1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2020. 12. 1. 원고에게 한 2020년 제1기 부가가치세 263,218,520원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 8. 23. 정보통신공사업 및 통신자재 판매업 등을 영위하기 위해 설립된 회사로 RMC 클라우드 데이터 센터 구축 사업교육 컨텐츠 제작사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)과 관련하여, 2020. 4. 29. BBBBBBB 주식회사(이하 ‘BBBBB’라 한다)로부터 이 사건 사업에 소요되는 소프트웨어 및 하드웨어(이하 ‘이 사건 물품’이라 한다)를 공급가액 4,768,659,944원으로 하여 세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 발급받고, 같은 날 CCCCCCCCCCCC(이하 ’CCCCC‘라 한다)에 공급가액 5,096,200,000원으로 하여 공급하기로 하는 내용의 세금계산서(이하 ’이 사건 매출세금계산서‘라 하고 이 사건 매입세금계산서와 합하여 ’이 사건 각 세금계산서‘라 한다)를 발급하였으며, 2020. 7. 20. 2020년 제1기 부가가치세를 신고․납부하였다.

나. 서울지방국세청(이하 ’조사청‘이라 한다)은 2020. 9. 1.부터 2020. 11. 27.까지 원고에 대하여 부가가치세에 대한 조사(이하 ’이 사건 조사‘라 한다)를 실시한 결과 이 사건 각 세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다. 이에 피고는 이 사건 각 세금계산서상의 매출과 매입을 차감하고 사실과 다른 세금계산서에 따른 가산세(공급가액의 3%)를 부과하여 2020. 12. 7. 원고에게 2020년 제1기 부가가치세 263,218,520원을 경정․고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6호증(가지번호 포함, 이하 같다)을 제1내지 3, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 각 세금계산서와 관련하여서 물품공급계약서가 작성되었고 그에 상응하는 재화의 이동이 실제로 이루어졌으므로 실물거래가 존재하지 않는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 인정사실

1) 이 사건 물품과 관련하여 원고는 2020. 4. 28. BBBBB로부터 4,768,659,544원에 매입하는 계약을 체결하고, 2020. 4. 27. CCCCC에 5,096,200,000원에 매도하는 계약을 체결하였다. 각 계약은 견적서대로 체결되었다.

2) 이 사건 각 세금계산서의 거래품목은 다음과 같다.

이 사건 매입세금계산서

이 사건 매출세금계산서

3) 이 사건 물품의 거래는 아래와 같은 순서로 이루어졌고, 각 거래의 세금계산서는 모두 작성일자를 2020. 4. 29.로 하여 2020. 5. 7. 발행되었다.

4) 이 사건 물품의 공급가액은 CCCCC가 DDDDDD에 공급한 가액(CCCCC는 공급받은 가액 그대로 DDDDDD에 공급하였다)을 제외하면 다음과 같다. 원고는 이 사건 물품 거래를 통하여 CCCCC에 공급한 가액 대비 약 6.4%[=327,540,456원(=5,096,200,000원-4,768,659,544원)/5,096,200,000원]의 이익을 얻게 된다.

5) CCCCC는 이 사건 물품의 공급가액 5,096백만 원과 CCCCC가 자체적으로 조달하여 납품하기로 물품의 공급가액 1,504백만 원을 합한 총 공급가액 6,600백만원의 매출세금계산서를 DDDDDD에 발행하였으나 DDDDDD가 대금지급일까지 대금을 지급하지 못하자 DDDDDD에 대해 계약해제를 원인으로 2020. 6. 30.을 작성일자로 하여 2020. 7. 10. 부(-)의 수정세금계산서를 발행한 후 원고에게 이 사건 물품의 공급계약을 취소해줄 것을 요청하였으나 원고가 계약을 취소해주지 않자 2020년 제1기 확정 부가가치세 신고 시 원고로부터 수취한 매입세금계산서 5,096백만 원을 포함하지 않았다. 이 사건 물품의 거래대금은 최종 매출처인 DDDDDD가 지급하면 순차적으로 다음 단계로 지급하는 것으로 되어 있었으나 DDDDDD가 대금을 지급하지 않아 이 사건 물품 관련 거래대금 수수는 이루어지지 않았다.

