1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2021. 12. 8. 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 2018 사업연도 법인세 본세(기납부세액 공제) 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세에 대한 가산세 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2019 사업연도 결손금 감액처분 전부를 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 20%는 원고가, 80%는 피고가 각 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2021. 12. 8. 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 2017 사업연도 결손금 감액처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세 본세(기납부세액 공제) 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분,1) 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세에 대한 가산세 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2019 사업연도 결손금 감액처분 전부를 각 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고: 제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 청구취지와 같은 판결을 구한다.

나. 피고: 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고 그 취소 부분에 대한 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고는 부동산개발, 시행, 분양 및 컨설팅을 주된 사업목적으로 하는 법인이고, 주식회사 BB건설(이하 ‘BB건설’이라 한다)은 건축공사업 및 부동산 분양대행업을 주된 사업목적으로 하는 법인으로서 법인세법상 원고의 특수관계인에 해당한다.

나. 원고는 2017. 1. 5. oo시 oo지구 중심상업지역에 있는 건물의 상가(근린생활시설) 분양을 대행한 BB건설 및 같은 건물의 오피스텔 분양을 대행한 CCC(변경 전 상호: 주식회사 DDD종합개발)에게 분양대행수수료 외 성과금 명목으로 각 x억 원씩 총 xx억 원을 지급하였다(이하 ‘이 사건 분양성과금’이라 한다).

다. 원고는 2018, 2019 사업연도에 분양형 토지신탁계약에 따른 수탁자를 주식회사 EEE자산신탁(이하 ‘EEE자산신탁’이라 한다), 시공사를 BB건설, 주식회사 FF전기건설(이하 ‘FF전기건설’이라 한다), GG설비 주식회사(이하 ‘GG설비’라 한다)의 3개 법인으로 구성된 공동수급체로 하여 HH프라자(JJ1차) 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 시행하였다.

라. oo지방국세청은 2021. 7. 6.부터 2021. 10. 27.까지 원고, BB건설, CCC에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 ① 업무와 관계없이 특수관계인인 BB건설과 CCC에게 이 사건 분양성과금을 지급하였다는 이유로 2017 사업연도에 관하여 10억 원을 기타사외유출로 손금불산입하고, ② 이 사건 공사에 관하여 특수관계인인 BB건설에게 xxx,xxx,xxx원 상당의 공사대금을 시가보다 과다하게 지급하였다는 이유로 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에서 정한 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 2018 사업연도에 관하여 xxx,xxx,xxx원 2019 사업연도에 관하여 xxx,xxx,xxx원원을 각 기타사외유출로 손금불산입하여 과세자료를 피고에게 통보하였다.

마. 피고는 2021. 12. 8. 원고에게 별지1과 같이 2017 사업연도 법인세, 2019 사업연도 법인세에 관하여는 각 결손금을 감액경정·고지하고, 2018 사업연도 법인세에 관하여는 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 증액경정·고지하였다.

바. 피고는 2022. 10. 6. 원고의 경정청구를 받아들여 2018 사업연도에 관하여 최저한세 적용대상 공제감면세액 xx,xxx,xxx원원을 반영하고 별지1과 같이 2018 사업연도 법인세를 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)으로 감액경정·고지하였다(이하 2017 사업연도, 2019 사업연도 결손금 감액처분 및 당초 2018 사업연도 법인세 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 14호증, 을 제1, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 이 사건 공사 관련 부당행위계산에서의 시가 등 산정 위법 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

가) 구 법인세법 제52조 제1항은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘시가’라 한다)을 기준으로 한다.”고 규정하고 있다.

나) 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호는 구 법인세법 제52조 제1항의 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’의 하나로 ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우’를 들고 있고, 같은 조 제3항은 ‘제1항 제7호 등은 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다’고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조는 용역의 '시가'에 대해 ① 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고(제1항), ② 위와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 각 호에서 정한 방법에 의하여 산정할 수 있으며(제2항), ③ 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, “원가”라고 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도록 규정하고 있다(제4항 제2호).

다) ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하는 것이지만, 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이며, 그렇게 하여서도 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법에 따라 그 가액을 평가하여야 한다(대법원 1987. 6. 9. 선고 85누743 판결, 대법원 1994. 12. 22. 선고 93누22333 판결, 대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결의 각 취지 등 참조), 한편 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 관한 주장·증명책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

라) 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 경제적 합리성 유무에관한 판단은 제반사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한편 부당행위계산부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

2) 인정사실

가) EEE자산신탁은 2017. 10. 13.경 BB건설과 이 사건 공사에 관하여 준공예정일 2019. 2. 12., 연면적 13,200.57㎡를 주요조건으로 정한 공사도급계약을 체결하면서, 위 계약의 범위에는 전기공사, 정보통신공사, 소방공사 등이 제외되고 제외되는 공사는 분리발주 및 공동수급하기로 하되, 전기공사 등을 포함한 전체 공사대금의 합계액은 3.3㎡당 470만 원(부가가치세 별도)으로 정하였다. 이에 따라 전기공사 등을 모두 포함한 이 사건 공사대금은 xxx,xxx,xxx원(= 연면적 13,200.57㎡ / 3.3㎡ × xxx만원)이었다.

나) EEE자산신탁은 2018. 2. 23. BB건설, FF전기건설, GG설비를 공동수급인으로 하여 다시 이 사건 공사에 관하여 공사대금을 아래와 같이 정한 변경계약을 체결하면서, 기성대금은 공동수급대표자인 BB건설에 일괄 지급하고 BB건설이 FF전기건설과 GG설비의 기성대금을 각각 정산 지급하기로 정하였다.

다) BB건설은 부가가치세 및 법인세를 신고하면서 2017년과 2018년에는 주업종코드를 ‘452101(기반 조성 관련 전문 공사업)’로, 2019년에는 ‘451104(비주거용 건물건설업)’로 적용하였다.

라) 피고는 이 사건 공사에 대한 BB건설의 투입원가인 xxx,xxx,xxx원을 기초로, 이 사건 공사의 계약체결일인 2017년경 BB건설이 주업종으로 신고한 ‘기반 조성 관련 전문 공사업’의 평균 매출원가율(87.9%)을 적용하여 이 사건 공사의 시가를 xxx,xxx,xxx원원(= xxx,xxx,xxx원원 / 87.9%)으로 산출한 후, 이 사건 전체 공사대금(전기공사, 통신공사, 소방공사 포함) xxx,xxx,xxx원에서 위 시가 xxx,xxx,xxx원을 공제한 xx,xxx,xxx원이 과다하게 특수관계인인 BB건설에 지급되었다고 보아 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제3, 4호증, 을 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 피고가 2017년도 기반 조성 관련 전문 공사업(주업종코드: 452101)의 업종 평균 매출원가율을 기초로 이 사건 공사의 법인세법상 시가를 산정한 것이 위법한지 본다.

가) 먼저 원고는 2016. 10. kk건설 주식회사와 오피스텔 신축사업에 관한 공사계약(도급금액 xxx,xxx,xxx원)을 체결하였고, 2019. 7. LL엔지니어링 주식회사와도 지식산업센터 신축에 관한 공사계약(도급금액 xxx,xxx,xxx원)을 체결하였고(갑 제10, 11호증), 각 계약의 수익률은 9.19%, 17.98%인데, 원고가 제출한 증거에 의하더라도 원고가 특수관계인 외의 불특정다수인과 거래한 횟수는 2회에 불과하여 이를 계속적으로 거래하였다고 보기는 어렵고, 설령 횟수 자체로 계속된 거래가 인정되더라도 각 계약의 수익률 편차가 큰 이상 계속적으로 거래한 가격이 있는 것으로 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 공사의 시가를 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에 따라 산정하기는 어렵고, 이 사건 공사계약의 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 각호에서 정한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없으므로, 결국 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 따라 시가 산정이 가능한지 본다.

