1. 피고가 2024. 1. 2. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 368,685,470원(가산세90,975,130원 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 12. 10. 서울 oo구 oo동 xxx-xx 단독주택(이하 ‘종전주택’이라한다)을 취득하였다. 원고는 2020. 9. 28. BB주식회사와 사이에, 위 회사에 종전주택을 17억 7,000만 원에 매도하되 계약금 1억 7,000만 원은 계약일에 지급받고, 중도금1억 7,000만 원은 2020. 11. 2., 잔금 14억 3,000만 원은 2021. 1. 28. 각 지급받기로 정하여 매매계약을 체결하였다. 원고는 2021. 1. 18. BB주식회사에 종전주택에 관하여 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

나. 원고는 2020. 11. 19. CCC과 사이에, CCC로부터 ‘서울 oo구 o동 xxx D아파트 x동 xxxx호(이하 ‘신규주택’이라 한다)‘을 11억 2,500만 원에 매수하되 계약금 1억 1,000만 원을 계약일에 지급하고, 잔금 10억 1,500만 원을 2020. 12.28. 지급하기로 정하여 매매계약을 체결하였고, 2020. 12. 29. 신규주택에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 2021. 1. 18. 종전주택의 양도 당시 서울 oo구는 조정대상지역이었다. 원고는 조정대상지역 내에 있는 고가주택인 종전주택의 양도에 대해 1세대 1주택으로 일시적2주택이 되었다가 종전 주택을 양도한 경우에 해당한다고 보고[구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제155조 제1항] 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제 및 35% 일반세율을 적용하여(과세표준 110,495,233원) 2021. 2. 15. 2021년 귀속 양도소득세 23,773,330원을 신고·납부하였다.

라. oo지방국세청장은 피고에 대한 정기종합감사를 실시하여, 원고가 ‘신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하고 주민등록법 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우’에 해당하지 않으므로 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 부인하고 2021년 귀속 양도소득세를 경정하라는 내용으로 감사결과 시정조치를 하였다. 이에 따라 피고는 과세표준을 802,103,988원(세율 42%)으로 하여 2024. 1. 2. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 368,685,470원(가산세 90,975,130원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 불복하여 심판청구를 제기하였으나 조세심판원으로부터 2024. 7. 9. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목은 1세대 1주택 비과세를 규정한 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 위임 범위를 일탈하였고, 헌법 제75조에 위배된다.

2) 원고는 종전주택을 팔고 신규주택을 사는 과정에서 사회통념상 일시적으로 주택을 중복소유하게 되었다. 원고는 실질적으로 1주택을 소유한 것이고 투기 목적도 없어 실질과세원칙에 관한 국세기본법 제14조 제2항, 제18조 제1항을 고려하면, 20일간 2주택을 중복 소유하였다는 이유로 1세대 1주택 비과세 적용을 배제한 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지. 관계 법령 기재와 같다.

다. 1) 주장에 관한 판단

가) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호에서 1세대 1주택에 대하여 양도소득세 비과세를규정한 취지는 국민의 주거생활 안정 및 거주이전의 자유를 보장하기 위한 것이고, 주택 투기는 경제사정, 국민심리, 부동산정책 등 여러 사정에 영향을 받으므로 투기적 목적이 없는 1세대 1주택의 범위를 법률로 모두 규율하기 어려우며, 대통령령으로 정하여질 사항은 주택의 보유기간이나 일시적 다주택소유 등 투기적 목적의 인정 여부와관련된 사항이 될 것임을 예측할 수 있어, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호가 포괄적위임에 해당하여 조세법률주의에 반한다고 할 수 없다(헌법재판소 1997. 2. 20. 95헌바27 결정 참조).

나) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 범위와 판단기준 등을 대통령령에 위임하였다. 조정대상지역 내 종전주택을 양도하기 전에 조정대상지역 내 신규주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 소득세법 시행령 제155조 제1항 요건을 갖춘 경우에 한하여 이를 1세대 1주택으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항 1세대 1주택 비과세 규정이 적용된다. 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 2호 가목(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되어 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것)은 ’신규주택 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하고 전입신고‘까지 마칠 것을 요구하여, 조정대상지역 내 일시적 2주택자 비과세 요건을 강화하였다. 위 시행령 규정은 주택시장을 거주목적의 실수요 중심으로 개편하기 위해 실거주하지 않는 주택의 양도차익에 대한 과세를 강화해 나가기 위한 목적으로 추가되었다(갑 제8호증 개정이유 참조).

