1. 이 사건 소 중 20xx 사업연도 법인세 00,000,000원의 부과처분 중 0,000,000원을 초과하는 부분, 20xx 사업연도 법인세 000,000,000원의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분을 각 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 202x. x. xx. 원고에 대하여 한 각 법인세부과 처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 xxxx. x. xx. 설립되어 ㅇㅇㅇ도매업 등을 영위하던 법인으로, xxxx. xx.경 ㅁㅁㅁㅁ시장으로부터 □□□에 관한 법률 제23조에 따른 도매시장법인으로 지정 받아 ■■■ 도매시장에서 ●●● 도매시장법인으로 △△△를 위탁판매하고 있다.

나. 원고는 20xx년 사업년도부터 20xx년 사업연도까지 당시 원고의 대표이사였던 AAA, BBB에게 급여 명목으로 합계 0,000,000,000원(= AAA 0,000,000,000원 + BBB 0,000,000,000원)을 지급하였다(이하 ‘이 사건 급여’라한다).

다. ㅇㅇ지방국세청장은 20xx. x. x.부터 20xx. x. xx.까지 원고에 대한 법인통합조사(이하 ‘제1차 조사’라 한다)를 실시한 결과, ‘원고가 20xx ~ 20xx 사업연도 중 원고의 대표이사인 AAA, BBB에게 지급한 보수’가 ‘직무집행에 대한 정당한 대가’(이하, 이러한 대가를 ‘적정보수’라고도 함)를 초과하였다고 판단하고, AAA, BBB에게 각 지급된 보수총액을 기준으로 ‘전국 동종업체 44개에서 대표이사 1인의 보수가 급여 차감전 영업이익에서 차지하는 평균 비율’을 토대로 적정보수액을 산정한 후, 20xx ~ 20xx 사업연도 중 원고가 AAA, BBB에게 지급한 각 보수 중 적정보수액을 초과하는 0,000,000,000원(= AAA 000,000,000원 + BBB 0,000,000,000원)을 이익처분 성격의 급여로 보아 손금 불산입 하도록 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 제1차 조사결과에 따라 원고에게, 20xx. x. xx.에 20xx 사업연도 법인세 00,000,000원을, 20xx. x. x.에 20xx 사업연도 법인세 00,000,000원, 20xx 사업연도 법인세 000,000,000원, 20xx 사업연도 법인세 000,000,000원, 20xx 사업연도 법인세 000,000,000원을 각 경정ㆍ고지(이하 ‘제1차 처분’이라 함)하였다.

마. 이에 불복한 원고는 20xx. x. xx. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 20xx. xx. xx. ‘원고와 동종의 업종을 영위하는 전국의 업체 중 원고와 매출액 규모가 유사한 업체의 대표자의 보수가 그 법인의 영업이익에서 차지하는 비중 등을 재조사하여 적정보수를 산정하고 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정’하라는 취지의 재조사 결정을 하였다.

바. ㅇㅇ지방국세청은 20xx. x. xx.부터 20xx. x. x.까지 재조사(이하 ‘재조사’라 함)를 실시하여, ㅇㅇㅇ도매시장법인 중 10개를 선정하고 대표이사 급여가 높은 상위 3개 업체(이하 ‘비교업체’라 함)의 대표이사 급여 평균액을 적정보수액으로 산정(이하 ‘이 사건 기준금액’이라 함)한 후, 원고가 20xx ~ 20xx 사업연도에 AAA, BBB에게 지급한 각 보수 중 이 사건 기준금액을 초과한 합계 0,000,000,000원(= AAA 000,000,000원 + BBB 0,000,000,000원, 이하 ‘쟁점 급여’라 함)을 실질적이익처분으로서 손금불산입 대상인 것으로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

사. 피고는 20xx. x. xx. 위 재조사 결과에 따라 20xx 사업연도는 증감없이, 20xx, 20xx, 20xx 사업연도는 감액하고, 20xx 사업연도는 증액 결정하여, 20xx 내지 20xx 사업연도 합계 000,000,000원을 경정ㆍ고지(이하 ‘제2차 처분’이라 함)하였다.

아. 원고는 제2차 처분에 불복하여 20xx. x. x.경 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 20xx. xx. x. 기각되었고, 이에 원고는 이 사건 소를 제기하였다.

