이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. A(이하 “청구법인”이라 한다)는 1998.4.30. 유리 제조 및 가공업을 영위하기 위해 설립한 법인으로, 1999.10.27. K시로 이전하여 현재까지 사업을 운영하고 있다.

나. G지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.3.19.부터 5.28.까지 A에 대해 법인세 2020∼2023 사업연도, 부가가치세 2020년 제1기∼2024년 제2기 과세기간의 세무조사를 실시하여, 다음과 같은 내용으로 2025.6.12. 세무조사 결과 통지하였다.

 1) A의 대표자인 B(이하 “대표자”라고 한다)의 개인계좌(이하 “차명계좌”라고 한다)에 대해 2020년부터 2024년까지의 거래내역을 확인한 바, A가 차명계좌를 이용하여 A의 매출 2,262,905천원(공급대가)을 누락을 확인하고, 1,447,277천원을 대표자 상여 처분함(2024 사업연도 매출누락분 제외)

 2) A는 특수관계법인인 C(이하 “특수관계법인”이라 한다)에 1,443,752천원(공급대가)의 재화를 무상공급 하였고, 1,260,083천원을 대표자 상여처분함(부가가치세 2024년 제1기, 제2기는 제외)

 3) A가 대표자에게 지급하고 회수하지 않아 포기한 가지금금 688,774천원 및 인정이자 미수수익 105,000천원 등 사실과 다르게 회계처리를 하여, 대표자의 가지급금 감소시켜 법인의 자금 793,774천원을 대표자에게 유출

 4) A는 D(대표자의 며느리)가 근무한 사실이 없음에도 181,769천원을 가공인건비로 계상한 혐의있음

다. 조사청은 2025.6.12. A에 각 사업연도 법인세 845,840천원, 각 과세기간의 부가가치세 456,498천원 및 A의 대표자에게 「법인세법」에 따른 소득처분(상여, 소득금액 3,682,856천원)을 한다는 세무조사 결과 통지를 하였다.

라. A는 이에 불복하여 2025.7.11. 이 건 과세전적부심사 청구를 제기하였다.

마. 각 쟁점과 그에 대한 A의 주장을 정리하면 다음과 같다.

(표생략)

2. 청구 주장

(쟁점1) A 대표자의 개인계좌로 입금된 금액을 A의 매출누락으로 보는 것이 부당한지 여부

가. 조사청은 2020년부터 2024년까지의 거래내역을 조사하여 차명계좌 입금액 6,687,960천원 중 2,262,905천원(공급대가)을 매출 누락으로 보아 익금에 산입하고, 대표자 상여로 처분한다는 세무조사 결과통지를 하였다.

나. 대법원 판례에 따르면 ‘조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당하고, 그것이 신고에서 누락된 금액이라는 과세요건 사실은 과세관청이 증명하여야 하는 것이 원칙이다. 다만 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당한다는 것은 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나 이를 인정할 만한 간접적인 사실을 밝히는 방법으로도 증명할 수 있는데(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판례 등 참조)이와 같이 추정할 수 있는지 여부는 해당 금융기관 계좌가 과세 대상 매출이나 수입에 관한 주된 입금·관리계좌로 사용되었는지, 입금일자나 상대방 및 금액 등에 비추어 매출이나 수입에 해당하는 외형을 가지고 있는지, 그 계좌의 거래 중에서 매출이나 수입 관련 거래가 차지하는 비중, 반대로 매출이나 수입이 아닌 다른 용도의 자금이 혼입될 가능성 및 그 정도 등 해당 금융기관 계좌에 입금된 금액에 관한 여러 사정들을 종합하여 판단하여야 한다.

다. 차명계좌의 거래내역을 살펴보면, 부동산 매매계약서 및 차용증 등으로 구체적인 서류를 제시하여 소명하였고, 매출누락으로 의심되는 입금액 153,987천원은 입금액 6,687,960천원 대비 2.3%에 불과하고, 또한 153,987천원의 거래내역을 살펴보면 입금액이 10천원∼1,000천원으로, 이 금액은 공사현장 등에 대량으로 물품을 공급하는 A 및 특수관계법인의 매출에 해당하는 외형을 가지는 금원으로 보기에는 상당히 무리가 있는 바, 차명계좌는 개인적 거래로 사용하였음을 알수 있다.

라. 조사청은 거래상대방이 누구인지, 거래품목은 무엇인지, 중복신고된 금액인지 여부 등 그 경위와 성격 등을 확인하여, 명확한 근거를 제시하여야 함에도 차명계좌로 입금이 되었다는 이유만을 근거로 매출누락금액이 대표자에게 사외유출 되었다고 판단하였다.

마. 과세요건 사실은 과세관청이 증명하는 것이 원칙이므로 계좌내역만을 근거로 매출이나 수입을 추정함에는 신중할 것이 요구되고, 섣불리 그와 같은 추정을 허용할 경우 실질적인 입증책임의 부담이 일반 국민에게 전가되고 행정편의주의적 과세가 허용되는 결과를 초래할 수 있으며, 추정의 법리에 기초하여 과세처분이 행해지고 그 적법 여부가 행정소송에서 다투어진 경우 법원으로서는 위와 같은 사정을 종합적으로 고려하여 추정의 법리를 엄격히 적용하여야 한다.(부산고등법원 2019.4.3. 선고 2018누20917 판결 참조)

바. 위 사실관계 및 판례 등에 의하면 조사청의 세무조사 결과 통지는 부당하며, 조사청은 명확한 과세 근거를 제시하여 그에 해당하는 금액만을 대표자 상여 처분하는 것이 타당하다. 과세예고통지금액 2,262,905천원, 중복자료 48,500천원, 부동산매매대금을 제외한 133,987천원만 대표자 상여 처분하여야 한다.

