1. 처분개요

가.A 주식회사(이하 “체납법인”이라 한다)는 2012.7.5. ○○광역시 ○구 OOO에서 설립되어 부동산 임대업 및 매매업을 영위하다가 현재 휴업 중이고, 청구인은 2017.7.5.∼2019.12.19. 기간 중 체납법인의 대표이사로 재직하였으며 2019사업연도(2019.1.1.∼2019.12.31.)말 현재 주주명부상 체납법인의 발행주식(75,000주) 중 88.5% 상당(66,375주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)을 보유하고 있었다.

나.OO지방국세청장은 2024.12.16. 체납법인이 아래와 같이 국세를 체납하고 체납법인의 재산으로 해당 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족하다고 보아 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 아래 각 국세의 납세의무성립일인 2019.12.31. 현재 체납법인의 과점주주인 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 2024.12.16. 청구인에게 체납법인의 각 체납세액 중 청구인의 위 지분율 88.5%에 상당하는 합계 OOO원(2019년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2019사업연도 법인세 OOO원)을 납부고지하였다.

 (1)체납법인은 2019.11.12. 수분양자인 J에게 공급가액 OOO원 상당의 재고자산(상가 30개호)을 공급하고 매출세금계산서를 발급하였다가 2019.12.31. 그 대금 일부를 받지 못하였다는 사유로 계약 해지에 따른OOO원 상당의 감액 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 발급하였는데, 부산지방국세청장은 2022년 처분청에 대한 업무감사시 쟁점수정세금계산서가 잘못 발급된 것으로 보아 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 쟁점수정세금계산서의 공급가액 OOO원을 매출세액에 가산하여 2023.3.2. 체납법인에게 2019년 제2기 부가가치세를 경정‧고지하였으나, 체납법인이 이를 납부하지 않아 2024.12.16. 현재 OOO원이 체납되었다.

 (2)쟁점법인은 2023.12.8. 쟁점수정세금계산서 발급에 따라 감액된 OOO원을 익금산입하여 2019사업연도 법인세를 수정신고하였으나 이를 납부하지 않아서, 2024.12.16. 현재 OOO원이 체납되었다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.2.20. 이의신청(이 건 납부고지 중 2019년 제2기 부가가치세에 대해서만 제기하였다)을 거쳐 2025.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  청구인은 이 건 체납세액의 납세의무성립일 현재 체납법인을 실질적으로 지배하지 않았으므로 이 건 체납세액에 대한 제2차 납세의무가 있는 과점주주에 해당하지 않는다.

 (1)출자자의 제2차 납세의무는 출자자인 과점주주가 체납법인을 실질적으로 지배한 경우에만 부담하는 것이 2020.12.22. 개정 전 제도의 취지에도 부합하다.

   헌법재판소는 ‘OOO’에 대한 결정(1997.6.26.)에서 구 「국세기본법」상 과점주주에 대한 제2차 납세의무가 과점주주의 법인 경영에 대한 사실상 지배여부 등을 고려하지 않았다는 이유로 위헌이라고 하면서 경영에 실질적인 지배력을 행사하여 법인을 조세회피의 수단으로 이용할 수 있는 지위에 있는 자, 즉 법인의 경영을 사실상 지배하는 자 또는 발행주식총액의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행하는 자로 제한하는 것이 바람직하다고 지적하였고, 해당 결정의 취지는 1998년, 2011년 및 2020년 「국세기본법」이 일부개정될 때 출자자의 제2차 납세의무에 반영되어 왔다. 결국 2020.12.22. 「국세기본법」 일부개정시 제39조 제2호 각호 외의 부분의 ‘발행주식의 100분의 50을 초과하면서’에 붙는 요건인 종전 ‘그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는’이라는 문언이 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는’으로 수정되었고, 이는 주주의 유한책임 원칙에 부합하도록 그 대상자를 보다 명확히 개선된 것이다.

