주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2021. 11. 23. 원고들에게 한 각 양도소득세경정청구 거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

     유한회사 CC산업(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)은 유기질 비료 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사로, 출자지분 총 20,000좌(이하 ‘이 사건 출자지분’이라 한다, 출자 1좌의 금액 10,000원) 중 50%인 10,000좌를 원고 AAA이, 나머지 50%인 10,000좌를 원고 AAA의 배우자인 원고 BBB이 각 소유하고 있었다.

나. 이 사건 출자지분의 양도 및 양도소득세 신고

     1) 원고들은 2017. 12. 20. 피고에게「원고들이 2017. 11. 13. DDD에게 이 사건 출자지분 중 원고들의 각 지분을 1좌당 양도가액 37,500원, 총 양도가액을 375,000,000원(=10,000좌 × 37,500원, 원고들 합계 양도가액은 750,000,000원)으로 정하여 양도하였다」는 내용으로, 2017년 귀속 양도소득세로 각각 54,500,000원을 예정신고(이하 ‘이 사건 각 최초신고’라 한다) 하였다. 이 사건 각 최초신고 당시 원고들이 피고에게 제출한 각 양도소득세 신고서에는「이 사건 출자지분 중 각 10,000주를 각 375,000,000원에 양도한다」는 내용의 각 2017. 9. 5.자 주식¹⁾양도양수계약서(이하 위 각 계약서를 통틀어 ‘최초계약서’라고만 한다)가 첨부되어 있다.

     2) DDD은 2019. 1. 15. 이 사건 출자지분을 EEE에게 양도하였는데, 피고는 DDD이 이 사건 출자지분 취득가액을 1,100,000,000원으로 신고한 사실을 확인하여, 원고들에게 이 사건 각 최초신고의 양도가액을 수정신고 하도록 안내하였다.

     3) 이에 원고들은 2019. 10. 7. 원고들의 각 출자지분 양도가액을 375,000,000원에서 550,000,000원으로 수정하고, 2017년 귀속 양도소득세로 각각 54,736,500원을 추가 수정신고·납부하였다(이하 위 각 수정신고를 ‘이 사건 각 수정신고’라 한다). 원고 BBB은 위와 같이 수정신고를 할 당시 이 사건 출자지분 중 10,000주를 550,000,000원에 양도한다는 내용이 기재된 2017. 9. 5.자 주식양도양수계약서를 첨부하였다(이하 ‘수정계약서’라고만 한다). 원고 AAA은 이 사건 수정신고를 하면서 아래와 같은 내용의 2017. 9. 5.자 ‘법인주식양도양수계약 및 이행합의각서(이하 ’이 사건 각서‘라고 한다)’를 첨부하였다(이하 원고들과 DDD 사이에 체결된 이 사건 출자지분 양도·양수계약을 ‘이 사건 계약’이라 한다).

[글상자 생략]

다. 이 사건 회사의 대출금 채무

     이 사건 회사는 이 사건 계약체결 무렵인 2017. 8. 28. 기준 IBK기업은행(이하 ‘기업은행’이라 한다)에 중소기업자금대출 등 합계 346,120,000원의 대출금 채무(이하 ‘이 사건 대출채무’라 한다)를 부담하고 있었다.

라. 원고들의 양도소득세 경정청구 및 경정청구 거부처분

     1) 원고들은 2021. 9. 30. 원고들과 DDD 사이의 이 사건 출자지분의 실지 양도가액은 합계 753,880,000원(=원고들 각 376,940,000원 × 2)이므로, 원고들이 과다신고·납부한 양도소득세 각 54,348,500원을 환급해 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 각 경정청구’라 한다)를 하였다.

     2) 피고는 2021. 11. 23. 원고들에게「이 사건 출자지분의 양도양수계약은 원고들이 보유 중인 이 사건 회사의 발행주식(출자지분) 전부 및 이 사건 회사 소유 부동산 일체 등을 양수인에게 양도하는 계약으로, 개인 간의 단순한 주식(출자지분)의 거래가 아닌 회사를 인수하기 위한 거래이다. 회사를 양도하기 위해 주식(출자지분)의 양도가액으로 약정한 금액에서 양수인이 인수하기로 한 회사의 은행채무액을 차감할 수 없으며, 약정서에 기재된 매매대금이 주식(출자지분)의 양도가액으로 판단된다」는 이유로 원고들의 이 사건 각 경정청구를 거부한다고 각 통지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

마. 조세심판원에 대한 심판청구

     원고들은 2022. 2. 14. 조세심판원에 이 사건 각 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 3. 15. 심판청구를 모두 기각하는 결정을 하였다(조심 2022광0000).

