주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

  피고가 2023. 7. 12., 2023. 7. 13. 원고에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 13,457,316원 및 농어촌특별세 2,691,463원, 2022년 귀속 종합부동산세 8,857,082원 및 농어촌특별세 1,771,416원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 및 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2022. 6. 1. 기준으로 아래와 같이 주택 4호를 소유하였다(이하 아래 순번에 따라 ‘이 사건 제○주택’이라 한다).

< 표 생략 >

나. 원고는 구 임대주택법(2015. 8. 18. 법률 제13499호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항에 따라, 2012. 12. 7. 이 사건 제1주택에 관하여, 2013. 5. 13. 이 사건 제2주택에 관하여 각 매입임대주택으로 임대사업자 등록을 마쳤다.

 다. 피고는 이 사건 제3, 4주택에 관하여 원고에게, 2021. 11. 19. 2021년 귀속 종합부동산세 1,132,387원 및 농어촌특별세 226,477원을, 2022. 11. 20. 2022년 귀속 종합부동산세 937,441원 및 농어촌특별세 187,488원을 각 부과하였다.

 라. 한편, 서울특별시 ○○구청장은 2020. 9. 22. 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항에 따라 원고의 이 사건 제1, 2주택에 관한 임대사업자 등록을 말소하였다.

 마. 피고는, 이 사건 제1, 2주택이 임대사업자 등록 말소로 인하여 구 종합부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항의 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 제1, 2주택을 종합부동산세 과세대상에 포함하여, 2023. 7. 7. 원고에게 2021년 귀속 종합부동산세 13,457,316원 및 농어촌특별세 2,691,463원, 2022년 귀속 종합부동산세 8,857,082원 및 농어촌특별세 1,771,416원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 기재와 같다.

3. 판단

 가. 원고의 주장

   서울특별시 ○○구청에서 이 사건 제1, 2주택에 관한 임대사업자 등록을 임의로 말소하였고, 원고는 등록 말소 사실을 알지 못하였기 때문에 재등록 신청을 할 수도 없었다. 이 사건 제1, 2주택은 이 사건 처분의 과세기준일 무렵 계속 임대주택으로 사용되고 있었다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 규정 및 법리

   1) 원고가 이 사건 제1, 2주택에 관하여 임대사업자 등록을 마칠 당시 시행되던 구 임대주택법은 ‘매입임대주택’의 임대의무기간을 당해 임대주택의 임대 개시일부터 5년으로 규정하고 있었다[구 임대주택법 제16조 제1항 제4호, 구 임대주택법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제2호]. 구 임대주택법은 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다)으로 전부 개정되었다. 전부 개정된 민간임대주택법은 ‘민간매입임대주택’을 ‘임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택’이라고 정의하면서(제2조 제3호), 민간임대주택을 기업형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 ‘기업형임대주택’, 일반형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 ‘준공공임대주택’, 일반형임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 ‘단기임대주택’으로 구분하여 규율하고(제2조 제4, 5, 6호),

   ‘종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다’고 규정하였으며[부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제2항], 2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정된 민간임대주택법은 기존의 ‘단기임대주택’의 명칭을 ‘단기민간임대주택’으로 변경하여 규정하였다(제2조 제6호). 한편, 민간임대주택법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제2항은 2020. 6. 9. 삭제되었다.

   이후 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되어 같은 날 시행된 민간임대주택법은 정의 규정(제2조 제6호) 및 임대사업자 등록 구분 규정(제5조 제2항)에서 단기민간임대주택’을 삭제하고, ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다’고 규정하였으며(제6조 제5항), 종전의 임대주택법 제16조 제1항 제4호에 따른 ‘매입임대주택’은 제2조 제6호에 따른 ‘단기임대주택’으로 본다는 규정을 신설하고[부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제3항], ‘제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다’고 규정하였다[부칙(2020. 8. 18.) 제7조].

   2) 구 종합부동산세법(2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항은 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준을 ‘납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액’을 기준으로 정하도록 규정하고, 같은 조 제2항 제1호는 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 주택으로 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택‘(이하 ’합산배제 임대주택‘이라 한다)을 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항은 합산배제 임대주택에 관하여 ’민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각 호의 주택을 말한다‘고 규정하면서 제2호에서 ’민간임대주택법 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택‘으로서 일정 요건을 충족한 주택을 들고 있다.

   3) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

 다. 구체적 판단

   앞서 본 바와 같이 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항은 합산배제 임대주택의 요건으로 ‘민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자일 것’을 정하고 있고, 이는 종합부동산세 합산배제 특례를 규정한 특혜규정으로서 엄격하게 해석하여야 하는바, 위 규정에 의하면 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 마친 임대사업자의 지위를 유효하게 유지하여야 한다.

   그런데 앞서 본 관련 규정에 의하면, 이 사건 제1, 2주택은 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법 시행일인 2020. 8. 18. 이전에 임대의무기간이 경과되었고, 같은 법 부칙 제7조에 따라 같은 날짜에 임대주택의 등록이 말소된 것으로 간주되므로, 서울특별시 광진구청장이 2020. 9. 22. 원고의 이 사건 제1, 2주택에 관한 임대사업자 등록을 말소한 데에 위법이 있다고 볼 수 없다.

   따라서 이 사건 제1, 2주택은 이 사건 처분의 과세기준일인 2021. 6. 1. 및 2022. 6. 1. 기준 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없고, 원고가 위와 같은 등록 말소사실을 알지 못하였다는 것은 법령의 부지 또는 착오에 불과하여 그러한 사정만으로 원고가 민간임대주택법에 따른 임대사업자의 지위를 유지하였다고 인정하기 부족하다.

   결국 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.