   이처럼 출자자의 법인체납액에 대한 보충적 납세의무에 관한 민감한 규정을 합리적으로 개정하였다면 위 2020.12.22. 개정된 제도는 해당 개정법률의 부칙(2021.1.1. 이후 납세의무 성립분부터 적용)과 무관하게 실질과세원칙과 「국세기본법」 제18조 제1항에 따른 세법의 합목적적 해석원칙에 따라 위 개정법률의 시행일 전인 이 건에 대해서도 적용되어야 한다. 이러한 해석은 위 2020.12.22. 개정제도의 시행 전에 국세기본법 기본통칙 39-0…2에서 ‘단순히 주주명부에 등재된 사실만으로 과점주주라 할 수 없고 주주총회 참석 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있는 경우에만 과점주주로 보도록’ 규정하고 있었음을 통해 뒷받침된다 할 것이다. 결국 이를 종합하면 청구인이 이 건 체납세액의 납세의무성립일인 2019.12.31. 현재 체납법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있었는지 여부로 이 건 체납세액에 대한 제2차 납세의무장로서의 과점주주인지를 판정하여야 한다.

 (2) 2019.12.31. 현재 체납법인을 실질적으로 지배한 주체는 청구인이 아니라 E와 D이다.

 청구인은 2012.7.5. B과 50%씩 출자하고 공동대표를 맡기로 하고 체납법인을 설립한 후 ‘OOO’이라는 상가를 신축‧분양하는 사업을 개시하였고, 2016.1.21. 164개 호실의 상가 신축을 완료하면서 체납법인을 분할하고 ‘주식회사 C(이하 “C”이라 한다)’이라는 신설법인으로 하여 청구인은 체납법인의 단독 대표를, B은 신설법인의 대표를 각각 맡고 체납법인과 위 신설법인이 위 신축상가를 공동소유하였다. 청구인은 체납법인의 대표로서 2019년 상반기까지 위 상가분양을 위해 노력했으나 절반 이상이 미분양(총 164개호 중 100개호이고 이하 미분양된 100개 호실을“미분양상가”라 한다)되어 대출이자 부담이 가중되던 중 E와 D에게 미분양상가의 전부를 양도하기로 하고 2019.10.15. 이들과 미분양상가 양도양수 약정서[이하 “쟁점약정(서)”라 한다]를 작성하였고(2019.9.25. D과 체결한 양해각서는 쟁점약정의 체결로 갈음되었다) 청구인은 그 이후 체납법인의 경영에서 배제되었는바, 아래의 사실관계를 감안하면 이 건 체납세액의 납세의무성립일인 2019.12.31. 현재 체납법인을 실질적으로 지배한 주체는 2019.12.31. 전인 2019.10.15.부터 사실상 청구인으로부터 쟁점주식을 이전받아 체납법인의 주요 자산인 미분양상가의 처분, 이 건 체납세액의 원인 행위 등을 한 E와 D으로 보아야 한다.

  (가)E와 D은 미분양상가의 분양수익을 얻고자 쟁점약정의 체결일인 2019.10.15.부터 먼저 사실상 쟁점주식을 취득하고 그 주주권을 행사하였다.

    쟁점약정서의 당사자는 체납법인‧C‧B으로부터 권한을 위임받은 청구인이 양도인, E‧D이 양수인이었다. 쟁점약정의 실질적인 주도자들은 F과 G이었으나 이들은 신용불량자여서 F의 자녀인 E와 F과 사실혼 관계에 있는 D을 계약당사자로 내세우고 F‧G 본인들과 G의 지인인 H는 쟁점약정의 보증인이 되었다. 한편 쟁점약정의 양수인들은 사전에 미분양상가의 분양계획과 분양대금 회수방안 등을 수립하고 쟁점약정을 통해 체납법인을 지배‧경영하고자 한 것이다.

    쟁점약정에서 E와 D이 체납법인과 C의 각 모든 주식을 취득하기로 하였는바(제2조), 비록 E와 D 등 쟁점약정 상대방의 사정으로 명의개서가 2019.12.31.(이 건 체납세액의 납세의무성립일) 후로 미뤄졌으나 쟁점약정에 따라 E와 D이 아래 (나) 기재와 같이 체납법인과 C의 경영자로서 이들 법인의 모든 권한과 의무를 승계하기로 한 이상 청구인은 쟁점약정이 체결된 2019.10.15. 이후에는 명목상 쟁점주식의 소유자였을 뿐이므로, 결국 2019.12.31. 현재 사실상 쟁점주식의 주주권을 행사할 수 있는 주체는 E와 D으로 보아야 한다. 한편 쟁점약정 상대방의 사정으로 2020.1.13. 쟁점주식(66,375주)의 명의개서가 이루어졌는데 그 소유권은 쟁점약정의 실질적인 주도자들인 F과 G의 지인 등[F의 자녀인 E에게 3만주, G의 조카인 L에게 22,500주, D(F과 사실혼 관계)의 지인인 M에게 13,875주]에게 이전되었다.

