의 의견을 들어야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하거나 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 따로 지정 절차 없이 법령이나 자치법규에 따라 지역ㆍ지구등의 범위가 직접 지정되는 경우

2. 다른 법령 또는 자치법규에 주민의 의견을 듣는 절차가 규정되어 있는 경우

3. 국방상 기밀유지가 필요한 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

 (6) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

 제28조(주민과 지방의회의의견 청취) ① 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 제25조에 따라 도시ㆍ군관리계획을 입안할 때에는 주민의 의견을 들어야 하며, 그 의견이 타당하다고 인정되면 도시ㆍ군관리계획 안에 반영하여야 한다.

 제31조(도시ㆍ군관리계획 결정의 효력) ① 도시ㆍ군관리계획 결정의 효력은 제32조 제4항에 따라 지형도면을 고시한 날부터 발생한다.

② 도시ㆍ군관리계획 결정 당시 이미 사업이나 공사에 착수한 자는 그 도시ㆍ군관리계획 결정과 관계없이 그 사업이나 공사를 계속할 수 있다. 다만, 시가화조정구역이나 수산자원보호구역의 지정에 관한 도시ㆍ군관리계획 결정이 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수에게 신고하고 그 사업이나 공사를 계속할 수 있다.

 제51조(지구단위계획구역의 지정 등) ① 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역의 전부 또는 일부에 대하여 지구단위계획구역을 지정할 수 있다.

8의3. 도시지역 내 유휴토지를 효율적으로 개발하거나 교정시설, 군사시설, 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 이전 또는 재배치하여 토지 이용을 합리화하고, 그 기능을 증진시키기 위하여 집중적으로 정비가 필요한 지역으로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 지역