주 문
OO세무서장이 2024.12.20. 청구인에게 한 2019.12.31. 증여분 증여세 외 4건 증여세 합계 OOO원<별지1 참조>의 부과처분은 A가 학교기업 ㈜B에 실제 근로를 제공하고 대가를 수령하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구법인은 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따라 C대학교의 산학협력과 연구 및 사업 촉진을 위해 2004.4.9. C대학교로부터 OOO원을 출연받아 설립된 비영리법인으로, 2019년부터 2023년까지 C대학교의 시간강사로 임용된 D 외 4명(이하 “쟁점인원”이라 한다)의 근로소득세를 원천징수하여 납부하였다.
나. 처분청은 청구법인이 출연자(C대학교)의 특수관계인을 임직원으로 채용한 것을 확인하고, 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제48조 제8항 및 제78조 제6항에 따라 쟁점인원에게 지급한 급여 전액을 가산세 부과대상으로 보아, 2024.12.20. 청구법인에게 <별지1>과 같이 2019.12.31. 증여분 증여세 외 4건 증여세 합계 OOO원을 결정‧고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 쟁점인원을 청구법인의 임직원으로 채용한 사실이 없다.
(가) 쟁점인원은 청구법인이 아닌 개별사업단(지식재산 전문학위과정 사업단 등)에서 근로계약을 체결하고 아래 <표1>과 같이 채용한 것이다.
<표1> 쟁점인원의 사용자
○○○
1) 청구법인은 근로자를 채용하는 경우 청구법인을 사용자로 하여 청구법인의 취업규칙(제7조 및 제8조)에 따라 근로계약서를 체결하는 반면, 각 사업단에서 근로자를 채용하는 경우에는 청구법인의 취업규칙과 관계없이 각 사업단장을 사용자로 하여 근로계약서를 체결한다.
2) 따라서, 청구법인은 쟁점인원과 근로계약을 체결한 바가 없으므로, 쟁점인원과 고용관계에 있지 않는바, 쟁점인원은 상증세법 제48조 제8항에서 규정하고 있는 청구법인의 임직원에 해당하지 않는다.
(나) 쟁점인원은 각 사업단에서 그 목적에 따라 개별적으로 채용한 것이고, 각 사업단은 학술‧문화 등 공익목적을 위하여 정부, 지방자치단체 등이 자금을 지원하고, 대학 총장이 임명하는 사업단장이 그 목적을 실현하기 위하여 한시적으로 조직을 구성하여 연구활동 등을 추진하는 임시조직으로, 청구법인의 조직도에도 포함되어 있지 않다.
(다) 청구법인의 근로자는 청구법인의 취업규칙(제59조)에 따라 만 60세를 정년으로 하나, 쟁점인원은 근로계약서에 기재된 바와 같이 사업단의 사업기간이 종료됨과 동시에 근로계약이 종료되며, 계약기간 중이라도 직제가 폐지되거나 연구과제가 중단되는 경우 근로계약은 합의 해지된 것으로 본다고 명시되어 있다.
청구법인의 근로자는 청구법인의 취업규칙에 따라 휴직 및 복직이 가능하고, 소속 실장 또는 팀장 등이 출퇴근, 휴가 등 근태를 관리하고 있으나, 쟁점인원은 청구법인의 근로자가 아니므로 청구법인의 취업규칙을 적용할 수 없고, 청구법인은 쟁점인원의 근무시간, 근무장소 및 휴가 등 근태를 확인할 수 있는 지위에 있지 않다.
<표2> 청구법인 근로자와 사업단 근로자의 복무관리 비교
○○○
(라) 쟁점인원에 대한 급여는 청구법인의 재원으로 지급하는 것이 아니라 개별 사업연구비에서 지급하였고, 4대보험 회사부담금 및 퇴직적립금 또한 개별 사업연구비에서 지출하였다.