나) 피고는 국세청 내부전산망인 정보분석시스템에서 BB건설의 2017년도 당시 주업종코드 452101(전문직별 공사업)의 동종 업종 평균 매출원가율(2017년 주업종코드452101로 법인세를 신고한 법인수는 7,888개에 이름)을 적용하여 이 사건 공사의 시가를 산출하였는데, 위 7,888개 법인 중 어떠한 법인의 용역이 안강건설의 이 사건 공사와 유사한지 선별하는 최소한의 절차를 취하지 않았던 것으로 보인다. 피고가 제시한 동종 업종의 평균 매출원가율이 위 법인세법상 시가에 해당하기 위하여는 특수관계인과 거래한 동종 법인의 매출 및 매출원가가 비교 대상에서 제외되어야 함에도 특수관계인 간 거래를 배제하기 위해 어떠한 작업을 거쳤는지도 알 수 없다.

다) 2017년 주업종코드 452101로 법인세를 신고한 법인수가 7,888개에 이르므로 표본의 개수가 절대적으로 부족한 것으로 보이지 않고, 피고가 유사 용역계약을 임의로 선별하는 것은 과세관청의 자의가 개입될 수 있는 여지가 있으며, 피고가 적용한 원가율에 따라 시가를 계산하였을 때 원고 측 내부자료에 기재된 공사비와 비슷한 금액이 산정되었고, 원고의 대표이사가 피고 측 시가 산정에 동의한다는 내용의 확인서를 작성하여 준 사정은 있으나, 피고 측에서 용역계약을 임의로 선별하지 않는 선에서 유사성 확보를 위한 최소한의 합리적인 조정을 위한 조치를 취할 수 없었다고 보기는 어렵다. 예컨대 피고로서는 대표성 있는 평균값을 얻기 위해 최고값과 최저값을 일정 비율로 공제하여 소위 절사평균을 산출할 수도 있고, 도급인과 수급인 사이의 특수관계 성립 여부를 확인하여 이를 평균 산출 과정에서 배제하거나 이 사건 공사의 규모(또는 원고의 매출액 규모) 또는 건축물의 목적 면에서 유사한 용역계약을 선별할 수도 있었을 것이나 피고는 어떠한 추가 조치 없이 전문직별 공사업 7,888개 업종의 평균을 산출하였다. 피고가 특정 업종을 선정하여 그 평균 수익률을 바탕으로 이 사건 공사의 시가를 선정하는 방식 자체가 위법하다고 보기는 어려우나 그 과정에서 이 사건 공사와 비교대상계약의 유사성을 확보하기 위한 조치가 전무하였으므로, 피고의 위와 같은 시가 산정은 합리적이지 않다.

라) 피고가 주장하는 수익률 산출방식이 객관성과 합리성을 갖는다고 하기 위해서는 각 비교대상계약의 수익률이 공사시기, 공사대상, 용역의 구체적인 내용, 규모, 지역, 공사진행 정도 등의 차이에도 불구하고 일정해야 한다는 점이 전제되어야 할 것이나 이 점을 인정할만한 사정이 없고, 오히려 피고는 건설 용역의 경우 위치, 규모, 공사기간, 난이도, 지역 등이 제각각이므로 각 용역의 개별적 특성이 확연하고, 현장별로 수익률의 차이가 크다고 주장하고 있을 뿐이다.

마) 피고가 기반 조성 관련 전문공사업(업종코드: 452101)을 기준으로 이 사건 용역의 시가를 산정한 것도 합리성과 타당성을 갖추지 못하였다.