(쟁점2) A가 특수관계법인인 ㈜C에 매출 누락한 금액을 대표자 상여로 처분한 것이 부당한지 여부

가. 조사청은 2020년부터 2023년까지 A가 특수관계법인에게 재화를 무상으로 공급하였다고 보고, 부당행위계산부인을 적용하여 대표자에게 상여 처분을 한다는 세무조사 결과통지를 하였다.

나. 세무조사 기간에 조사청은 A의 컴퓨터에서 수집한 ‘C 납품현황’이라는 엑셀파일의 자료에서 단가, 공급가액, 세액 등이 기재되지 않은 항목들을 전부 무상공급으로 보았으나, A는 해당 파일의 작성자가 누구인지, 작성 시기가 언제인지, 기재된 내용이 맞는지 등 진위여부를 정확히 확신할 수 없는 상황으로, 세무조사 대상기간인 2020년부터 2023년까지 담당 회계직원이 3번이나 바뀌면서 특수관계법인에 대한 납품현황이 해당 엑셀파일의 일치여부도 확실치 않으며, 만약에 일치한다 하더라도 이는 회계직원이 수시로 바뀌면서 단가, 공급가액, 세액 등이 기재되지 아니한 항목들이 실제로 무상공급인지도 확실하지 않다.

다. 특수관계법인은 설립 이후부터 현재까지 A의 매출 55%에 해당하는 주요 매출처로, 각 사업연도마다 수백건의 거래를 주고 받고 있으며, 이 과정에서 일부 거래에 대해 세금계산서를 누락한 바, 대금수령의 지연이 장부상 미반영 된 것이다.

라. 조사청이 파악한 부분이 사실이고 적용한 단가가 객관적이라면, 이는 A가 특수관계법인에 무상공급한 것이 아니라 외상매출누락에 해당한다. 따라서 조사청이 제시한 금액은 해당 기간 중 계속하여 외상매출금이 발생하고 회수된 결과의 잔액에 해당하므로 유보로 처분함이 타당하며, 사외에 유출되어 대표자에게 귀속되었다는 처분은 부당하다.

(쟁점3) 외상매입금, 외상매출금과 상계한 가지급금을 사외유출한 것으로 보아 대표자에게 상여 처분을 한 것이 부당한지 여부

가. 이 건 쟁점3은 외상매출금 및 외상매입금 계정과 가지급금을 상계한 부분으로 회계처리 상 단순 오류로 매출누락, 가공경비 등 대표자에게 법인의 자금이 사외유출 되거나 가수금 반제로 처리되어 상여로 처분하는 경우와는 본질적으로 차이가 있다.

나. 조사청은 2020 사업연도의 외상매출금 243,137천원과 2021 사업연도의 외상매입금 373,224천원을 상계한 가지급금을 사외유출 되었다고 보아 대표자 상여로 소득처분을 한다는 세무조사 결과통지를 하였다.

다. A의 2021 사업연도 기말 외상매입금과 가지급금은 거래처원장 상 미등록거래처의 외상매입금 373,224천원과 상계한 것으로 미등록 거래처는 2021년 이전부터 다수 거래처와 미등록거래처에 매입대금 지급, 세금계산서 수취 등이 혼재되어 있던 것을 하나의 거래처로 합산한 것이다. 미등록 거래처에 대한 373,224천원의 외상매입금은 허위채무 등이 아닌 실제 매입으로 대부분의 거래처에 매입대금을 지급하였으나, 담당 직원의 회계처리 오류로 인해, 상환하지 않은 것으로 회계 처리되었다. 이에 2021 사업연도 기말 결산 과정에서 지급의무가 남아 있는 거래처를 제외한 나머지 거래처에 대한 외상매입금을 임시계정인 가지급금과 상계처리 하였다.

라. 2021 사업연도 말에 다수 거래처와 미등록 거래처에 대한 외상매출금의 정리를 위하여 (차)가지급금 863,955천원 (대)외상매출금 863,955천원으로 회계처리하며, 가지급금을 기존 상계한 가지급금보다 훨씬 증가시켰다.

마. 373,224천원은 매출 누락한 금액의 입금으로 가수금 반제가 아니며, 동일자 가지급금 상계로 회계처리한 금액보다 가지급금 증가 금액이 훨씬 크므로 사외유출 되었다고 볼 수 없다. 이러한 회계처리로 미루어 보아 외상매입금 373,224천원과 상계시킨 가지급금은 명목상 가공채무에 해당하는 임시계정이 분명하다.

사. 법인이 동일인에 대하여 채권과 채무를 가지고 있는 경우 이를 상계할 수 있으나, 채권자와 채무자가 서로 다른 경우 상계처리할 수 없다(대법원2015.10.15.선고 2015두45588 판례 참조). 조사청은 상기 ‘라’의 회계처리는 고려하지 않고, 외상매입금과 가지급금을 상계한 분개 한줄만으로 채권자를 대표자로 보아 상여 처분하였으나, 외상매입금채무자는 대표자가 아닌 사실이 분명하므로 대법원의 판시한 법리를 오인한 것이다.

아. 판례(대법원 2015두45588)의 법리를 적용하면 채권자와 채무자가 다른 외상매입금과 가지급금을 상계한 것은 회계처리의 오류로 그 회계처리 자체가 인정되지 아니하므로 상여 처분의 과세문제가 발생할 수 없다. 따라서 사실관계 및 판례 등에 의하면 조사청의 세무조사 결과통지는 부당하며, 373,224천원은 상여로 처분할 것이 아니라 동 금액만큼 가지급금을 증가시켜 누락된 가지급금에 대한 인정이자만 과세하는 것이 타당하다.

