주 문

이 건 과세전적부심사청구는 채택결정합니다.

이 유

1.과세예고통지 내용

가.청구법인은 A시 B구에 위치한 종교 단체이며, C교회는 청구법인에 속한 교회이다.

나. 청구법인은 2023.8.30. 보유하고 있던 A시 D구 대지 90.9㎡, 건물 47.64㎡(이하 “쟁점①주택”이라 한다)과 A시 D구 대지 79.3㎡, 건물 38.91㎡(이하 “쟁점②주택”이라 한다) 및 A시 D구 대지 88.3㎡, 건물 42.98㎡(이하 “쟁점③주택”이라 하며, 쟁점①주택 및 쟁점② 주택과 함께 “쟁점주택들”이라 한다)를 E구역재개발사업에 따라 사업시행사인 ㈜F에 4,567,000,000원에 매매로 양도하였다.

다. 청구법인은 2024.3.27. 쟁점주택들의 양도차익 3,804,550,000원(양도가액 4,567,000,000원-취득가액 762,450,000원)에 대한 법인세 361,432,250원, 토지 등 양도소득에 대한 법인세 760,910,000원, 합계 1,122,342,250원을 포함하여 2023사업년도 법인세를 신고하였다.

라.청구법인은 2024. 11. 1. 고유목적사업에 사용한 쟁점주택들의 양도차익은 과세소득에서 제외하여야 하며, 토지등 양도소득에 대한 과세특례 대상이므로 법인세를 환급해달라는 내용으로 경정청구서를 제출하였다.

마.통지관서는 2025.2.12. 쟁점주택들은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 않았으므로 과세소득에서 제외되지 않는다고 보아 양도차익에 대한 법인세의 환급을 거부하였으나, 토지 등 양도소득에 대한 법인세 760,910,000원은 E구역재개발사업에 수용되었다는 사유로 환급경정하였다.

바.청구법인은 2025.4.10. 쟁점주택들은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유 목적에 사용하였다는 사유로 양도차익에 대한 법인세 361,432,250원은 과세대상이 아니라며 통지관서에 이의신청을 제기하였으며, 통지관서의 국세심사위원회는 2025.6.17. 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아 경정청구를 거부한 통지는 잘못이 있다고 판단하였다.

사.통지관서는 2025.4.28. 쟁점주택들은 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에서 제외되는 주택에 해당하지 않는다고 보아 2023사업연도 법인세 782,839,426원(납부지연가산세 21,929,426원 포함)을 과세하겠다는 과세예고를 통지하였다.

사.청구법인은 이에 대하여 2025.5.27. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2.청구법인 주장

청구법인은 지속적으로 쟁점주택들이 ‘종교시설’임을 주장해 왔다. 그런데, 통지관서는 “2년간의 재산세 부과”로 인해 “3년간 고유목적사용 확인불가”를 근거로 하여 ‘종교시설’에 대한 판단을 아예 하지 않았다. 그런데, 최근(2025년 6월) 통지관서에서는 이의신청 인용을 통해서 “3년간 고유목적사용”이 확인 되었다. 이에 청구법인은 선교교육관인 쟁점②,③주택은 ｢국세기본법｣ 제14조 (실질과세)에 따른 ‘종교시설’임을 주장하는 바이며, 선교생활관인 쟁점①주택은 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의2제2항제2호(이하 “쟁점시행령조문”이라 한다)의 “10년 이상 사택 등의 무상사용”에 해당함을 주장하고자 한다.

가.｢국세기본법｣ 제14조에 따른 실질과세의 적용

 1)청구법인은 ｢국세기본법｣ 제14조의 실질과세원칙에　따라　선교교육관인 쟁점②,③주택은 ‘종교시설’로 판단해 줄 것을 요청하는 바이다. 청구법인은 처음　경정청구시부터 쟁점주택들이 종교시설이라는 것을 지속적으로 주장하였다. 쟁점주택들이 ‘종교시설’로 판정이 될 경우, 이 건은 과세대상 자체가 아니다. 그리고 ‘사택등’으로 간주될 경우, 비로소 그 물건에 대해서 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의제2항제2호의 규정을 적용할 수 있다.

 2)청구법인은 쟁점주택들을 다음과 같이 “그것의 취득–사용–처분”에 이르기까지 ‘종교시설’로 이용하였다. 이에 따라 쟁점주택들은 ‘종교시설’로 보아야 한다고 주장하는 바이다.