  (나)E와 D은 쟁점약정에 따라 2019.10.15. 이후 체납법인의 주요 자산인 미분양상가를 처분하고 이 건 체납세액의 원인행위인 쟁점수정세금계산서를 발급하였다.

    쟁점약정에서 ㉠E와 D이 체납법인과 C의 각 부채 변제(제3호), 미분양상가 처분권과 하자보수 등 의무의 승계(제4호), 쟁점약정 이후의 체납법인과 C에서 한 행위에 대한 책임 부담(제7호)을 하는 등 체납법인과 C의 권리‧의무의 승계에 관한 사항, ㉡청구인과 B이 체납법인과 C의 각 대표로서 이들 법인의 금융차입금에 대한 보증의 해지 등과 더불어, 청구인이 쟁점약정에 따른 권한 승계와 관련한 업무인수인계를 하는 것 외에 체납법인 등의 모든 행위를 E와 D의 책임하에 진행할 것(제5조) 등을 정함으로써, 청구인은 2019.10.15.부터 체납법인의 실질적인 운영에서 완전히 배제되었다.

    E와 D 등 쟁점약정의 상대방이 실질대표가 된 쟁점법인과 C은 2019.10.21. 미분양상가 중 28개호를 쟁점약정의 양수인측 보증인 중 1인인 H(I 주식회사의 대표이사)에게 OOO원 상당에, 30개호를 H의 지인인 J(K의 대표)에게 OOO원에 각각 분양하였다. 이 과정에서 체납법인이 2019.11.12. J에게 매출세금계산서를 발급하였다가 분양대금의 과다책정에 관한 다툼 끝에 2019.12.31. 쟁점수정세금계산서를 재발급하였고 처분청이 이를 문제삼아 체납법인에 대한 부가가치세가 부과되는 등 이 건 체납세액이 발생한 것이다.

  (다)결국 청구인은 미분양상가 등 사업부진으로 체납법인의 차입금 이자상환 등 경영 부담과 청구인 개인의 보증채무를 벗고자 2019.10.15. 쟁점약정의 체결을 통해 E와 D 등 쟁점약정의 상대방에게 쟁점주식의 실질적인 주주권과 체납법인의 경영권을 이전하였으나, E와 D 등 쟁점약정의 상대방으로부터 위 청구인의 보증채무의 해지와 쟁점주식의 매매대금 지급을 완료받지 못하여 2019.12.31.을 지나 쟁점주식이 쟁점약정의 상대방측에게 명의개서된 것뿐이므로, 이 건 체납세액에 대한 과점주주의 제2차 납세의무는 쟁점약정의 상대방인 E와 D에게 부담하도록 하는 것이 실질과세원칙에 부합하다.

    한편 처분청은 청구인이 이 건 납부고지 전인 2021.3.17. 처분청으로부터 받은 OOO원의 납부고지에 대한 불복을 하지 않고 일부를 납부한 것을 이유로 이 건 납부고지시에도 이 건 체납세액에 대한 제2차 납세의무를 인지하였을 것이라는 의견이나, 위 선행 납부고지는 청구인이 체납법인의 실질 대표를 사임한지 얼마되지 않아서 당연히 부담해야 할 것으로 착각하였다가, 쟁점약정의 상대방에 대한 항의로 불복기간을 놓쳤을 뿐 체납법인을 대신하여 제2차 납세의무가 있음을 인정한 것은 아니므로 처분청의 의견은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 이 건 납부고지 중 2019사업연도 법인세에 대한 심판청구는 불복기간이 경과하여 부적법하다.

   처분청은 2024.12.16. 청구인에게 2019년 제2기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세를 각각 납부고지하였으나, 청구인은 2025.2.20. 이 중 2019년 제2기 부가가치세에 대해서만 이의신청을 제기하고 2019사업연도 법인세에 대해서는 그 제기를 하지 않았는바, 청구인이 2025.7.11. 2019사업연도 법인세에 대하여 제기한 이 건 심판청구는 납부고지일로부터 적법한 청구기간(90일)이 지난 207일만에 제기된 것이어서 부적법하다.

