1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.11.8. 설립되어 골재 및 사토 운반업 등을 영위하는 법인으로, 2019년 제2기～2020년 제2기 OOO 및 OOO(이하 두 거래처를 합하여 “쟁점거래처들”이라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

나. OO세무서장과 OO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 각각 쟁점거래처들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점거래처들이 청구법인을 포함한 매출처에 위장·가공세금계산서를 교부한 것으로 조사하여 처분청에 관련 자료를 통보하였고, 처분청은 이 자료 등을 근거로 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2025.2.18. 청구법인에게 부가가치세 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원 및 2020년 제2기분 OOO원 합계 OOO원, 법인세 2019사업연도분 OOO원 및 2020사업연도분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO의 대표인 A는 2018년 12월경에 선배인 B 소장의 소개로 알게 되었고, 운송단가와 운송 일정 등을 상의하고 사토 및 골재의 공급과 운반용역을 제공받았으며, 청구법인은 작업이 잘되고 있는지 관리하였다.

  OOO A의 거래사실 확인서, 항공촬영 사진을 보면, 실지 거래가 있었음을 확인할 수 있고, 대금결제는 OOO(A)의 확인서 결제일에 전액 대금 결재를 하였으며, 결제 내역은 7건 OOO원, 부가가치세 OOO원 합계 OOO원이다.

  OOO 대표 C가 골재·마사·잡석 등의 구매 및 운송, 불량토의 처리를 제안하여 거래를 하게 된 것이고, 이러한 사실이 거래사실 확인서의 상세 내역에 나타나며, 항공사진도 있어 실지거래 사실을 확인할 수 있으며, 대금결제는 확인서의 결제일에 전액 대금결제를 한 것으로 결제 내역은 13건 OOO원, 부가가치세 OOO원 합계 OOO원이다.

 (2) 처분청은 OOO(A)이 사업자등록증을 명의대여하고, 청구법인과 한 거래를 모른다고 진술하여 이 건을 위장거래로 보았으나, 이 건은 실지거래를 한 건이고, 대금도 모두 정상적으로 지급하였으며, 거래당시에는 쟁점거래처들의 명의대여 등을 청구법인은 전혀 알지 못한 상태로 쟁점거래처들의 사업자등록과 거래처 대표의 명의를 확인하는 등 신의성실의 원칙에 따라 거래하였다.

  또한, 청구법인은 영세한 소규모 법인으로 4～5년 전의 거래 사실을 소명하였으나 보관 중인 증빙이 없어 소명이 부족한 것이고, 입고나 출고시 구체적인 내용은 경리직원이 관리하였으나 지금은 퇴사한 상태이다. 반면에 세금계산서 항목에 사토나 골재를 얼마나 운송하였는지 자세히 기록하였으며, 청구법인 입장에서 정확히 적어놔야 할 것 같아 거래처에 요구한 것이다.

 (3) 청구법인은 부가가치세액까지 다주고 거래를 하였으나 다시 부가가치세를 추징한다고 하니 이는 억울하고, 쟁점거래처들이 거래대금을 어디에 사용하였는지 청구법인 입장에서는 알 수 없으나 청구법인은 당시 사토나 골재를 정상적으로 매입하였고, 또 다른 매출처에 정상적으로 공급하였으므로, 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 쟁점거래처들에게 실제로 물품대금을 지급하고 세금계산서를 발급받았으므로 이를 허위의 세금계산서로 볼 수 없다고 주장하나, 조사청의 조사결과 쟁점거래처들은 청구법인에게 사실상 재화나 용역을 공급한 사실이 없었고, 쟁점거래처들의 사업자들도 청구법인의 대표자나 직원에 대해 모르고 있었으며, 청구법인은 진술서에 기재된 것과 같이 쟁점거래처들과 직접적인 거래가 아닌 신원불명의 현장소장과 거래한 것으로 나타나고 있다.

 (2) 청구법인이 물량을 공급한 주체는 매입, 운송 및 단가 등 거래전반에 대한 의사결정권이 있는 신원불명의 현장관리자 또는 제3자에 해당하므로 쟁점거래처들로부터 발급받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이고, 쟁점거래처들은 청구법인과 직접적인 대면을 한 사실이나 정황이 확인되지 않으며, 청구법인은 쟁점거래처들과 관계가 불분명한 현장관리자와 단가, 운송일정 등을 상의하고 거래를 진행하였다.

