주 문

Z지방국세청장이 2025.9.3. 청구인에게 한 2020년∼2023년 과세연도 종합소득세 등 세무조사결과통지는

1.청구인이 2020년∼2023년 과세연도에 A·B·C·D·E·F·G·H·I에게 실제 지급하여 필요경비에 반영해야 할 급여 금액을 재조사하고,

2. 청구인이 2021년∼2023년 과세연도에 건강보험공단으로부터 받은 수입금액을 재조사하여

그 결과에 따라 종합소득세 과세표준과 세액을 다시 통지합니다.

이 유

1.세무조사결과통지 내용

가.청구인은 J의원 등 다수의 치과의원을 운영한 치과의사이다.

나.청구인은 치과의사 I 등 11명의 명의를 빌리고, 청구인이 명의대여 의사들에게 급여를 지급하는 방법으로 여러 병의원을 직접 개설·운영하였다.

다.이후 청구인은 “의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설·운영할 수 없다”고 규정한 「의료법」제33조제8항 위반으로 기소되어 제1심에서 유죄판결을 받았고, 현재 제2심 진행중이다.

라.통지관서는 2025.3.13.부터 2025.8.6.까지 청구인에 대한 2020년∼2023년 과세연도 통합조사를 실시하여, ① 제1심 판결 등을 근거로 명의대여의사 등 11명이 신고한 사업소득금액을 청구인의 사업소득금액에 합산하고, ② 급여 수령을 시인 또는 확인한 I¹⁾·K·L 3명에게 지급한 금액은 인건비로서 일부 필요경비로 차감하되, 급여수령을 부인한 A·B·C·D·E·F·G·H 8명에게 지급한 금액은 필요경비로서 소득금액에서 차감하지 아니하고, 청구인에게 2020년∼2023년 과세연도 종합소득세 등 2,000,000,000원을 부과한다는 내용의 세무조사 결과를 2025.9.3. 통지하였다.

마.이에 청구인은 2025.9.26. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구인 주장

가.실근무 명의대여 의사들(페이닥터)에게 지급한 금액은 필요경비에 해당한다.

  1)청구인은 「의료법」제33조제8항 “의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설·운영할 수 없다”는 규정 때문에 청구인 본인 명의를 포함한 치과의원을 실제 개설·운영하면서 의사면허를 소지한 명의 대여자들의 명의로 병원을 개설하고, 사업자등록도 동 명의대여 의사들의 이름으로 하면서 해당 명의대여 의사들에게 급여해당액을 지급하였다.

   그러나 통지관서는 명의대여 의사 3명에게 지급한 급여만 필요경비로 인정하고 명의대여 의사 8명에게 지급한 실제 인건비는 필요경비에 산입하지 않았고, 또 I에게 지급한 필요경비는 과소반영하였다. 따라서 통지관서는 미반영·과소반영한 인건비 또한 필요경비에 산입하여 종합소득세를 경정해야 한다.

  2)필요경비 산입대상 계좌 송금액은 치과의원 수입금액 입금통장인 명의대여 의사 명의 통장(사업용 계좌)에서 각 명의대여 의사 개인이 사용하는 타계좌로 송금한 금액으로, 인건비에 해당한다.

   현금지급액 증빙은 실제 청구인이 운영한 의원들의 자금관리 총괄담당인 M의 노트북에 저장되어 있던 파일로, 매일 작성한 의원별·팀별 구분된 매출관리대장인 ‘N’과 월별 현금대장(현금출납부)이다.

   위 파일의 작성경위는 각 의원별 직원(실장)들이 각 의원별 명의대여 의사에게 보고할 목적으로 명의대여 의사의 개인메일로 송부하면, M은 이미 확보하고 있던 명의대여 의사들의 메일 ID와 비밀번호를 사용하여 공유하면서 치과의원의 실소유자인 청구인에게 보고했던 것이다.

   해당 파일은 일자별로 운영시점에서 작성되었고, 추후 시점에서 불복의 목적으로 만든 파일이 절대 아니다.

나.또한 청구인은 착오로 건강보험공단으로부터 받은 수입금액 100,000,000원을 과다 신고한바, 해당 금액 또한 사업소득금액에서 차감되어야 한다.

  세무조사를 받던 도중, 당초 수입금액 신고시 착오로 보험수입금액을 과다신고하였음을 발견하였다. 국민건강보험공단으로부터 수령한 실제 금액은「요양급여비용 연간지급내역 통보서」와 「의료급여비용 연간지급내역 통보서」의 진료연월을 기준으로 연도별 수입금액을 산정하였다.