 (2)청구인은 이 건 체납세액의 납세의무성립일 현재 쟁점주식을 소유함으로써 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었으므로 이 건 체납세액에 대한 제2차 납세의무가 있는 과점주주에 해당한다.

  (가) 출자자의 제2차 납세의무는 과점주주가 납세의무성립일 현재 소유 주식에 대한 주주권 행사가 가능한 경우 부담하는 것이 2020.12.22. 개정 전 제도의 취지에 부합하다.

    이 건 체납세액의 납세의무성립일 현재 시행 중이었던 구 「국세기본법」 제39조에서는 과점주주를 ‘주주와 그 특수관계인 중 대령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과’하면서 ‘그에 관한 권리를 실질적으로 행사는 자들’로 규정하고 있었는데, ①구 「국세기본법」제39조 제2호의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2008.9.11. 선고, 2008두983 판결 등, 같은 뜻임). ②또한 “발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사”하는 것은 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다(대법원 2008.9.11. 선고, 2008두983 판결 참조). ③그리고 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 주주권을 행사할 수 있고 회사가 주주명부상 주주 외에 실제 주식을 인수하거나 양수하고자 하였던 자가 따로 있다는 사실을 알지 못하였더라도 주주명부상 주주의 주주권 행사를 부인할 수 없으며 주주명부에 기재를 마치지 아니한 자의 주주권을 인정할 수도 없다 할 것인바(대법원 2017.3.23. 선고 2015다248342 판결, 같은 뜻임) 주주가 납세의무성립일 현재 주주명부에 기재되어 있다면 그 소유한 의결권 있는 주식은 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있다고 보아야 한다. ④나아가 ‘법인을 실질적으로 운영하였다거나 경영에 관여하였다는 것’과 ‘주식에 관한 권리를 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있다는 것’은 별개의 사정인바 주주가 법인의 대표이사를 사임하였다고 하여 해당 주주의 주주권이 상실된 것으로 볼 수 없고, 회사의 대표 또는 임원으로 반드시 경영에 참여하여야만 주주로서의 지위 또는 권한이 인정되는 것이 아니므로 주주가 대표이사로서의 권한을 행사하지 않았다 하여 주주의 지위가 형식적인 것이 되어 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있지 않았다고 볼 수 없다(대전지방법원 2023.9.7. 선고 2022구합102313 판결, 같은 뜻임).

    이러한 법리에 비추어 보면, 2020.12.22. 「국세기본법」 일부개정시 제39조 제2호 각 호 외의 부분의 ‘발행주식의 100분의 50을 초과하면서’에 붙는 요건인 종전 ‘그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는’이라는 문언이 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는’으로 수정된 것은 그 문언 내용과 의미가 분명히 구분된다 할 것이어서 그 개정규정은 개정법률의 부칙에 따라 그 시행일인 2021.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용되어야 하므로, 청구인이 이 건 체납세액의 납세의무성립일인 2019.12.31. 현재 적용되는 종전 규정에 따라 쟁점주식에 대한 권리(주주권)를 실질적으로 행사하는지 여부로 이 건 체납세액에 대한 제2차 납세의무자로서의 과점주주인지를 판정하여야 한다.

  (나) 2019.12.31. 현재 쟁점주식의 소유자로서 그 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었던 주체는 청구인이다.

   1)청구인은 이 건 체납세액의 납세의무성립일인 2019.12.31. 후인 2020.1.13. 쟁점주식을 양도하였다.