6) 이 사건 물품은 BBBBB에서 최종 매출처인 DDDDDD로 곧바로 이동되었고, BBBBB, 원고, CCCCC, DDDDDD 관계자들이 DDDDDD 사무실에서 모여 이 사건 물품을 확인한 후 원고는 BBBBB에게, CCCCC는 원고에게 각각 납품확인서를 작성하여 주었다.

7) 조사청이 2020. 9. 15. 이 사건 물품의 납품장소인 DDDDDD에 방문하여확인한 결과 이 사건 물품은 미설치 상태로 현장에 있었다. DDDDDD 대표이사 HHH은 CCCCC가 공급하기로 했던 물품 중 20억 원 가량이 납품되지 않아 계약을 해지하였고 CCCCC가 물품을 회수해가지 않아 그대로 보관하고 있다고 말하였다.

8) 원고의 전무이사 JJJ는 이 사건 조사 시 ’이 사건 사업 관련하여 사업구도가 다 짜여져 있는 상태에서 사업 중간에 BBBBB의 실운영자 KKK으로부터 제안을 받아 참여하였고, KKK이 BBBBB가 원고에게 납품할 물품의 견적서(납품할 품목과 수량, 가격이 기재됨)와 원고가 CCCCC에 납품할 견적서(납품할 품목과 수량, 가격이 기재됨)를 메일로 주었다. 원고는 KKK으로부터 이 사건 사업 관련하여 최종 6.4% 이익을 보장받는 조건으로 계약을 하였다.‘고 진술하였다. 또한, CCCCC LLL 팀장은 이 사건 조사 시 ’이 사건 사업 관련하여 CCCCC를 퇴사한 MMM로부터 제안을 받았고 MMM는 리스크(납품했을 때 돈을 못받을 상황, 돈을 못 받은 경우 매입을 취소할 수 있는지 여부)가 없다고 확인해주어 사업을 진행하게 되었다. KKK의 지시를 받은 MMM로부터 원고가 CCCCC에 납품할 물품의 견적서(납품할 품목과 수량, 가격이 기재됨)와 CCCCC가 DDDDDD에 납품할 견적서(납품할 품목과 수량, 가격이 기재됨)를 전달받았고 이를 CCCCC 양식으로 바꾸어 견적서를 작성하였다. 이 사건 물품은 이윤 없이 원가 그대로 공급하였고, CCCCC가 자체 공급하기로 한 물품은 대금을 받지 못하여 공급하지 않았다. 돈을 못 받으면 계약을 취소할 수 있었기 때문에 해당 거래가 정상적인 거래인지에 대하여 걱정하지 않았다.‘고 진술하였다.

9) 원고는 2020. 10. 28. 서울남부지방법원에 BBBBB를 상대로 이 사건 물품대금지급에 대한 채무부존재확인의 소를 제기하였고, 위 소송에서 원고는 이사건 물품 계약과 관련하여 이행불능 및 사정변경으로 인한 계약해제, 해제조건 성취, 하자담보책임에 기한 계약해제, 착오취소 주장을 하였으나 위 법원은 2024. 2. 8. 원고의 주장을 모두 받아들이지 않고 원고 패소 판결을 선고하였고 위 판결은 같은 달 28. 확정되었다(20XX가합XXXXX). 위 소송에서 이 사건 물품에 대한 하자감정이 이루어졌는데, 감정인은 ’이 사건 물품 중 하드웨어 가운데 Unity 300H의 경우 2018년까지의 납품실적이 있는 제품으로 2020년 통상적으로 납품되는 제품이 아니고, 소프트웨어의 경우 인터넷사이트 등에서 다운로드 및 취득이 불가능하였다. 이 사건 물품의 공급가액은 적정한 것으로 보기 어렵다.‘는 의견을 밝혔다.

10) 원고는 2023. 10. 13. 서울남부지방법원에 CCCCC를 상대로 이 사건 물품에 대한 대금지급 일부청구를 하였고, 위 법원은 2024. 11. 22. CCCCC에게 물품대금지급의무가 있다는 이유로 원고 승소 취지의 판결(일부 지연손해금 부분 기각)을 하였으며(20XX가합XXXXXX), 쌍방이 항소하여 현재 항소심 계속 중이다(서울고등법원 20XX나XXXXXX).

