[주 문]

OO세무서장이 2024.4.17. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분은 과소신고가산세를 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.7.19. 충청북도 충주시 OOO외 2필지 주유소 용지 총 1,731㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가, 쟁점토지를 청구인의 동생 a(이하 “청구인 동생”이라 한다)에게 무상으로 임대하였고, 청구인 동생은 유휴지였던 쟁점토지에 1999.12.21. 주유소 건물을 신축하고, 유류저장탱크 매입 등 주유시설(이하 “주유소 등”이라 한다)을 구비하여 주유소를 운영하다가, 2000.1.8.부터 해당 주유소를 임대하던 중, 청구인은 2021.11.18. b(주)(이하 “양수인”이라 한다)에게 OOO원에 양도하고 실거래가액으로 신고한 후 양도소득세 OOO원을 납부하였으며, 청구인 동생은 청구인과 동일한 양수인에게 주유소 등을 OOO원에 양도하고, 청구인과 별도로 실거래가액으로 신고한 후, 양도소득세 OOO원을 납부하였다.

나. 처분청은 2023.12.12. 감사결과 처분지시에 따라 청구인의 쟁점토지를 청구인 동생의 주유소 등과 함께 양도한 것으로 보아, 이 건 양도가 「소득세법」제100조 제2항과 제3항에 따른 가액 구분이 불분명한 때에 해당되며, 토지·건물 양도가액을 감정가액 비율에 따라 안분하여 신고하여야 한다는 내용의 과세예고통지 및 수정신고를 안내하였고, 청구인은 이에 따라 2024.1.15. 2022년 귀속 양도소득세 수정신고 후 OOO원(신고⋅납부불성실 가산세 OOO원 포함)을 추가납부하였다.

이후 청구인은 위 수정신고가 부동산 실거래가액을 위반한 착오신고라고 주장하면서 2024.4.4. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 적정한 신고로 보아 2024.4.22. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.13. 이의신청을 거쳐, 2024.9.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점부동산은 각각 개별적으로 양도가액이 결정되었고 등기부등본상에도 명확히 구분하여 거래된 것이 확인됨으로 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당되지 않는다.

  (가) 청구인은 쟁점토지를 1997년 취득 이후 장기간 소유하다가, 인근 부동산 시세를 확인한 바, 쟁점토지의 양도가액 OOO원이 적정한 거래라고 판단하여 양도가액을 결정하였으며, 2021.10.14. OOO원으로 매매계약하고 후, 2021.11.18. 부동산 소유권 이전등기를 접수하였기에 주유소 등과 함께 양도하였다고 볼 수 없다.

  (나) 실제 함께 양도된 바 없는 부동산을 함께 양도된 것으로 보아 그 양도가액을 재구성하여 안분계산하는 것은 조세법률주의를 위반하는 것이고, 실질과세원칙에도 위배되는 것이다.

  토지와 건물의 소유주가 다른 상황에서 토지주와 건물주가 부동산을 함께 양도하기로 협의하고 함께 협상하는 것이 개별 매도자 개인의 이익을 극대화하는 것이라면, 매도인 각자가 협의하여 양도가액을 결정할 수 있는 것이지, 반드시 토지와 건물의 소유주가 같아야만 이와 같은 결정을 할 수 있는 것은 아니다.

  (다) 법원은 ‘실지거래가액’은 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액으로 판시(수원지방법원 2014.2.5. 선고 2013구단4365 판결)한 바 있고, 등기부등본에 기재된 거래가액은 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 거래가액이라고 추정되는 것(심사법인2010-2)인바, 청구인의 쟁점토지 양도가액은 OOO원이며 다른 가액으로 당초 신고분을 경정하거나 수정신고 할 사유가 없음에도 국세청 감사과정에서 감사지적한 양도금액으로 수정신고하였으므로 착오 신고에 의하여 납부한 세액을 경정하여야 한다.

  (라) 대법원 판례(2019.1.31. 선고 2018두57452 판결)에서도 아버지와 아들의 관계라 할지라도, 제반 사정에 비추어 부동산을 각각 별도로 양도하였다고 봄이 타당하고, 매매계약서의 작성일자, 매수인들, 문서의 양식 및 그 밖의 조문 내용이 동일하다거나, 매수자 등이 위 토지와 건물을 양도받은 후 건물에 관한 합병등기를 하여 토지와 건물 모두 각 1/2 지분씩 공유하고 있다는 등의 사정만으로는 매도자가 토지와 건물을 일괄하여 양도하였다고 볼 수 없다고 하면서, 안분계산조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 토지와 건물 등을 일괄하여 취득하거나 양도하였으나 그 가액의 구분이 불분명한 경우에만 적용된다고 판시한 바 있다.