     청구인은 이 건 체납세액의 납세의무성립일인 2019.12.31. 현재 체납법인의 주주명부상 주주로 등재되어 있어서 쟁점주식의 적법한 소유자였음이 확인되므로 그 주주로서의 주주권을 행사하는데 아무런 법적인 제한이 없었다. 한편 청구인이 쟁점주식을 양도한 때는 2020.1.13.로 확인되는데, 청구인이 각각 2020.1.23.과 2020.1.28. 제출한 양도소득세와 증권거래세의 신고서상 양도일이 2020.1.13.로 기재되어 있고(증권거래 신고서의 부속서류인 주식등의 양도거래명세서상 쟁점주식매매일도 2020.1.13.로 기재되어 있다) 이들 신고시 첨부서류 제출한 주식매매계약서에도 계약일자가 2020.1.13.로 기재되어 있는 점(해당 계약서 제3조 제2호에서 ‘청구인이 매매대금 수령과 동시에 양수인에게 주권을 교부하고 양수인 명의로 명의개서를 완료한다’고 기재되어 있다), 청구인이 2020.1.13. 쟁점주식의 매매대금을 지급받았다고 인정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점주식의 양도시기는 그 매매대금이 청산되고 명의개서가 이루어진 2020.1.13.임이 입증된다. 따라서 청구인은 2019.12.31. 현재 쟁점주주의 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 보아야 한다.

     한편 ①청구인은 쟁점약정일인 2019.10.15. 이후 E와 D이 쟁점주식에 대한 실질적인 주주권을 소유하였다고 주장하나, 쟁점약정서(또는 2019.9.25. 청구인과 D 간에 작성되었다는 양해각서) 어디에도 쟁점주식이 E와 D에게 양도되었다거나 그 주주권을 이들이 행사한다거나 청구인의 주주권 행사를 제한한다는 내용이 없다. ②또한 청구인은 헌법재판소 93헌바49, 1997.6.26. 결정을 제시하면서 위 2020.12.22. 「국세기본법」 일부개정시 제39조 제1호의 문언에 도입된 ‘법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 요건’을 이 건에도 적용해야 한다고 주장하나 위 헌법재판소 결정에서 위 2020.12.22. 「국세기본법」 일부개정 전에 적용되던 위 조항에 있던 요건인 ‘주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자’도 과점주주의 제한에 관한 예시로 포함하였음을 감안하면 위 두 요건을 구분하여 적용하여야 하므로 청구주장은 이유 없다.

   2)설령 청구주장대로 납세의무성립일 현재 법인의 실질지배 여부로 과점주주를 판정해야 한다 하더라도 청구인이 2019.12.31. 현재 체납법인에 대한 어떤 영향력도 행사하지 않은 것으로 보기 어렵다.

     청구인은 2019.10.15. 이후에도 체납법인의 운영에 참여하였다. 이는 청구인이 대표이사로서 ①2019.10.21. 수분양자인 J과 분양계약을 체결하고 매출세금계산서를 발급한 점(한편 2019.12.31. 쟁점수정세금계산서가 발급된 것은 청구주장처럼 J에 대한 분양대금이 과다 책정되는 등 다툼이 발생한 것이 아니라 단지 체납법인이 J으로부터 쟁점수정세금계산서의 공급가액 상당을 수취하지 못하였다는 부적법한 사유였다), ②쟁점약정서 제5호에서 쟁점약정의 체결일인 2019.10.15.부터 쟁점주식의 양도시까지의 기간 동안 청구인에게 체납법인의 경영에 대한 책임이 있다고 규정되어 있고, 제6호의 해석상 같은 기간 동안 청구인의 체납법인에 대한 연대보증이 유지됨을 알 수 있는 점, ③청구인이 2019년 중 체납법인으로부터 고액의 급여(OOO원 상당)를 받은 점, ④2019.12.31. 현재 청구인과 체납법인 간에 고액의 금전거래가 계속되고 있었던 점, ⑤2020.4.14. 전자공시시스템(DART)에 공시된 체납법인에 대한 2019년 감사보고서에 청구인이 체납법인의 대표이사로 기재되어 있는 점 등을 통해 알 수 있다.

   3)처분청은 2021.3.17. 이 건과 동일하게 체납법인의 체납세액에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 청구인에게 OOO원을 납부고지하였는데 청구인은 해당 납부고지액 중 일부(OOO원)를 납부하고 이에 대한 불복을 제기하지 않았음을 감안하면 청구인도 위 선행 납부고지의 납세의무성립일 현재 자신이 체납법인의 제2차 납세의무자에 해당함을 인지하고 있었다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  청구인을 2019.12.31. 현재 구「국세기본법」(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정되기 전의 것) 제39조 제2호에 따른 과점주주로 보아 청구인에게 체납법인의 체납세액 중 청구인의 보유지분율 상당액을 납부고지한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.

  (가)체납법인의 현황은 아래와 같다.