(쟁점4) A가 D(대표자의 며느리)에게 지급한 인건비를 가공경비로 보아 대표자에게 상여 처분한 것이 부당한지 여부

「법인세법 시행령」제106조제1항제1목 라목 규정에 귀속자가 주주, 임원, 법인, 사업을 영위하는 개인이 아닌 경우에는 기타소득으로 소득처분을 하게 되어 있다. 따라서 A가 D에게 지급한 인건비는 가공 경비이나, 그 귀속이 대표자에게 귀속되거나 불분명한 경우가 아니라 실제로 D에게 귀속되었으므로 D에게 기타소득으로 소득처분을 하여야 한다.

3. 조사청 의견

(쟁점1) A 대표자의 개인계좌로 입금된 금액을 A의 매출누락으로 보는 것이 부당한지 여부

가. 조사청은 A가 차명계좌(대표자 명의의 개인계좌)를 통해 거래대금을 수취한 정황을 확보하였으며, 조사대상기간 (2020.1.1.~2024.12.31.) 동 계좌에 대한 금융거래 현장확인을 실시하여 6,687,960천원이 입금된 거래내역 확인하였다.

차명계좌의 입금액과 A의 사업관련성을 검토를 위해 3차례에 걸쳐 소명자료 제출 요청하였고, 2025.5.23. A는 소명자료를 일부 제출하였다.

소명내용은 금전대차거래(3건), 부동산 전세 보증금 및 부동산 매매계약 관련 자료 등을 제출하여, 6,654,843천원을 제외한 33,117천원만이 차명계좌를 이용한 A의 매출누락이라고 소명하였다.

조사청은 소명자료가 신빙성이 없다고 판단하고, 차명계좌의 입금내역 6,687,960천원 중 상대계좌번호 및 적용명을 기준으로 거래상대방의 인적사항을 검토한 후 A, 가족 등 특수관계인, 대출·보험, 소속근로자 등으로부터의 입금액 등 A의 수입과 관련이 없다고 판단한 4,027,530천원 및 동일인에 대한 출금액, 세금계산서 기발행 395,524천원을 차감한 2,262,905천원을 매출누락 혐의금액으로 보고, 거래상대방의 계좌번호가 사업용계좌로 확인되는 거래금액은 세금계산서 불성실가산세, 사업자로 확인되지 않는 거래금액 중 건당 100천원 이상의 거래에 대해서는 현금영수증 미발급 가산세를 적용하였다.

나. A는 차명계좌의 33,117천원만이 A의 매출이고, 6,654,843천원은 정상적인 거래내역이라고 주장을 하나,

 일반적인 금전대차거래라고 함은 원금, 이자, 상환기간 등이 명시되고 양 당사자 간 합의를 확인하는 서명이 날인 된 계약서가 수반되어야 할 것이다. A는 차명계좌 입금액 중 301,000천원, 100,000천원, 100,000천원은 차입금이라고 주장을 하면서 , 대표자 일방의 서명만 날인된 차용증서로, 동 차용증은 2025.1.3.까지 차용금액을 상환하겠다고 기재되어 있다면 실제 상환한 사실 또는 미상환으로 인한 채무독촉, 채무연장, 내용증명 등의 과정이 수반되어야 할 것이나, 관련 증빙을 전혀 제출하지 못한 바, 동 입금액이 차용거래라는 A의 주장을 수용할 수 없다.

A가 부동산 계약에 따른 보증금 수취라고 주장한 22,000천원에 대한 증빙은 전세계약서 상 보증금이 115,000천원에 달함에도 차명계좌에 입금된 금액은 22,000천원에 불과하고, 동 입금액을 보증금이라고 주장하기 위해서는 나머지 차액 93,000천원에 대해서도 다른 계좌 등을 통해 입금되었다는 사실을 입증하여야 하나, 관련된 증빙을 제출하지 아니한바, 동 입금액이 보증금 거래라는 A의 주장을 수용할 수 없다.

다. A가 사업용계좌가 아닌 차명계좌를 이용하여 A의 매출을 누락한 사실을 확인하고, A가 입금액 중 매출누락이 있음을 인정한 이상, 입금액 중 매출누락이 아닌 금액이 있다는 점에 대한 입증책임은 A에 있다(2024.12.30. 조심2024사4194 판결 참조).

 조사청은 A가 대표자 개인계좌를 이용해 거래대금을 수취한 정황을 확보한 사실이 있고, A 또는 스스로 2025.5.23. A 매출 누락액 33,117천원이라는 사실을 인정(당초 33,117천원 시인하였으나, 과세전적부심사 청구시 153,987천원으로 금액 변경 및 매출 누락의심금액이라고 표현으로 입장을 번복함)하고 있음에 차명계좌의 입금액 중 매출누락이 아니라는 입증책임은 A에 있다.

【2025.05.23. A 제출, 매출누락 시인금액 일부】

(표생략)

【2025.07.11. A 매출누락의심금액 표현 및 입장번복】

(그림생략)

라. 조사청은 2025.3.19.부터 2025.5.28.까지 세무조사를 진행하면서 A에 대표자 개인계좌의 입금액이 A 사업과 관련성 여부에 대해 충분한 소명시간을 제공하였으나, A는 3차례의 공식적인 추가 제출 요구 및 수차례 유선 안내에도 납세협력의무를 이행하려는 부분이 없었고, 세무조사종결 시점에 523,000천원에 대해서만 신빙성 없는 차용증서와 금액이 맞지 않은 부동산 관련 서류만 제출하고 나머지 6,131,843천원은 증빙없이 간략히 기재하여 제출하였다.

【2025.05.23. A 제출, 입금 건별 사유 일부】

(표생략)

마. 조사청은 차명계좌의 입금액 6,687,960천원 중 A, 본인·가족 등 특수관계인, 대출·보험, 소속 근로자 등으로부터의 입금액 등 법인사업과 무관하다고 판단한 4,029,530천원과 동일인에 대한 반환 금액 및 세금계산서 기발행한 395,524천원을 제외한 2,262,905천원에 과세한 바, A의 주장은 타당하지 않다.

