1. 사실관계
○ 질의법인은 2023.8.16. 개업하여 건설업을 영위하고 있는 법인으로, 청년창업중소기업 세액감면을 적용(100%)받고 있음
○ 질의법인은 건설업 관련 소득은 감면대상소득으로, 이자･배당소득, 국고보조금은 감면 외 소득으로 구분하여 감면 외 소득에 대해서는 법인세를 납부함
2. 질의요지
○ ｢산업안전보건법｣ 등에 따라 지급받은 국고보조금이 창업중소기업 세액감면 대상소득에 해당하는 지 여부
3. 관련법령
□ 조세특례제한법 6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】
① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율
가. 2025년 12월 31일 이전에 창업한 경우
1) 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100
2) 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50
② (생략)
③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.
4. 건설업
④∼⑩ (생략)
□ 조세특례제한법 제143조【구분경리】
① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.
② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.
③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.
□ 조세특례제한법 시행령 제136조【구분경리】
① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는「법인세법」 제113조의 규정을 준용한다.
② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 「소득세법」 제19조의 규정을 준용하여 계산한다.
□ 조세특례제한법 기본통칙 6-0…2【감면대상소득의 범위】
법 제6조 제1항 및 제2항・제7조 제1항・제63조 제1항・제64조 제1항・제66조 제1항・제67조 제1항・제68조 제1항에 따라 감면대상 소득계산시 이자수익ㆍ유가증권처분이익ㆍ유가증권처분손실 등은 포함하지 아니한다.
□ 법인세법 제36조【국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】
① 내국법인이 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 취득하거나 개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득하거나 개량하고 이에 대한 국고보조금등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등 상당액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.
□ 법인세법 시행령 제64조【국고보조금 등의 손금산입】
① 법 제36조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 사업용 유형자산 및 무형자산과 석유류를 말한다.
② 법 제36조제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 개별사업용자산별로 해당 사업용자산의 가액중 그 취득 또는 개량에 사용된 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률」 또는 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률에 따른 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다. 이 경우 사업용자산을 취득하거나 개량한 후 국고보조금등을 지급받았을 때에는 지급일이 속한 사업연도 이전 사업연도에 이미 손금에 산입한 감가상각비에 상당하는 금액은 손금에 산입하는 금액에서 제외한다.
③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.
1. 감가상각자산：일시상각충당금
2. 제1호외의 자산：압축기장충당금
□ 산업안전보건법 제4조【정부의 책무】
① 정부는 이 법의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사항을 성실히 이행할 책무를 진다.
1. 산업 안전 및 보건 정책의 수립 및 집행
2. 산업재해 예방 지원 및 지도
3. ｢근로기준법｣제76조의2에 따른 직장 내 괴롭힘 예방을 위한 조치기준 마련, 지도 및 지원
4. 사업주의 자율적인 산업 안전 및 보건 경영체제 확립을 위한 지원
5. 산업 안전 및 보건에 관한 의식을 북돋우기 위한 홍보ㆍ교육 등 안전문화 확산 추진
6. 산업 안전 및 보건에 관한 기술의 연구ㆍ개발 및 시설의 설치ㆍ운영
7. 산업재해에 관한 조사 및 통계의 유지ㆍ관리
8. 산업 안전 및 보건 관련 단체 등에 대한 지원 및 지도ㆍ감독
9. 그 밖에 노무를 제공하는 사람의 안전 및 건강의 보호ㆍ증진
② 정부는 제1항 각 호의 사항을 효율적으로 수행하기 위하여 ｢한국산업안전보건공단법｣에 따른 한국산업안전보건공단(이하 "공단"이라 한다), 그 밖의 관련 단체 및 연구기관에 행정적ㆍ재정적 지원을 할 수 있다.
□ 산업안전보건법 제158조【산업재해 예방활동의 보조･지원】
① 정부는 사업주, 사업주단체, 근로자단체, 산업재해 예방 관련 전문단체, 연구기관 등이 하는 산업재해 예방사업 중 대통령령으로 정하는 사업에 드는 경비의 전부 또는 일부를 예산의 범위에서 보조하거나 그 밖에 필요한 지원(이하 "보조ㆍ지원"이라 한다)을 할 수 있다. 이 경우 고용노동부장관은 보조ㆍ지원이 산업재해 예방사업의 목적에 맞게 효율적으로 사용되도록 관리ㆍ감독하여야 한다.
⑤ 보조ㆍ지원의 대상ㆍ방법ㆍ절차, 관리 및 감독, 제2항 및 제3항에 따른 취소 및 환수 방법, 그 밖에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정하여 고시한다.
4. 관련예규 등
○ 서면-2024-법인-0775, 2024.6.20.
｢조세특례제한법｣ 제99조의9의 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면을 적용함에 있어서 내국법인이 ｢고용보험법｣ 제22조 및 같은 법 시행령 제24조에 따라 고용노동부로부터 지급받은 지역고용촉진지원금은 ｢조세특례제한법｣ 제99조의9 제2항의 감면대상사업에서 발생한 소득에 해당하지 않는 것임
○ 기획재정부 조세특례제도과-86, 2024.1.29.
장애인 표준사업장 및 사회적기업이 ｢장애인고용촉진법 및 직업재활법｣, ｢사회적기업 육성법｣에 따라 국가 등으로부터 받은 지원금은 ｢조세특례제한법｣ 제85조의6에서 규정하는 감면대상소득에 해당하는 것임