자. 피고는 이 사건 소송 계속 중, BBB에게 지급된 20xx년도, 20xx년도 급여 총액을 정정하여, 20xx. x. x. 20xx 사업연도 법인세 00,000,000원 중 00,000,000원을, 20xx 사업연도 법인세 000,000,000원 중 000,000원을 각 직권으로 감액경정하였다(이하 제2차 처분 중 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제5호증, 을 제11호증 내지 제14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 감액된 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

가. 관련 법리

과세관청이 조세부과처분을 한 뒤에 그 불복절차 과정에서 당초 부과처분의 일부를 직권으로 취소, 감액하는 내용의 경정결정을 한 경우 위 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로, 위 경정결정 이후에 당초의 부과처분이 위법하다고 하여 다투는 경우에는 항고소송의 대상이 되는 것은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않는 남은 부분이 되고(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누391 판결 등 참조), 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 잃어 더 이상 존재하지 않는 것이므로, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다고 할 것이다(대법원 2010. 4. 29. 선고2009두16879 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

살피건대, 피고가 20xx. x. x. 원고에게 20xx년 사업연도 법인세 중 법인세 00,000,000원을, 20xx년 사업연도 법인세 중 법인세 000,000원을 각 감액경정하였고, 이에 따라 남아 있는 20xx년 사업연도 법인세는 00,000,000원, 20xx년 사업연도 법인세는 000,000,000원인 사실은 앞서 본 바와 같다.

따라서 이 사건 소 가운데 피고가 20xx. x. x. 원고에 대하여 한 20xx년 사업연도 법인세 00,000,000원 중 00,000,000원을 초과하는 부분 및 20xx년 사업연도 법인세 000,000,000원 중 000,000,000원을 초과하는 각 부분에 대한 취소청구는 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송이어서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 소 중 나머지 청구 부분에 대한 판단

가. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

나. 원고 주장의 요지

1) 실질적 이익처분에 해당하지 않는다는 주장

가) 법인세법 시행령 제43조 제1항 및 제2항은 손금불산입 대상을 상여금으로 정하고 있는데, 이 사건 처분은 대표이사의 직무집행에 대한 대가인 이 사건 급여 전액에 대하여 적정보수액을 산정한 후 그 초과액인 쟁점 급여를 손금불산입하였다는 점에서 위법하다.

나) AAA, BBB은 원고의 각자 대표이사로서 원고의 영업, 노무, 관리 등 모든 업무에 관한 전략을 수립하고, 우수한 중도매인을 영입하는 등으로 원고의 성장과 수익 증대에 크게 기여하였다. 또한 이 사건 급여는 위와 같은 성과를 고려하여 산정된 것으로서 상법 및 정관에 규정된 절차에 따라 이사회 및 주주총회가 결의한 보수기준 내에서 지급되었으며, 원고의 매출액 등에서 차지하는 비중 및 규모에 비추어 과다하다

고 볼 수 없다. 이처럼 원고는 AAA, BBB의 직무집행에 대한 정상적인 대가로서 이 사건 급여를 지급한 것이고, 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것이 아니다.

2) 이 사건 기준금액 산정의 위법

가) 피고의 비교업체 선정과 이 사건 기준금액 산정은 합리적인 방법으로 이루어지지 않았다. 또한 이 사건 기준금액 산정의 근거가 된 비교업체는 그 영업규모, 매출처의 성격 및 조직 구조 등에 있어서 원고와 현저한 차이가 있어 비교대상으로 적합하지 않음에도 피고는 비교업체 대표이사의 지위, 역할 등을 조사하지 않고 만연히 AAA, BBB과 기여도가 동일한 것으로 추정하였다.

나) 이 사건 기준금액 산정방법은 법령에 명시되어 있지 않고, 산정자료인 동종업체 대표자 보수액은 일반에 공개되어 있지 않다. 원고는 이 사건 기준금액을 계산할 방법이 없으며, 이 사건 급여의 손금불산입 여부와 범위 및 그에 따른 세액을 예측할 수도 없다. 따라서 이 사건 처분은 근거과세 내지 조세법률주의 원칙에 위반된다.

다) 설령 이 사건 기준금액 산정의 합리성이 인정되더라도 AAA, BBB은 원고의 각자 대표이사이므로, 이 사건 기준금액의 2배수를 원고가 각 대표이사에게 지급하여야 할 적정보수로 보아야 한다.

다. 이 사건 처분의 적법여부

1) 관련 법리

구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면, 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액은 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있다. 그리고 법인세법 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’고 규정하고 있다.

법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 법인세법 제26조, 구 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업 이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적·계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.

또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 참조).

2) 구체적 판단

위 법리에 비추어 보건대, 앞서 든 증거들, 갑 제11, 12, 13호증(가지번호 포함, 이하같다), 을 제1 내지 5, 9, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 AAA, BBB에게 20xx 사업연도부터 20xx 사업연도까지 지급한 이 사건 급여는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 구 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호, 제26조 제1호 및 구 법인세법 시행령 제43조 제1항에 따라 손금불산입의 대상이 된다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 급여 중 쟁점 급여 상당액을 손금에 산입하지 아니하고 한 이 사건 처분은 적법하다.

