주 문

A세무서장이 2025.6.30. 청구인에게 한 2022년 과세연도 종합소득세 1,468,617,608원의 과세예고통지는 경기 포천시 B 소재 토지 및 건물 양도대금 중 1,771,688,200원을 제외한 나머지 금액 957,311,800원의 귀속자, 청구인의 실질대표자 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 청구인에 대한 소득처분 금액을 경정하고, 그에 따라 종합소득세 과세표준과 세액을 산정하는 것으로 [재조사] 결정합니다.

이 유

1.과세예고통지 내용

가.주식회사 C(이하 “쟁점법인”이라 한다)은 2019.11.1. 농산물 임가공업을 주업종으로 사업자등록하였다가 2024.9.6. 폐업하였고, 청구인은 2021.11.12.부터 쟁점법인이 폐업할 때까지 대표이사로 근무하였다.

나.쟁점법인은 2020.4.10. 경기 포천시 B 소재 토지(이하 “쟁점토지”이라 한다)를 취득하고 2022.3.18. 쟁점토지에 공장건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 2022.7.20. 이를 D(이하 “매수법인”이라 한다)에게 양도하였으나 2022사업연도 법인세를 신고하지 아니하였다.

다.E세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 2024.9.19. 쟁점부동산 양도가액 2,729,000,000원을 익금산입하고 취득가액 962,405,000원을 손금산입하여 2022 사업연도 법인세 439,361,106원을 결정･고지하면서 쟁점부동산 양도가액 2,729,000,000원을 대표이사인 청구인에게 상여로 소득처분을 한 다음, 청구인에 대하여 위 소득처분에 따른 소득금액변동통지를 하고 통지관서에게 이를 통보하였으며, 통지관서는 2025.6.30. 청구인에게 2022년 과세연도 종합소득세 1,468,617,608원을 과세하겠다는 과세예고통지를 하였다.

라.청구인은 이에 대하여 2025.7.31. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구인 주장

가.쟁점부동산 양도대금의 귀속이 분명하므로 청구인에게 양도가액 전액을 상여처분한 것은 부당하다.

 1)청구인은 농축수산물의 유통업을 전문으로 경영해왔으며 제조업을 영위하겠다고 결심하고 제조공장을 찾던 중 위치, 면적 등이 적당하다고 생각하여 아직 준공 전임에도 쟁점법인을 인수하여 2021.11.12. 대표이사로 취임하였다.

 2)청구인이 쟁점법인 인수 후 건물의 준공이 완료되어 2022.3.18. 소유권 보존등기가 경료되자 그동안 나타나지 않았던 부외부채로 인하여 쟁점부동산에 대하여 가압류와 압류 등이 진행되었으며 청구인은 도저히 쟁점법인 경영이 불가능함을 느끼고 쟁점부동산 매각을 통한 청산의 방법을 선택하게 되었다.

 3)쟁점부동산의 매매계약서 상 양도가액은 2,729,000,000원이지만 특약에 의하여 인테리어 지원금 7억원을 차감하여야 하므로 실제 양도가액은 2,029,000,000원이고, 쟁점부동산의 양도차익은 양도가액에서 토지, 건물 건축비, 취득세, 감리비용 등을 합한 취득가액 1,922,979,000원을 차감한 106,021,000원이다.

 4)쟁점법인은 양도대금 중 257,311,800원만 쟁점법인의 계좌로 송금받았을 뿐이고 나머지 1,771,688,200원은 매수법인이 은행에서 차입한 후 은행이 쟁점법인의 가압류권자 및 근저당권자에게 바로 송금하였다. 즉 매수법인의 대출과 동시에 쟁점부동산에 설정되었던 모든 가압류와 근저당권의 채무가 소멸되는 방법을 선택하였던 것이다.

 5)쟁점부동산에 설정되었던 가압류 등은 청구인이 대표이사에 취임하기 전에 발생되고 집행되어 청구인과는 무관한 사건으로 청구인은 쟁점법인을 정리하면서 금전적인 편취를 취한 사실이 없다. 따라서 쟁점부동산 양도가액 27억원 전액을 청구인에게 상여처분하여 종합소득세 과세한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

3. 조사관서 의견

가.양도대금 중 채무변제에 사용된 금액을 제외한 나머지 금액은 여전히 귀속이 불분명하므로 청구인에게 한 상여처분은 적법하다.