  가)취득 : 종교시설 목적의 취득과 D구청의 인정

   (1)먼저, C교회에서는 교회 본당 건물이 좁아서 별도의 중․ 고등부와 유․초등부를 운용할 공간이 요청되었다. 그래서 교회에 인접해 있는 쟁점주택들을 교회의 부속시설로 구매를 해야만 했다. 그래서 이에 대해 D구청에 종교시설로 등록하였고, D구청에서는 이것을 인정하고 취득세를 감면해 주었다. 다만 공부상의 용도변경을 하지 못했는데, 그것은 도시정비구역 내에서 실제 도시정비사업 시행시에 종교시설과 주택의 변상(보상) 기준이 달라서, ｢주택재정비법｣과 ｢건축법｣상의 조문에 따라 D구청이 허가를 해주지 않아서였다. 그래도 D구청에서는 실질사용을 근거로 종교시설로 인정하여 취득세를 감면해 주었다. 그래서 C교회에서는 2003년 ～2004년경에 쟁점주택들을 구매하여 내부만을 종교활동하기에 적합하도록　개량하여 “유․초등부와 중․고등부의 교육선교관(종교행위 장소, 쟁점②,③ 주택)”과 “교육선교생활관(선교사 기숙공간, 쟁점①주택)”으로 사용하게 되었다.

   (2)사용 : 종교시설로 사용하며 지속적인 실사

    두 번째, 종교시설로 신고되었지만 공부상의 용도가 주택이어서 해마다　종교시설로 사용하는지의 여부에 대해 계속 실사를 받았다. 이때 현재 쟁점이 된 쟁점주택들 중 둘은 교육선교관(중․고등부, 유․초등부 등)으로 사용을 하고, 하나는 교육선교 기숙공간(파송된 선교사 국내체류 시 잠시 이용하며, 비어 있을 경우에는 성도들의 소규모 그룹활동이나 철야예배 후 이용)으로 사용하였다. 재산세를 내지 않았다는 것은 쟁점주택들을 종교시설로 사용하였다는 방증이다.

    이렇게 17년 동안 재산세를 내지 않다가 마지막 2년 동안 코로나로 인해 교회 전체에 대면예배가 금지되면서 미사용 상태에 이르자, D구청에서는 이에 대해 재산세를 부과하였다. 그리고 아울러 통지관서에서는 “3년 동안 고유목적 사용확인 불가”로 법인세를 부과하였는데, 이 법인세에 대해 이의신청을　하였고, 2025년 6월에 인용되어 곧바로 환급을 받았다.　

   (3)처분 : 교회와 함께 양도한 후 새로운 교회 구입대금에 사용　　

    코로나19 막바지에 도시정비사업시행의 일환으로 현금청산이 시작되어 C교회는 교회 전체를 다른 지역으로 이전해야 하는 형편에 처하게 되었다. 그래서 교회 본관을 처분하게 되었는데, 해당 교회의 부속건물(교육 선교관과 선교생활관)로 사용중인　쟁점주택들(47억원)도 함께 처분되어야 했다. 그래서 이 전체를 함께 150억원에 감정평가하여 양도하였는데, 동일한 금액인 150억원으로 현재의 교회(양도자 : G교회)를 구매하여 교회를 이곳으로 이전 하였다. 현재의 건물에서는 교육관이 한 건물에 존재한다. 총 150억원은 고스란히 새로운 교회건물 구매에 사용되었다.　

   (4)청구법인은 상기의 내용에 따른 실질판단을 요청하는 바이다. 쟁점 주택들이 형식적으로는 주택으로 되어 있는데, 교회에서는 ‘종교시설’로서 주택을 구매하였고, 종교시설로 인정받아 취득세를 내지 않았으며, 또 그 용도로 20년 동안 사용되었고, 처분도 교회와 함께 처분되어 또 다시 교회의 부속기관 구매에 사용되었다. 청구법인은 쟁점주택들이 형식은 주택이지만, 그 실질은 ‘종교 시설’임을 주장하는 바인 것이다. 청구법인은 처음부터 이에 따라 양도차익에 대한 법인세와 토지등 양도소득 법인세 비과세를 주장해왔다.

나.｢법인세법 시행령｣ 제92조의2에 따른 판단을 적용할 경우

 1)만약 상기 종교시설로서의 양도의 실질과세가 인정되지 않고, 해당 건을 주택양도로 판단을 한다면 그때 비로소 쟁점시행령조문에　따른　판단을　하게 된다. 따라서 다음은 “가. 실질과세”의 판단 이후에 이루어져야 하는 판단이다.

  가)쟁점주택들은 임직원에게 제공하는 사택이다.

   (1)쟁점시행령조문에서 “임직원용　사택으로서　10년 보유”라면 토지등 양도소득 법인세가 해당이 되지 않는다. 이때 ‘사택’의 범위에 쟁점①주택이 거의 일치한다. ‘교육선교 생활관(기숙공간)’은 ‘사택’과 유사한 용도이다. 선교사들이 사용하지 않을 경우, 성도들이 소규모 그룹활동과 철야예배 후에 이용하였다.