   1)체납법인은 2012.7.5. 울산광역시 중구 OOO에서 설립되어 부동산 임대업 및 매매업을 영위하다가 현재 휴업 중이고, 같은 동 498-1에 미분양상가를 포함한 집합건물을 신축하여 2016.2.18. 사용승인을 받았으며, 그 전인 2016.1.18. 체납법인으로부터 분할한 C과 집합건물의 각 호를 각 2분의 1 지분씩 소유권 보존등기 후 분양개시를 하였다.

   2)체납법인의 등기사항증명서에 의하면 그 대표이사는 설립시부터 청구인과 B이 공동으로 재직하다가, 2016.1.29. 청구인이 단독 대표로, 2019.12.19. 청구인에서 E로, 2021.10.21. E에서 H로, 2023.4.4. H에서 G로 각각 변경된 것으로 나타나고, 그 임원은 설립시부터 2019.12.19. 기간 중 청구인이 사내이사로, 2019.12.19.∼2021.10.21. 기간 중 E가 대표이사로, 2019.12.19.∼2022.1.15. 기간 중 D이 사내이사로 각각 재직한 것으로 나타난다.

  (나)국세청 전산자료에 의하면 청구인은 2020.1.13. E, L, M에게 쟁점주식(66,375주, 지분율 88.5%)을 주당 15,000원 총 OOO원에 양도하는 주식매매계약을 체결하고 2020.1.23. 이에 관한 양도소득세 및 증권거래세의 각 신고를 하였으며, 같은 날 체납법인의 다른 주주(장재호 및 임상아)도 각 보유주식을 위 양수인들에게 양도하였으며, 위 주식매매계약서를 보면 제3조 제2호에서 ‘청구인이 매매대금 수령과 동시에 양수인에게 주권을 교부하고 양수인 명의로 명의개서를 완료한다’고 기재되어 있으며, 처분청은 이를 근거로 청구인이 위 매매계약일 이전에 쟁점주식에 대하여 계약상 제한 없이 주주권을 행사할 수 있는 것으로 보았다. 한편 체납법인이 제출한 주식등변동상황명세서에 의하면 청구인은 2016∼2019사업연도말 기간 중 쟁점주식을 보유하고 있었던 것으로 나타난다.

  (다)청구인이 이 건 과세처분과 관련하여 처분청에게 제출한 증빙자료는 아래와 같다.

   1)청구인은 쟁점약정서의 작성(2019.10.15.) 전인 2019.9.25. D과 ‘청구인이 소유한 미분양상가 등 체납법인의 자산인 집합건물의 매매계약을 위한 매매계약(쟁점약정)의 체결 전 기본적인 사항을 정할 목적’으로 양해각서를 체결하였는데 쟁점약정서의 체결로 무효가 되었다고 주장하면서 해당 양해각서를 제출하였다.

   2)청구인은 체납법인과 C 및 그 대표인 B의 위임을 받아 2019.10.15. E와 D과 작성하였다는 쟁점약정서를 제출하였고, 이를 통해 E와 D이 쟁점약정의 체결 이후 실질적으로 쟁점주식의 주주권 행사 및 체납법인의 경영에 관한 의사결정 등의 권한을 행사하였음이 입증되므로 이 건 체납세액의 납세의무성립일 현재 청구인을 제2차 납세의무가 있는 과점주주로 볼 수 없다고 주장하였으며, 쟁점약정서를 보면 당사자는 체납법인과 C‧B으로부터 권한을 위임받은 청구인(갑), 매매진행을 주관하는 E와 D(을) 및 체납법인과 C(병)이고, 문서의 말미에 이들과 더불어 E와 D의 보증인으로서 F, G 및 H의 각 인장이 날인되어 있으며, 그 주요 내용은 아래와 같다.

    ①청구인이 소유한 체납법인의 발행주식을 1주당OOO원으로 평가하여 E와 D에게 양도한다(제2조).

    ②E와 D이 쟁점약정 이후 사업계획으로 토대로 분양 및 대출을 하여 체납법인과 C의 기업활동으로 발생한 부채와 용을 정리하고 이들 법인을 인수한다(제3조).

    ③E와 D이 체납법인과 C 명의의 미분양상가의 소유권을 갖는 대신에 추후 발생하는 하지보수, 세금 등의 책임도 부담한다(제4조).