 A는 공사현장 등에 대량으로 물품을 공급하는 특성 상, 건당 10천원∼1,000천원의 입금액은 매출 누락으로 보기에는 무리가 있다고 주장을 하나, 전자세금계산서 발급명세내역(2020.1.1.∼2024.12.31.)을 살펴보면, 건당 1,000천원 이하의 소액거래는 총 2,219건(719,991천원)으로 조회가 된다. 이는 A가 건별 매출 금액이 어떻게 구성되어 있는지 파악조차 되지 않았다는 방증으로, A가 동 금액의 거래가 A의 매출을 구성한다고 보기에는 무리가 있다는 주장은 합리적이지 않다.

【전자세금계산서 발급내역 일부 (1,000천원 이하)】

(표생략)

바. 위 사실관계 등에 의하면, 차명계좌를 이용하여 A의 매출대금의 일부를 수취한 점은 조사청과 청구 법인간 다툼이 없으며, 차명계좌의 입금액 중 A의 매출과 관련이 없다는 입증책임은 A에 있으나, 여러번 소명요구 하였으나, 적정 증빙을 제출을 아니한 점, A, 본인·가족 등 특수관계인, 대출·보험, 소속근로자가 입금액 등은 과세제외 한 점, A의 전자세금계산서 발급내역을 살펴보면, 공급대가가 1천원∼772,597천원으로 사실상 차명계좌에 입금된 모든 금액대의 거래가 사업과 관련이 없다고 단정하기 어려운 점 등을 종합하여 보았을 때, 입증책인 A에 있음에도 시종일관 미대응으로 일관하는 A에 대해 2,262,905천원(공급대가)을 매출 누락금액으로 본 조사청의 처분은 적정하다.

사. A가 과세전적부심사청구에서 추가로 제출한 차명계좌 소명자료 중 부동산매매계약서, 거래처 원장, 차입금으로 가지급금 상환한 내역, 부동산(아파트)전세 계약서 등은 세무조사기간에 제출하지 않은 자료로 A의 주장이 일리가 없다고 할 수는 없으나, 세무조사가종결된 이후에 제출된 자료만으로는 직권시정이 불가능하다.

(쟁점2) A가 특수관계법인인 ㈜C에 매출 누락한 금액을 대표자 상여로 처분한 것이 부당한지 여부

가. 조사청이 확보한 납부현황 파일을 통해 특수관계법인과 A 간 유리의 거래내역 중에서 상당 부분이 무상으로 거래하고 있는 정황을 확보하여, A와 세무대리인에게 관련 거래에 대해 여러차례 확인 요청하였으나, 조사종결까지 소명하지 않아 조사청은 무상거래분 중 납품단가가 확인된 일부 거래품목에 대해 특수관계법인에 재화의 무상공급으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여, 법인세 및 대표자 상여 처분을 하였다.

나. A의 의견서에 기재된 ‘C 납품현황’이라는 문구는 ‘납품현황’으로 변경되어야 한다. 이는 A는 ‘C 납품현황’이라는 파일을 근거로 조사청이 과세하였다고 하였으나, 자칫 A와 특수관계법인만의 거래내역만 기재되어 있는 것으로 오인할 수 있어 ‘납품현황’으로 명칭을 변경 해야한다.

 납품현황파일에는 특수관계법인외 A가 공급한 다수의 거래처 명세가 포함되어 있으며, 특수관계법인과의 거래분의 상당수가 공급가액 ‘0’으로 기재되어 있는 자료가 대부분이다.

 조사청은 실제 거래가액을 확인할 목적으로 품목별 실제 단가, 적정시가, 세금계산서 발급 여부 등에 소명 자료를 요청하였다.

【A으로부터 확보한 납품현황파일 요약】

(표생략)

다. 납품현황파일에는 주문서코드, 주문일, 현장명, 제품명, 두께, 사이즈, 거래명세서 코드, 납품일자, 납품수량 등이 명확히 기재되어 거래사실을 객관적으로 확인할 수 있는 자료로 보이며, 납품현황파일에 대한 입증책임은 A에 있으므로, 조사청은 수차례 확인을 요청하였으나 조사종결까지 소명하지 않았다.

【A으로부터 확보한 납품현황파일 일부발췌】

(표생략)

라. 조사청은 무상공급분에 대한 공급가액을 확인하기 위해 A의 단가산정방식에 의거한 ‘단가’를 확인 요청하였으나, 이에 대한 자료를 제출하지 않아, 조사청은 납품현황파일에서 동일한 제품명, 두께, 색상의 유리 제품을 A와 특수관계법인 사이에 거래내역이 있는지 여부를 확인한 후에, 거래내역이 없는 경우에는 A와 제3자간 동일한 제품의 거래내역을 참조하여 단가를 산정한 자료만 과세하였다.

【특수관계법인과 무상거래내역 중 단가 확인자료】

(표생략)

마. 조사청은 납품현황파일의 신뢰성을 재확인하기 위해 ‘주문 대비 납품현황_20250319122422’를 납품현황파일과 상호비교 분석하였으며, 그 결과 두 자료에 기재된 공급수량은 정확히 일치하였음을 확인하였다.

【A으로부터 확보한 “주문현황대비 납품”파일 일부발췌】

(표생략)

【납품현황 파일 상 주문서코드 20200110-0022 명세】

(표생략)

【납품현황 파일 상 주문서코드 20221216-0003 명세】

(표생략)

바. A와 ㈜C는 특수관계자에 해당하며, 「법인세법」제52조 및 동법 시행령 제88조제1항에 의거 부당행위계산부인 대상에 해당함에 따라 그에 따른 과세처분은 정당하다.