   (2)“그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택”

    그런데 쟁점시행령조문에서 “그 밖에 무상으로 제공”하는 법인 소유의 주택의 범위는 모호하다. 이에 대한 별도의 규정이 법령으로 존재하지　않는다. 다만 사택과 유사한 용도로만 추정을 한다. 청구법인은 쟁점주택들 중 쟁점 ②,③주택은 성도들(중․고등부와 유․초등부)의 교육선교관으로 사용하였는데, 이것도 ‘무상사용’에 포함될 수 있다.

   (3)“그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택”에 대한 해석 따른 적용

    만일, 쟁점주택들 중 쟁점②,③주택이 교육선교관인데, 이 건이 주택으로 간주되면, 이것은 이 조항의 “사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 주택”에 해당 된다. 그런데 청구법인이 바처럼 쟁점②,③주택이 “종교시설”로 간주되면 이것은 여기에서 제외된다(이것은 국세청 126번의 구두상담사의 견해이다. 통화내용 녹취 존재)

다.통지관서 의견에 대한 반박

 통지관서에서는 토지등 양도소득 법인세 부과의 이유에 대해 두 가지의 이유를 제시하였는데, 하나는 “처분 전 3년간 고유목적사업사용 확인불가”였으며, 또 하나는 “10년 동안 사택 혹은 무상사용 사용내용에 대한 확인불가”였다. 앞에서 언급한 내용을 기반하여 청구법인은 다음과 같이 항변을 제기한다.

 1)통지관서의 토지등 양도소득 법인세 부과이유① : 처분 전 3년간 고유목적 사업사용 확인불가

  가)2003년부터 취득시에 취득세를 내지 않아서 종교시설 목적으로 구매한 것이 확인되고, 2019년까지는 재산세를 납부한 것으로 보아 해당 기간 동안 종교시설로 사용한 것은 인정하지만, 최종 2년 동안 미사용한 것에 대해 재산세가 부과되어서 고유목적사용을 부인하였다.

  나)그런데, 청구법인은 C교회 본관에 해당하는 교회 자체의 대면예배가 정부의 명령(코로나19 감염방역)에 의해 금지되어 미사용 상태에 빠지자, 이에 대한 부속시설이 동일하게 미사용상태에 들어가는 것은 본관이 미사용이므로 부속시설이 미사용에 들어가는 것은 당연한 것이며, 이렇게 미사용 상태로 두는 것이 고유목적사용이라고 주장하여 청구법인의 주장(이의신청)이 인용되어 지난 2025년 6월에 해당 법인세를 환급받았다.

 2)종교시설 인정 : 실질과세의 인정

  토지등 양도소득 법인세 부과의 첫 번째 이유가 이렇게 해결이 되었는데, 이것은 쟁점주택들에 대해 ‘주택’이 아닌 ‘종교시설’로 인정한 것으로 파악하여야 한다. 즉, “2003년 종교시설로 취득한 후 2003부터 2023년까지 종교시설로 사용한 것”이 확인된 것이다. 특히 쟁점②,③주택은 교육관(종교활동 공간)의 용도이므로 여기에 해당한다. 처분시 대금도 동일한 종교시설을 구매하는 데에 사용되었다. 따라서 통지관서의 부과사유①이 해소가 되었다면 쟁점②,③주택은 종교시설로 인정되어 토지등 양도소득 법인세 부과는 철회되어야 한다.

 3)통지관서의 토지등 양도소득 법인세 부과이유② : “10년 동안 사택 혹은 무상사용 확인불가”

  가)통지관서에서는 쟁점시행령조문의 “10년 동안 사택 혹은 무상사용에 대한 확인불가”를 말하였다. 이것은 쟁점①주택의 교육선교 생활관에 관한 내용일 수 있다. 교육선교 생활관은 사택과 다를 바가 없다. C교회 해당 시설은 직접 파송한 선교사가 국내 입국 시 잠시 체류하고, 그래도 비어 있을 경우에는 교인들이 철야 예배 등을 하고 쉬는 공간이었다. 이것은 사택과 같은 생활공간에 대한 무상사용에 정확히 일치한다.

  나)그리고 이 “임직원의 무상사용”의 범위를 한정하는 문구는 어디에도 없으며 해석도 존재하지 않는다. 따라서 이 “임직원 무상사용”에 앞에서 언급한 쟁점②,③주택을 여기에 적용할 수도 있다. 이것은 사택보다 더욱 본질에 가까운 무상사용에 해당한다. 만일 선교․교육관 사용을 “임직원의 주택 무상사용”이 아니라면, 이 “무상사용”은 종교활동 고유목적사용이다. 따라서 쟁점②,③주택은 앞에서 언급한 바와 같이 ‘종교시설’로 간주해야 한다. 그런데, ‘주택’으로 간주한다면, 쟁점②,③주택도 동일하게 “사택 등의 무상사용”에 해당한다. 어떤 경로로도 쟁점②,③주택에 토지등 양도소득 법인세를 과세할 방안이 존재하지 않는다.