  【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 원고들의 주장 요지

     원고들은 ‘원고들이 DDD에게 원고들의 이 사건 회사에 대한 각 출자지분 중 10,000좌씩을 각 375,000,000원에 양도하였음’을 전제로 산정한 2017년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

     피고는 원고들과 DDD 사이의 이 사건 출자지분 양도거래가 이 사건 회사를 포괄적으로 양도하는 거래라 보고, 이 사건 출자지분의 양도가액에는 이 사건 회사의 대출채무까지 포함되어야 함을 전제로 원고들에게 수정신고를 권고하였으며, 이에 원고들은 이 사건 출자지분 중 각 10,000좌의 양도가액을 각 550,000,000원으로 수정하여 이 사건 각 수정신고를 하였다.

     그러나 원고들은 당초 양도소득세 예정신고와 같이 DDD에게 원고들의 이 사건 회사에 대한 각 출자지분을 각 375,000,000원, 합계 750,000,000원에 양도하기로 약정하였고, 아래와 같은 실제 금전 거래내역에 비추어 보더라도 위 약정과 같이 양도된 것으로 보아야 한다.

     따라서 이 사건 각 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

     ① DDD이 원고들 또는 이 사건 회사의 ○○농협계좌에 949,660,000원 이상의 돈을 지급하거나 입금한 사실이 없다.

     ② 위 949,660,000원 중 DDD이 2017. 11. 13. 입금한 1억 5,000만 원은 이 사건 회사가 이 사건 대출채무를 변제하는데 사용되었고, 원고 AAA이 이 사건 회사의 ○○농협계좌에서 인출한 793,360,000원 중 2017. 9 29. 인출한 28,880,000원 중 15,000,000원은 중도금 지연이자이다.

        또한 3,880,000원은, 당초 이 사건 대출채무액을 350,000,000원으로 상정하였으나 2017. 8. 28. 이 사건 대출채무액이 346,120,000원으로 확인됨에 따른 차액이고, 2017. 11. 16. 인출한 24,480,000원은 폐기물방치보증금을 회수한 것이다.

     ③ 즉, 위 ②항 합계액 43,360,000원을 제외하면 원고 AAA이 이 사건 출자지분 양도대금으로 인출한 금원은 정확히 750,000,000원 =793,360,000원-(15,000,000원+3,880,000원+24,480,000원)이다.

나. 피고의 주장 요지

     원고들과 DDD이 2017. 9. 5. 작성한 이 사건 계약서에서 매매대금을 11억 원으로 정하고 있고, 제5조에서는 위 출자지분 매매대금의 지급방법에 관하여 정하고 있는데, 잔금의 경우 ‘2017. 9. 30. 잔금 790,000,000원을 지급하되 근저당권설정채무를 확인 후 공제하고 지불한다’고 기재되어 있다.

    소득세법 제88조 제1항에서 “양도는 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말하고, 부담부 증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 본다”고 규정하고 있다. 이 사건 계약서에서 양수인 DDD이 근저당권설정채무를 인수하여 매매대금을 지불하기로 한 것에 비추어 근저당권설정채무도 양도가액에 포함되는 것으로 보야야 한다.

     즉, 원고들과 DDD은 이 사건 회사의 자산과 부채(근저당권채무 포함) 등 재무상태를 반영하여 이 사건 회사의 가치를 1,100,000,000원으로 하기로 합의하였으므로, 이 사건 출자지분의 실지거래가액은 1,100,000,000원이다.

     따라서 이 사건 계약에 따른 양도가액이 1,100,000,000원임을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 법리

     1) 양도차익을 계산할 때 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조).

     2) 일반적으로 과세처분에 관한 취소소송에서 과세요건 사실을 입증할 책임은 과세관청이 진다 할 것이고, 그 입증은 적어도 경험칙에 비추어 과세요건 사실을 추정할 수 있는 간접사실들을 인정할 수 있는 정도에는 이르러야 한다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 등 취지 참조). 경정거부처분 취소소송 또한 그 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로(대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946 판결 등 참조), 특별한 사정이 없는 한 정당한 세액의 요건 사실에 관한 증명책임은 과세관청이 부담한다.