  또한, 2019년 제2기부터 2020년 제2기까지 1년이 넘는 기간동안 OOO원의 고액의 거래를 쟁점거래처들의 사업자나 소속 직원과 거래를 하지 않은 것을 청구법인이 주의의무를 다하였다고 보기 어렵고, 오히려 청구법인은 실제로 확인되지 않은 다른 공급자로부터 물량을 공급받았음에도 불구하고, 쟁점거래처들을 통하여 정상적인 거래가 이루어진 것처럼 위장하여 부가가치세를 신고하였으며, 이는 전형적인 자료상 거래 형태에 해당하므로, 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

 (1) 국세기본법

  제47조의3[과소신고ㆍ초과환급신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액 등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

 나. 과소신고납부세액 등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

 (2) 부가가체세법

  제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

  제60조[가산세] ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급 받은 경우 : 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 쟁점매입처들로부터 <표1> 및 <표2>와 같이 2019년 제2기부터 2020년 제2기까지 총 20건, 공급가액 1,080,842,704원의 세금계산서를 발급받았다.

<표1> OOO로부터 수취한 세금계산서

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<표2> OOO로부터 세금계산서 수취내역

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 (2) OOO(A)은 건설하도급업을 주업으로 하는 개인사업자로 이 건 거래에 대해서 2021년 9월 OO세무서장의 세무조사를 받았고, 조사 결과 거짓세금계산서 발급사실(이 건 거래 포함)이 확인되어 수사기관에 고발된 업체이며, A는 아래와 같이 조사 당시 청구법인이나 청구법인의 대표자, 청구법인의 사업내용, 세금계산서 발급 행위 등에 대해서 일체 모른다고 진술한 사실이 있다.

<A 심문조서 중 청구법인 관련 내용 발췌>

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 (3) OOO(대표 C)은 건설하도급업을 주업으로 하는 개인사업자로 이 건 거래에 대해서 2021년 7월 OO세무서장의 세무조사를 받은 업체이고, C는 조사당시 연락두절로 직접적인 문답 등은 불가한 상태였으나, 당시 조사청은 OOOO건설의 사업장 운영에 필요한 유류비, 운송비, 인건비 등 매입자료가 매출 대비 1%에 불과한 점, 청구법인으로부터 거래대금이 입금되는 즉시 전액을 현금 출금 및 신원불상자에게 대체한 점 등으로 보아 거짓세금계산서로 판단하여 수사기관에 고발하였다.

 (4) 청구법인의 대표자가 처분청에 출석하여 진술한 내용 중 일부는 아래와 같고, 골재 채취장은 한정되어 있어 무자료로 거래할 수밖에 없고, OOO에서 세금계산서를 발행해준다고 하여 거래를 하였으며, 단가 조정이나 운송 일정은 현장 관리자와 하였다는 내용이 나타난다.

<청구법인의 대표자 진술 내용 중 일부>

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 (5) 청구법인은 이 건 거래가 실거래라고 주장하며 거래사실 확인서류를 다수 제출하였고, 일부 내용은 아래와 같으며, 거래품목은 백모래 및 마사 운송이고, 공사현장 및 공사시간, 공사현장 사진이 첨부되어 있다.

<거래사실 확인서>

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 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처들로부터 실제 용역을 공급받고 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 매입세액불공제는 부당하고, 청구법인은 쟁점거래처들의 명의위장을 알 수 없었는바 선의의 거래당사자로 보아야 한다는 주장이나, 조사청의 조사결과 쟁점거래처들은 청구법인에게 사실상 재화나 용역을 공급한 사실이 없었고, 쟁점거래처들의 대표자들도 청구법인의 대표자나 직원에 대해 모르고 있었으며, 청구법인의 대표자는 쟁점거래처들과 관계가 불분명한 현장관리자와 단가, 운송일정 등을 상의하고 거래를 진행한 것으로 진술한 점, 청구법인의 대표자는 진술서에서 당시 현장에서 세금계산서는 OOO에서 발행해 준다고 하여 이 건 거래를 하였다고 하는 등 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취할 당시부터 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이는 점, 2019년 제2기부터 2020년 제2기까지 1년이 넘는 기간동안 OOO원의 고액 거래를 하였음에도 쟁점거래처들의 사업자나 소속 직원을 확인하지 않은 것을 청구법인이 주의의무를 다하였다고 볼 수도 없는 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.