 4)청구법인은 쟁점②,③주택을 고스란히 종교시설(선교교육관)로, 쟁점① 주택은 선교생활관으로 사용하였다. 청구법인은 처음부터 “쟁점②,③주택은 주거용으로 사용한 적이 없는 종교시설로서 과세대상이 아니고, 쟁점①주택은 선교활동의 기숙공간으로서 10년 이상 사택 등의 사용”에 해당된다는 것을 처음부터 주장해 왔다.

  한편, 통지관서는 항상 논점이 주택이라는 전제를 세우고 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의2 조항으로 해석을 하려 하였다. 법인의 주택보유는 무조건 안 된다는 선입견에 빠져 있었다. 이것이 통지관서와 청구법인 사이의 이견이었다. 청구 법인은 이에 대한 판단을 받기 위해서 과세전적부심사청구를 하게 된 것이다.

라. 통지관서의 의견에 대한 보완 요청

 1)통지관서의 의견은 “쟁점주택들은 ‘토지등 양도소득에 대한 과세특례 대상’에 해당하지 않는다”고 하였다. 이 판단은 통지관서의 주장인 “｢법인세법 시행령｣ 제92조의2”에 따른 것으로 쟁점주택들을 ‘주택’으로만 보았을 경우의 판단이다. 그런데 청구법인의 주장은 언급한 바와 같이 다음의 두 가지이다.

  가)먼저, 쟁점②,③주택에 대해 통지관서로부터 철저히 배척되어 온 ｢국세 기본법｣ 제14조(실질과세)에 따른 ‘종교시설’로서의 주장에 대한 판단을 정식으로 요청하는 것이다. 그리고 이때 통지관서의 “3년간의 고유목적사용” 확인불가가 ‘종교시설’로 판단하지 않은 이유였는데, 이제 그 내용이 해소되었으므로 이 판단을 할 수 있다.

  나)두 번째, 쟁점①주택의 교육선교생활관을 쟁점시행령조문의 “사택 등의 10년 이상 무상사용”에 해당되는지의 여부에 대한 판단을 요청하는 것이다.

라.심리자료 사전열람 후 추가의견

 1)서울행정법원 판결(서울행정법원 2024.1.5. 선고 2022구합82424, 주택의 의미)

  가)통지관서는 판결의 내용 중에 “주택이란 허가 여부나 공부상의 용도 구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다고 규정하고 있다. ......주택에 해당하는지의 여부는 건물 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고......”라는 본문을 싣고 있다. 즉, 조사관은 이에 근거하여 “이 물건들은 ‘주택’이다”라고 주장을 하고자 하는 것으로 보인다.

  나)그런데, 청구법인은 쟁점②,③주택은 “중․고등부와 유․초등부의 교육 선교관”으로 20년 동안 사용을 해왔으며, 한 번도 주거용으로 사용한 적이 없으며, 주거공간으로 사용할 수도 없는 공간이고 구조이다. 이것을 매해 D구청 으로부터 실사를 받았다. 그리고 쟁점①주택은 교육선교생활관으로 사용하였다.

 2)대법원 판례(대법원 2009.5.28. 선고 2009두4708, 취득세 사례)

  가)통지관서는 판례의 내용 중에서 “비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고 ......실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다”는 내용을 싣고 있다. 그리고 대형교회의 부목사 사택 인정을 부인한 사례를 싣고 있다.

  나)그런데, 청구법인의 쟁점①주택 사용은 위의 판례와 다른 경우에 해당 한다. 청구법인은 20년 동안 ‘교육선교생활관’으로 분명하게 사용하여 왔다. 이 교육선교생활관은 교회와 함께 붙어있는 부속시설로서 2022년 재산세가 부과될 당시에도 C교회에서 미국 인디언 선교를 위해 파송한 선교사가 코로나19 기간 중 국내에 잠시 체류하면서 기숙하였다.

 3)심리담당자의 2025.7.16. 쟁점주택들 현장확인에 대한 주장

  가)교육선교관(쟁점②,③주택)과 선교생활관(쟁점①주택)에 대해 다음과 같이 평가하고 있다. “2025.7.16. 쟁점주택들의 현장에 출장하여 확인한 결과, 쟁점①,②주택은 주방, 욕실 등이 구분되어 있는 모습을 갖추고 있으며, 쟁점③주택과 중림동114주택은 파손이 심해 주방, 욕실 등의 정확한 위치와 용도를 구분하기 어려워 보인다”고 기재하고 있다.