3. 통지관서 의견

가.청구인이 명의대여 의사들에게 지급했다고 하는 급여자료는 객관적으로 확인된 자료라고 볼 수 없어, 필요경비로 인정할 수 없다.

  1)사실관계 및 세무조사 통지경위

   가)청구인 세무조사 과정에서 명의대여 의사들을 고용하여 명의대여 의사들의 명의로 치과병원을 개설·운영하였다는 사실 일체를 부인하였고, 청구인이 원심에 불복하여 제기한 항소 이유서에서도 J를 제외한 모든 치과병원의 명의위장 사실을 부인하였다.

   나)통지관서는 청구인이 명의위장 소득을 통한 소득누락을 파악하기 위하여 I 등 11명에 대하여 조사범위를 확대하고 금융조회를 실시하여 청구인으로부터 급여를 지급받은 사실 여부를 확인하였다.

     (1) 조사결과 I, K, L는 청구인으로부터 급여를 받은 사실을 인정하여, I·K·L 3명의 급여지급액에 대하여 근로소득세를 부과하고, 이상 3명이 신고한 사업소득금액은 청구인의 사업소득금액으로 합산하며, 이들에게 지급한 급여는 필요경비로 차감하여 소득세를 경정하겠다는 세무조사 통지를 하였다.

     (2)A·B·C·D·E·F·G·H 등 8명에 대한 금융조회 결과, 상기 8명은 청구인으로부터 급여를 받은 것으로 추정되나 본인들은 급여를 지급 받은 사실을 부인함에 따라, 상기 8명은 제1심 판결문에 따라 A 등 8명이 신고한 사업소득금액을 청구인의 사업소득금액에 합산하고, 기납부세액 등을 차감하여 소득세를 통지하였다.

   다)이후 청구인은 과세전적부심사를 청구하면서 그제서야 I 등 11명에 대한 명의대여 사실을 인정하고, 필요경비 미반영된 인건비 지급액을 제시하였다.

     청구인은, 계좌송금액에 대해서는 치과의원 명의대여 의사들의 사업용계좌에서 각 명의대여 의사의 개인계좌로 송금하였다는 주장과 함께 인건비 추인 대상인 8개 치과의원의 사업용계좌에서 개인계좌로 송금한 거래내역서를 제출하였고, 현금지급액에 대해서는 월별 현금대장(현금출납부)을 제출하였다. 해당 자료는 모두 직원 컴퓨터에 저장된 엑셀파일 등이다.

  2)명의위장 사실의 확정 및 그에 따른 소득합산의 정당성

   가)청구인은 다수의 치과의사 명의를 빌려 치과를 운영한 행위로 이미 1심 재판에서 의료법상 ‘1인 1개소 규정’ 위반으로 유죄판결을 받았으며, 현재 2심 재판을 진행 중이다. 이는 청구인이 해당 치과들의 실질적인 운영자이자 귀속자였음을 명백히 알려주는 근거이다.

   나)통지관서는 1심 판결내용 등을 근거로 청구인이 명의를 위장하여 운영한 치과들의 소득을 청구인에게 합산하여 과세하였고, 이는 실질과세의 원칙에 따른 정당한 처분이다.

  3)조사결과 청구인이 명의대여 의사들에게 어느정도 인건비를 지급하였는지 확인할 수 있는 객관적 증빙을 확인할 수 없었다.

   가)J에 보관된 장부, 청구인 및 직원들이 사용하는 컴퓨터에 저장된 전산자료 어디에서도 명의를 빌린 치과의사들에게 급여를 지급한 자료나, 인건비 지급의 기초가 되는 근로계약서, 연봉계약서 등을 찾을 수 없었다.

   나)통지관서는 청구인과 11명의 명의대여 의사들을 조사대상자로 선정하여 금융거래 내역을 확인하였으나, 청구인과 명의대여 치과의사들 계좌의 거래내역에서 급여 지급 내역 확인이 불가하였다.

     검찰 또한, 청구인 및 명의대여 의사들에 대한 압수수색 영장집행을 통하여 청구인의 모든 컴퓨터와 휴대폰, 통화내역, 카카오톡 대화내용까지 확인하였고, 금융계좌 추적을 통하여 명의대여 의사들에게 급여를 지급한 사실을 입증하기 위해 노력하였으나, 구체적인 급여지급액을 밝혀내지 못하였다.