  (마) 2021년 당시 쟁점토지 대비 주유소 등의 양도가액이 더 높았던 이유는 주유소 등의 영업권 및 인·허가권, 향후 수익가치, 대외신용과 명성, 권리금, 주유소 기자재 등의 시세가 주유소 등에 모두 포함되었기 때문으로,

  이러한 주유소 및 주유시설 가액의 결정요인을 고려하지 않고 단순히 건축물 자체의 내용연수 및 구조지수, 용도지수 등에 의하여 산출된 기준시가 또는 주유소 인허가권의 가치를 제외한 건축물만의 감정평가로 산정한 가격을 양도가액이라고 주장하면서, 합리적 경제주체들의 의사결정에 의하여 성립된 부동산 실거래가액을 부인하는 것은 불합리하다.

  (바) 또한 OO세무서의 수정신고 안내에 따라 진행된 감정평가는 쟁점부동산의 계약일(2021.10.14.)로 부터 2년이 경과한 시점에 작성된 감정평가서로, 「부가가치세법 시행령」 제64조에서 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 산정된 감정평가서를 안분계산의 기준으로 인정하고 있는바, 해당 감정평가는 소급감정평가금액으로 취득가액을 안분계산하는 것으로 법적 근거가 없는 계산 방식이다.

  (사) 청구인과 청구인의 동생이 40년 이상을 각자의 가정을 꾸리고 서로 다른 경제활동을 영위하고 있는 상황에서 실현할 수 있는 양도소득을 포기하여 다른 형제에게 이익을 분여할 사유가 없으며, 실제 귀속된 바 없는 양도소득에 대해서는 과세하면서, 실제 귀속된 양도소득에 대해서는 과세하지 않는 것은 부당한 과세처분이다.

  쟁점토지를 청구인이 청구인 동생에게 임대하면서 임대료를 수취하지 않은 것은 취득 시 농지(지목 : 답)였던 쟁점토지를 청구인 동생이 비용을 부담하는 조건으로 주유소 용지로 용도변경할 것을 제안하였고, 용도변경 후 쟁점토지 주변이 급격히 개발되어 시세 차액이 더욱 크게 발생한바, 임대료를 수취하지 않더라도 청구인 입장에서 이득을 본 거래였고, 앞으로 더 큰 부동산 양도차익을 기대할 수 있었기 때문이었다.

  (아) 청구인의 쟁점토지 매매대금이 입금된 후 청구인의 동생에게 입금된 것은 청구인 동생이 건물 신축 중 자금이 부족하여 청구인에게 자금 대여를 요청한바, 차용증 작성 후 청구인이 양도대금 OOO원을 대여한 것이고, 이후 청구인의 동생은 해당 대여금을 아래 <표1>과 같이 순차적으로 상환하였으며, 남은 잔금을 충청북도 충주시 칠금동 소재 토지를 매각하여 청구인에게 차용한 대금의 잔액과 이자 합계 OOO원을 2025.1.3. 모두 상환함으로써 청구인과 a의 채권, 채무 관계는 소멸되어 쟁점토지 양도대금 전액이 청구인에게 귀속되었다.

<표1> 청구인과 청구인 동생의 자금 대여 및 상환 내역

(단위 : 원)

  청구인은 2022.1.27. 쟁점토지의 양도소득세를 청구인 동생으로부터 입금받아 납부하였고, 2025.1.3. 청구인 동생이 입금한 OOO원은 당초 청구인이 청구인 동생에게 대여한 OOO원에 대한 이자를 포함하고 있다.

 (2) 처분청의 처분이 불합리함에도 해당 처분이 유지되어야 한다면, 보통의 경우 개별적으로 양도된 두 자산을 하나의 양도로 보아 안분계산하는 것을 납세자가 예측할 수 없으며, 타인의 양도와 관련한 내용 및 조건 등을 알 수 없어 신고⋅납부하지 못할 것으로, 처분청의 수정신고 안내와 같이 납부하지 않은 것에는 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하고, 이 건 처분에 부과된 가산세는 「국세기본법」 제48조에 의거하여 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점부동산은 동일한 양수자에게 양도되었으며, 다음과 같은 사유로 쟁점토지와 주유소 등은 개별적으로 양도가액이 결정될 수 없다.