각 사업단은 특수목적을 위한 임시조직으로, ‘사회맞춤형 산학협력 선도대학 육성사업 운영규정(교육부 훈령)’상 사업비 집행을 직접 할 수 없기 때문에 청구법인은 쟁점인원에 대하여 각 사업단에서 전달받은 인건비를 관리차원에서 집행하고 근로소득세 원천징수분을 대신 신고‧납부한 것이다.
(마) 쟁점인원 중 A는 학교기업 ㈜B와 근로계약을 체결하였으나, 학교기업 ㈜B는 사업비를 구하지 못하는 등의 이유로 사업을 추진하지 못하여 A는 학교기업 ㈜B에 근로를 제공한 바가 없다.
A는 학교기업 ㈜B에서 근로를 제공하지 않았고 급여를 수령하지도 않았으나, 근로계약이 체결되어 있어서 청구법인이 미지급 급여(OOO원)에 대하여 근로소득세를 신고하였으나, 2025.6.25. 2019년∼2023년 귀속 근로소득세에 대한 원천징수이행상황신고서를 수정 제출하였고, 2025.7.4. A의 근로소득지급명세서를 수정 제출하였다.
(2) 청구법인은 각 사업단에서 추진하는 개별사업과 관련이 없다.
(가) D은 C대학교와 특허청이 약정한 “지식재산 전문학위과정 사업단”에 고용된 것으로, 청구법인은 위 사업의 당사자가 아니며, D의 고용인도 아니다.
(나) E, F은 C대학교와 한국재단이사장이 약정한 “사회맞춤형 산학협력 선도대학(LINC+) 육성사업단”에 고용된 것으로, 청구법인은 위 사업의 당사자가 아니며, E과 F의 고용인도 아니다.
(다) G은 C대학교와 서울특별시 등이 약정한 “캠퍼스타운 대학제안사업 사업단”에 고용된 것으로, 청구법인은 위 사업의 당사자가 아니며, G의 고용인도 아니다.
(라) A는 관련 사업이 진행되지 못하여 기관과의 협약서가 없다.
(3) 처분청 의견을 반박하면 다음과 같다.
(가) 처분청은 청구법인이 당초 납세자 해명자료 등에서 쟁점인원과 근로계약을 체결하였다고 답변하였으므로 청구법인이 쟁점인원을 고용한 사실을 인정하였다는 의견이나, 이는 청구법인이 쟁점인원에 대한 근로계약서 및 취업규칙 등을 고려하지 않고 답변한 것이다.
(나) 처분청은 개별사업단에서 수행하는 연구는 청구법인이 수행하는 사업이라는 의견이나, 청구법인은 개별사업단에서 수행하는 연구 과제와 관련한 인력 채용, 예산 편성, 연구 활동 등과 직접적인 관련이 없다.
청구법인은 정관 제4조(업무)에 따라 계약의 체결 및 이행, 예산‧회계의 관리 등을 지원하고 있을 뿐이며, 해당 과제는 자금을 지원하는 기관과 협약에 따라 개별사업단에서 수행하는 것이다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점인원은 청구법인에서 고용한 임직원이다.
(가) 청구법인이 제출한 해명자료에 따르면, 청구법인은 쟁점인원이 청구법인과 근로계약을 체결하고 근무하였다는 사실을 인정하고 있다.
처분청은 2024년 9월 청구법인에 청구법인과 C대학교에 중복으로 근무하고 있는 직원들에 대한 해명안내문을 발송하였고, 청구법인은 쟁점인원이 청구법인에서 근무하는 직원이 맞다고 유선상으로 답변하였으며, 청구법인은 2019년부터 2023년까지 쟁점인원의 근로소득세를 원천징수하여 원천징수이행상황신고서를 제출하고 근로소득세 원천징수분을 납부하고 근로소득지급명세서를 제출하였다.