(1) 피고가 기반 조성 관련 전문공사업 또는 기타 비주거용 건물 건설업 기준을 적용하여 시가를 산정하는 경우 이 사건 공사 시가 및 부당행위계산부인이 이루어지는 금액은 아래 표와 같고(2017, 2018 사업연도 452101, 2019 사업연도 451104), 원고의 주장과 같이 기타 비주거용 건물 건설업으로 계산하는 것이 부당행위계산부인액이 적게 산정되는 등 원고에게 유리하다. 세무 신고 과정에서 주업종코드는 당해 법인의 중소기업 내지 중견기업 해당 여부 및 추계과세 시 적정 추계율 산정을 위하여 필요한 자료로서 납세자의 권리의무를 결정짓는 과세요건 사실에 해당하지 않고 안강건설의 경우 어느 업종을 선택하더라도 중소기업 및 중견기업 대상 업종에 해당하고, 추계과세를 적용받지 않았기 때문에 납부세액 관련하여 업종코드별 구분 실익이 거의 없다.

(2) BB건설은 이 사건 공사계약을 통하여 복합시설 관련 전기, 통신, 소방을 제외한 일체의 공사를 수급하였는바, 원고가 아래 표로 제시한 비주거용 건물 건설업과 각종 전문공사업의 관계에 비추어 보면 BB건설은 ‘기반 조성 관련 전문 공사업’에 한정되지 않은 총체적인 공사업을 수행한 것으로 봄이 타당하다.

(3) ‘기타 비주거용 건물 건설업’(업종코드: 451104)의 적용범위는 비주거용 건물 건설용역만 해당되고(건설 후 판매 -> 부동산매매업), 직접 건설활동을 수행하지 않더라도 건설공사에 대한 총괄적 책임을 지면서 하도급을 주어 전체적으로 건설공사를 관리하는 경우도 포함하는바, 건물의 건설을 포괄하는 활동이 그 부분을 이루는 활동과 관련이 있다고 하여 그 부분을 이루는 활동의 수익률과 동일하다고 보기는 어렵다.

(4) 결국, 이 사건 공사 시가의 객관적, 합리적 산정의 일환으로 특정 업종의 평균 수익률을 적용함이 가능하다고 전제하더라도, 과세관청인 피고로서는 신고된 주업종코드에 구애될 것이 아니라 해당 공사의 성격에 가장 부합하는 업종을 선정하여야 할 것인바, 이 사건 공사의 경우 비주거용 건물의 전기, 통신, 소방공사를 제외한 일체의 공사에 관한 도급이 이루어진 것이므로 ‘기반 조성 관련 전문공사업’(업종코드:452101) 보다는 ‘기타 비주거용 건물 건설업’(업종코드: 451104)을 선정하여 이를 산정의 기초로 삼는 것이 해당 공사의 성격에 더 부합한다고 보인다.

바) 한편, 원고는 BB건설이 원고에게 제공한 용역은 이 사건 공사뿐만 아니라 ABL 대출(자산유동화담보부 대출)에 관한 담보를 제공하는 것을 포함하는 것임에도 피고는 이 사건 용역의 시가를 산정하면서 위와 같은 담보 제공의 대가를 고려하지 않았다고 주장한다. 그러나 ABL 대출에 대한 담보 제공의 대가는 이 사건 공사계약서에 기재되어 있지 않고, 원고의 내부자료(을 제12호증)에 의하더라도 건축공사비와 ABL대가 이익금은 분리되어 산정되어 있다. 따라서 원고와 BB건설 사이의 공사대금 산정에 있어 ABL 대출에 대한 담보제공의 대가가 반영된 것으로 보기 어려우므로 피고가 ABL 대출에 대한 담보 제공의 대가를 고려하지 않고 이 사건 공사 시가를 산정한 것 자체를 위법하다고 보기는 어렵다.

사) 위와 같은 사정을 종합하면 피고가 BB건설이 수행한 이 사건 공사 부분의 시가를 단순히 기반 조성 관련 전문 공사업의 업종 평균 매출원가율을 기초로 삼아 xxx,xxx,xxx원으로 산정한 것에 위법이 있다.