    ④쟁점약정 후에 주식의 거래시까지 청구인이 기존 비용과 권한 승계를 위한 준비, 기존 인력 및 업무의 인수인계를 하고 다른 모든 행위는 E와 D의 책임하에 진행하는 것을 원칙으로 한다(제5호).

    ⑤E와 D은 체납법인과 C이 공동소유 중인 미분양상가와 관련한 금융기관 대출금(OOO원)에 대하여 청구인과 B의 개인 보증은 2020.2.28. 이내에 해지하기로 하되, 이를 어길 경우에는 E와 D이 청구인과 B에게 위 개인보증의 해지시까의 위 대출금에 대한 연체이자(OOO원 상당)를 지급한다(제6호).

    ⑥쟁점약정의 체결 이후에 체납법인과 C에서 일어난 모든 행위에 관한 것은 E와 D이 진행한 것이므로 이에 따른 모든 책임도 E와 D이 지는 것으로 한다.

   3)청구인은 이 건 체납세액이 부과된 경위와 관련하여 E와 D이 쟁점약정의 체결일(2019.10.15.) 이후인 2019.10.31. 및 2019.11.12. 미분양상가를 H와 J에게 각 공급하고 당초 매출세금계산서를 발급하고 2019.12.31. 이 중 J에게 발급한 것의 공급가액을 일부 감액함에 따라 쟁점수정세금계산서를 발급한 것이어서 이 건 체납세액이 청구인과 무관하다고 주장하면서 체납법인의 계정별원장(분양수입) 및 위 각 세금계산서 사본을 제출하였다.

  (라)국세청 전산자료에 의하면 청구인은 2013∼2019년 기간 중 체납법인으로부터 근로소득을 지급받았고, 청구인이 제출한 퇴직소득원천징수영수증에 의하면 징수의무자인 체납법인의 대표가 E로, 청구인의 퇴직일이 2019.12.31.로 각각 기재되어 있다.

  (마)국세청 전산자료에 의하면 체납법인은 2019.11.12. 수분양자인 J에게 재화(상가 중 30개호) 분양에 따른 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서를 발급하였다가, 2019.12.31. 매출대금의 일부를 받지 못하였다는 사유로 계약 해지에 따라 OOO원 상당을 감액하는 쟁점수정세금계산서를 발급하였는데, 처분청은 2023.3.2. 쟁점수정세금계산서가 부적법하게 발급된 것으로 그 감액된 공급가액 상당액을 매출세액에 가산하여 체납법인에게 2019년 제2기 부가가치세를 경정‧고지하였으나 체납법인이 이를 납부하지 않아 2024.12.16. 현재 OOO원이 체납되었고, 쟁점법인이 2023.12.8. 쟁점수정세금계산서 발급에 따라 감액된 OOO원을 익금산입하여 2019사업연도 법인세를 수정신고하였으나 이를 납부하지 않아서 2024.12.16. 현재 OOO원이 체납되었다.

  (바)처분청은 청구인이 이 건 체납세액의 납세의무성립일인 2019.12.31. 현재 체납법인의 주주명부상 쟁점주식의 보유자로서 주주권을 아무런 법률적인 제한 없이 주주권을 행사할 수 있다고 보아 청구인을 이 건 세납세액의 제2차 납세의무자로 지정하여 2024.12.16. 청구인에게 이 건 납부고지를 하였다.

 (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가)먼저 이 건 납부고지 중 체납법인의 2019사업연도 법인세에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제68조 제1항에서 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하도록 규정되어 있는바, 청구인이 처분의 통지를 받은 날(이 건 납부고지를 받은 2024.12.16.)부터 90일을 경과하여 제기한 이 건 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.

  (나)다음으로 이 건 납부고지 중 나머지인 체납법인의 2019년 제2기 부가가치세에 대하여 살펴본다.

