주 문

1. 이 사건 소 중 피고 ㅇㅇ시장에 대한 부분을 각하한다.

2. 원고의 피고 ㅇㅇ세무서장에 대한 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고 ㅇㅇ세무서장이 원고에 대하여 한 2021. 5. 3. 자 2015년 귀속 종합소득세

298,779,612원 부과처분, 2022. 4. 28.1) 자 2016년 귀속 종합소득세 79,988,940원

부과처분 및 2023. 10. 4. 자 2013년 귀속 종합소득세 99,772,340원 부과처분을 각

취소한다.

2. 피고 ㅇㅇ시장이 2022. 2. 8. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 지방소득세 29,877,960

원 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 법적 지위 등

1) 농업회사법인 AAAA 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 ‘△△시 ○○2

길 84(○○○동)’을 본점 소재지로 하여 농작물 재배업 및 농산물 유통, 가공, 판매업

등을 목적으로 2012. 5. 4. 설립된 법인으로, 이후 2016. 12. 12. 및 2017. 8. 11. 본점

을 이전하였으나, 변경된 본점 소재지도 모두 △△시에 소재해 있다.

2) 이 사건 회사의 법인등기부상 설립 당시 임원으로 사내이사 겸 대표이사 원고,

사내이사 BBB, CCC, 감사 DDD이 등기되었는데, BBB는 원고의 처이고, 김○○은 BBB의 언니인 EEE의 남편으로, 원고와 CCC은 동서 사이이다.

3) 2016. 12. 30. 원고를 포함한 위 임원진들의 2015. 5. 4. 자 각 퇴임 등기와 CCC, FFF(각 사내이사), GGG(사내이사 겸 대표이사), HHH(감사)의 2016. 12.

12. 자 각 취임 등기가 마쳐졌다.

나. 이 사건 회사의 부동산 처분 등

1) 이 사건 회사는 2013. 5. 27. ○○○시 ○○동 182 및 같은 동 186 소재 각 토

지(이하 ‘2013년 처분 부동산’이라 한다)를 양도하였고, 2013년 처분 부동산의 취득원

가를 5억 3,000만 원, 양도가액을 8억 5,000만 원, 자본적 지출액을 3억 3,740만 원으

로 계상하였고, 그에 따라 2013년 처분 부동산의 양도차손을 1,740만 원2)으로 하여

2013 사업연도 법인세를 신고하였다.

2) 이 사건 회사는 2015년 ○○○시 ○○읍 ○○리 638-1, 같은 리 638-6, 같은

리 638-7, ○○○시 ○○면 ○○리 2325, △△시 ○○○동 1385, 같은 동 1386, 같은

동 1387, △△시 ○○읍 ○○리 1811-1 소재 각 토지(이하 ‘2015년 처분 부동산’이라

한다)를 양도하였고, 2015년 처분 부동산의 양도차익을 7억 2,211만 원으로 하여 2015

사업연도 법인세를 신고하였다.

3) 이 사건 회사는 2016년 △△시 ○○읍 ○○리 1073 소재 토지(이하 ‘2016년 처

분 부동산’이라 한다)를 양도하였고, 2016년 처분 부동산의 양도차익을 177,458,700원

으로 하여 2016 사업연도 법인세를 신고하였다.

4) 한편, 2015년 처분 부동산의 등기부상 거래가액은 36억 2,000만 원이고, 이 사

건 법인의 2015 사업연도 법인세 신고서상 표준대차대조표 토지 장부가액(2억 6,222만

원)은 2014 사업연도 법인세 신고서상 표준대차대조표 토지 장부가액(2,308,234,000원)

에 비하여 2,046,014,000원이 감소하였다.

또한, 2016년 처분 부동산의 등기부상 양도가액은 6억 8,700만 원, 이에 대한

2015 사업연도 법인세 신고서상 표준대차대조표 토지 장부가액은 2억 6,222만 원이다.

