1. 사실관계

○ 질의법인은 「지방공기업법」에 따라 설립된 택지개발 등 사업을 영위하는 비영리법인임

○ 질의법인은 ’21.3월 지방자치단체와 국가산업단지 조성사업 관련 실시협약을 체결함

○ 지방자치단체가 지원하는 국가보조금은 「지방재정법」제37조에 따라 지방의회의 의결을 득하여 지급되는 보조금이며,

 - 질의법인은 해당 국가보조금을 수취하여 자산 차감계정으로 회계처리하고 세무조정으로 익금산입하였음

○ 한편, 질의법인은 국가산업단지가 들어설 토지 조성사업만을 수행할 것이므로 취득한 토지를 회계상 재고자산으로 분류함

2. 질의내용

○ 국가산업단지 토지 조성사업을 위해 국고보조금으로 토지를 취득하여 재고자산으로 분류한 경우 해당 국고보조금이 손금산입 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제36조【국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】

① 내국법인이 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 취득하거나 개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득하거나 개량하고 이에 대한 국고보조금등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등 상당액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

② 국고보조금등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득하거나 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사업용자산을 취득하거나 개량하려는 경우에는 취득 또는 개량에 사용하려는 국고보조금등의 금액을 제1항을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 허가 또는 인가의 지연 등 대통령령으로 정하는 사유로 국고보조금등을 기한 내에 사용하지 못한 경우에는 해당 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도의 종료일을 그 기한으로 본다.

③∼⑥ (생략)

○ 법인세법 시행령 제64조【국고보조금 등의 손금산입】- 현행[시행 2025.6.4. 제35350호, 2025.2.28.]

① 법 제36조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 사업용 유형자산 및 무형자산과 석유류를 말한다.

② 법 제36조제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 개별사업용자산별로 해당 사업용자산의 가액중 그 취득 또는 개량에 사용된 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률」 또는 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률에 따른 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다. 이 경우 사업용자산을 취득하거나 개량한 후 국고보조금등을 지급받았을 때에는 지급일이 속한 사업연도 이전 사업연도에 이미 손금에 산입한 감가상각비에 상당하는 금액은 손금에 산입하는 금액에서 제외한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

 1. 감가상각자산：일시상각충당금

 2. 제1호외의 자산：압축기장충당금

④ 제3항에 따라 손비로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 익금에 산입한다.

 1. 일시상각충당금은 해당 사업용자산의 감가상각비(취득가액 중 해당 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

 2. 압축기장충당금은 당해 사업용자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것

⑤∼⑧ (생략)

○ 법인세법 시행령 제64조【국고보조금 등의 손금산입】- 개정 전[시행 2019.01.01. 제29269호, 2018.10.30.]

① 법 제36조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 사업용고정자산과 석유류를 말한다.

②∼⑧ (생략)