전입신고는 실제 거주 이전 사실을 확인하기 위한 것이다. 비과세 요건으로 ’거주‘를 요구하는 것은 거주목적의 실수요 중심으로 비과세 요건을 강화하고자 하는 것이어서, 이는 투기적 목적이 없는 1세대 1주택의 범위를 구체화한 것으로 볼 수 있다.

1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정의 입법취지, 실제 주택 수요를 확인하기 위해 거주 여부를 확인하는 것은 정책 목적을 달성하기 위한 합리적인 수단인 점 등을 고려하면, 신규주택의 거주요건은 주택 투기 방지를 위한 법령 목적 범위 내에 충분히 포함되고 위임 범위를 일탈하였다고 할 수 없다.

라. 2) 주장에 관한 판단

가) 인정사실

(1) 신규주택 매도인인 CCC는 자녀 졸업시까지 신규주택에서 계속 거주하기를 원하였다. 공인중개사는 원고에게 신규주택을 매수하되 매도인이 임차인으로 2년간 거주하고, 같은 기간 원고는 같은 단지 내 주택을 임차하는 것을 권유하였다.

(2) 원고는 2020. 11. 19. CCC으로부터 신규주택을 매수하면서 특약사항으로 ’매도인인 CCC가 본 계약 물건에 잔금일부터 전세보증금 9억 1,500만 원으로 2021. 1. 18.까지 전세로 거주하고, 2021. 1. 19.부터 전세보증금 8억 2,500만 원으로 2023. 1. 18.까지 전세로 거주‘하기로 약정하였다. 원고는 2021. 1. 18. CCC와 사이에, CCC에게 신규주택을 보증금 8억 2,500만 원, 기간 2023. 1. 18.까지 임대하기로 정하여 임대차계약을 체결하였다. CCC는 2025. 2. 3.경까지 신규주택에서 거주하였다.

(3) 원고는 2020. 11. 19. EEE와 사이에, EEE로부터 서울 oo구 o동 xxx D아파트 x동 xxx호를 보증금 7억 9,000만 원, 임대차 기간 2021. 1. 18.부터 2023. 1. 17.까지로 정하여 임차하기로 정하여 임대차계약을 체결하고, 2023. 1. 18. 전입신고를 마치고 확정일자를 받았다.

(4) 원고는 2022. 11. 7.경부터 임대인에게 임차기간에 맞춰 보증금을 돌려 주도록 요청하였으나 신규 임차인이 없어 여의치가 않다는 답변을 들었고, 임차 기간이 지나도록 보증금 반환을 받지 못하였다. 원고는 보증금을 반환받지 못하여 CCC에게도 보증금을 반환하지 못하였다. 원고는 현재까지 위 D아파트 x동 xxx호에 거주하고 있다.

(5) 원고는 2021년 귀속 양도소득세 신고와 관련하여 2023. 9. 5.경 피고 소속 직원으로부터 1세대 1주택 특례 적용이 어려울 것 같다는 연락을 받았다. 원고는 2023. 10. 9. 세금 납부를 위하여 신규주택을 10억 3,500만 원에 매도하고, 2023. 11. 21. 매수인에게 신규주택에 관하여 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

[인정근거] 갑 제9 내지 11호증, 제15 내지 21호증, 을 제4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 원고는 종전주택에 관하여 2021. 1. 18. 매수인에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 원고의 종전주택 양도일은 등기부상 접수일인 2021. 1. 18.이다(구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호). 원고는 신규주택에 관하여 2020. 12. 29. 소유권이전등기를 마쳐, 신규주택의 취득일은 2020. 12. 29.이다. 종전주택 양도일인 2021. 1. 18. 원고는 종전주택 외에도 신규주택에 관하여도 소유권이전등기를 마쳐 2020. 12. 29.부터 2021.1. 18.까지 20일 정도 2주택을 소유하였다. 원고는 신규주택으로 전입신고를 하지 않았다. 원고가 조정대상지역 내 종전주택을 매도하고 조정대상지역 내 신규주택을 매수하면서 1세대 1주택 특례에 관한 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목의 거주요건을 충족하지 못한 것은 맞다.