  나)여기에서 쟁점①,②주택이 주방, 욕실 등으로 구분되어 있다고 한다. 이 주장의 의도는 “이 공간은 주택이 아니냐”는 것이다. 쟁점①주택은 교육선교사를 위한 기숙공간이므로 그러한 구분이 자연스럽다. 쟁점②주택도 방의 구분은 충분히 있을 수 있으며 침실은 존재하지 않았다. 청구법인은 쟁점주택들에 대해서 해마다 종교시설 교육선교관 사용 여부에 대해서 20년 동안 D구청으로부터 실사를 받았다. 그 결과 재산세를 내지 않았다. 위의 사실확인으로 종교시설 사용을 부인할 수는 없다.

  다)심리담당자가 촬영한 시설 내부의 사진이 편파적인 사진 촬영이다.

   (1)쟁점주택들에는 그 당시(2021년) 사용하던 교육자료들과 종교활동에 활용된 물건들이 방치된 채로 그대로 있었다. 그런데 이런 것은 하나도 등재되지 않고 주택임을 주장하기 위한 사진을 등재한 것에 대해 이의를 제기한다.

   (2)C교회에서는 해당 시설을 20년 동안 동일한 용도로 사용해 왔고 실사를 받았다. 쟁점주택들이 ‘종교시설’이면 과세대상에서 제외되는 것이며 ‘주택’일 경우에는 “10년 이상 사택 및 그 밖의 무상사용”에 해당하는 것이다.

 4)쟁점주택들에 대한 감정평가서상의 ‘주택’ 표기

  가)심리자료에 따르면, 쟁점주택들을 양도할 때 C교회 본관과 쟁점주택들도 함께 감정을 하였는데, 여기에서는 공부상 지목에 따라 주택으로 명기되어 있다는 것을 지적하고 있다. 종교시설로 지목이 정해지면 보상기준 자체가 달라지기 때문에 D구청의 일방적인 권한으로 공부상 지목을 ‘주택’ 으로 계속 유지했던 것이다. 다만 앞에서 언급한 바와 같이 그 실질사용을 근거로 ‘종교시설’로 인정하여 취득세를 감면해 주었다.

  나)따라서 감정평가서에 이렇게 ‘주택’으로 표기되었다고 하여서 쟁점 주택들을 ‘종교시설’이 아니라고 보는 것은 타당하지 않다.

  다)한편, 통지관서와 청구법인의 의견 차이는 통지관서에서는 주택이라는 전제를 세우고 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의2 조항으로 해석을 하며, “주택은 무조건 토지등 양도소득 법인세를 과세한다”는 한 가지 생각만 하고 있었다. 반면, 청구법인은 ｢국세기본법｣ 제14조의 실질과세에 따라 종교시설 여부에 대한 판단을 충분히 한 후 종교시설인 경우에는 비과세를 하고 종교시설의 직접적 사용이 아닌 사택으로 사용된 경우 쟁점시행령조문을 적용해야 한다고 주장하고 있다. 청구법인은 이에 대한 판단을 받기 위해서 과세전적부심사청구를 하게 된 것이다.

3.통지관서 의견

가.쟁점주택들은 종교시설로 사용했는지 여부와 관계없이 토지등 양도 소득에 대한 법인세 과세대상에 해당된다.

 1)청구법인은 쟁점주택들이 종교시설이므로 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상이 아니라고 주장하고 있다.

 2)그러나, 법인세 납세의무를 규정하고 있는 ｢법인세법｣ 제4조 단서에서 비영리내국법인의 자산양도소득에 대하여 과세할 수 있는 근거를 마련하고 있다. 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 규정하는 ｢법인세법｣ 제55조의2제1항 제2호는 “내국 법인이 일정한 요건을 갖춘 토지등을 양도하는 경우에는 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 추가납부 하여야 한다”고 규정한다. 따라서, 쟁점주택들은 목적사업인 종교시설로 사용 했는지 여부와 관계없이 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당된다고 보아야 한다.

나.쟁점주택들은 임직원에게 10년 이상 무상제공된 주택으로 볼 수 없다.

 1)청구법인은 쟁점주택이 종교시설이 아니라하더라도 임직원에 10년 이상 제공된 주택이므로 과세대상이 아니라고 주장한다.

 2)그러나, 비영리단체가 주거용 부동산을 취득할 경우 일반인과의 조세형평성을 고려하여 목적사업 수행에 중추적인 역할을 하는 임직원이 사용한 경우로 한정하여 비과세 대상으로 인정해야 한다.

 3)하지만, 청구법인이 주장하는 쟁점주택들 이용자들은 해외에 파송된 선교사들이 국내에 잠시 체류하면서 숙소로 사용한 경우와 일반 신도들의 그룹활동 및 철야 예배 후 휴식공간으로 이용한 경우이다.

 4)쟁점주택들을 숙소로 사용한 선교사에 대해 소속 증명서를 제출하지 않아 그 소속을 확인할 수 없으므로 해당 선교사가 청구법인의 목적사업 수행에 필수불가결한 중추적 지위에 있다고 보기 어렵다.