청구법인은 소명 당시 근로계약서 및 청구법인의 취업규칙을 고려하지 않고 답변한 것이라고 주장하나, 납세자 해명자료는 일반적으로 법인 내부적으로 사실관계 확인 후 검토하여 제출하는 것인바, 처분청은 납세자로부터 제출받은 해명자료에 대해 신뢰성을 바탕으로 검토하였다.
(나) 청구법인은 정관 제4조(업무) 제1호의 “산학협력 계약의 체결 및 이행”, 제2호의 “산학협력사업과 관련한 예산·회계의 관리”에 따라 청구법인의 지출결의로 쟁점인원의 급여를 지급하고 있다.
따라서, 청구법인은 산학협력 계약의 체결뿐만 아니라 이행까지 수행하는 것이며, 정관 제9조(기구 및 자격)는 관련 사업을 수행하기 위해 산하에 여러 조직을 둘 수 있다고 명시하고 있다.
(2) 각 사업단의 사업 또한 청구법인에서 수행하는 산학협력과 연구를 위한 사업이다.
(가) 각 사업단의 사업은 청구법인에서 진행하는 산학협력과 관련된 사업으로, 청구법인의 연혁에서 해당 사업들을 청구법인의 사업으로 소개하고 있다.
(나) 특히, 청구법인의 인터넷 홈페이지에서 “사회맞춤형 산학협력 선도대학 육성사업단”은 청구법인의 연구기관 중 대형국책사업으로 분류하고 있는바, 정관 제9조(기구 및 자격)에서 산학협력단에 관련 사업을 수행하기 위해 필요한 팀, 센터를 둘 수 있다고 규정하고 있는 것을 볼 때, 이러한 각 사업단은 산학협력 사업을 위한 청구법인 소속의 기구로 보아야 한다.
(다) 따라서, 쟁점인원은 청구법인에서 고용한 임직원이므로, 상증세법 제48조 제8항에서 규정하고 있는 “출연자의 특수관계인을 청구법인의 임직원으로 고용한 것”에 해당하므로, 같은 법 제78조 제6항에 따른 가산세 부과한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
공익법인인 청구법인이 출연자의 특수관계인을 임직원으로 채용한 것으로 보아 상증세법 제78조 제6항에 따른 가산세를 부과한 처분의 당부
나. 관련 법령 : <별지2> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.
(가) 청구법인의 조직도, 정관 및 취업규칙의 주요내용은 아래 <표3>∼<표5>와 같다.
<표3> 청구법인의 조직도
○○○
<표4> 청구법인의 정관(주요내용 발췌)
○○○
<표5> 청구법인의 취업규칙(주요내용 발췌)
○○○
(나) 청구법인은 근로계약서 및 급여 지출결의서 등의 증빙을 다음과 같이 제출하였다.
1) 청구법인의 근로계약서와 개별사업단의 근로계약서를 예시로 들면, 아래 <표6> 및 <표7>과 같다.
<표6> 청구법인의 근로계약서(주요내용 발췌)
○○○
<표7> 개별사업단의 근로계약서(주요내용 발췌)
○○○
2) 쟁점인원의 근로계약서 중 계약기간과 급여재원에 관한 부분은 각 아래 <표8> 및 <표9>와 같다.
<표8> 쟁점인원 근로계약서(계약기간에 관한 부분 발췌)
○○○
<표9> 쟁점인원 근로계약서(급여재원에 관한 부분 발췌)
○○○
3) 급여 지출결의서는 아래 <표10>과 같다.
<표10> 급여 지출결의서
○○○
(다) 청구법인이 제출한 “사회맞춤형 산학협력 선도대학 육성사업 운영규정” 중 사업비 집행에 관한 부분은 아래 <표11>과 같다.
<표11> 사회맞춤형 산학협력 선도대학 육성사업 운영규정(사업비 집행에 관한 부분 발췌)
○○○
(라) 청구법인은 쟁점인원과 관련하여 다음과 같은 증빙을 제출하였다.