  (가) 쟁점토지는 주유소 등이 있는 곳의 부속 토지로, 쟁점부동산을 매입한 양수인이 석유판매업으로 업종 변경 신고 시 지하 석유저장시설의 현황자료, 주유기 명세서, 공중화장실 명세서, 위험물 시설완공필증을 제출하여야 하며, 주유소 부속 토지는 지하 석유저장시설의 누유 등에 따라 토양 오염 위험에 노출되어 있는 등 주유소 운영에 있어서 중요한 구성요소이기 때문에 양도가액을 협의할 때 토지와 주유소 등의 가격이 개별적으로 결정될 수 없는 것이다.

  (나) 또한 일반적으로 토지와 건물 소유주가 다른 경우, 토지의 취득 없는 건물 단독 매매는 지상권이 인정되지 않아, 양수인 입장에서 토지를 배제한 건물의 단독 취득은 부동산 취득 권리를 보장받지 못하는 의미 없는 거래가 되는 것이기에 토지와 건물 각각을 개별적으로 거래할 경우, 제대로 된 가격을 받을 수 없는 것이다.

  (다) 쟁점부동산의 부동산매매계약서를 확인한바, 계약금·잔금 지급일, 양수인, 계약일 및 특약사항이 모두 동일하며, 특히 쟁점토지 계약서상 특약사항 중 “4. 지하저장탱크(저유소)포함” 항목이 기재되어 있는데, 이는 원래 주유소 등의 계약서에 포함되는 항목으로, 해당 항목이 쟁점토지 계약서에까지 포함하여 기재된 것으로 보아 쟁점부동산 매매계약이 일괄적으로 이루어진 것으로 판단되고, 추후 거래가액을 임의 배분한 부동산 등기용 계약서를 작성하여 등기 및 양도소득세 신고 시 사용한 것으로 확인된다.

  (라) 양수인이 2021.10.19. 사업자등록 시 제출한 매매계약서는 아래와 같다.

<양수인이 사업자 등록 시 제출한 매매계약서>

(마) 주유소 근저당권 설정 시, 청구인 동생은 청구인 소유 쟁점토지를 아래 <표2>와 같이 공동담보로 제공하여 근저당권 및 지상권 설정 등 쟁점토지에 대한 모든 권리를 청구인 대신 행사하였다.

<표2> 쟁점토지 권리사항 설정 내역

  (바) 청구인 동생은 아래 <표3>과 같이 소유한 주유소를 청구인 동생 단독 명의로 부동산 임대업으로 등록한 후 22년간 약 OOO원의 임대료를 수취하였으나, 청구인은 쟁점토지를 청구인 동생에게 임대하면서 일체의 임대료를 수취하지 않은 것으로 나타나는바, 쟁점부동산 관련 토지 및 건물 소유자는 경제적 동일체로 판단된다.

<표3> 쟁점부동산 관련 사업자등록 사항

  (사) 청구인이 2024.1.15. 양도소득세 수정신고 시 제출한 쟁점부동산 관련 ㈜c 법인과 ㈜감정평가법인 d의 감정평가서는 아래와 같다.

<(주)c법인 (2023.11.6.)>

<(주)감정평가법인 d (2023.11.14.)>

  위 감정평가는 모두 2021.10.14.을 기준으로 감정한 것으로 부동산과 동산을 포함해 유무형의 재산에 대한 경제적 가치를 판정하여 가액으로 표시하는 것이기에 주유소 특성에 대한 평가 요소 등이 적정하게 반영된 것으로 판단되고, 위 감정평가 결과를 정리하면 아래 <표4>와 같다.

<표4> 감정평가 내역

  (아) 청구인과 청구인 동생이 개별 매매계약서에 따라 신고한 내용과 기준시가 및 감정평가 비율은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점부동산의 기준시가 및 감정평가 적용 계산 결과 등

(단위:백만원)

  위 <표4>와 같이 기준시가 및 감정가액의 토지가액 비율이 83.2%, 76.8% 이나, 청구인의 별도계약서에 따른 토지가액 비율은 41.4%로, 환산취득가액이 적용되는 건물에 임의 과다배분(기준시가에 따른 배분가액과 30% 이상 차이 발생)되어 양도차익을 과소산정하였다.

  (자) 또한 주유소는 1999.12.21. 준공되어, 2021.11.18. 양도시 21년11개월 경과된 노후 건축물로 건축물은 경과연수에 따라 노후화로 감가상각되어, 토지 건물 전체 가액에서 차지하는 가액비율이 감소되는 것이 일반적이고, 아래 <표6>과 같이 주변 토지 지가상승률을 보면, 주유소 건축으로 인한 지가 상승은 미미하다.