다. 피고들의 처분 등

1) 2015년 처분 부동산 관련

가) △△세무서장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2021. 3. 3. 이 사건 회사의 과세자

료를 처리하면서 이 사건 회사의 2015년 처분 부동산에 관한 유형자산처분이익을

1,573,986,000원(= 거래가액 36억 2,000만 원 – 이 사건 회사의 2014년 및 2015년 토

지 장부가액의 차액 2,046,014,000원)으로 산정하고, 위 금액과 이 사건 회사가 신고한

양도차익 7억 2,211만 원과의 차액 851,876,000원3)(이하 ‘2015년 누락금액’이라 한다)

을 법인세 신고에서 누락하였다고 보아 이 사건 회사의 2015 사업연도 법인세를 경정

하였으며, 2015년 처분 부동산의 양도 당시 이 사건 회사의 대표이사였던 원고에게

2015년 누락금액을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

나) 이에 따라 피고 ㅇㅇ세무서장은 2021. 5. 3. 원고에게 2015년 귀속 종합소득

세 298,779,610원을 결정·고지하였다(이하 ‘2015년 종합소득세 부과처분’이라 한다).

다) 원고는 위 처분에 불복하여 2021. 5. 10. 피고 ㅇㅇ세무서장을 상대로 이의

신청을 하였으나 2021. 6. 18. 기각결정을 받았고, 이에 2021. 7. 23. 조세심판원에 심

판청구를 제기하였으며, 조세심판원은 2021. 12. 7. ‘2015년 종합소득세 부과처분에 관

하여 원고가 이 사건 회사의 실질 대표자인지 여부와 2015년 처분 부동산의 양도대금

의 귀속자가 누구인지를 재조사하고 그 결과에 따라 과세처분과 세액을 경정하라’는

취지의 재조사결정을 하였다.

라) 조사청은 위 재조사결정에 따라 재조사를 실시한 후 ‘이 사건 회사의 실질

대표자는 원고로 판단되고 귀속이 불분명한 2015년 누락금액을 원고에게 귀속한 2015

년 종합소득세 부과처분은 정당하다’고 보아 2021. 12. 7. 원고에게 기존 결정을 유지

한다는 취지의 처분결과 통지를 하였다.

마) 피고 ㅇㅇ시장은 피고 ㅇㅇ세무서장의 2015년 종합소득세 부과처분에 기초

하여 2022. 2. 8. 원고에게 2015년 귀속 지방소득세 29,877,960원을 결정·고지하였다

(이하 ‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 한다).

2) 2016년 처분 부동산 관련

가) 조사청은 이 사건 회사가 2016년 처분 부동산에 관한 유형자산처분이익을 4

억 2,478만 원(= 거래가액 6억 8,700만 원 – 이 사건 회사의 2015년 토지 장부가액 2

억 6,222만 원)으로 산정하고, 위 금액과 이 사건 회사가 신고한 양도차익 177,458,700

원과의 차액 247,321,300원(이하 ‘2016년 누락금액’이라 한다)을 법인세 신고에서 누락

하였다고 보아 해당 금액을 익금산입하여 이 사건 회사의 2016 사업연도 법인세를 경

정하였으며, 2016년 처분 부동산의 양도 당시 이 사건 회사의 등기부상 대표였던 원고

에게 2016년 누락금액을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

나) 이에 따라 피고 ㅇㅇ세무서장은 2022. 4. 28. 원고에게 2016년 귀속 종합소

득세 79,988,940원을 결정·고지하였다(이하 ‘2016년 종합소득세 부과처분’이라 한다).

3) 2013년 처분 부동산 관련

가) 조사청은 이 사건 회사가 2013년 처분 부동산 처분과 관련하여 계상한 자본

적지출액 3억 3,740만 원(이하 ‘2013년 계상 지출액’이라 한다)이 가공계상되었다고 보

아 이 사건 회사의 2013 사업연도 법인세를 경정하였고, 2013년 처분 부동산의 양도

당시 이 사건 회사의 등기부상 대표이사였던 원고에게 2013년 계상 지출액을 상여로

소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

나) 이에 따라 피고 ㅇㅇ세무서장은 2023. 10. 4. 원고에게 2013년 귀속 종합소

득세 99,772,340원을 결정·고지하였다(이하 ‘2013년 종합소득세 부과처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 14 내지 17호증, 을가 제1 내지 7호증(가

지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전항변에 관한 판단

가. 피고 ㅇㅇ세무서장의 본안전항변 및 이에 관한 판단

피고 ㅇㅇ세무서장은, 위 피고에 대한 소 중 2016년 종합소득세 부과처분에 관한

부분은 필요적 전심절차를 거치지 아니한 채 제기된 것이므로 부적법하다고 주장한다.