4) 피고가 이 사건 공사 부분의 시가를 산정하면서, BB건설이 원고로부터 지급받은 공사대금을 FF전기건설, GG설비의 공사대금까지 합한 xxx,xxx,xxx원으로 하여 시가보다 과다 지급된 공사대금을 산정한 것이 위법한지 본다.

가) 공급자 GG설비, 공급받는 자 BB건설, 작성일자 2018. 12. 31., ① 품목 ‘OO지구 BBE타워 신축공사 중 기계설비공사대금(기계)’, 공급가액 xxx,xxx,xxx원, 세액 xx,xxx,xxx원, ② 품목 ‘OO지구 BBE타워 신축공사 기계소방설비공사대금(소방)’, 공급가액 xx,xxx,xxx원, 세액 x,xxx,xxx원으로 한 전자세금계산서가 발행된 사실은 다툼 없이 인정된다.

나) 그런데 이 사건 공사 변경계약서는 제2조에서 공사의 종류별로 수급인을 달리 정하고, 제3조 제3항에서 ‘도급인은 BB건설에서 지불시기가 도래한 공사기성금을 일괄 지급하고, BB건설은 수급인간 공동수급협정에 따른 분담비율에 따라 수급인 전원에게 공사 기성금을 각각 정산 지급하기로 함에 수급인 전원은 동의하며 BB건설이 대가를 지급하지 않음을 이유로 수급인은 도급인에게 대가 지급을 요청할 수 없다.’고 규정하고 있다. 따라서 BB건설이 원고 측으로부터 FF전기건설과 GG설비의 공사대금을 수령하였더라도 이를 BB건설이 취득한 것과 같이 보는 것은 위 계약의 문언에 반한다.

다) 피고는, BB건설이 위와 같이 공동수급인에게 지급한 금액을 부가가치세 신고서상 매입금액에 포함하여 신고하였는바, BB건설이 비용 항목으로 계상한 위 지급금액을 법인세법상 비용으로 처리하지 않기 위해서는 세무조정이 필요한데 BB건설은 세무조정을 신고한 바 없고, 결국 BB건설은 그 외 공동수급인에게 지급한 도급금액을 법인세 신고시 비용으로 인식하였다는 취지로 주장한다. 그러나 ① BB건설은 이 사건 도급계약에 관한 공사수입금을 장부에 계상하면서 이 사건 도급계약에 따른 공사대금 총액 xxx,xxx,xxx원, 중 공동수급액 xxx,xxx,xxx원을 전체 매출에서 차감하여 계상한 바 있고, ② 이 사건 공사계약에 관한 BB건설의 외주비 계정별 원장으로도 위 공동수급액 xxx,xxx,xxx원은 비용으로 계상되지 않은 것으로 보인다(갑 제15호증 등).

라) 피고는 BB건설의 외주비 계정별 원장상 GG설비에 대한 외주비 지급 사실이 확인된다는 취지로도 주장하나, BB건설과 GG설비 사이에는 OO지구 BBE타워 신축공사에 관한 별도의 기계설비공사 하도급 계약이 체결되었던 것으로 보이므로, 피고의 주장만으로 BB건설이 이를 비용으로 계상하였다고 인정하기는 어렵다. 달리 BB건설의 투입원가금액 xxx,xxx,xxx원에 FF전기건설과 GG설비가 투입된 비용이 포함되어 있음을 확인할 만한 자료가 없다.

마) 따라서 BB건설에 귀속되는 공사대금은 총 공사대금 중 xxx,xxx,xxx원이고, FF전기건설, GG설비의 공사대금까지 합한 xxx,xxx,xxx원으로 하여 시가보다 과다 지급된 공사대금을 산정한 것은 위법하다.

5) 원고가 과다 산정된 공사대금을 지급한 것이 경제적 합리성을 상실한 행위로서 부당행위계산부인의 대상에 해당하는지에 관하여 본다.