① 위 판례 법리는, 주주총회 또는 이사회결의에 의한 이익잉여금의 처분이 없더라도 제반사정을 종합할 때 보수가 실질적인 이익처분으로 지급된 것으로 볼 수 있는 경우에는 구 법인세법 시행령 제43조에 따라 원칙적으로 해당 보수 전체를 손금불산입한다는 것이다. 피고는 단지 원고가 AAA, BBB에게 지급한 이 사건 급여가 동종업체에 비해 다액이라는 이유만으로 실질적 이익처분으로 본 것이 아니라 아래에서 보는 바와 같이 AAA, BBB의 지위, 이 사건 급여가 영업이익에서 차지하는 규모와 비중, 보수의 증감 추이, 이 사건 급여와 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주에 대한 배당금 지급 여부 등 제반사정을 종합하여 이 사건 처분을 한 것이다.

② AAA는 20xx. x. xx.부터 원고의 대표이사로 취임하였고(20xx. x. xx. 사임), BBB은 20xx. xx. x. 원고의 대표이사로 취임하여, 그 무렵부터 AAA와 BBB이 원고의 각자 대표이사로 재직하였다. AAA가 지배주주로 있는 ㅇㅇㅇ 주식회사는 이 사건 처분의 과세기간 동안 원고의 최대주주였고, 배우자 CCC, 매제 DDD, 자녀 BBB, EEE의 보유주식까지 고려하면, AAA는 특수관계인 등과 함께 원고 지분 100%를 보유하고 있어 사실상 원고를 지배하는 주주이자 대표이사로서 자신과 다른 임원의 보수를 자유롭게 정할 수 있는 지위에 있었다.

③ 원고의 정관에서 이사의 보수에 대한 규정을 마련하고 있으나 위 규정에도 구체적인 성과의 평가방법, 지급방법, 지급시기 등에 관한 기준을 정하고 있지 않다. 또한 원고의 20xx. xx. x. 임시주주총회에서 대표이사의 연간 보수한도를 0억 원으로 제한하는 결의를 하였을 뿐 그 지급방법과 금액 등에 대해서는 전혀 구체적으로 승인이 이루어진 바도 없다.

④ 이 사건 처분의 과세기간인 20xx년경부터 20xx년경까지 AAA, BBB에 대한 보수를 의결하는 내용의 주주총회 및 이사회 의사록이 작성되기는 하였다. 그러나 앞서 본 바와 같이 AAA 일가는 사실상 원고의 소유주식 100%를 소유하고 있었고, AAA의 가족들로 사내이사와 감사가 구성되어 있었으며, 각 의사록에는 대표이사 보수의 산출과정이나 내역 등에 관한 구체적인 자료 없이 변경 전후의 보수 금액만이 정해여 있을 뿐이어서 어떠한 내용을 근거로 쟁점 급여가 정해진 것인지를 알 수 없는 이상, 원고가 대표이사의 보수 지급에 필요한 절차를 거치거나 관련 서류가 작성되었다는 사정만으로는 쟁점 급여가 실질적 이익처분이 아닌 정당한 직무집행의 대가라고 인정하기는 어려워 보인다.

⑤ 원고가 이 사건 처분의 과세기간 동안 전체 임직원에게 지급한 총급여액에서 이 사건 급여가 차지하는 비율은 39.26% 내지 48.36%에 달하는바, 원고 주장의 매출액, 영업이익 증대 등에 대한 AAA, BBB의 기여를 충분히 감안하더라도 이 사건 급여가 총급여액에서 차지하는 비중이 이례적으로 높다(원고는 위 과세기간 중 사내이사인 DDD에 대하여는 급여를 지급하지 아니한 것으로 보인다).

⑥ ㅇㅇ지방국세청장은 재조사 당시 아래와 같은 방법으로 비교업체를 선정하였는데, 이 사건 급여와 동종업계 임원들의 보수의 현저한 격차 유무를 확인하기 위해 적절하고도 합리적인 방법으로 판단된다.

이와 관련하여 원고는, 비교업체 사이에 매출액 규모에 현저한 차이가 있고, 매출구조가 다를 뿐만 아니라 피고가 비교업체 대표이사의 기여도를 제대로 확인하지 않았다고 주장한다. 그러나 법인이 임원에게 급여나 보수 명목으로 지급한 금원이 사업수행을 위한 비용으로서 정당한 직무집행의 대가로 볼 수 있는지, 아니면 실질적으로 이익 처분에 해당하는지 판단하기 위해 동종업계 임원들의 보수와 비교하는 것이므로, 원고와 비교업체 사이에 원고 주장의 차이가 있다는 이유만으로 이 사건 급여와 동종업계에 있는 비교업체의 임원(대표이사)에게 지급된 급여를 비교하는 것이 무의미하다거나 부적절하다고 할 수 없고, 원고와 동종업체인 비교업체의 매출구조가 근본적으로 다르다고 보기도 어렵다.