국세기본법 제56조는, 국세기본법 또는 세법에 따른 위법한 처분에 대한 행정소송

은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면

제기할 수 없다고 규정하고 있으나, 제소 당시에 비록 전치요건을 구비하지 못한 위법

이 있다 하여도 사실심 변론종결 당시까지 그 전치요건을 갖추었다면 그 흠결의 하자

는 치유된다(대법원 1987. 9. 22. 선고 87누176 판결 등 참조).

살피건대, 원고가 2022. 6. 20. 2016년 종합소득세 부과처분에 대한 이의신청을 한

사실, 원고는 이 법원에 2022. 7. 5. 자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 제출하며

2016년 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 청구를 추가한 사실, 이후 원고의 위 이

의신청이 기각되었고, 원고는 2022. 10. 11. 조세심판원에 2016년 종합소득세 부과처분

의 취소를 구하는 심판청구를 한 사실(조심 2022중8197호), 조세심판원은 2024. 6. 18.

2016년 종합소득세 부과처분 등에 관한 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 한 사실

은 갑 제13, 17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 기록상 명

백한바, 비록 위 청구취지 및 청구원인 변경신청서 제출 당시에는 2016년 종합소득세

부과처분에 관한 전심절차를 거치지 아니한 위법이 있었다 하더라도 이후 이 사건 변

론종결일 이전에 위 부과처분에 대한 심판청구에 관한 결정이 내려짐에 따라 위 하자

는 치유되었다 할 것이다.

따라서 원고의 피고 ㅇㅇ세무서장에 대한 소 중 2016년 종합소득세 부과처분에

관한 부분은 적법한바, 피고 ㅇㅇ세무서장의 위 본안전항변은 받아들이지 아니한다.

나. 피고 ㅇㅇ시장의 본안전항변 및 이에 관한 판단

피고 ㅇㅇ시장은, 원고가 이 사건 지방소득세 부과처분에 관한 필요적 전심절차인

심판청구를 하지 아니한 채 그 취소를 구하는 소를 제기하였으므로 피고 ㅇㅇ시장에

대한 소는 제소기간을 도과한 것이어서 부적법하다는 취지로 주장하는바, 피고 ㅇㅇ시

장의 위 본안전항변을 이 사건 소 중 피고 ㅇㅇ시장에 대한 부분은 필요적 전심절차를

거치지 아니하여 부적법하고, 설령 뒤늦게 원고가 심판청구를 한다 하더라도 청구기간

을 도과한 부적법한 심판청구가 될 것이어서 여전히 피고 ㅇㅇ시장에 대한 소는 부적

법하다는 취지로 선해하여 살펴본다.

지방세기본법은, 지방세기본법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법한 처분

을 받아 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이의신청을 하거나 심판청구를 할 수 있도록

규정하면서(제89조 제1항), 위 이의신청은 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았

을 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에(제90조), 심판청구는 이의신청을 거친

경우에는 이의신청에 대한 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에(제91조 제1항), 이의

신청을 거치지 아니한 경우에는 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는

그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 하여야 한다고(같은 조 제3항) 규정하고 있고, 지

방세기본법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법한 처분에 대한 행정소송은 심

판청구를 거치지 아니하면 제기할 수 없다고 규정하고 있다(제98조 제3항 본문).

살피건대, 원고가 이 사건 지방소득세 부과처분에 관하여 지방세기본법에 따른 심

판청구를 한 사실을 인정할 만한 아무런 증거가 없는바, 이 사건 소 중 피고 ㅇㅇ시장

에 대한 부분은 부적법하고(원고는 이 사건 변론종결일 현재까지 위 심판청구를 하지

않은 것으로 보이는바, 설령 원고가 이 사건 변론종결일 이후 이 사건 지방소득세 부

과처분에 대하여 지방세기본법에 따른 심판청구를 한다 하더라도 위 심판청구는 앞서

본 심판청구기간을 도과하여 제기한 것으로 부적법하므로, 이 부분 소의 전치요건 미

구비의 하자가 치유될 수도 없다), 이를 지적하는 피고 ㅇㅇ시장의 본안전항변은 이유

있다(설령 이 부분 소가 적법하다 하더라도, 이 사건 지방소득세 부과처분에 관한 원고

의 주장은 2015년 종합소득세 부과처분과 같은 취지인데, 아래 피고 ㅇㅇ세무서장에

대한 청구에 관한 판단에서 보는 바와 같이 2015년 누락금액을 원고에게 상여로 소득

처분하는 것은 적법한 것으로 보이는바, 원고의 이 사건 지방소득세 부과처분에 관한

주장은 받아들이지 아니하고, 따라서 원고의 피고 ㅇㅇ시장에 대한 청구는 이유 없다).