 특수관계법인과 A는 A의 대표자 일가가 100% 주식을 보유하고 있으며, 「법인세법」제2조제12항 및 동법 시행령 제2조제8항에 의거 두 법인은 특수관계자에 해당한다.

【A 및 특수관계법인 지분 내역】

(표생략)

사. 부당행위계산부인의 요건 중 하나는 ‘행위계산의 부당성’으로 부당성의 판단기준을 판례에서는 ‘경제적 합리성’에 두고 있으며, 행정해석은 부당행위계산의 시부인 기준으로서 ‘법인의 부당한 행위 또는 계산은 정상적인 사인간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행을 기준으로 판정한다’라고 해석하고 있다(법기통52­87···1①). 법인세법에서는 행위·계산의 부당성 여부의 판정은 주로 시가를 기준으로 이루어진다고 보고 있으며, 이러한 시가를 초과하거나 미달하는 경우에 부당한 것으로 본다.

 A와 특수관계법인의 거래는 재화의 무상공급으로 시가에 미달하며, 정상적인 사인간의 거래 기준에도 해당하지 않는 등 경제적 합리성이 결여 되어있다. 또한 부당한 행위 또는 계산으로 조세를 감소시키는 결과가 수반되어야 하는데, A가 특수관계법인에 재화를 무상으로 공급한 행위는 정상적인 사인간 거래였다면 발생했을 매출을 누락한 것으로 A의 법인세 등 제 세액을 누락하는 결과에 이르렀다고 볼 수 있다.

아. 조사청은 부당행위계산부인 금액에 대해 그 소득의 귀속이 불분명하다는 판단하에 대표자 상여로 처분하였다. 대법원은 판례를 통해 부당행위계산부인의 정의를 ‘법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감 시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다(대법원 2018.12.28.선고 2017두47519 판례 참조)’라고 규정하였으며, A와 특수관계법인의 부당행위계산 부인 내역 또한 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제 할 뿐 실질적으로 소득이 어느 누구에게 귀속되었는지 명확히 확인된 바가 없으므로 처분청의 과세는 적정하다.

(쟁점3) 외상매입금, 외상매출금과 상계한 가지급금을 사외유출한 것으로 보아 대표자에게 상여 처분을 한 것이 부당한지 여부

가. 조사청은 A가 제출한 분개장 상 대표자에 대한 가지급금을 회수하는 과정에서 회계처리가 부적정한 혐의가 있음을 확인하였다. A의 분개장 상 보험금이 입금되거나, 외상매입금(부채)이 소멸하는 과정에서 대표자에게 지급한 가지급금을 상계처리 하는 등 일반적인 회계처리로 보기 어려운 내역이 확인되었다.

나. 조사청은 동 가지급금에 대한 회계처리의 적정 여부를 검토할 목적으로 유선전화, 국세청웹메일, 등기우편 등으로 여러차례 소명요청서를 송달하였으나, 청부법인은 조사 종결일까지 제출하지 않았다.

다. 조사청은 당해 회계처리와 관련하여 대표자에게 지급한 가지급금을 회수하지 아니하고, 변칙 회계처리를 통해 사실상 영구적으로 포기함으로 법인의 자금을 대표자에게 유출한 것으로 보아 793,774천원을 익금산입(상여) 및 동 금액을 손금산입(기타)처분하였다.

【A의 가지급금 회계처리 내역 및 과세근거】

(표생략)

라. 조사청의 처분내역에서 A가 2020.1.1. 외상매출금 거래 및 2021.12.31. 외상매입금 거래 관련한 가지급금 처리에 대해 언급한 바, 조사청의 의견은 다음과 같다.

 1) 조사청의 2020.1.1. 외상매출금과 상계한 가지급금에 대한 의견

  가) A의 분개장 상 2020.1.1. 외상매출금이 발생함과 동시에 대표자의 가지급금이 감소처리 되었음을 알수 있다. 일반적으로 외상매출금의 회계처리는 (차)외상매출금 000/(대)매출 000 분개되는 것이 정상적인 회계처리임에도, A는 매출 대신 대표자의 가지급금이 감소되는 회계처리를 하였으며, 설령 상계되는 회계처리를 하였다 하더라도 오히려 A의 수입(매출)은 장부상 표기되지 않아, 매출을 누락을 하였다고 볼 수밖에 없다.

  나) A의 전자세금계산서 발급내역을 조회한 결과, 외상매출금이 발생한 2020.1.1. 특수관계법인에 매출세금계산서를 발급한 이력이 없으며, 이는 실제로 매출이 발생하지 않았음에도 대표자 가지급금 243,137천원을 상계하기 위해 가공계정인 외상매출금 계정을 생성한 것으로 볼 수 밖에 없다.

  다) 조사청은 A의 상기 회계처리와 관련하여 명확한 사실관계 확인을 위해 2025.4.7. 세무대리인에게 해명안내문 발송(이메일), 2025.4.25. A 회계담당자에게 재차 발송하였으나, 상기 회계처리 관련하여 사실관계에 대한 소명을 조사 종결시점까지 하지 않았다.

【조사청의 소명요청 일자별 정리】

(표생략)

【조사청의 소명요청 내용】

(표생략)

  라) 상기 내용과 같이, 처분청은 A에게 해당거래내역에 대한 충분한 소명요청기한을 부여 하였음에도 불구하고, 계속 무대응으로 일관, 비정상적인 회계처리를 통해 대표자의 가지급금을 감소시키는 행위를 하였음이 명확한 바, 대표자로부터 받아야할 채권을 반대의 가공계정을 통해 영구적으로 포기하는 결과에 이르러, 인정이자 미계산, 채권 미회수로 인한 이득을 결국 대표자가 영위하였음이 명백한 바, 대표자 상여처분은 적법하다.