 5)해외 파송 선교사의 숙식 장소 제공 역시 종교단체로서의 본질적인 활동인 선교활동이나 선교사 양성 교육에 직접적․일상적으로 사용되었다기보다는 국내에 일시 체류하는 동안 안정을 위하는 주거용 등의 부수적인 용도로 보인다.

 6)임직원의 범위를 판단함에 있어 일반 신도와 교회의 목적사업을 주도적으로 이끌어가는 목회자나 핵심 선교사를 구분해야 할 것이다. 일반 신도가 기도 모임이나 철야 예배 후 쟁점주택들을 사용했다고 해서 이를 임직원으로서 목적 사업에 ‘중추적’이고 ‘직접적이며 일상적’인 사용으로 보아서는 안된다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 쟁점주택들은 종교시설이며, 임직원에게 무상제공한 기간이 10년 이상인 주택이므로 토지등 양도소득 법인세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

나.관련법령

 1)국세기본법 제14조【실질과세】(2023.12.31. 법률 제19926호로 일부개정 되기 전의 것)

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 2)법인세법 제4조【과세소득의 범위】(2023.12.31. 법률 제19930호로 일부 개정되기 전의 것)

  ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

   1. 각 사업연도의 소득

   2. 청산소득(淸算所得)

   3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

  ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

   5.유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 2-1)법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 일부개정되기 전의 것)

  ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(｢국가균형발전 특별법｣ 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

 3)법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

  ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 ｢소득세법｣ 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

   2.대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, ｢지방자치법｣ 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

  ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

   3.｢도시 및 주거환경정비법｣이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

 3-1)법인세법 시행령 제92조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

  ② 법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.(단서 생략)

   2.주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공 기간이 10년 이상인 주택

  ④ 법 제55조의2 제4항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

   1.｢도시개발법｣ 그 밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 ｢소득세법 시행령｣ 제152조의 규정에 의한 것으로 한다.

 4)지방세특례제한법 제50조【종교단체 또는 향교에 대한 면제】(2023.12.29. 법률 제19862호로 일부개정되기 전의 것)

  ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

   1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

   2.정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

   3.해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

  ② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용 (종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(｢지방세법｣ 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 ｢지방세법｣ 제146조제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용 하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

다.사실관계

 1)청구법인의 기본사항

  가)청구법인은 전도, 교육, 구호를 위한 사업을 목적으로 1953.3.3. 설립된 비영리법인이며, 청구법인의 등기사항일부증명서상 목적 사항은 “본 법인은 H회에 속한 모든 교회와 이 교회에서 경영하는 전도, 교육, 구호와 보육시설, 기타 사회교화 봉사사업을 위하여 필요한 토지, 건물, 설비품을 소유 관리하며 필요한 재산을 공급함을 목적으로 하고 이 목적을 이루기 위하여 아래와 같은 사업을 행한다”라고 기재하고 있다.

   나)C교회는 A시 D구를 소재지로 하여 1993.8.20. 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인이며, 쟁점주택들을 실질적으로 사용 하였다.

 2)쟁점주택들 매매계약

  가)청구법인은 2023.8.30. 쟁점주택들을 포함하여 C교회가 사용하던 부동산을 150억원에 매매로 양도하였으며, ｢등기사항전부증명서｣ 및 ｢부동산거래계약신고필증｣에 따른 부동산별 세부내역은 다음과 같으며, 쟁점 주택들의 매매가액 합계는 4,567,000,000원이다.

<C교회 부동산 매매 내역>

(단위: ㎡, 천원)

   나)청구법인이 제출한 분양신청서에 따르면, C교회 본당이 아닌 건물 중 교육선교관 제3별관으로 사용하였다고 주장하는 J주택은 사업시행자에게 양도하지 않고 2025.2.18. 분양권을 신청한 사실이 나타난다.

   다)청구법인은 2023.8.29. A시 소재 토지 및 건물을 150억원에 취득하였으며, C교회는 2023.12.20. 이 곳으로 소재지를 이전하였다.

 3)쟁점주택들에 대한 재산세 부과

  가)통지관서가 제출한 쟁점주택들에 대한 재산세 과세내역서에 따르면, 쟁점주택들은 2004년부터 2021년까지 ｢지방세특례제한법｣ 제50조제2항(종교 단체 또는 향교에 대한 면제)의 규정에 의거 17년 동안 재산세가 과세되지 않은 사실이 나타난다.

  나)D구청장은 2022년 4월 C교회에 대한 현장확인을 통해 다음의 ｢종교시설 감면 조사내역｣과 같이 쟁점주택들을 종교목적으로 사용하지 않은 것으로 보아 2022년 3,888,720원, 2023년 3,344,280원, 합계 7,233,000원의 재산세를 부과하였다.(표 생략)

  다)청구법인은 재산세 부과에 대하여 이의제기를 하지 않은 것은 교육선교관 등으로 재사용하는 경우 재산세가 부과되지 않는다는 D구청의 답변 내용과 전문성 부족으로 인하여 법인세로 연결된다는 생각을 하지 못하였기 때문이라고 주장하고 있다.