가) 원고가 내부적으로 작성한 자료에 의하면 총공사비는 xxx,xxx,xxx원, 건축공사는 xxx,xxx,xxx원, ABL대가 이익금은 xxx,xxx,xxx원으로서(을 제12호증), 원고는 ABL 대출을 위한 담보 제공에 대한 대가 지급을 위하여 일부 금원을 공사비에 포함하여 BB건설에 지급한 것이 아니라 공사대금과 ABL대가 이익금을 별도로 두고 두 금원을 합산하여 BB건설에 지급한 것으로 보인다.

나) 원고와 BB건설 간의 당초 공사비용이 xxx,xxx,xxx원이고, ABL제공 대사 혹은 ABL제공에 따른 공사도급액 증액분이 xxx,xxx,xxx원인바, BB건설이 원고를 대신하여 이 사건 공사의 공사대금채권을 원고의 대출에 대한 담보로 제공하였다고 할지라도 제3자간의 거래의 경우에는 당초 공사비용의 60%에 달하는 공사비용의 추가 지급은 발생하기 어려운 것이므로, 원고의 이러한 행위는 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 계약으로 봄이 타당하다.

다) 원고는, 이 사건 공사도급계약에 따라 BB건설에 지급되는 용역대금이 감소하게 되면 BB건설이 원고의 대출에 대하여 제공할 수 있는 담보의 크기도 줄어들게 되므로 용역대금을 과다 지급하게 되었다는 취지로 주장하나, 이는 결국 원고가 부담해야 할 용역대금을 높이는 것인데 이러한 방식이 구체적으로 원고의 유동성 관리에 도움이 되는지 파악하기는 어렵다.

라) 원고도 이 사건 도급금액을 xxx,xxx,xxx원 높게 책정한 사실에 대한 문제점을 인식하고 세무조사(부당행위로 인한 원고에게 법인세 부과 우려)에 대응하기 위해 내부문건(을 제111호증)을 만들어 위 xxx,xxx,xxx원을 금전소비대차로 변경하여 도급금액을 변경하는 등의 방안을 검토하였으나 EEE자산신탁의 동의가 없어 실행하지 못하는 등 이 사건 도급금액을 과다 지급함으로써 부당지원으로서의 비용 과대계상임을 인지하고 있었던 것으로 보인다.

마) 나아가 BB건설의 공사대금채권을 담보로 원고가 금융기관으로부터 ABL대출을 받을 수 있었다고 하더라도, ① 결국 위 대출금의 채무자는 원고이고 BB건설이 이를 변제할 경우 BB건설에게 구상금채무를 지는 점, ② 대출금을 포함한 사업비용을 줄이고 BB건설에게 지급해야 할 공사대금도 줄이는 것이 원고에게 이익인 점등에 비추어 보면, 공사대금채권을 담보로 제공하였는지 여부와 관계없이 특수관계법인인 BB건설에게 시가를 훨씬 초과하는 공사대금을 지급하기로 약정하였다면 경제적 합리성을 상실한 행위에 해당하여 ‘부당행위계산’에 해당한다고 봄이 타당하다.

나. 이 사건 분양성과금은 업무관련비용으로 손금에 해당한다는 주장에 관한 판단이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결 이유는 제1심판결의 해당 부분(제13면 제1행부터 제16면 제13행까지) 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

다. 소결론

이 사건 처분 중 이 사건 분양성과금에 관련된 2017 사업연도 결손금 감액처분에 대한 원고의 청구는 이유 없으나, 이 사건 공사에 관하여 공사대금을 시가보다 과다하게 지급하였다는 것과 관련된 2018 사업연도 법인세 부분, 2019 사업연도 결손금 감액처분에 대한 원고의 청구는 이유 있다. 따라서 피고가 2021. 12. 8. 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 2018 사업연도 법인세 본세 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세에 대한 가산세 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2019 사업연도 결손금 감액처분 전부를 각 취소함이 타당하다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 주문과 같이 변경하기로 한다.