3. 피고 ㅇㅇ세무서장에 대한 청구에 관한 판단

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 이 사건 회사의 실질적 경영자인 CCC에게 명의를 대여한 명목상 대

표이사에 불과한바, 원고를 이 사건 회사의 대표로 보아 2013년 계상 지출액과 2015년

및 2016년 누락금액(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 쟁점금액’이라 한다)을 원고에 대한 상

여로 소득처분한 것은 위법하고, 이를 기초로 한 2013년, 2015년 및 2016년 종합소득

세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 2013년, 2015년 및 2016년 처분 부동산(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)의

매수대금은 이 사건 회사의 실질적인 경영자인 CCC에 귀속되었다. 그럼에도 피고

ㅇㅇ세무서장은 위 대금의 귀속에 관하여 최소한의 조사도 하지 않은 채 만연히 이 사

건 쟁점금액이 사외유출되었고 그 귀속이 불분명하다고 보아 이 사건 각 처분을 하였

으므로, 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 본 사실에 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음 각 사실이 인

정된다.

1) 이 사건 회사 등기부상 원고는 그 설립일인 2012. 5. 4.부터 2015. 5. 4.까지 이

사건 회사의 대표이사로 등기되어 있고, 위 2015. 5. 4. 원고를 비롯한 모든 사내이사

및 감사가 퇴임하여 2016. 12. 12. GGG이 이 사건 회사의 대표이사로 취임할 때까지

이사 등 회사를 대표할 수 있는 다른 임원이 선임된 바 없다.

2) 이 사건 회사의 2013년 내지 2016년 급여 지급내역상 원고는 위 기간 동안 매

년 720만 원의 급여를, 원고의 처 BBB는 2013년부터 2015년까지 매년 600만 원,

2016년에는 300만 원의 급여를, CCC은 위 기간 동안 원고와 동일하게 매년 720만

원, CCC의 처 EEE는 2013년부터 2015년까지 매년 600만 원, 2016년에는 960만

원의 급여를 각 지급받은 것으로 기재되어 있다.

3) 원고는 2013. 12. 31.부터 2015. 12. 31.까지 이 사건 회사 주식 1,500주를 보유

하고 있는 것으로 되어 있고, 원고의 위 주식은 2013. 12. 31. 기준으로는 이 사건 회

사 발행주식총수 중 30%, 2014. 12. 31. 및 2015. 12. 31. 기준으로는 이 사건 회사 발

행주식총수 중 7.5%에 해당한다.

4) 원고는 2012. 4. 19.부터 2014. 7. 28.까지 △△시 소재 주소지로 주민등록을 하

였고, 2014. 7. 28. ㅇㅇ시로 전출을 갔다가 약 2개월 후인 2014. 9. 18. 다시 △△시로

전입하여 2016. 2. 17.까지 △△시에 주소지를 두었다.

라. 구체적인 판단

1) 원고가 이 사건 회사의 대표자에 해당하는지 여부

가) 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)

제106조 제1항 제1호4)는 과세관청이 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금

에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익

처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하되, 다만 그 귀속이 불분명한 경우에

는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있다. 여기서 대표자는 실질적으로 그

회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하고, 비록 회사의 대표이사로 법인등기부상 등

재되어 있었다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없었다면 이와 같은 인정

소득을 그 대표자에게 귀속시킬 수 없다고 보아야 한다(대법원 2016. 11. 10. 선고

2014두4764 판결 등 참조). 다만 인정상여로 소득처분을 할 법인의 대표이사에 해당한

다는 사실은 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 증명하면 되고, 법인등기부상 대

표이사로 등재되어 있음에도 불구하고 실질적인 대표자가 아닌 사정에 관하여는 이를

주장하는 측에서 증명하여야 한다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2010두18116 판결 등 참조).