   1)청구인은 「국세기본법」이 2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정되기 전의 제39조에 따른 출자자의 제2차 납세의무에 대하여 헌법재판소(93헌바49, 1997.6.26.)의 결정(해당 조항을 위헌이라고 하면서 경영에 실질적인 지배력을 행사하여 법인을 조세회피 수단으로 이용할 수 있는 자, 즉 즉 법인의 경영을 사실상 지배하는 자 또는 발행주식총액의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행하는 자로 제한하는 것이 바람직하다고 결정하였다는 것), 국세기본법 기본통칙 39-0…2(단순히 주주명부에 등재된 사실만으로 과점주주라 할 수 없고 주주총회 참석 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있는 경우에만 과점주주로 보도록 규정하고 있다) 등을 감안하면 출자자가 법인의 발행주식 중 과반수를 소유하고 있다는 사실과 더불어 위 개정 후의 조항과 같이 ‘해당 법인을 실질적으로 지배한 경우’에만 위 개정 전의 조항을 적용하여야 하고, 이처럼 해석할 경우 청구인은 2019.10.15. 쟁점약정에 따라 사실상 양수인들(E와 D)에게 쟁점주식을 양도하고 체납법인의 대표자 지위를 이전하여 체납법인을 실질적으로 지배하고 있지 않았으므로, 이 건 체납세액의 납세의무성립일(2019.12.31.) 현재 체납법인을 실질적으로 지배한 주체가 위 양수인들임에도 청구인을 이 건 체납세액의 납세의무성립일 현재 체납법인의 과점주주로 본 이 건 처분은 위법‧부당하다고 주장한다.

   2)그러나 2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정되기 전 「국세기본법」 제39조에서 주식의 소유(주주와 그 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식 합계가 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과할 것)와 더불어 “그에 관한 권리를 실질적으로 행사할 것”을 과점주주의 요건으로 규정하고 있었던 반면에 위 개정 후의 같은 조항에서는 주식의 소유와 더불어 “그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 것”을 과점주주의 요건으로 규정하고 있어서 규정 내용이 구별되는바 종전에 보유한 주식에 대한 권리를 실질적으로 행사하기만 하면 출자자의 제2차 납세의무에 해당되던 것에서 위 개정을 통해 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력을 행사하는 경우로 그 범위를 한정하기 위한 목적이 있었다고 봄이 타당해 보이는 점, 이 건의 경우 청구인은 체납법인이 2019사업연도 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서(2019.12.31. 현재 주식 보유현황이 기재되어 있다)상 쟁점주식의 소유자로서 단독으로 체납법인의 발행주식 중 100분의 50을 초과하는 주식을 소유하고 있었고, 청구인이 제출한 심리자료만으로는 청구인이 쟁점주식에 관한 권리를 행사하는 데 어떤 장애가 있었는지 등에 관하여 구체적‧객관적으로 입증되지 않은 점 등에 비추어, 청구인은 2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정되기 전의 「국세기본법」 제39조에 따라 단독으로 체납법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하는 쟁점주식을 소유하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주에 해당된다고 봄이 타당하므로, 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 부적법하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1)국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정되기 전의 것)

  제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

  제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

  제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2.주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

 (2) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정된 것)

  제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2.주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다) (각호 생략)

※ 부칙(법률 제17650호, 2020.12.22.)

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

※ 제39조 개정 이력

※ 국세기본법 기본통칙(2024.3.15. 일부개정되기 전의 것)

  39-0…1(주주) 법 제39조에서 “주주”라 함은 주식의 소유자로서 주주명부 등에 기재유무와 관계없이 사실상 주주권을 가진 자를 말하며, 주권의 발행 전에 주식 또는 주주권이 양도된 경우에는 그의 양수인을 말한다.

  39-0…2(과점주주의 요건) ①법인의 주주에 대하여 제2차 납세의무를 지우기 위해서는 과점주주가 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요하며, 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없다.

  39-0…3(과점주주의 판정) 과점주주의 판정은 국세의 납세의무성립일 현재 주주 또는 유한책임사원과 그 친족 기타 특수관계에 있는 자의 소유주식 또는 출자액을 합계하며 그 점유비율이 50%를 초과하는지를 계산하는 것이며, 이 요건에 해당되면 당사자 개개인을 전부 과점주주로 본다.

 (3) 국세기본법

  제61조(청구기간) ② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. (단서 생략)

  제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1.심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

 가.심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

 나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

 다.심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

 라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

 마.가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

  제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다.

  제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. (후단 생략)

 (4) 소득세법

  제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. (후단 생략)

 (5)소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부개정되기 전의 것)

  제162조(양도 또는 취득의 시기) ①법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1.대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2.대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일