   다)금융거래 조회내역을 토대로 각 명의대여 의사 명의 사업용계좌에서 개인계좌로 입금된 내역을 제시하고, 급여 수령사실 여부를 확인한 결과, 3명(I, K, L)은 인정하였지만, 나머지 8명은 급여를 받은 사실이 없다고 밝혔다.

  4)청구인이 제출한 급여자료는 치과직원이 아닌 제3자가 작성한 것이며, 객관적인 자료라 할 수도 없고, 사후 조작 가능성이 높다.

   가)조사 시 청구인은 일체의 명의위장 사실을 부인하고, 급여를 지급한 사실이 없다고 주장하다가, 과세전적부심사 청구 시 명의위장을 인정하고, 직원 컴퓨터의 엑셀자료 등을 제시하며, 명의대여 의사들의 사업용계좌에서 각 명의대여 의사가 사용하고 있는 개인계좌로 이체된 금액을 명의대여 의사에게 지급한 급여라고 주장하는 것은 설득력이 없고, 조작 가능성이 높으며, 제출한 자료 또한 청구인이 명의대여 의사들에게 급여를 준 것으로 객관적으로 확인된 자료라고 볼 수 없다.

   나)특히 청구인의 자금관리를 총괄담당 하였다고 주장하는 M은 청구인이 운영한 치과의원들에서 직원으로 근무하거나, 근로자로 신고된 사실이 없고, 조사팀의 현장조사에서도 직원조직도, 사무실 배치도, 직원명함 등 그 어떤 것도 확인할 수 없었던 사람이다.

   다)또한 M의 노트북에 저장된 급여지급 파일을 살펴보면, 각 명의대여 의사의 사업용계좌에서 개인계좌에 입금된 불특정금액을 급여라고 주장한다. 그러나 일반적으로 급여라면 월 1회로 거의 일정한 날짜에 거의 같은 금액이 입금되어야 하는데, 예컨대 C의 경우, 한달에 3～4회 불특정 금액이 입금되고, 입금액도 2020년 1월에는 3회 50백만원(5백, 20백, 20백), 2020년 2월에는 4회 40백만원(5백, 10백, 15백, 10백)이 입금되는 등, 청구인이 주장하는 금액을 급여라고 단정할 수 없다.

  5)청구인은 인건비 필요경비 인정에 관하여 모순적 언동을 하고 있다.

   가)청구인은 세무조사 과정에서는 명의위장 사실을 부인하며 소득합산에 반발하였다. 그러나 과세예고통지 후 불복청구 단계에 와서는 명의위장 사실을 뒤늦게 인정하고, 해당 치과들에서 근무한 의사들에게 지급한 인건비만큼은 필요경비로 인정해 달라고 주장하고 있다.

   나)또한 청구인은 의료법(1인 1개소법) 위반으로 기소되어 1심 유죄판결을 받았지만 의사들의 명의를 빌려 치과를 운영한 사실이 없다고 항소 중이고, 의료법 위반에 대한 항소는 취하하지 않고 형사적 처벌을 피하려 하면서, 조세측면에서는 명의위장 사실을 인정하여 세금감면 혜택(필요경비 인정)을 받으려 하고 있다. 이는 청구인의 주장이 일관성과 진정성이 결여되어 있음을 명백히 보여준다.

나.통지관서가 확인한바에 따르면 청구인은 건강보험공단으로부터 당초 신고보다 오히려 더 많은 금액을 수령한 것으로 확인된다.

  청구인은 착오로 2021년 ∼ 2023년까지 공단부담금 100백만원을 과다신고 하였다고 주장하나, 청구인의 진료비 파일로 실제 수령한 공단부담금 자료를 검토한바, 3년간 수령한 공단부담금은 3,500백만원이고 청구인이 주장하는 금액은 3,200백만원으로 오히려 300백만원 부족한 것으로 확인된다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

  ①명의대여 의사들에게 급여로 지급한 금액을 필요경비에 반영하여야 한다는 청구주장의 당부

  ②청구인이 건강보험 수입금액을 과다신고하였다는 청구주장의 당부

나.관련법령

  1)국세기본법 제14조【실질과세】

   ①과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  2)소득세법 제27조【사업소득의 필요경비의 계산】

   ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

  2-1)소득세법 시행령 제55조【사업소득의 필요경비의 계산】

   ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

     6. 종업원의 급여

  3)국세기본법 제16조【근거과세】

   ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

   ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

  4)소득세법 제24조【총수입금액의 계산】

   ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

  5)의료법 제33조【개설 등】

   ⑧ 제2항제1호의 의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설ㆍ운영할 수 없다. 다만, 2 이상의 의료인 면허를 소지한 자가 의원급 의료기관을 개설하려는 경우에는 하나의 장소에 한하여 면허 종별에 따른 의료기관을 함께 개설할 수 있다.

