1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.3.27. 설립된 주택재개발정비사업조합으로, 정비사업과 관련하여 부담한 조합원들의 이주비 관련 대출이자 OOO원(이하 “쟁점이자”라 한다)을 조합원분양분(비수익사업)과 관련된 금액으로 보았다가, 2025.3.18. 쟁점이자는 청구법인 전체 정비사업의 공통경비이어서 일반분양분(수익사업) 비율(59.36%)에 해당하는 OOO원을 수익사업의 손금에 산입하여야 한다며 아래 <표1>과 같이 처분청에 경정청구를 하였다.

<표1> 경정청구 내역

(단위 : 원)

○○○

나. 처분청은 쟁점이자가 일반분양(수익사업)을 진행하는데 있어 반드시 필요한 지출이라고 보기 어렵고, 관련 증빙자료를 제출하지 아니하였다는 등의 이유로 2025.5.19. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 정비사업은 종전의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 신축하여 분양하는 사업으로서, 정비사업을 원활하게 추진하기 위해서는 무엇보다도 해당 조합이 설정한 이주기간 이내에 조합원들의 적극적인 협조로 빠른 이주진행이 매우 중요하다. 이에 따라 정비사업조합은 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위하여 금융기관으로부터 이주에 필요한 자금 중 이주비를 대출받도록 알선하고, 그 이자는 정비사업비로 편성하여 금융기관에 납부하고 있다.

 (2) 상기와 같은 이주비에 대한 금융비용은 정비사업 진행에 필수적인 비용으로서, 아래 <표2>의 판결내용과 같이 정비사업조합이 정비사업비로 부담한 그 금융비용은 전체 재건축사업의 공통손금에 해당한다.

<표2> 서울행정법원 2023.9.15. 선고 OOO 판결 내용

나. 처분청 의견

 (1) 「법인세법」 제19조(손금의 범위) 제2항에서 손비는 ‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있고, 제113조는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) 제6항 본문은 비영리법인이 구 법인세법 제113조 제1항에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 일정한 기준에 의하여 구분 계산하도록 규정하고 있는데, 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요 없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 하며, 비영리법인이 수익사업을 영위함에 있어서 위와 같은 회계원칙을 지키지 않은 경우에도 그 수익 또는 비용은 실질과세의 원칙상 위와 같은 기준에 따라 수익사업과 비수익사업에 귀속되어야 하는바, 쟁점이자는 자금의 귀속(조합원, 비수익사업)이 분명함에도 불구하고 청구법인은 수익사업과 비수익사업을 함께 영위하고 있고, 이주비 지원이 필수적이라는 단 두 가지 사유만으로 공통손금이라 주장할 뿐, 그 비용이 어디에서 발생하였는지 그 여부가 불분명하고, 그 증빙이 전혀 없다.

 (2) 청구법인은 쟁점이자가 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다고 주장하면서도 처분청이 이를 검토하기 위해 자료 보완 요청을 하였으나, 현재까지도 관련 증빙자료를 제출하지 아니하고 있고, 쟁점이자는 조합원들의 대체 주거에 필요한 자금을 금융회사로부터 대출받은 후에 발생한 이자를 청구법인이 대납한 것으로, 청구법인이 대납하지 않더라도 주거가 반드시 필요한 조합원들로서는 스스로 부담할 수 밖에 없으며, 이주비 대출은 조합원들이 필요에 의해 선택적으로 진행하는 것으로, 쟁점이자가 청구법인의 일반분양(수익사업)을 진행하는데 반드시 필요한 지출이라고 인정하기는 어렵다.

 (3) 관련 이주비는 조합원에게 전적으로 귀속된 사실이 확인되고, 일반분양자에게는 전혀 귀속된 사실이 없음에도 단지 사업진행비라는 이유로 자금의 귀속이 분명하지 아니한 것으로 보아 공통손금으로 주장하는 것은 인정하기 어려운바, 재건축ㆍ재개발사업에서 조합의 개별 여건 등에 따라 이주비 대출이자를 조합원들이 직접 부담하기도 하고, 시공사 등이 부담하기도 하는 등 이자를 부담한 주체가 다양한데, 이 건과 같이 조합이 대신 부담해 준 경우만 공통손금으로 인정하기도 어려우며, 다수의 예규(기준-2019-법령해석법인-485, 기준-2022-법무법인-135 등) 및 심판례(조심 2022부5068, 2023.3.21. 등)에서도 이주비 대출이자는 조합원이 직접 부담해야 하는 비용이므로 수익사업의 손금에 해당하지 아니하고, 그 중 수익사업 부분 상당액은 조합원의 배당소득에 해당한다고 해석하고 있는 점을 종합하여 보면, 쟁점이자를 비수익사업(조합원분양)과 수익사업(일반분양)의 공통손금으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점이자가 청구법인 전체 정비사업의 공통경비에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 (2) 법인세법 시행령

제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 생략)

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

 (3) 법인세법 시행규칙

제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

제76조(비영리법인의 구분경리) ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

 (4) 조세특례제한법

제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 「도시 및 주거환경정비법」 제18조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 “정비사업조합”이라한다)에 대해서는 「법인세법」 제1조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. (단서 생략)

 (5) 조세특례제한법 시행령

제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제107조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인의 정비사업 추진내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구법인의 정비사업 추진내용

○○○

 (2) 청구법인의 조합원분양분 및 일반분양분 비율 산정내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구법인의 조합원분양분 및 일반분양분 비율 산정내역

(단위 : ㎡, %)

○○○

 (3) 청구법인이 제시한 서울행정법원 2023.9.15. 선고 OOO 판결은 우리 원을 거친 사건(조심 OOO, 2022.10.18.)과 관련된 것으로, 현재 대법원에 계류중인 것으로 확인된다(대법원 OOO).

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점이자가 정비사업 진행에 필수적인 비용으로서 정비사업조합이 정비사업비로 부담한 그 금융비용은 전체 재건축사업의 공통손금에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점이자를 대신 납부하지 아니하더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다 할 것이므로 명도를 위한 이주보상금과는 달리 청구법인의 수익사업(일반분양)과 관련하여 반드시 필요한 지출이라고 보기 어렵고, 쟁점이자가 수익사업(일반분양)과 무관한 것임에도 이를 전체 공통비용으로 보게 되면 수익‧비용의 대응 원칙에도 부합하지 아니하는 점(조심 2022서2377, 2022.10.18. 등, 같은 뜻임) 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.