11) BBBBB와 KKK은 이 사건 매입세금계산서와 관련하여 허위세금계산서발행으로 인한 조세범처벌법위반 등 혐의로 고발되었으나, 검찰은 CCCCC에서DDDDDD로 6,600백만 원 상당의 세금계산서가 발행되었고, 이 사건 물품에대하여 원고가 작성한 납품확인서가 있으며, DDDDDD의 대표이사 HHH과 원고의 전무이사 JJJ가 이 사건 사업의 실체가 있었다는 취지로 진술하는 점 등을 고려하면 이 사건 매입세금계산서가 허위라고 단정하기 어렵다는 이유로 2023. 6. 23. BBBBB와 KKK에 대하여 ’혐의없음(증거불충분)‘ 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5 내지 13호증, 을 제3 내지 10, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 관련 법리

부가가치세법 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재 사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 등 참조). 이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다고 볼 여지가 있는 ‘끼워넣기 거래’를 들 수 있다.

2) 구체적인 판단

이 사건 물품과 관련하여 원고와 BBBBB, 원고와 CCCCC 사이에 계약서, 세금계산서, 납품확인서가 존재하는 사실은 인정된다. 그러나 위 인정사실, 앞서든 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 고려하면, 원고와 BBBBB, 원고와 CCCCC 사이의 이 사건 물품 거래는 끼워넣기 형태의 가공거래로서 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단되므로, 이 사건 처분은 위법하지 않다.

가) 이 사건 사업의 거래구조, 이 사건 물품의 품목, 수량, 가격, 거래처를 모두 BBBBB의 실운영자 KKK이 결정하였고, 이 사건 물품은 BBBBB에서 DDDDDD로 직접 운송되었고 원고가 검수도 실질적으로 하지 않은 것으로 보이며, 원고와 BBBBB, CCCCC 사이에 이 사건 물품 관련 거래대금 수수도 없었던바, 원고는 이 사건 물품 거래와 관련하여 BBBBB와 DDDDDD 사이에서 CCCCC와 함께 중간유통업체의 형식을 취하고 있으나 거래처 선정, 가격협상, 물품 검수 및 보관, 대금 결제 등 어느 면으로든 중간유통업체로서의 역할을 수행하였다고 보기 어렵다.

나) 이 사건 물품이 거래 당시 통상적으로 유통되는 제품이 아니거나 소프트웨어가 다운로드 되지 않아 취득이 어려운 등의 문제가 있음에도 불구하고 BBBBB의 원고에 대한 공급가격은 약 47억 원으로 책정되었는데 이는 이 사건 물품의 상태나 원가(약 8억 5천만 원)에 비하여 지나치게 고가인 것으로 보인다. 그럼에도 원고는 이 사건 물품의 가격을 KKK이 정해준대로 받아들이고 물품이 운송된 후에도 물품의 상태나 가격에 대해 BBBBB에 이의를 제기하지 않았다.

다) 위와 같은 사정들 및 ‘이 사건 사업 관련하여 사업구도가 다 짜여져 있는상태에서 사업 중간에 BBBBB의 실운영자 KKK으로부터 최종 6.4% 이익을 보장하는 조건으로 제안을 받아 거래에 참여하였다.’는 원고의 전무이사 JJJ의 진술을 고려하면 원고와 BBBBB, CCCCC 사이에 있었던 이 사건 물품 거래는 형식에 불과하고 실질이 있다고 할 수 없다.

라) 행정책임과 형사책임은 지도이념과 증명책임, 증명의 정도 등에서 서로 다른 원리가 적용되므로, BBBBB와 KKK이 이 사건 매입세금계산서와 관련하여 허위세금계산서발행으로 인한 조세범처벌법위반 등 혐의로 수사받은 형사사건에서 수사기관으로부터 혐의없음(증거불충분) 결정을 받았다는 이유만으로 그와 반대되는 사실을 인정할 수 없는 것은 아니다. 또한, 이 사건 처분은 국세기본법 제14조 제1항에 따라 원고와 BBBBB, 원고와 CCCCC 사이에서 이 사건 물품과 관련한 실질거래가 없었다는 것을 전제로 하므로 위 당사자들 사이에 이 사건 물품 거래계약에 대한 민사상 책임이 인정될 수 있는지의 문제와는 별개라고 판단된다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.