1) A가 작성한 확인서는 아래 <표12>와 같다.
<표12> 확인서(A)
○○○
2) D은 C대학교와 특허청이 약정한 “지식재산 전문학위과정 사업단”에 고용된 것으로 청구법인은 위 사업의 당사자가 아니고, D의 고용인이 아니라고 주장하면서, 아래 <표13> 및 <표14>의 업무협력 약정서(C대학교, 특허청) 및 근로계약서를 각 제출하였다.
<표13> 업무협력 약정서(주요내용 발췌)
○○○
<표14> 근로계약서(D)
○○○
3) E, F은 C대학교와 한국재단이사장이 약정한 “사회맞춤형 산학협력 선도대학(LINC+) 육성사업단”에 고용된 것으로, 청구법인은 위 사업의 당사자가 아니며, E과 F의 고용인도 아니라고 주장하면서, 아래 <표15>∼<표17>의 협약서 및 근로계약서를 제출하였다.
<표15> 협약서(주요내용 발췌)
○○○
<표16> 근로계약서(E)
○○○
<표17> 근로계약서(F)
○○○
4) G은 C대학교와 서울특별시 등이 약정한 “캠퍼스타운 대학제안사업 사업단”에 고용된 것으로, 청구법인은 위 사업의 당사자가 아니며, G의 고용인도 아니라고 주장하면서, 아래 <표18> 및 <표19>의 “캠퍼스타운 대학제안사업 실시협약서” 및 근로계약서를 각 제출하였다.
<표18> 캠퍼스타운 대학제안사업 실시협약서(주요내용 발췌)
○○○
<표19> 근로계약서(G)
○○○
(마) 처분청은 다음과 같은 증빙을 제출하였다.
1) 처분청은 청구법인이 당초 소명한 해명자료에 따르면 쟁점인원이 청구법인과 근로계약을 체결하고 C대학교에서 시간강사로 근무하였음을 시인하였다는 의견을 제출하면서, 청구법인이 처분청에 제출한 해명자료를 아래 <표20>과 같이 제출하였다.
<표20> 해명자료
○○○
2) 처분청은 청구법의 연혁에서 사업단의 사업을 청구법인의 사업으로 소개하고 있다는 의견을 제출하면서, 아래 <표21>과 같이 청구법인의 연혁을 제출하였다.
<표21> 청구법인 연혁
○○○
3) 처분청은 청구법인의 인터넷 홈페이지에서 “사회맞춤형 산학협력 선도대학 육성사업단”은 청구법인의 연구기관 중 대형국책사업으로 분류하고 있다는 의견을 제출하면서, 아래 <표22>와 같이 청구법인 홈페이지 관련 화면을 캡쳐하여 제출하였다.
<표22> 청구법인 홈페이지 화면 캡쳐
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
상증세법 제48조 제8항 및 제78조 제6항은 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인의 임직원이 되는 경우에는 그 사람과 관련하여 지출된 직접경비 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 공익법인이 납부할 세액에 가산하여 부과하도록 규정하고 있다.