 1)쟁점법인은 2022 사업연도 법인세를 무신고하였고 조사관서는 2022년 쟁점법인이 매도한 쟁점부동산에 대해 양도가액 2,729,000,000원에서 취득가액 962,405,000원을 차감한 유형자산처분이익 1,766,595,000원을 산정하여 2024.9.19. 법인세 439,361,106원을 결정함과 동시에, 양도대금 2,729,000,000원의 귀속이 불분명하다고 보아 쟁점법인의 대표자인 청구인에게 상여처분하였다.

 2)청구인이 이 건 과세전적부심사청구에서 제출한 금융증빙을 검토한 결과 잔금 2,000,000,000원 중 1,771,688,200원이 쟁점법인의 채무변제에 사용된 사실이 확인되었으므로 이 금액에 대해서는 귀속이 분명하다고 보아 대표이사 상여처분에서 제외함이 타당하다고 판단된다.

 3)그러나 계약금 29,000,000원과 중도금 700,000,000원 및 잔금 228,311,800원에 대해서는 여전히 귀속이 불분명하다.

  가)쟁점부동산의 양도대금이 2,729,000,000원이라는 사실은 부동산매매계약서를 통해 확인할 수 있다. 청구인은 양도대금이 2,029,000,000원이라고 주장하며 특약사항을 제출하였는데, 그에 따르더라도 잔금지급일에 매수인이 잔금을 전액 지급한 경우에 한하여 매도인이 매수인 명의 계좌로 현금 또는 계좌이체 방식으로 인테리어지원금 700,000,000원을 지급한다고 기재되어 있을 뿐이다.

  나)청구인은 쟁점법인이 매수인에게 인테리어지원금을 지급하였다는 증빙이 확인되지 아니하고 특약사항 적용이 부적정하므로 700,000,000원의 귀속은 불분명하다고 보아야 한다. 또한 계약금 29,000,000원과 잔금 228,311,800원 역시 실질 귀속과 관련한 증빙이 제출된 바 없으므로 귀속이 불분명한 금액에 해당한다.

 4)따라서 양도대금 2,729,000,000원 중 쟁점법인의 채무변제에 사용된 1,771,688,200원을 제외한 957,311,800원에 대해서는 귀속이 불분명하므로 쟁점부동산 양도 당시의 대표자인 청구인에게 상여처분한 당초처분은 적법하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

  쟁점부동산 양도대금의 귀속이 분명하므로 청구인에 대한 대표자 상여처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나.관련법령

 1)법인세법 제67조【소득처분】(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것)

  다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

 1-1)법인세법 시행령 제106조【소득처분】(2022.8.2. 대통령령 제32829호로 개정되기 전의 것)

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

다.사실관계

   1)기초사실관계

   가)일자별 사건흐름 요약 (생략)

   나)쟁점법인 기본사항

     (1) 국세청 대내포털시스템에서 조회한 사업자기본사항에 따르면 쟁점법인은 2019.11.1. 농산물 임가공업을 주업종으로 사업자등록하였다가 2024.9.6. 폐업신고를 한 것으로 나타난다.

     (2) 쟁점법인의 등기사항일부증명서에 따르면 쟁점법인의 대표이사는 F이었다가 2021.11.12. 대표이사를 포함한 사내이사가 모두 사임하였고 같은날 청구인이 유일한 사내이사로 취임한 것으로 나타난다.

     (3) 국세청 대내포털시스템에서 조회한 쟁점법인의 2019 내지 2021 사업연도 법인세 신고서에 첨부된 주식등변동상황명세서에 따르면 2019 사업연도의 기말 자본금은 5,000,000원이었다가 2020 사업연도에 유상증자로 자본금이 증가하여 985,000,000원이 되었고, 그 중 대표이사 F의 지분은 45%였으며, 청구인이 대표이사로 취임한 2021년도에는 주식등변동상황명세서가 제출되지 아니한 것으로 나타난다.

   다)쟁점법인의 법인세 신고현황

     (1) 국세청 대내포털시스템에서 조회한 쟁점법인의 2019 내지 2021 사업연도 법인세 신고서에 따르면 위 기간 중 쟁점법인의 수입금액은 0원인 것으로 나타나고 2022 사업연도 법인세 신고서는 제출되지 아니한 것으로 나타난다.

     (2) 쟁점법인이 2021 사업연도 법인세 신고 시 제출한 표준재무상태표에 따르면 2021.12.31. 기준 쟁점법인의 자산과 부채, 자본은 <표2>와 같다.