 4)청구법인의 법인세 신고 및 경정청구

  가)청구법인은 A시 D구 C교회 본당과 목양실은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적으로 직접 사용하였다는 사유로 법인세 과세대상에서 제외하여 법인세 신고하였고, 통지관서도 이에 대한 다툼은 없다.

  나) 청구법인은 2024.3.27. 2023사업년도 법인세 신고 시 쟁점주택들 양도 차익 3,804,550,000원에 대하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적으로 사용하지 않은 사유로 법인세 과세대상으로 판단하여 다음과 같이 법인세 361,432,250원을 산출하여 신고하였다.

<쟁점주택들 양도차익 및 법인세 내역>

(단위: 천원)

* 고유목적사업준비금 1,902,275천원 공제(법인세법 제29조, 소득금액의 50%)

  다) 청구법인은 2023사업년도 법인세 신고 시 쟁점주택들 양도차익에 대하여 토지등 양도소득에 대한 법인세 760,910,000원(양도차익 3,804,550,000원 × 20%)를 산출하여 신고하였다.

  라)청구법인은 2024.11.1. 쟁점주택들은 종교시설로 사용하였으므로 양도차익은 법인세 과세대상에서 제외되어야 하고, 도시정비형 도시재개발로 시행사에 공공개발에 따라 수용되었으므로 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다는 취지로 경정청구서를 제출하였다.

  마)통지관서는 2025년 1월경 쟁점주택들에 대한 현장확인을 실시하였으나, 쟁점③주택 내부만 확인가능한 상태로 공실로 된 지 3년(법인세 경정청구와 관련한 현장방문일 기준)이 넘어 일부 내벽 및 지붕이 무너져 있었으며 교회 집기, 비품들로 보이는 물품들이 쓰레기처럼 가득 찬 상태여서 주택 또는 종교시설로 판단하기 불가능한 상태였다고 기재하고 있다.

  바)통지관서는 2025.2.12. 쟁점주택들은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적에 사용하지 않았으므로 법인세 과세소득에서 제외되지 않는다고 보아 양도차익 법인세의 환급을 거부하였으나, 토지등 양도소득에 대한 법인세 760,910,000원은 E구역재개발사업에 수용되었다는 사유로 환급경정하였다.

  사)통지관서는 2025.4.28. 쟁점주택들은 사업시행자에게 ‘매매’로 양도되어 ｢법인세법｣ 제55조의2제4항제3호에서 정하는 ‘환지처분’ 등에 해당하지 않으므로 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상으로 보아 2023사업연도 법인세 782,839,426원(납부지연가산세 21,929,426원 포함)을 과세하겠다는 과세예고를 통지하였다.

 5)청구법인의 이의신청 및 과세전적부심사청구

  가)청구법인은 2025.4.10. 쟁점주택들은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적에 사용하였다는 사유로 양도차익에 대한 법인세 361,432,250원은 과세 대상이 아니라는 사유로 통지관서에 이의신청을 제기하였으며, 통지관서의 국세심사위원회는 2025.6.17. 다음과 같이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아 경정청구를 거부한 통지는 잘못이 있다고 판단하였다.

  나)청구법인은 2025.5.27. 쟁점주택들은 종교시설이므로 토지등 양도소득 법인세 과세대상이 아니며, 설령 종교시설이 아니라하더라도 쟁점시행령조문에서 규정하는 임원 및 직원에게 제공하는 사택 등에 해당되어 과세대상이 아니라며 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

  다)청구법인이 주장하는 C교회의 사용현황은 다음과 같으며, 쟁점①주택은 선교사의 일시 생활장소, 쟁점②주택은 취학전 아동의 종교활동, 쟁점③주택은 초등학생들의 종교활동 용도로 사용하였다고 주장하고 있으며, J주택은 중․고등학생의 종교활동 및 교사들의 사무공간 등으로 사용하였다고 주장하며 관련 사진을 제출하였다.

<청구법인 주장 쟁점주택들 사용 현황>

 6)쟁점주택들에 대한 현장확인

  심리담당자가 2025.7.16. 쟁점주택들의 현장에 출장하여 확인한 결과, 쟁점①,②주택은 주방, 욕실 등이 구분되어 있는 모습을 갖추고 있으며, 쟁점③ 주택과 J주택은 파손이 심해 주방, 욕실 등의 위치와 용도를 구분하기 어려워 보인다.