  5-1)의료법 제87조의2【벌칙】

   ②다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 5년 이하의 징역이나 5천만원 이하의 벌금에 처한다.

     2. 제12조제2항및제3항, 제18조제3항, 제21조의2제5항ㆍ제8항, 제23조제3항, 제27조제1항, 제33조제2항(제82조제3항에서 준용하는 경우만을 말한다)ㆍ제8항(제82조제3항에서 준용하는 경우를 포함한다)ㆍ제10항을 위반한 자. 다만, 제12조제3항의 죄는 피해자의 명시한 의사에 반하여 공소를 제기할 수 없다.

다.사실관계

  1)청구인에 대한 과세 경위

   가)청구인 및 명의대여 의사에 대한 형사소송 판결문(이하 “판결문”)에 따르면, 청구인은 명의대여 의사들을 고용하여 명의대여 의사들의 명의로 병원을 개설·운영하였다.

   나)통지관서는 판결문을 근거로 하여 명의대여 의사들의 사업소득금액을 청구인의 사업소득금액에 합산하였다.

   또한 통지관서는, 판결문을 통해 검찰조차도 청구인이 명의대여 의사에게 어느 정도 급여를 지급하였는지 밝히지 못하였다고 주장하였다.

   다)명의대여 의사 중 I에 대해서는 문답서 등을 통해, K, L에 대해서는 메일·구두를 통해 급여 수령 사실을 인정하였고, 이에 통지관서는 명의대여 의사들이 인정한 급여지급액 총 600백만원을 필요경비로 반영하였다.

   라)그 외 A·B·C·D·E·F·G·H 8명은 조사 과정에서 문답서·진술서 등을 통하여 명의대여를 한 사실을 부인하였다. 이에 통지관서는 I 등 3인에 대해서만 급여지급액을 필요경비로 차감하여 청구인의 2020년∼2023년 종합소득세를 통지하였다.

  2)명의대여 의사의 급여관련 증빙 검토

   가)청구인은 명의대여 의사에게 급여를 지급하였다는 증빙으로 명의대여 의사 명의의 사업용 계좌 과거거래내역 엑셀 파일(J 내용 중 일부)과 현금대장 엑셀 파일(현금출납부)을 제출하였다.

     다만 청구인은 명의대여 의사와 따로 맺은 계약서는 존재하지 아니하고, 그 외 명의대여 의사들이 받은 메일 사진, 은행에서 발급한 이체확인증 등은 제출하기 어렵다고 회신하였다.

   나)청구인은 명의대여 의사에게 지급된 급여 대부분 명의대여 의사 명의의 사업용 계좌 사업용 계좌에서 인출되어 지급되었으며, 일부는 현금으로 지급되었다고 주장하였다.

       I은 문답서상 청구인으로부터 대략 300,000,000원을 받았다고 진술하였다. 이에 통지관서는 청구인이 주장하는 I에게 지급한 급여 350,000,000원 중 300,000,000원에 대해 필요경비로 공제하였다.

  3)건강보험 수입금액 관련 검토

   가)청구인이 당초 신고한 건강보험 수입금액은 청구인이 제출한 계정별 원장상 공단매출 금액과 일치한다.

   나)청구인은 건강보험공단에서 통보한 연간지급내역 통보서를 근거로 건강보험 수입금액이 과다신고되었다고 주장하였다.

     공단통보내역에 2021년 1월에 이루어진 진료에 대한 지급내역이 없는 것에 대해, 청구인은 ‘J를 I으로부터 2021.1월 (명의상) 인수했지만, 건강보험공단 측 자료는 2021.2월부터 반영되었다’고 설명하였다. 다만 청구인은 I의 연간지급내역 통보서를 제출하지는 아니하였다.

   다)통지관서가 산출한 공단보험 수입금액은, 청구인 측으로부터 확보한 ‘O’ 파일을 근거로 산출하였다. 해당 파일은 J의원 진료비 매출 내역이 기록되어 있다.

라.판단

  1) 관련 법리

  과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 참조).

    따라서 납세자가 그 소득을 얻기 위해 통상적으로 필요로 하는 이른바 통상적 경비는 과세관청이 그 부존재를 입증하여야 할 것이며, 다만 경험칙상 그 부존재가 사실상 추정되는 이례적인 특별경비는 그 존재를 주장하는 납세자에게 입증책임이 있다(대법원 1990.2.13. 선고 89누2851 판결 참조).