<표6> 쟁점토지 및 주변 토지 지가상승률

(단위 : 원/㎡)

  (차) 쟁점부동산은 그 소유자가 청구인과 청구인 동생으로 상이하더라도 경제적 동일체로 보이고, 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 보아, 「소득세법」 제100조 제2항과 제3항에 따라 가액 구분이 불분명한 때에 해당되며, 이에 따른 수정신고는 토지·건물 양도가액을 감정가액 비율에 따라 안분하여 신고한 것으로 당초 감사처분 지시사항에 부합하기에 경정청구 거부처분은 정당하다.

  (카) 청구인은 쟁점토지 양도대금 전액을 아래 <표7>과 같이 청구인 동생에게 전액 이체하였다.

<표7> 청구인의 계좌이체 내역

(단위 : 원)

 (2) 양도소득세 신고를 할 자가 이를 이행하지 않거나 납부할 세액을 신고 하여야할 세액보다 적게 신고한 경우 가산세를 부담해야 하는바, 상기 내역과 같이 부동산 사업소득과 관련된 사업자등록, 부가가치세 신고내역 및 쟁점부동산에 대한 모든 권리를 청구인의 동생이 행사한 것으로 확인되며, 등기용 계약서 이외에 별도의 실지 계약서가 존재하고, 쟁점부동산에 대한 두 곳 이상의 감정평가법인이 평가한 감정가액과 등기용 계약서의 거래가액을 비교해 보면 등기용 계약서의 신빙성이 없는 점 등 쟁점토지와 주유소 및 주유시설이 별도로 양도된 것으로 볼 수 없어 가산세를 감면할 사유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 청구인 소유 쟁점토지와 쟁점토지상의 청구인 동생 소유 주유소 등에 대하여 동일한 양수인과 각각 매매계약서를 작성하여 양도한 경우, 이를 실지거래가액으로 인정하지 아니하고 토지와 건물 가액이 불분명한 것으로 보아 「소득세법」 제100조 제2항 및 제3항에 따라 안분계산할 수 있는지 여부

 ② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

  (가) 청구인은 1997.7.19. 쟁점토지를 취득하였고, 1999.6.16. 쟁점토지에 청구인의 동생이 단독 사업자로 주유소 신축을 위한 사업자 등록 후 2000.1.8. “부동산 임대”로 업종 정정하였다.

  (나) 청구인은 청구인의 동생에게 쟁점토지를 임대하였으나, 쟁점토지관련 사업자등록 내역 및 임대료를 수취한 사실은 없는 것으로 확인된다.

  (다) 청구인 동생은 주유소 신축 후 아래 <표8>과 같이 신축 관련 부가가치세 매입세액을 공제받은 후 업종을 정정하여 22년간 OOO원의 임대 수입금액을 신고하였다.

<표8> 청구인 동생의 부가가치세 신고 내역

(단위: 원)

  (라) 청구인의 쟁점토지 등기부동본상 을구의 근저당설정 관련 사항은 아래와 같다.

<그림 삽입을 위한 여백>

<쟁점토지 을구 근저당설정 내용>

  (마) 청구인은 2022.1.7. 양도소득세 예정신고를 하고 2022.1.27. 양도소득세 OOO원을 납부하였다.

  (바) 처분청은 종합감사 과정에서 2023.9.4. 청구인에게 해명자료 제출 안내문을 발송하였고, 청구인은 당초 신고 내용이 타당하다고 해명하였다.

  (사) 처분청은 청구인의 해명에도 불구하고 2023년 12월 감사결과 과세예고 통지서를 발송하였다.

  (아) 청구인은 기준시가에 의해 안분한 쟁점부동산의 취득가액과 양도가액의 양도차익이 지나치게 크게 계산되어 처분청의 조언에 따라 아래와 같이 두 차례 쟁점토지와 주유소 등에 대한 감정평가를 진행하였고, 2024.1.15. 유류저장탱크 등이 건물 가액에서 누락된 것을 확인하여 지하저장탱크 및 주유기를 구축물(건물)에 포함하여 전체 양도가액을 그 감정가액 비율에 따라 안분하여 신고·납부하였으며, 그 내용은 아래 <표9>와 같다.

<표9> 청구인과 청구인 동생의 수정신고 양도가액 내역

(단위 : 백만원)

  (자) 청구인은 2024.1.15. 수정신고한 내용은 부동산 실거래가액을 위반한 착오였다는 사유로 2024.4.4. 경정청구서를 제출하였으나, 처분청은 2024.4.17. 당초 수정신고가 정당하다는 사유로 경정청구를 거부하였다.

 (2) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

  (가) 쟁점토지 및 주유소 등 매매대금은 아래 <표10>과 같이 지급되었다.

<표10> 쟁점부동산 매매대금 지급 내역

  (나) 청구인이 2021.10.14. 거래한 쟁점토지의 매매계약서는 아래와 같다.