 2) 조사청의 2021.12.31. 외상매입금과 상계한 가지급금에 대한 의견

  가) A는 2021.12.31. 외상매입금, 대표자의 가지급금을 감소처리하는 회계처리를 하였다. 외상매입금이 감소했을 경우 회계처리는 (차)외상매입금 000/(대)보통예금(현금) 000 분개하는 것이 일반적인 회계처리임에도 불구, A는 현금 등 지출에 의한 자산의 감소를 기재하는 대신 대표자의 가지급금이 감소하는 회계처리를 하였다.

  나) 대표자가 A의 통장으로 입금하거나 거래처에 직접 지급하고, A가 매입처에 대금을 지급하였다고 하더라도, 관련 거래를 증명할 수 있는 계좌거래내역, 매입처 명세, 거래처별 외상매입금 현황 등 아무런 자료도 확인된 바 없다.

  다) A는 관련 거래의 외상매입금을 기 지급한 미등록거래처의 외상매입금을 하나로 합친 것으로, 회계 직원의 오류로 인해 2021 사업연도 말에 가지급금을 상대계정으로 상계 시켰다고 주장만 할 뿐, 거래처가 어디인지, 언제 외상매입금을 지급하였는지, 그에 따른 회계처리를 어떻게 했으며, 그에 대한 파급효과는 어땠는지 등 A의 주장을 뒷받침할 만한 구체적인 자료를 제시하지 않았다.

【소명요청 내용】

(표생략)

(쟁점4) A가 D에게 지급한 인건비를 가공경비로 보아 대표자에게 상여 처분한 것이 부당한지 여부

가. 조사청은 D가 A에 근무한 사실이 없음에도 거짓으로 인건비를 신고한 혐의가 있음을 확인하였다. 이에 조사청은 인건비(연구인력개발비)의 지급 적정성을 검토할 목적으로 유선전화, 국세청웹메일, 등기우편등으로 수차례 소명요청서를 송달하였으나, A는 조사종결일까지 소명자료를 제출하지 않았다.

나. 조사청은 D의 주소지가 ‘서울 양천구’로 되어 있고, 연구인력개발 용역을 제공할 능력이 없다고 판단하고, 인건비 181,769천원을 거짓으로 지급한 인건비로 보았으며, 그 귀속의 귀속이 불분명하여 대표자에 대한 익금산입(상여) 처분하였다.

다. A는 조직도, 명함, 급여대장, A 내부프로그램 로그인 기록 1장만 제출하였을 뿐, A의 부설연구소에서 연구한 서류(2020년 귀속 총급여 39,876천원 중 36,553천원은 경상연구개발비로 대체, 2023년 귀속 인건비 중 한국산업기술평가관리원에서 교부받은 보조금으로 연구개발보조금 수당지급) 및 관리부에서 근무한 실질적인 증빙 서류는 제출하지 않았다.

【D 인건비 회계처리 내역 및 과세근거】

(표생략)

라. D의 거주 이력을 확인한 결과, 경기도 및 서울에서 거주한 것으로 확인되며, A의 금융거래 내역에 2022.2.21. D이 A 계좌로 70,000천원을 이체한 내역이 확인되었다.

마. 위에서 살펴본 바와 같이 D의 거주이력, 고액의 자금을 A에 입금한 점, 실제 업무를 처리한 객관적인 증빙이 제출되지 않는 점 등으로 A에 실제로 근무하지 않은 것으로 판단, D의 인건비를 가공인건비로 보아 손금불산입하고, 대표자 상여로 소득처분한 조사청의 과세는 적정하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 (쟁점1) A 대표자의 개인계좌로 입금된 금액을 A의 매출누락으로 보는 것이 부당한지 여부

 (쟁점2) A가 특수관계법인인 ㈜C에 매출 누락한 금액을 대표자 상여로 처분한 것이 부당한지 여부

 (쟁점3) 외상매입금, 외상매출금과 상계한 가지급금을 사외유출한 것으로 보아 대표자에게 상여처분을 한 것이 부당한지 여부

 (쟁점4) A가 D에게 지급한 인건비를 가공경비로 보아 대표자에게 상여처분 한 것이 부당한지 여부

나. 관련법령

 1) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 2) 부가가치세법 제33조【세금계산서 발급의무의 면제 등】

  ① 제32조에도 불구하고 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 같다)를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다.

 3) 부가가치세법 제60조【가산세】

  ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

   2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.

 4) 법인세법 제75조의6【신용카드 및 현금영수증 발급 불성실 가산세】(법률 제18590호, 2021.12.21. 일부개정)

  ② 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

   3. 제117조의2제4항을 위반하여 현금영수증을 발급하지 아니한 경우(「국민건강보험법」에 따른 보험급여의 대상인 경우 등 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다): 발급금액의 100분의 20(착오나 누락으로 인하여 거래대금을 받은 날부터 10일(개정전 7일) 이내에 관할 세무서에 자진 신고하거나 현금영수증을 자진 발급한 경우에는 100분의 10으로 한다)

 5) 법인세법 제117조의2【현금영수증가맹점 가입·발급 의무 등】

  ① 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화나 용역을 공급하는 사업자로서 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 법인은 그 요건에 해당하는 날이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 현금영수증가맹점으로 가입하여야 한다.

  ④ 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국법인이 건당 거래금액(부가가치세액을 포함한다)이 10만원 이상인 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우에는 제3항에도 불구하고 상대방이 현금영수증 발급을 요청하지 아니하더라도 대통령령으로 정하는 바에 따라 현금영수증을 발급하여야 한다. 다만, 제111조, 「소득세법」 제168조 또는 「부가가치세법」 제8조에 따라 사업자등록을 한 자에게 재화나 용역을 공급하고 제121조, 「소득세법」 제163조 또는 「부가가치세법」 제32조에 따라 계산서ㆍ세금계산서를 발급한 경우에는 현금영수증을 발급하지 아니할 수 있다.