  2)쟁점① 관련

   가)청구인이 주장하는 명의대여 의사들에게 급여로 지급한 금액을 필요경비에 반영하여야 하는 지에 대한 판단

     (1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계에 비추어 보건대, 다음과 같은 이유로 청구인이 명의대여 의사들에게 실제로 급여를 얼마나 지급하였는지 재조사하여 해당 금액을 필요경비로 반영하는 것이 필요해 보인다.

       (가)청구인은 다수의 치과의원을 동시에 운영한바, 이를 위해서 청구인은 해당 치과의원에 근무할 치과의사를 고용해야 한다고 보는 것이 일반적이며, 실제로 이 건 세무조사결과통지의 근거가 된 제1심 형사판결에 따르면 청구인이 명의대여 의사들에게 일정 급여를 지급하고 각 치과를 운영한 사실이 확인된다.

       (나)따라서 청구인이 다수의 치과병원을 운영하며 명의대여 의사들에게 지급한 급여는 통상적 경비로서, 통지관서가 그 부존재를 입증하지 아니한 이상 필요경비로 인정하는 것이 타당하다. 그러나 통지관서가 청구인이 A·B·C·D·E·F·G·H에게 지급한 급여의 구체적인 금액을 확인하지 못하였다는 이유만으로 해당 급여를 필요경비로 인정하지 아니한 것은 통지관서가 해당 급여의 부존재를 충분히 입증한 경우라고 볼 수 없는바, 이는 타당하다고 보기 어렵다.

       (다)다만 청구인은 A·B·C·D·E·F·G·H·I에게 급여를 지급하였다는 증빙으로 엑셀 파일 형식의 사업용 계좌 거래내역과 현금대장을 제출하였는데, 해당 증빙은 실제 지급한 급여의 구체적인 금액을 확인할 수 있는 객관적인 증빙이라고 보기 어렵다. 따라서 통지관서는 해당 명의대여 의사 9명의 금융거래내역 등을 다시 확인하여 명의대여 의사들에게 실제로 지급한 급여의 구체적인 금액을 확인할 필요가 있다고 판단된다.

   (2)따라서, 통지관서는 청구인이 A·B·C·D·E·F·G·H·I에게 실제로 지급한 급여를 확인한 후 이를 청구인의 필요경비에 가산하여 청구인의 소득금액을 재계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

 3)쟁점② 관련

   가)청구인이 건강보험 수입금액을 과다신고하였는지에 대한 판단

     (1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계에 비추어 보건대, 다음과 같은 이유로 청구인의 정확한 건강보험 수입금액을 재조사하는 것이 필요해 보인다.

       (가)통지관서는 청구인이 건강보험 수입금액을 과다신고하지 아니하였다는 증빙으로 청구인의 진료비 내역 파일을 제출하였으나, 해당 파일의 공단부담금은 청구인이 수행한 치료 내용에 따라 공단에 청구한 금액으로 보이며, 건강보험공단은 청구된 금액 중 일부만을 청구인에게 지급할 수도 있으므로, 진료비 내역 파일상 공단부담금을 청구인이 실제로 공단으로부터 수입한 금액이라 하기는 어려워 보인다.

       (나)청구인은 건강보험 수입금액을 과다신고하였다는 증빙으로 요양급여비용 연간지급내역 통보서, 의료급여비용 연간지급내역 통보서를 제출하였다. 그런데 해당 통보서로부터 청구인 명의로 수령한 건강보험 수입금액은 알 수 있으나, 명의대여 의사 I 명의로 수령한 건강보험 수입금액은 확인되지 않는다. 즉, 청구인이 제출한 각 통보서 또한 청구인이 실제 수령한 건강보험 수입금액 전체에 대한 객관적인 증빙이라고는 볼 수 없다. 종합하면, 청구인과 통지관서가 제출한 증빙만으로는 청구인의 정확한 건강보험 수입금액을 확인되지 않는다.

       (다)그런데 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있는바, 청구인과 통지관서가 제출한 증빙으로는 청구인의 정확한 건강보험 수입금액이 확인되지 않으므로, 건강보험공단으로부터 자료를 받아 통지관서는 청구인의 정확한 건강보험 수입금액을 확인하여 과세대상 소득을 확정할 필요가 있다.

   (2)따라서, 통지관서는 청구인이 실제로 수입한 건강보험 수입금액을 확인하여 청구인의 소득금액을 재계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.