청구법인은 쟁점인원이 개별사업단과 근로계약을 체결하였으므로, 쟁점인원은 청구법인이 채용한 임직원으로 볼 수 없고, 쟁점인원에 게 지급한 급여는 청구법인의 재원으로 지급한 것이 아니라 개별 사업연구비에서 지급하였으므로, 쟁점인원에게 지급된 급여에 상당하는 금액의 가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 처분청이 제출한 자료 등에 따르면 개별사업단은 연구활동 등을 위하여 구성된 청구법인의 소속기구 또는 임시조직으로 보이고, 그렇다면 출연자(C대학교)의 특수관계인인 쟁점인원이 공익법인인 청구법인의 임직원이 되는 경우에 해당하는바, 쟁점인원에게 지급한 급여는 위 규정에 따른 가산세 부과대상이 되는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
다만, 청구법인은 쟁점인원 중 A는 학교기업 ㈜B와 근로계약을 체결하였으나 학교기업 ㈜B는 사업비를 구하지 못하는 등의 이유로 사업을 추진하지 못하여 A가 학교기업 ㈜B에 근로를 제공하지 않았고 급여를 수령한 사실도 없다고 주장하고 있고, 이에 대해서는 처분청의 충분한 조사가 이루어지지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어, 이 부분에 대한 사실관계를 확인할 필요가 있어 보이므로, 처분청은 A가 실제 근로를 제공하고 대가를 수령하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지1> 증여세 결정‧고지내역 등
○○○
<별지2> 관련 법령
(1) 상속세 및 증여세법
제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ⑧ 출연자 또는 그의 특수관계인이 대통령령으로 정하는 공익법인등의 현재 이사 수(현재 이사 수가 5명 미만인 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 그 공익법인등의 임직원(이사는 제외한다. 이하 같다)이 되는 경우에는 제78조 제6항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 사망 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 현재 이사 수의 5분의 1을 초과하여 이사가 된 경우로서 해당 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 개임(改任)하는 경우에는 제78조 제6항에 따른 가산세를 부과하지 아니한다.
제78조(가산세 등) ⑥ 세무서장등은 제48조 제8항에 따른 이사 수를 초과하는 이사가 있거나, 임직원이 있는 경우 그 사람과 관련하여 지출된 대통령령으로 정하는 직접경비 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.
(2) 상속세 및 증여세법 시행령
제38조(공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리) ⑩ 법 제48조 제8항에서 “출연자”란 재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 초과하여 출연한 자를 말한다.
⑪ 법 제48조 제8항에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 법인(제12조 제4호에 해당하는 공익법인을 제외한다)을 말한다.
1. 출연자와 제2조의2 제1항 제3호의 관계에 있는 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인
2. 출연자와 제2조의2 제1항 제4호의 관계에 있는 자가 재산을 출연하여 설립한 비영리법인
3. 출연자와 제2조의2 제1항 제5호 또는 제8호의 관계에 있는 비영리법인
⑩ 법 제78조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 직접경비 또는 간접경비"란 해당 이사 또는 임직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비 등[의사, 학교의 교직원(교직원 중 직원은 「사립학교법」 제29조에 따른 학교에 속하는 회계로 경비를 지급하는 직원만 해당한다), 아동복지시설의 보육사, 도서관의 사서, 박물관ㆍ미술관의 학예사, 사회복지시설의 사회복지사 자격을 가진 사람, 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제2조 제3호에 따른 연구기관의 연구원으로서 기획재정부령으로 정하는 연구원과 관련된 경비는 제외한다]을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다
(3) 국세기본법
제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(4) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률
제25조(산학협력단의 설립ㆍ운영) ① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 “산학협력단”이라 한다)을 둘 수 있다.
② 산학협력단은 법인으로 한다.
③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다.
⑤ 산학협력단이 해산하는 경우 남은 재산은 해당 학교의 설립ㆍ경영자에게 귀속한다. 이 경우 학교법인에 귀속하는 남은 재산은 「사립학교법」 제29조 제2항에 따른 교비회계에 편입한다. 다만, 제2조 제2호다목에 따른 외국교육기관의 경우 「사립학교법」 제29조 제2항에 따른 교비회계에 상응하는 회계에 편입한다.
⑥ 산학협력단의 능력, 주소, 등기, 재산목록, 이사, 해산 및 청산에 관하여는 「민법」 제34조부터 제36조까지, 제50조부터 제52조까지, 제53조, 제54조, 제55조 제1항, 제59조 제2항, 제61조, 제65조 및 제81조부터 제95조까지를 준용하며, 산학협력단의 청산인에 관하여는 같은 법 제59조 제2항, 제61조 및 제65조를 준용한다.