<표2>청구법인의 2021.12.31. 기준 재무상태 (생략)

  2)쟁점법인에 대한 2022 사업연도 법인세 결정 관련 사항

   가)국세청 대내포털시스템에서 조회한 쟁점법인에 대한 2022 사업연도 법인세 결정결의서에 따르면 조사관서는 2024.9.19. 쟁점부동산 양도가액 2,729,000,000원을 익금산입하고 취득가액 962,405,000원을 손금산입하여 2022 사업연도 법인세 439,361,106원을 결정･고지하고 청구인에게 2,729,000,000원을 상여처분한다는 내용의 소득금액변동통지를 한 것으로 나타난다.

   나)조사관서가 제출한 2022 사업연도 법인세 결정 근거서류에 따르면 조사관서는 등기사항전부증명서 상의 쟁점토지 취득가액 362,405,000원과 G 주식회사가 2020.5.7. 쟁점법인에게 발급한 전자세금계산서 상의 쟁점건물 공사대금 600,000,000원(공급가액 545,454,546원과 부가가치세 54,545,454원의 합계)을 합하여 쟁점부동산 취득가액 962,405,000원을 산정한 것으로 나타난다.

   다)쟁점토지 등기사항전부증명서의 매매목록에 따르면 쟁점법인이 2020년 쟁점토지를 취득한 거래가액은 362,405,000원이고 2022년 양도한 거래가액은 건물을 포함하여 2,729,000,000원인 것으로 나타난다.

   라)국세청 대내포털시스템에서 조회한 쟁점법인의 2020년 제1기 부가가치세 신고서 및 환급통보내역에 따르면 쟁점법인은 2020.7.17. 쟁점건물 공사대금 관련 매입세액 등 54,769,073원의 환급을 구하는 신고를 하였고 조사관서는 2020.8.12. 신고내용대로 환급결정한 것으로 나타난다.

  3)쟁점부동산 양도차익 관련 사항

   가)청구인이 쟁점부동산의 양도차익은 실제 양도가액 2,029,000,000원에서 토지, 건물 건축비, 취득세, 감리비용 등을 합한 취득가액 1,922,979,000원을 차감한 106,021,000원이라고 주장하면서 제출한 양도차익 계산내역은 <표3>과 같다.

<표3>청구인 제출 쟁점부동산 양도차익 계산내역 (생략)

   나)청구인이 제출한 부동산매매계약서에 따르면 쟁점법인은 2022.6.27. 매수법인과 사이에 쟁점법인은 매수법인에게 쟁점부동산을 2,729,000,000원에 양도하고 매수법인은 쟁점법인에게 계약금 29,000,000원은 계약시에, 중도금 700,000,000원은 2022.7.11.에 지불하고 잔금 2,000,000,000은 쟁점법인의 채무금액을 승계하기로 하되, 매도인의 기 대출된 금원이나 압류건에 대해 매도인과 합의된 금액을 중도금, 잔금으로 대체하기로 하는 계약을 체결한 것으로 나타난다.

   다)쟁점부동산의 매매계약서 상 양도가액은 2,729,000,000원이지만 특약에 의하여 인테리어 지원금 7억원을 양도가액에서 차감하여야 한다고 주장하면서 제출한 특약사항에는 매도인은 매수인의 인테리어 비용 지원을 명목으로 700,000,000원을 지급하기로 하고, 동 금액은 잔금 지급일에 매수인이 잔금을 전액 지급한 경우에 한하여 매도인이 매수인 명의의 계좌로 현금 또는 계좌이체 방식으로 지급하며, 인테리어 지원금은 매매대금 2,729,000,000원에 포함된 금액으로 매매계약이 해제되거나 위약사유가 발생할 경우에는 지급하지 않는다고 기재되어 있고 그 작성일은 2022.6.27.인 것으로 나타난다.

   라)위 특약사항은 부동산매매계약서와는 별도로 작성된 것으로 부동산매매계약서 하단의 특약사항에는 ‘경기도 포천시 H 도로임’이라고 기재되어 있고, 인테리어 지원금과 관련한 사항은 기재되어 있지 아니하다.

  4)양도대금 귀속 관련 사항

   가)쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면 2021.6.1.부터 2022.1.6.까지 아래와 같이 가압류, 압류 등기 및 근저당권 설정이 이루어졌다가 쟁점토지 양도 후 말소된 것으로 나타난다.