나. 구체적인 검토

     원고들과 DDD 사이에 작성된 이 사건 각서 제4조에 ‘주식 매매대금은 1,100,000,000원으로 한다’는 내용이 기재되어 있는 사실, DDD이 2019. 1. 15. EEE에게 이 사건 회사의 전체 출자지분을 다시 양도하면서 그 취득가액을 1,100,000,000원으로 신고한 사실은 앞서 본 바와 같다.

     그러나 아래에서 보는 바와 같이 잔금지급기일 전에 이 사건 대출채무가 완제된 경우에만 이 사건 계약에 따른 전체 출자지분 매매가액이 1,100,000,000원으로 확정될 수 있는데, 앞서 든 증거들과 갑 제6호증, 을 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 잔금지급기일 전에 이 사건 대출채무 전액이 완제되었거나 그 대가로 DDD이 원고들에게 합계 1,100,000,000원을 지급하였다고 단정할 수 없으므로, 결국 이 사건 출자지분 매매가액 및 양도가액을 1,100,000,000원으로 확정할 수 없다.

     따라서 원고들의 각 출자지분의 양도가액 합계가 1,100,000,000원임을 전제로 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 각 처분은 위법하다.

     1) 이 사건 각서²⁾ 제2, 4, 5, 17조의 내용에 의하면, 즉 원고들과 DDD은 이 사건 회사 전체 출자지분의 매매가액 최고한도를 1,100,000,000원으로 설정해 두고, 계약금 110,000,000원, 중도금 200,000,000원을 지급한 후 잔금 지급시 나머지 790,000,000원에서 그 시점의 이 사건 회사의 기업은행에 대한 대출채무 잔액을 공제하고 지급하기로 약정한 사실을 인정할 수 있다.

        DDD은 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 계약에 따른 매매대금을 2017. 5.경부터 지급하기 시작했고, 그 이전부터 이미 원고들과 이 사건 계약에 관한 논의가 있었던 것으로 보인다. 이러한 논의 시점과 잔금지급기일(2017. 9. 30.) 사이에는 상당한 시간적 간격이 있고, 그 사이 이 사건 대출채무 중 일부³⁾가 변제되거나 추가 이자가 발생하는 등 이 사건 대출채무액에 변동이 생길 가능성이 있으므로 원고들과 DDD은 이 사건 계약 매매대금의 확정을 잔금지급기일까지 유보할 필요성이 있었을 것으로 보인다.

        이와 같은 사정들을 종합하면, 원고들과 DDD은 이 사건 각서 작성 당시 이 사건 회사의 자산 및 채무, 특히 이 사건 회사의 부동산, 생산설비, 차량 등을 담보로 하는 346,120,000원 상당의 이 사건 근저당권부 대출채무⁴⁾의 존재를 파악하고, 잔금 지급기일까지 위 대출채무 중 일부가 변제될 가능성을 고려하여 이 사건 회사 전체 출자지분 매매가액을 위 대출채무 잔액과 연동시키기로 한 것으로 보인다.

     2) 이와 관련하여 DDD은 조세심판원의 조사절차에서 이 사건 계약 및 대출채무와 관련하여 ‘근저당권설정채무(이 사건 채무)는 은행잔액을 확인하여 원고들이 상환을 하면 이를 이 사건 계약의 매매가액에 포함하여 지급하고, 원고들이 상환하지 아니하면 자신이 채무를 인수하는 내용’이었다는 취지로 진술하였고, 이 사건 회사 명의의 농협계좌(이하 ‘이 사건 계좌’라 한다)로 2017. 5. 22.부터 2017. 11. 16.까지 합계 951,160,000원을 송금한 금융거래내역과 이 사건 회사의 기업은행에 대한 192,000,000원의 대출채무를 인수하였다는 내용을 정리하여 제출하기도 하였다.⁵⁾

     2) 한편, 이 사건 각서 서문 및 제2조 등에서 양도양수대상을 ‘주식과 회사 소유부동산, 생산설비, 차량’ 등으로 표현하고 있기는 하나, 유한회사의 법리상 위와 같은 유한회사의 자산은 출자지분의 가치에 반영되는 것으로 특별한 사정이 없는 한 별도의 대가 지급이 없더라도 유한회사 출자지분의 양도에 수반되는 것이라 할 것이므로, 양도양수대상으로 기재된 내역 중 출자지분을 제외한 나머지 ‘회사 소유 부동산, 생산설비, 차량’ 등은 주의적 기재에 불과한 것으로 봄이 타당하다.

