1. 원고(선정당사자)의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고(선정당사자)가 부담한다.

피고 B세무서장이 2024. 11. 11., 원고(선정당사자, 이하 ‘원고’라고만 한다)에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 xxx원 및 선정자 D에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 xxx원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 C세무서장이 2024.11. 16. 선정자 E에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 xxx원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위 등

가. 원고 및 선정자 D, E(이하 원고와 선정자들을 구분하지 않고 통칭할때에는 ‘원고들’이라 하고, 원고와 선정자들을 개별적으로 지칭할 때는 ‘원고 ○○○’이라 한다)는 2000. 2. 28. 인천시 F 대지 xx㎡, 같은 동 G 대지 xx㎡ 및 같은 동 H건물 4층 근린생활시설 xx㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 공동으로 상속받아 소유하였다.

나. I주택재건축정비사업조합(이하 ‘소외 조합’이라 한다)은 2011. 1. 31. 원고들을 상대로 서울서부지방법원 2011가합1286호로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기 등 청구 소송을 제기하여 2012. 9. 7. 승소 판결을 선고받았고, 위 판결은 항소심(서울고등법원 2012나79790)을 거쳐 2013. 10. 8. 확정되었다.

다. 소외 조합은 2018. 4. 25. 피공탁자를 원고 A로, 2018. 6. 12. 피공탁자를 원고 D, E로 하여 보상금 합계 784,661,784원을 공탁한 후 2018. 6. 25. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다.

라. 원고들은 2018. 12. 3. 및 2019. 5. 13. 위 공탁금을 회수한 후 원고 A, D는 2019. 7. 2., 원고 E는 2019. 6. 30. 피고 B세무서장에게 각 이 사건 부동산의 양도일을 2019. 5. 13.로, 양도금액을 xx원으로 하여 2019년 귀속 양도소득세로서 원고 A는 xx원, 원고 D, E는 각 xx원에 관한 예정신고서(이하 ‘이 사건 신고서’라 한다)를 제출하고, 2019. 7. 29. 해당 금액을 납부하였다.

마. 피고 B세무서장은 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기접수일인 2018. 6.25.을 양도일로 하고, 공탁금액 784,661,784원에 소외 조합이 대환한 이 사건 부동산에 관한 대출금 xxx원을 합한 xxx원을 양도가액으로 하여 2024. 9. 10. 2018년 귀속 양도소득세로서, 원고 A에게 xxx원(무신고가산세 xxx원, 납부지연가산세 xxx원 포함), 원고 D, E에게 각 xxx원(무신고가산세 xxx원, 납부지연가산세 xxx원 포함)을 경정하겠다는 세무조사결과통지를 하였고, 원고들은 2024. 9. 24. 과세전적부심사청구를 제기하였으나 2024.10. 30. 불채택 결정을 받았다.

마. 피고 B세무서장은 2024. 11. 11. 원고 A, D에게, 피고 C세무서장은 2024. 11. 16. 원고 E에게 위 각 금액을 결정․고지하였고(이하 ‘이 사건 각처분’이라 한다), 이에 원고들은 2024. 12. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 3. 27. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 원고들은 공탁금을 실제 수령한 날을 양도일로 판단하여 양도소득세 신고를 하였는바, 비록 2019년 귀속 양도소득세 예정신고서를 제출하기는 하였으나 그 경위에 비추어 보면, 이는 실질상 2018년 귀속 양도소득세 기한후신고로 보아야 한다. 그리고이와 같이 기한후 신고로 볼 경우 피고로서는 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의3 제3항에 따라 원고들에게 신고일부터 3개월 이내에 수정된 세액을 통지해야 함에도 이러한 절차를 이행하지 아니하였다. 따라서 이 사건 처분은 위와 같은 절차가 지켜지지 아니한 채 이루어진 것으로서위법하다(①주장).

(2) 피고가 원고들의 기한후 신고에 관하여 구 국세기본법 제45조의3 제3항에 따른 통지의무를 이행하지 아니하였으므로, 원고들이 이 사건 신고서에 따라 신고한 날로부터 위 규정에서 정한 통지기간인 3개월이 경과한 2019. 9. 30. 및 2019. 10. 2.경 원고들의 납세의무가 확정되었다고 봄이 상당하고, 그로부터 5년이 경과함으로써 피고의 국세징수권은 시효로 소멸하였다고 할 것이므로, 그 이후에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다(②주장)¹⁾.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

(1) 결국 이 사건의 쟁점은 원고들이 제출한 이 사건 신고서를 원고들의 주장처럼 2018년 귀속 양도소득세 기한후신고로 볼지, 피고의 주장처럼 2019년 귀속 양도소득세 예정신고로 볼지 여부이다.

살피건대, 앞서 인정한 사실 및 인용한 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고들이 제출한 이 사건 신고서는 명확히 2019년 귀속 양도소득세 예정신고서로 표시되어 있고, 그 양식도 기한후신고가 아닌 예정신고 절차에 적합하게 작성되어 있는 점, ② 예정신고와 기한후신고는 근거법령과 납세의무 확정력, 제출서류와 처리 절차, 제척기간 등에 있어 명확히 구별되는 별개의 신고인 점, ③ 원고들은 공탁금을 2019년도에 수령하였기에 2019년도 귀속 양도소득세 예정신고를 한 것으로, 원고들의 의사 또한 기한후신고의 의사가 아닌 예정신고의 의사였던 점, ④ 설령 원고들이 양도소득시기에 관한 법리 등을 잘못 해석하거나 알고 있었다고 하더라도 이는 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는 점, ⑤ 오히려 예정신고와 기한후신고를 구별함에 있어 실제 제출된 신고서의 형식이나 제출시기 등을 고려함이 없이 원고들의 주장처럼 판단할 경우 신고인이 결과적으로 본인에게 유리한 신고로 그 신고의 성격을 번복하여 주장할 여지가 있을뿐만 아니라, 그로 인하여 법적 안정성과 예측가능성이 심각하게 훼손될 우려가 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고들의 이 사건 신고서를 통한 양도소득세 신고는 2019년 귀속 양도소득세 예정신고로 봄이 상당하다.

(2) 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고들의 신고가 기한후신고임을 전제로 한 위 각 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 각 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 그 외에 이 사건 소장에 의하면, 원고들의 양도소득세 신고를 기한후 신고로 보아야 한다는 전제에서 제척기간이 5년이 적용됨으로써 피고의 징수권은 원고들이 양도소득세를 납부한 2019. 7. 29.로부터 5년이 경과한 2024. 7. 29.에 소멸하였으므로, 그 이후에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다는 취지의 주장도 있으나, 그 이후 제출된 원고의 2025. 9. 8.자 준비서면에 따라 ②주장으로 변경된 것으로 보인다. 다만, 원고들의 의사가 위 주장 역시 병행하여 유지하는 것이라는 가정하에 보건대, 설령 원고들의 주장처럼 원고들의 신고를 기한후 신고로 보더라도 이것 또한 법정신고기한 내 신고가 이루어지지 않았다는 점에서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호에 따라 제척기간 7년이 적용된다고 할 것이어서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.