<그림 삽입을 위한 여백>

<청구인의 쟁점토지 매매계약서>

  (다) 청구인 동생이 2021.10.14. 거래한 주유소 등의 매매계약서는 아래와 같다.

<청구인 동생의 주유소 등 매매계약서>

  (라) 2021.11.18. 등기접수된 쟁점토지와 주유소 등 건물의 등기부등본상 거래가액과 매매목록은 아래와 같다.

<쟁점토지 등기부등본상 매매목록>

<주유소 등 등기부등본상 매매목록>

  (마) 청구인은 청구인 동생에게 대여한 쟁점토지의 양도대금이 2025.1.3. 모두 상환되어 청구인과 청구인 동생의 채권·채무관계는 소멸되어 쟁점토지 양도대금 전액이 청구인에게 귀속되었다는 증빙으로 청구인과 청구인 배우자의 예금 잔액 증명을 제출하였다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지와 주유소 등 쟁점부동산의 양도가액은 각각 개별적으로 결정되었고, 등기부등본상에도 명확히 구분하여 거래된 것이 확인되므로 토지와 주유소 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당되지 않는다고 주장하나,

「소득세법」 제100조 제2항에서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다고 하면서, 같은 조 제3항에서 “제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.”고 규정하고 있는바,

 쟁점부동산은 청구인 소유의 쟁점토지에서 청구인 동생이 주유소 등의 사업장을 운영하고 부동산임대업을 영위하면서 임대료를 수취하면서도 청구인은 쟁점토지를 무상으로 제공한 것으로 나타나고 있고, 청구인이 쟁점토지를 공동담보로 제공하여 청구인의 동생이 쟁점토지에 대한 권리를 행사한 점, 주유소 등 석유저장시설은 쟁점토지에 매립되어 있어 누유 등에 따라 토양이 오염될 수 있는 등 주유소 부속토지의 특수성과 쟁점토지 및 주유소 등 매매계약서상의 특약사항 등에 비추어 볼 때, 청구인과 청구인 동생이 독립적으로 쟁점토지와 주유소 등으로 나누어 매매가액을 결정하였다고 보기 어려운 점, 쟁점부동산의 매매가액 OOO원을 쟁점토지와 주유소 등의 매매가액으로 안분한 객관적인 산정 근거가 나타나지 아니하고 있는바, 청구인이 청구인 동생과 협의하여 임의로 구분한 쟁점토지의 매매가액은 당사자간 거래에 따른 실지거래가액으로 보기는 어려운 점, 쟁점토지와 주유소 등의 기준시가로 안분계산한 금액과 매매가액의 차액이 30% 이상 차이가 나는 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점부동산의 매매가액은 「소득세법」 제100조 제2항 및 제3항에 따라 쟁점토지와 주유소 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지와 주유소 등이 별도로 양도될 수 없음에도 청구인이 쟁점토지에 대한 매매가액을 임의로 안분한 것이므로 가산세를 감면할 사유가 없다는 의견이나, 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임)이다.

 처분청이 제시한 쟁점부동산 양수인의 매매계약서상에는 쟁점부동산의 매매대금 OOO원만 기재되어 있고, 매매 계약일자, 계약금, 잔금내역과 지급일정 등이 기재되어 있지 않으며, 청구인의 날인도 막도장이 사용된 반면, 청구인이 제시한 쟁점토지의 매매계약서에는 계약일자, 매매가액의 계약금, 잔금 지급일자, 특약사항 등이 자세하게 기재되어 있는 점 및 청구인이 쟁점토지 매매계약서를 임의로 구분하여 작성하였다 하더라도 청구인으로서는 청구인 동생과 협의하여 매매가액을 정하였으므로, 쟁점토지의 매매가액을 「소득세법」 제100조 제1항에 따른 구분된 가액으로 볼 여지가 있다고 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점부동산을 기준시가 등을 고려하여 안분하여 신고하기에는 무리가 있어 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

 다만, 납부불성실가산세는 납부의무의 성실한 이행을 확보하기 위한 본래 의미의 가산세 성질뿐만 아니라 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려한 지연이자의 성질도 있다는할 것인 점 등에 비추어, 처분청은 과소신고가산세를 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 소득세법(2022.12.31., 법률 제19196호로 일부개정되기 전의 것)

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(3) 소득세법 시행령(2021.2.17., 대통령령 제31442호로 일부개정된 것)

제166조(양도차익의 산정 등) ⑥법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(4) 부가가치세법 시행령(2021.2.17., 대통령령 제31445호로 일부개정된 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우