 6) 법인세법 시행령 제159조의2【현금영수증가맹점의 가입 등】

  ⑤ 법 제117조의2제4항 본문에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국법인"이란 「소득세법 시행령」 별표 3의3에 따른 업종을 경영하는 내국법인을 말한다.

 7) 「소득세법 시행령」 별표 3의3

 8) 법인세법 제67조【소득처분】

다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

   1. 제60조에 따른 신고

   2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

   3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

 9) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

    다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

   2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

  ④내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

   1. 세무조사의 통지를 받은 경우

   2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

   3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

   4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우

   5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

   6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

 10) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

  ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

  ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

  ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 11) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

  ①법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다

   6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

    가. 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

    나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

    다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

 12) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

①법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다. ⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

다. 사실관계

 1) 국세청 대내포털시스템에 의하면 A 및 특수관계법인에 대해 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  가) 사업자등록 내역

(표생략)

  나) A 및 특수관계법인의 주주현황

(표생략)

  다) A의 부가가치세 매출 신고내역

(표생략)

  라) A의 부가가치세 경정결의서

(표생략)

【부가가치세 조사결과 통지세액】

(표생략)

  마) A의 법인세 조사적출 내역

(표생략)

   ① A의 대표자 개인계좌(차명계좌)로 입금된 금액 중 A의 매출 누락으로 판단한 입금액 2,262,905천원의 부가가치세 과세표준 2,057,186천원, 법인세 익금산입(상여)1,447,227천원 및 손금산입(△유보) 131,564천원

   ② 특수관계법인인 ㈜C에 무상 공급한 재화에 대해 부당행위계산부인 적용하여 부가가치세 과세표준 1,312,502천원, 법인세 익금산입(상여)1,260,083천원, 손금산입(△유보)114,551천원

   ③ 대표자에게 회수하지 않은 인정이자 미수수익에 대한 익금산입(상여)105,000천원, 손금산입(△유보)105,000천원

   ④ 회수하지 않은 대표자 가지급금 익금산입(상여)688,774천원 손금산입(기타)688,774천원

   ⑤ D에게 지급한 가공인건비 익금산입(상여)181,768천원

  바) A의 법인세 통지세액 및 소득금액 변동통지내역

(표생략)

 2) (쟁점1관련)A가 차명계좌의 입금내역과 관련하여 소명한 내용은 다음과 같다.

(표생략)

  가) A는 차명계좌의 입금액 중 48,500천원(F, E)은 중복 자료라고 소명하였으나, 조사청이 제출한 계좌내역에 2021.4.22. F, 2021.6.23. E이 각각 48,500천원 입금한 내역은 확인되나, 반환내역은 없다.

  나) A가 최초 과세전적부심사청구시 과세대상금액 153,987천원으로 소명하였으나, 2021.5.3. ㈜태백 입금내역(토지매매대금) 중 20,000천원이 소명금액에서 누락되어, 과세대상금액 133,987천원으로 정정하였다.

  다) A가 중복자료라고 주장한 48,500천원 이외의 소명 내역은 다음과 같다.

   (1) ㈜태백의 입금내역은 토지(K시)매매대금으로 소명

(표생략)

   (2) 부동산 매매 및 임대차 계약과 관련한 입금내역으로 소명

(표생략)

   (3) A가 입금내역 중 차입금으로 소명한 내용

(표생략)

   (4) A의 소명과 관련한 증빙자료는 다음과 같다.

    (가) 부동산매매계약서

(그림생략)

    (나) A가 차입금 등으로 소명한 자료 (E, F H, I)

(그림생략)

    (다) A가 제출한 차용증서(J, L, M)

(그림생략)

    (라) 부동산전세계약서

(그림생략)

    (마) 부동산전세계약서

(그림생략)

 3) (쟁점2관련)A가 특수관계법인에 전자세금계산서(매출)를 발급한 내역은 다음과 같다.

(표생략)

  가) 조사청은 2020년부터 2023년까지 A가 특수관계법인에 재화를 무상공급한 것으로 보아, 부당행위계산부인을 적용하여 대표자 상여로 처분하겠다는 세무조사 결과통지를 하였다.

  나) A는 특수관계법인은 설립 이후부터 현재까지 A의 매출 55%에 해당하는 주요 매출처로, 각 사업연도마다 수백건의 거래를 주고 받고 있어, A가 이 과정에서 일부 거래에 대한 세금계산서를 누락한 바, 대금 수령의 지연이 장부상 미반영 된 것이고, 또한 조사청이 파악한 부분이 사실이고, 적용한 단가가 객관적이라면 이는 A의 외상매출누락이라고 주장한다.

 4) (쟁점3관련)A가 제출한 외상매출금 및 외상매입금의 분개장 등은 다음과 같다.

(표생략)

 5) (쟁점4관련)A의 가공인건비가 D에게 귀속되었다는 증빙으로 2020년부터 2023년까지의 근로소득 원천징수영수증 및 급여이체한 ‘대량입금 자동이체 영수증’을 제출하였다.