     3) 원고들은 2017. 11. 30. 이 사건 계약에 따른 자신들의 의무이행으로 원고 AAA의 대표이사 및 이사 사임 등기, 원고 BBB의 이사 사임 등기 및 DDD의 이사 등기를 마쳐주었다.

        반면, 원고들은 DDD이 이 사건 계좌에 양도가액을 입금하면 이를 원고 AAA 개인계좌로 송금하는 방식으로 DDD로부터 이 사건 출자지분 매매대금을 지급받았는데, DDD은 이 사건 계좌에 이 사건 각서 작성 전인 2017. 5. 22.부터 2017. 11. 16.까지 1,100,000,000원에 미치지 못하는 951,160,000원만을 이체하였고, 원고들은 2017. 5. 22.부터 2017. 11. 16.까지 이 사건 계좌에서 원고 AAA의 개인계좌로 합계 793,360,000원을 출금하였을 뿐이다.

     4) 한편, 이 사건 계약 잔금지급기일 무렵 이 사건 대출채무액은 346,120,000원이었고, DDD이 2017. 9. 29. 15:40분경까지 이 사건 계좌에 이체한 금액 합계액⁶⁾은 753,880,000원인데, 이는 앞서 본 1,100,000,000원에서 위 대출채무액 346,120,000원을 공제한 금액과 일치하는 점을 고려하면, 원고들과 DDD이 위 시점에 이 사건 대출채무 잔액을 확정하고 이 사건 계약에 따른 정산을 마친 것으로 볼 여지가 있다.

        다만 원고들이 ‘2017. 11. 16. 인출한 24,480,000원은 반납받은 폐기물방치보증금을 회수한 것이고, 2017. 9. 29. 인출한 28,880,000원 중 15,000,000원은 중도금 지연이자에 해당한다’는 취지로 주장하나, 원고들 제출 증거들과 ○○○○○재활용공제조합의 사실조회회신결과만으로는 이를 확인하기 어렵다.

     5) 피고는 이 사건 계약에 따라 DDD이 이 사건 대출채무를 인수하고 그 채무액을 양도가액에서 공제하였다고 하더라도, 이는 채무를 면제해주는 방식으로 양도가액을 지급한 것에 불과하므로 실제 지급액과 채무인수액을 합산한 1,100,000,000원이 양도가액에 해당한다는 취지로 주장한다.

        그러나 유한회사의 출자지분을 양도하는 경우 회사가 보유한 자산이나 채무는 그 자산에 관하여 양도인에게 별도로 대가를 지급하기로 하거나 그 채무를 양도인 개인의 채무와 동일시할 수 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 양도소득세 과세대상의 양도가액에 직접적으로 영향을 미치지 않는다.

        또한 양도인이 곧 양수인에게 인수되는 채무의 채무자이기도 한 사례들과 달리, 본 건에서 이 사건 대출채무는 이 사건 회사의 채무일 뿐 원고들이 개인의 지위에서 직접 부담하고 있는 채무가 아니고, DDD이 이 사건 대출채무를 부담하고 있는 이 사건 회사를 인수하였다고 하여 원고들 개인의 채무를 면하는 경제적 이익을 얻은 것도 아니다.

        따라서 피고의 위 주장은 채무를 부담하는 유한회사를 양도하는 경우의 법리에 관한 오해에서 비롯된 것으로 보이므로 이를 받아들일 수 없다.

5. 취소의 범위

  가. 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조). 이와 같은 법리는 정당한 세액의 객관적 존부를 다투는 경정거부처분 취소소송에도 동일하게 적용될 수 있다.

  나. 앞서 살핀 바와 같이 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 할 것인데, 이 사건에서 변론종결 시까지 제출된 자료만으로는 원고들에게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 각 처분을 전부 취소할 수밖에 없다(이 사건 출자지분 양도가액이 11억 원임을 전제로 한 이 사건 각 처분이 위법한 것임은 명백하나, 제출된 자료들만으로는 4. 나. 4)항과 같은 이유에서 원고들 주장대로 그 양도가액이 7억 5,000만 원이라 단정하기도 어렵다. 따라서 관련 입·출금 내역 및 그 성격, 이 사건 대출채무 변제 내역 및 그 주체 등을 검토하여 양도소득세 경정처분을 해야 할 필요성이 있을 것으로 보인다).

6. 결론

원고들의 각 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하여야 하는데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심판결을 취소하고 이 사건 각 처분을 취소한다.