   나)청구인이 제출한 금융거래명세표, 입금전표에 따르면 매수법인은 쟁점법인의 계좌로 계약금 29,000,000원과 잔금 228,311,800원을, I 등 채권자 7명의 계좌로 1,771,688,200원을 입금한 것으로 나타난다.

라.판단

 1)관련 법리

  가)「법인세법｣ 제67조는 ‘다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.’라고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 ｢법인세법 시행령｣ 제106조제1항은 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다고 규정하면서 제1호에서 ‘익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.’라고 규정하고 있다.

  나)한편, 법인이 그 자산을 양도하고도 그 양도대금을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 기장되지 않은 양도대금 상당액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세자가 증명하여야 한다(대법원 2013.5.23. 선고 2013두611 판결 참조).

  다)또한 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계 없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데에 그 취지가 있는 것으로(대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조), 여기서 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하고 비록 회사의 대표이사로 법인등기부상에 등재되어 있었다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없었다면 이와 같은 인정소득을 그 대표자에게 귀속시킬 수 없다고 보아야 한다(대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결 참조).

 2)쟁점부동산 양도대금의 귀속이 분명한지 여부에 대한 판단

  가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점부동산 양도대금 중 1,771,688,200원은 그 귀속이 분명하여 대표자 상여처분에서 제외할 대상으로 보인다.

   (1)쟁점부동산의 매매계약서에 따르면 쟁점법인은 매수법인에게 쟁점부동산을 2,729,000,000원에 양도하면서 매도인의 기 대출금원이나 압류건에 대해 매도인과 합의한 금액을 중도금, 잔금으로 대체하기로 하였다.

   (2)매수법인이 2022.7.20. I 등 채권자 7명의 계좌로 1,771,688,200원을 입금한 사실이 금융거래증빙에 의하여 확인되고 이와 관련된 가압류, 압류 등기 및 근저당권 설정이 양도일 이후 말소되었다.

   (3)조사관서 또한 이 건 과세전적부심사청구에 이르러 청구인이 제출한 금융거래증빙을 검토하고 쟁점토지 양도대금 중 1,771,688,200원이 쟁점법인의 채무변제에 사용되어 대표자 상여처분에서 제외됨이 타당하다고 인정하였다.

  나)다만, 쟁점부동산 양도대금 중 1,771,688,200원을 제외한 나머지 957,311,800원에 대해서는 그 귀속이 분명하다고 단정하기 어렵고 청구인이 쟁점법인의 명목상･형식상의 대표자에 불과할 가능성 또한 배제할 수 없어 보인다.

   (1)쟁점토지 등기사항전부증명서의 매매목록에 따르면 쟁점법인이 2022년 쟁점부동산을 양도한 거래가액은 2,729,000,000원인 것으로 나타난다.

   (2)쟁점부동산의 매매계약서에 첨부된 특약사항에는 매도인은 인테리어 지원금을 잔금 지급일에 매수인이 잔금을 전액 지급한 경우에 한하여 매수인 명의의 계좌로 현금 또는 계좌이체 방식으로 지급하기로 한다고 기재되어 있고 이러한 기재 내용과 달리 인테리어 지원금을 지급하기로 하였다는 점에 관한 객관적인 자료가 없으므로 청구인이 제출한 증거들만으로는 쟁점부동산 양도대금에서 700,000,000원을 제외하여야 한다고 인정하기에 부족하다.

   (3)쟁점부동산 양도가액은 쟁점법인의 익금에 해당함에도 쟁점법인은 2022 사업연도 법인세 신고를 하지 아니하였고 이후에도 계속 법인세 신고를 하지 아니하다가 2024.9.6. 폐업신고를 한 이상 쟁점법인의 계좌로 이체된 금액이 사외유출되지 아니하였다고 단정하기 어렵다.

   (4)청구인은 2025.12.17. 국세심사위원회에서 쟁점법인을 실질적으로 운영한 사실이 없다고 진술한 점에 비추어 청구인이 명목상･형식상의 대표자에 불과할 가능성 또한 배제할 수 없어 보인다.

  다)따라서, 통지관서의 이 건 과세예고통지는 쟁점부동산 양도대금 중 1,771,688,200원을 제외한 나머지 금액 957,311,800원의 귀속자, 청구인의 실질대표자 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 청구인에 대한 소득처분 금액을 경정하고, 그에 따라 종합소득세 과세표준과 세액을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.