나) 관련법리

○ 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다(국세기본법 제14조 제2항). 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다(국세기본법 제18조 제1항).

○ ‘1세대 1주택’의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하는 취지는, 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있다(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결 등 참조).

○ 나아가 대체취득을 위한 일시적 1세대 2주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세하는특례를 둔 취지는 1주택을 보유한 1세대가 다른 주택으로 거주를 이전하는 과정에서 과도기에 일시적으로 2주택을 보유하게 되는 경우 장기적으로 보면 계속 1주택만을 보유한 것으로 볼 수 있고, 이러한 특례가 없을 경우 종전 주택 처분 후 신규 주택 취득전까지 무주택의 상태를 요구하게 되어 주거생활의 안정을 해치고 거주이전의 자유를침해하게 될 우려가 있기 때문이다.

○ 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기 목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

다) 관련법리에 비춰 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 원고의 종전주택 양도는 실질적으로 1세대 1주택의 양도로 봄이 상당하다. 원고의 종전주택 양도를 1세대 2주택 양도로 본 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 원고는 거주를 이전하기 위하여 종전주택을 팔고 신규주택을 취득하였다.

원고는 종전주택에 대한 매도계약을 체결하고 계약금 및 중도금을 지급받은 다음 신규주택에 대한 매수계약을 체결하고 계약금을 지급하였다. 종전주택 매도계약 체결 후 2개월 정도만에 신규주택 매수계약을 체결한 점, 종전주택의 매매대금으로 신규주택의매매대금을 지급한 점 등을 보면, 원고는 두 주택을 동시에 취득할 자금도 없었고, 거주이전을 위해 종전주택을 팔고 신규주택을 취득한 것으로 보인다. 거래 내용에 비춰보면 종전주택을 대체하기 위해 신규주택을 매수한 것에 불과하다.

(2) 원고의 신규주택 매수를 실거주 목적이 아니라고 할 수 없다.

원고는 서울 oo구 지역에 오래 거주하여 인근 지역 아파트를 매수하려고 하였으나 매물이 없자 어쩔 수 없이 중개인의 조언에 따라 신규주택의 매도인이 자녀 졸업시까지 임차인으로 거주하는 조건으로 신규주택을 취득하고, 같은 단지 내 다른 주택을 임대차기간 및 보증금을 맞춰 임차하였다. 기존 주택을 팔고 신규 주택을 매수하는 과정에서 주택의 입주 시기, 대금 지급 시기, 임대차 관계 등 여러 변수가 발생하고, 이는 기존 주택을 양도하는 양도인 혼자 해결할 수 있는 문제가 아니다. 매물이 부족한 상황에서 임차 기간을 맞추는 방법으로 거래한 것은 거래 현실에서 자주 있는 일이고, 주택 위치나 보증금액에 비춰 투기 목적이 있다거나 실수요자가 아니라고 할 수도 없다.

(3) 원고가 2주택을 소유한데 투기 목적을 인정할 수 없다.

원고는 2020. 11. 2. 종전주택의 중도금을 지급받아 매수인에게 소유권이전등기를 하는 외에 종전주택을 처분할 수 없었다. 신규주택과 원고가 임차한 주택은 같은 단지 내 위 아래 층으로 보증금도 거의 비슷하다. 신규주택을 임차하면서 취득한 것이 시세차익 목적도 아니다. 원고는 신규주택 입주를 위해 임대차 계약 기간을 맞췄지만, 보증금을 돌려받지 못하면서 신규주택에 입주하지도 못하고 종국에는 세금 납부를 위해 신규 주택을 팔기까지 하였다.

(4) 잔금 시기 조율로 인해 원고는 형식적으로 20일간 2주택을 소유하였을 뿐이다. 주택거래 현실에 비춰 일시적으로 볼 수 있을 정도로 기간이 매우 짧다.

(5) 1세대 1주택을 비과세하는 취지는, 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를보장하여 주기 위한 것이다. 잔금 지급 시기나 소유권이전등기 시기를 잘 살피지 못해 20일간 2주택자가 되었다고 하여, 그만큼 원고가 양도소득세를 납부할 수 있는 담세력이 증가하거나, 실질적인 양도차익이 달라지지도 않는다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.