나) 살피건대, 원고가 2012. 5. 4.부터 2015. 5. 4.까지 이 사건 회사의 법인등기

부상 대표이사로 등기되어 있었고, 2015. 5. 4.부터 2016. 12. 12.까지는 이 사건 회사

를 대표할 이사 등이 취임한 바 없는 사실은 앞서 인정한 것과 같으므로, 원고는 특별

한 사정이 없는 한 위 기간 동안 대표이사 또는 상법 제389조 제3항 및 제386조에 따

른 퇴임대표이사로서 이 사건 회사의 대표자에 해당하는 것으로 추정된다.

다) 한편 원고는 이 사건 회사의 실질적인 대표자가 CCC이라고 주장하나, 원

고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 갑 제8, 9호증, 을가 제5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하

여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 원고는 이 사건 회사 외에 CCC이 대표이사로

되어 있는 농업회사법인 ○○영농 주식회사의 사내이사로도 등기된 바 있고, 위 농업

회사법인 ○○영농 주식회사로부터 받은 급여에 관한 종합소득세 신고도 한 바 있는

점, 원고가 강○○과 대화 중에 2012년에 파프리카 농장 등 이 사건 회사의 목적사업

에 해당하는 농작물 재배업 등을 하기 위하여 △△시로 내려갔다가 2015년경5) CCC

과의 갈등이 생겨 올라오게 되었다고 진술한 점, 2015년 처분 부동산 중 ○○○시 ○○읍 ○○리 638-1 토지를 양수한 농업회사법인 주식회사 ○○○○○△△의 대표이사

와 △△시 ○○읍 ○○리 1811-3 토지의 양수인 JJJ는 위 각 토지에 관한 매매계

약을 원고와 체결한 것으로 기억한다고 각 진술한 점 등에 앞서 본 이 사건 회사의 원

고에 대한 급여지급내역이나 원고의 주식소유현황 등을 더하여 보면, 원고는 CCC과

함께 이 사건 회사 등을 가족회사로 함께 경영하며, 그 중 이 사건 회사에 관하여는

대표이사로서 활동한 것으로 보인다.

라) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 이 사건 금원의 귀속이 불분명한 경우에 해당하는지 여부

가) 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호는 과세관청이 법인세의 과세표준

을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는

그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하되, 다만

그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있다. 법인

세법상 대표자 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을

두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로

인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로

간주하도록 하는 데 그 취지가 있는바(대법원 2008. 1. 18. 선고 2005두8030 판결 등

참조), 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명치 않는 한 대표자에 대한 상여로

소득처분할 수밖에 없는 것이고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 입증책임은

이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1992. 8. 14. 선고 92누6747 판결 등 참조).

나) 앞서 본 사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 2013

년 처분 부동산의 처분과 관련하여 이 사건 회사가 2013년 계상 지출액을 자본적지출

액으로 계상하였으나, 이를 증빙할 아무런 자료가 없는 점, ② 2015년 귀속 부동산 처

분과 관련하여 등기부상 나타나는 거래가액과 이 사건 회사의 장부상 가액의 차액이

1,573,986,000원에 이름에도 이 사건 회사는 2015년 귀속 부동산 처분에 관하여 양도

차익을 7억 2,211만 원이라 신고한 점, ③ 2016년 귀속 부동산 처분과 관련하여 등기

부상 나타나는 거래가액과 이 사건 회사의 장부상 가액의 차액이 4억 2,478만 원에 이

름에도 이 사건 회사는 177,458,700원만을 2015년 귀속 부동산 처분 양도차익으로 신

고한 점 등이 인정되는바, 이 사건 각 부동산의 처분과 관련하여, 지출액으로 계상되었

으나 이를 뒷받침할 증빙자료가 없는 2013년 계상 지출액과 실제 양도차익과 이 사건

회사의 신고가액의 차액인 2015년 및 2016년 누락금액, 즉 이 사건 쟁점금액은 사외유

출된 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 주장하는 바와 같이 이 사

건 쟁점금액이 CCC에게 귀속되었다거나 또는 원고가 아닌 제3자에게 귀속된 사실을

인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는바, 이 사건 쟁점금액은 그 귀속이

분명치 않다 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

마. 소결론

따라서 이 사건 각 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 피고 ㅇㅇ시장에 대한 부분은 부적법하므로 이를 각하하고,

원고의 피고 ㅇㅇ세무서장에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주

문과 같이 판결한다.