 6) A의 현금영수증 발급의무 제도 안내에 대한 안내문

(그림생략)

 7) 한국표준산업분류표 (페인트, 창호 및 기타 건설자재 소매업 47519)

(그림생략)

 라. 판단

(쟁점1) A의 대표자의 개인계좌로 입금된 금액을 A의 매출누락으로 보는 것이 부당한지 여부

A는 차명계좌의 입금내역에 대해 그 경위와 성격 등을 확인하여, 명확한 근거를 제시하여야 함에도 입금이 되었다는 이유만을 근거로 A가 매출 누락하였다고 주장을 하나,

조사청은 차명계좌의 입금내역과 A의 사업관련성 검토를 위해 여러차례에 걸쳐 소명자료를 요청하였고, 이에 대한 입증책임은 A에 있음에도 A는 세무조사 당시에는 소명하지 않았고, 조세불복단계에서 차용증서, 부동산 임차 및 매매와 관련한 계약서 등을 제출하였는데 이를 구체적으로 살펴보면,

 ㈜태백이 2021.5.3.부터 8.2.사이에 입금한 431,317천원은 ‘K’시의 매매대금으로 부동산매매계약서, 토지등기사항증명서, 국세청 부동산실거래가신고자료 등에서 소유권이 A의 대표자에서 ㈜태백으로 2021.8.13.(등기접수일) 소유권이 이전된 내용이 확인되고,

2024.4.22. 4회에 걸쳐 P와 그 배우자 Q가 입금한 32,000천원은 ‘K’의 매매대금 147,000천원에서 임차보증금 115,000천원을 차감한 후 잔액을 입금한 것으로 확인되며,

2024.5.21.부터 7.9.사이 한전전북본부가 입금한 120,000천원은 전세계약서를 통해 ‘O’의 임차보증금이라는 사실이 확인된다.

그러나 A가 금전소비대차 관련하여 소명한 내용을 살펴보면, 차명계좌로 2024.1.3. M 301,000천원, J 100,000천원, L100,000천원의 입금내역과 관련한 차용증서에는 대표자 일방의 서명만 날인된 증서로, 동 차용증은 2025.1.3.까지 상환한다는 내용만 있으며, 원금상환 및 이자등을 지급한 내역에 대한 증빙제시는 없었으며, 2021.6.23. E외 다수의 차입금 관련하여도 상환 및 이자에 대한 내용없이, 차입금으로만 표기하여 소명한 바, 실질이 차입금인지 명확하지 않은며,

또한, A가 입금액이 10천원∼1,000천원으로 이 금액은 공사현장 등에 대량으로 물품을 공급하는 A의 매출에 해당하는 외형을 가지는 금원으로 보기에는 상당히 무리가 있어, 차명계좌는 개인적 거래라고 소명하였으나, 2021.1.1.부터 2024.12.31.까지의 A의 전자세금계산서 발급내역에는 1,000천원 이하의 소액거래는 총 2,219건으로 조회가 되는 바, A의 매출에 해당하는 외형을 가진 금원으로 보기 어렵다는 주장은 합리적이지 않은 것으로 보인다.

위와 같은 사실관계를 종합하여 살펴보면, A의 매출과 무관한 입금액 ㈜태백 431,317천원, P(Q) 32,000천원, 한전전북본부 120,000천원을 차명계좌 관련 매출누락금액에서 제외하고, 1,679,588천원을 A의 매출누락 금액으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(쟁점2) A가 특수관계법인인 ㈜C에 매출 누락한 금액을 대표자 상여로 처분한 것이 부당한지 여부

조사청이 특수관계법인에게 재화를 무상으로 공급하였다고 보고, 「법인세법」제52조【부당행위계산의 부인】규정을 적용하여 그 귀속이 불분명하여 대표자에게 상여 처분한다는 세무조사 결과통지를 하였고, A는 조사청이 제시한 금액은 해당 기간 중 계속하여 외상매출금이 발생하고 회수된 결과의 잔액에 해당하므로 유보로 처분함이 타당하다고 하나,

 조사청이 확보한 ‘납품현황파일’에는 특수관계법인외 A가 공급한 다수의 거래처 명세가 포함되어 있으며, 특수관계법인과의 거래분의 상당수가 공급가액 ‘0’으로 기재되어 있는 자료가 대부분으로,

 A와 특수관계법인은 A의 대표 일가가 100% 주식을 보유하고 있으며, A와 특수관계법인의 거래는 재화의 무상공급으로 시가에 미달하며, 정상적인 사인간의 거래에도 해당하지 않는 등 경제적 합리성이 결여되어 있어, A가 특수관계법인에 재화를 무상으로 공급한 행위는 정상적인 사인간 거래였다면 발생하였을 매출을 누락한 것으로 A의 법인세 등 제 세액을 누락하는 결과를 가져왔으므로 조사청이 특수관계법인에게 재화를 무상으로 공급하였다고 보고 과세한 처분은 타당하다. 다만, 무상매출에 대한 소득이 특수관계법인에 귀속되었으므로 귀속이 불분명한 경우에 해당하지 않아, 기타사외유출로 소득처분함이 타당하다고 판단된다.

(쟁점3) 외상매입금, 외상매출금과 상계한 가지급금을 사외유출한 것으로 보아 대표자에게 상여처분을 한 것이 부당한지 여부

조사청은 A가 대표자에게 가지급금을 회수하지 않고 사실과 다른 회계처리를 하여, 가지급금을 포기함에 따라 법인의 자금을 대표자에게 유출한 것으로 보아 대표자에게 한 상여 처분은 적법하다고 하나,

A는 가지급금을 상계한 부분을 회계 처리상 단순한 오류로 주장을 하는 바, A가 외상매출금, 외상매입금 등 가지급금(688,774천원)과 상계한 내역에 대해 그 거래를 증명할 수 있는 자료와 관련하여 재조사를 통해 보완한 후 그 실질에 따라 처리함이 타당하다고 판단된다.

(쟁점4) A가 D에게 지급한 인건비를 가공경비로 보아 대표자에게 상여 처분한 것이 부당한지 여부

D에게 지급한 인건비는 A의 가공경비이나, 근로소득 원천징수영수증 및 급여 자동이체 영수증(2020년부터 2023년)을 살펴보면, 실질적으로 D에게 비용이 지급된 내용을 확인할 수 있고, 그 귀속이 대표자에게 귀속되거나 불분명한지에 대한 조사청의 객관적인 자료의 제시가 없는 바, D에게 기타소득으로 소득처분을 하지 않고, 대표자에게 상여 처분한 내용은 잘못이 있다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15 제5항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.