1. 사실관계

 ○질의인은 ‘24.10월 주거용 건물 개발 및 공급업을 주업으로 사업자등록한 부동산매매업자로,

 - 질의인은 ’24.7월 취득한 경기 김포시 소재 A주택과, ’25.9월 취득한 서울 동작구 소재 B주택을 보유하고 있음

 - ‘25.10.15. B주택에 대해 양도가액 3억 6,500만원에 매매계약을 체결하고, 계약금 3,650만원을 수령, 잔금예정일은 ’25.11월임

 - ‘25.10.16 B주택 소재 서울 동작구가 조정대상지역으로 신규 지정･공고(국토교통부공고 제2025-1223호)

2. 질의요지

○1세대 2주택을 보유한 부동산매매업자가 조정대상지역 공고일 이전에 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 수령하는 경우

 -토지등 매매차익예정신고시 ｢소득세법｣ 제107조제7항제1호에 따른 중과세율 적용대상인지 및 종합소득 확정신고시 ｢소득세법｣ 제64조 세액 계산 특례 적용 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제55조【세율】

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

○ 소득세법 제64조【부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례】

①대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조제1항제1호(분양권에 한정한다)ㆍ제8호ㆍ제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

 1. 종합소득 산출세액

 2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

  가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

  나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

○ 소득세법 제69조【부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부】

① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조제1항제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

 1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호및제4호에 따른 자산

　 제55조제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

 2. 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

　 양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]

 3. 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

　 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)

 <중 략>

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호및제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 1.｢주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제122조【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】

② 법 제64조제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 자산의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.

 1. 제163조제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산한 양도자산의 필요경비

 2. 법 제103조에 따른 양도소득 기본공제 금액

 3. 법 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액

○ 소득세법 시행령 제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

①법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

 11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

◉ 국토교통부공고 제2025-1233호

「주택법」제63조의2 제4항의 규정에 따라 다음과 같이 조정대상지역 지정을 공고합니다.

2025년 10월 16일

국토교통부장관

조정대상지역 지정

1. 대상지역 : 서울 성동구, 마포구, 강동구, 영등포구, 양천구, 동작구, 광진구, 중구, 종로구, 서대문구, 강서구, 노원구, 성북구, 구로구, 동대문구, 관악구, 은평구, 중랑구, 금천구, 강북구, 도봉구 및

            경기도 수원장안, 수원팔달, 수원영통, 성남수정, 성남중원, 성남분당, 안양동안, 과천, 용인수지, 광명, 하남, 의왕

2. 지정기간 : 2025. 10. 16. ∼ 지정 해제시까지

3. 지정효력

ㅇ ｢주택법｣ 제64조에 따른 분양권 전매 제한

ㅇ 기타 조정대상지역 지정에 따라 관련법령 및 규정에서 정하는 사항

4. 효력발생시기 : 이 공고문은 공고한 날부터 효력을 발생한다.

※ 조정대상지역 지정 현황