 7)기타 확인사항

  가)D구청장이 2022.8.30. 고시한 ｢관리처분계획인가 고시｣ 등에 따르면, E구역재개발사업은 A시 D구 일대 13,028㎡ 규모로 1979.9.21. 최초 정비구역 지정, 2021.6.10. 정비계획 변경 결정, 2022.8.24. 사업시행계획인가 고시, 2023.8.30. 관리처분계획인가 고시되었다.

  나)청구법인이 쟁점주택들을 취득한 2003년 및 2004년 이후 주민등록 전입 이력은 다음과 같이 쟁점②주택에 3년 11월의 전입이력이 있는 것으로 나타나고, 5월의 기간 동안 전입한 K는 쟁점②주택에 거주하지 않고 주민등록만 이전하였다는 내용의 확인서를 제출하였다.

<쟁점주택들 주민등록 전입 이력>

  다)청구법인이 제출한 감정평가서에 따르면, 감정평가법인은 E구역재개발사업의 보상목적으로 2021.7.30. 기준으로 쟁점주택들을 평가하면서 용도를 ‘주택’으로 평가하고 있다.

  라)국세청이 발간한 2002년 개정세법 해설에 따르면, 구 ｢법인세법｣ 제99조에서 규정하고 있던 특별부가세는 2002.1.1. 이후 양도하는 분부터 폐지되었으나, 투기 재발 시 부동산 양도소득에 대해 법인세를 추가과세할 수 있는 장치를 마련하기 위하여 ｢법인세법｣ 제55조의2를 신설한 것으로 나타난다.

라.판단

 1)관련 법리

  가)｢법인세법｣ 제4조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제3조제2항은 비영리내국 법인이 자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유 목적사업에 직접 사용한 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세 대상에서 제외하고 있다.

  나)｢법인세법｣ 제55조의2제1항제2호는 내국법인이 비사업용 토지, 주택, 조합원 입주권 및 분양권을 양도하는 경우 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부하도록 규정하고 있으며, ｢법인세법 시행령｣ 제92조의2제2항제2호는 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택은 과세대상에서 제외하고 있다.

  다)건물이 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물 공부상의 용도 구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적 으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005.4.28. 선고 2004두14960 판결 참조).

  라)토지등 양도소득에 대한 과세특례를 규정하고 있는 ｢법인세법｣ 제55조의2 제1항제2호는 ｢법인세법｣ 제3조의 규정에 의한 법인세 과세소득과는 별도로 토지등 양도소득에 대하여 법인세를 과세하도록 규정하고 있는 조항으로 보아야 할 것이고(심사법인2010-0034, 2010.11.1.),

   법인이 ｢법인세법｣ 제55조의2제1항 각 호에서 규정한 토지 및 건물을 양도한 경우에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 납부 여부와 별도로 “토지등 양도 소득에 대한 법인세”를 추가로 신고․납부하는 것이므로(법인세과-76, 2012.2.15.),

   청구법인이 쟁점주택들을 C교회의 ‘종교시설’로 사용하였다고 하더라도 쟁점주택들이 ‘주택’에 해당하는 경우에는 양도차익에 대한 법인세 과세여부와는 별도로 토지등 양도소득 법인세 과세대상에 해당하며, 10년 이상 무상제공 등 일정요건을 갖춘 주택인 경우에는 과세대상에서 제외된다.

 2)쟁점주택들이 토지등 양도소득 법인세 과세대상인지에 대한 판단

  가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점주택들은 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택에 해당하는 것으로 보인다.

   (1)청구법인이 양도한 쟁점주택들은 공부상 주택이며, E구역재개발사업 시행사가 의뢰한 2021년 7월의 감정평가에서도 주택으로 평가하였고, 쟁점주택들의 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물이므로 주택으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

   (2)청구법인이 제출한 쟁점주택들의 현장사진, D구청장이 2004년부터 2021년까지 쟁점주택들에 대한 재산세를 과세하지 않는 사실, 2022년부터 2023년까지는 코로나19로 인해 쟁점주택들을 종교목적으로 사용하지 않아 재산세가 부과된 사실, 통지관서 및 청구법인이 제출한 현장사진 등을 종합하여 보면 C교회가 쟁점주택들을 임대하거나 종교목적 이외의 다른 목적으로 사용한 사실을 확인할 수 없다.

   (3)부동산 투기 재발 시 토지등 양도소득에 대해 법인세를 추가 과세하려는 취지에 비추어 보면, 쟁점②주택에 3년 11월 동안 주민등록을 전입한 것이 사실이라고 하더라도 청구법인의 쟁점주택들 전체 보유기간 20년 4월 중 16년 5월 동안 주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공 기간이 10년 이상인 주택에 해당하는 것으로 봄이 타당하다.

  나)따라서, 통지관서가 쟁점주택들에 대하여 토지등 양도소득 법인세를 과세하겠다는 이 건 과세예고통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.