⑦ 원고의 20xx 내지 20xx 사업연도의 총급여 차감 전 영업이익, 당기순이익 등은 아래 표 기재와 같다.

[표 생략]

이와 같이 이 사건 처분의 과세기간 중 원고의 총급여 차감 전 원고의 영업이익에서 이 사건 급여가 차지하는 비율은 18% 내지 42%에 달하여 동종업체 10개 중 대표이사 급여가 높은 상위 3개 업체(비교업체)의 평균수치인 9% 내지 12%보다 현저히 높다. 또한 원고의 영업이익, 당기순손익은 증감을 반복하였으나 이와 무관하게 AAA, BBB의 급여는 매년 증가하였고, 20xx 내지 20xx 사업연도에는 원고의 당기순이익을 초과하는 급여를 지급받기도 하였다. 이러한 사정들에 비추어보면, 이 사건 급여는 AAA, BBB의 대표이사로서의 직무상 공로와 별다른 관계없이 책정ㆍ지급된 것으로 보인다.

⑧ 이에 대하여 원고는, 이 사건 기준금액 산정방법이 법령에 명시되어 있지 않고 동종업체 대표자 보수액이 일반에 공개되어 있지 않으므로, 이 사건 처분은 근거과세 내지 조세법률주의 원칙에 위반된다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 비교업체 선정과 이 사건 기준금액 산정은 합리적인 방법으로 이루어졌을 뿐만 아니라 피고가 비교업체를 선정하고 비교업체 대표이사의 보수액을 평균하여 이 사건 기준금액을 산정하는 것은, 이 사건 급여와 동종업계 임원들의 보수의 현저한 격차 유무를 확인함으로써 이 사건 급여가 실질적 이익처분에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 것이고, 그 자체로 구체적인 세액 산정을 위한 절차가 아니므로, 근거과세 내지 조세법률주의 원칙의 엄격한 통제대상이라고 보기도 어렵다.

⑨ 한편 원고는, 원고의 대표이사가 2명이므로 이 사건 기준금액의 2배수를 원고가 대표이사에게 지급하여야 할 적정보수로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 ㅇㅇ지방국세청장은 재조사 과정에서 동종업체의 대표가 공동대표인 공동대표에게 지급된 급여를 합산하여 비교함으로써 쟁점 급여의 적정성을 판단한 것으로 보이고, 원고와 같이 지배주주 일가가 영향력을 행사하는 회사는 이사 정원을 증원하는 등으로 이를 손쉽게 회피할 수 있어 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것에 한하여 손금으로 인정하는 구 법인세법 제19조 제2항과 위 구 법인세법 시행령 제43조 의 취지를 잠탈할 수 있다. 따라서 피고가 원고의 대표이사마다 개별적ㆍ상대적으로 이 사건 기준 금액을 적용하여 쟁점 급여를 산정한 것은 타당하다.

⑩ 원고는 20xx 내지 20xx 사업연도에 지속적으로 당기순이익이 발생하였고, 20xx 내지 20xx 사업연도의 미처분 이익잉여금은 아래 표 기재와 같다. 이와 같이 원고는 매년 미처분 이익잉여금이 발생하였고, 그 액수는 최대 00억 원에 달한다. 그럼에도 원고는 위 기간 동안 배당을 전혀 실시하지 아니하였고, 그에 따라 해당 사업연도의 이익잉여금 중 상당 부분이 AAA, BBB에 대한 급여로 지급되어 동일한 금액이 배당금으로 지급되었을 경우 발생하는 법인세 상당액이 절감된 것으로 보인다.

[표 생략]

⑪ 원고는 AAA, BBB이 원고의 대표이사로서 큰 기여와 공헌을 하였으므로, 쟁점 급여가 직무집행에 대한 정상적인 대가로서 손금에 산입되어야 한다고 주장하나, 앞서 살펴 본 ② 내지 ⑨의 사실 및 사정들에 비추어 보면, 이 사건 급여는 원고를 사실상 지배하는 AAA, BBB에게 주로 원고에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과해보이고, 원고가 제출한 증거만으로는 AAA, BBB이 원고의 사업성장 및 유지에 그 주장과 같은 특별한 기여를 하였다고 인정하기 부족하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 20xx 사업연도 법인세 00,000,000원의 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 20xx 사업연도 법인세 000,000,000원의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 이를 모두 각하하고, 원고의나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.