사 건 2024누51563 종합소득세 부과처분 무효확인 청구의 소

원고, 항소인 A

피고, 피항소인 B세무서장

제 1 심 판 결 인천지방법원 2024. 6. 20. 선고 2023구합53694 판결

판 결 선 고 2025. 1. 17.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고의 2017. 5. 12. 원고에 대하여 한 2014년 종합소득세66,239,250원의 경정처분은 무효임을 확인한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ번지에서 ‘C’(이하 ’이 사건 사업장‘이라 한다)이라는 상호로 수출 관련 사업을 영위하다가 2016. 2. 1. 폐업하였다. 원고는 2014년 제1기, 제2기 부가가치세 과세표준 매출액을 729,556,336원으로 신고하였으며, 2014년 귀속 종합소득세 신고 시에 수입금액은 2014년 부가가치세 과세표준 합계액 729,556,336원으로 하고, 단순경비율을 적용하여 산출세액을 19,586,917원으로 신고하였다.

나. ㅇㅇ지방국세청장은 피고에 대한 업무감사 결과, 원고가 단순경비율을 적용하여 신고한 2014년 귀속 종합소득세는 단순경비율 배제대상으로 기준경비율을 적용하여야 한다는 취지의 감사처분 지시를 하였고, 이에 따라 피고는 2017. 5. 12. 원고에게 기준경비율을 적용하여 2014년 귀속 종합소득세 66,239,250원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하고, 그 하자가 중대․명백하여 무효이다.

1) 원고는 세무사의 과실로 수출대행업자인 원고를 수출업자로 신고한 것이므로, 수출대행 수수료를 종합소득세 과세표준으로 삼아야 한다. 그런데 이를 조사하여야 할 의무를 부담하는 피고가 중과실로 조사하지 않았다(이하 ‘제1 주장’이라 한다).

2) 소득세법 시행령 제143조에 의하면 단순경비율 적용대상자는 직전연도 수입금액의 합계액이 일정 금액에 미달하는 사업자로서 장부를 기록하지 않은 사업자를 말하는바, 원고는 2013년 귀속 수입금액이 없으므로, 2014년 귀속 종합소득세 단순경비율 적용대상자이다. 그럼에도 피고는 기준경비율을 적용하여 이 사건 처분을 하였다(이하‘제2 주장’이라 한다).

3) 피고는 최초 원고에 대한 2014년 귀속 종합소득세를 부과하면서 수출업자임을 전제로 단순경비율에 기초하여 처분하였고, 원고는 이러한 처분이 세무사의 과실에 의한 것임에도 이를 신뢰하고 종합소득세를 납부하였으나, 피고는 2년여가 지난 상황에서 원고에 대해 기준경비율을 적용하여 경정처분을 하는 것은 신뢰보호원칙에 위반된다(이하 ‘제3 주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1 주장에 관한 판단

가) 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별함에 있어서는 당해 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바(대법원 1999. 5. 28. 선고 97누16329 판결 등 참조), 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 위와 같이 과세요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결, 대법원 2012. 2. 23. 선고 2011두22723 판결 등 참조). 한편, 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장․입증할 책임이 있다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2009두3460 판결 등 참조).

나) 살피건대, 앞서 인정한 사실에 더하여 앞서 든 증거들, 갑 제2 내지 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고의 계좌거래내역(갑 제2호증의 2, 제3호증의 2)에 의하면, 원고는 2014년경 제3자로부터 옷, 원단 등을 구매한 후 이를 수출하여 온 것으로 보이는 점, ② 원고가 제출한 수출대행계약서(갑 제5, 7, 9, 11호증)는 그 품명, 수량, 단가 등 물품의 구체적인 내용이 기재되어 있지 않아 실제로 그와 같은 수출대행계약이 체결되었다는 사실을 믿기 어려울 뿐만 아니라, 설령 그와 같은 수출대행계약이 실제로 체결되었다고 보더라도 위 계약서 하단에는 그 작성일자가 2015. 1.로 기재되어 있는바, 2014년 귀속 종합소득세를 경정․고지한 이 사건 처분과는 무관한 것으로 보이는 점, ③ 원고는 2014년 제1기, 제2기 부가가치세를 신고하면서 수출실적명세서를 함께 제출하였고(을 제2호증), 위 수출실적명세서상 원고의 업태는 ‘도매업’, 종목은 ‘무역업’이라고 기재되어 있는 점, ④ 원고는, 세무사의 과실로 원고가 수출업자로 신고 되었다고 주장하나, 이를 뒷받침할만한 아무런 객관적인 증거가 없는 점 등을 고려하면, 원고가 수출업자가 아닌 수출대행업자에 해당한다고 보기 어렵다. 설령 세무사의 과실로 수출대행업자인 원고를 수출업자로 신고하였더라도, 종합소득세는 그 확정방식이 신고납세방식으로서 원고 주장과 같은 사정은 납세의무자인 원고의 지배영역 안에 있어 피고가 이를 조사하여야 할 의무가 있다거나 이를 조사하지 않았다고 하여 중과실이 있다고 볼 수 없다. 원고는 수출업자임을 전제로 2014년 제1기, 제2기 부가가치세를 신고하였고, 해당 부가가치세 과세표준 합계액을 수입금액으로 하여 2014년 귀속 종합소득세를 신고하였으며, 이 사건 처분은 원고의 위 종합소득세 신고에 기초한 것으로서 신고된 종합소득세 수입금액을 과세대상이 되는 수입금액으로 볼만한 객관적인 사정이 있었던 이상 원고가 실제로는 수출업자가 아닌 수출대행업자이어서 수출대행 수수료만을 과세표준으로 삼아야 된다는 점은 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 것이므로, 그 하자가 중대하다고 하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 이 사건 처분을 당연무효라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 제2 주장에 관한 판단

가) 관련 규정 및 법리

(1) 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 일부개정되기 전의 것, 이하같다) 제80조 제3항, 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제143조 제4항의 규정에 따르면, 종합소득세 추계조사에서 단순경비율을 적용받으려면, ① 해당 과세기간에 사업을 신규 개시한 사업자로서 그 과세기간의 수입금액이 일정 금액(수출업인 이 사건의 경우 3억 원)에 미달하거나(구소득세법 시행령 제143조 제4항 제1호, 구 소득세법 시행령 제208조 제5항 제2호 가목), ② 해당 과세기간 이전에 사업을 신규 개시한 계속사업자로서 그 직전 과세기간의수입금액의 합계액이 업종별로 정한 금액(수출업인 이 사건의 경우 6,000만 원)에 미달하여야 한다(구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제2호 가목).

(2) 구 소득세법은 제1조의2 제1항 제5호에서 ‘사업자’의 개념을 정의하고, 제19조 제1항에서 어떠한 업종에서 발생하는 소득이 사업소득에 해당하는지 규정하면서,제168조 제3항에서 사업자등록의 신규 및 변경신청의 방법에 관하여 구 부가가치세법 (2014. 12. 23. 법률 제12851호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조를 준용하고 있을 뿐, 사업소득에서 말하는 ‘사업 개시일’에 관하여는 구 부가가치세법 시행령(2015.2. 3. 대통령령 제26071호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조와 같이 이를 명시적으로 확정하는 규정을 두거나, 그러한 규정을 준용하는 조항을 따로 두고 있지 않다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석해서는 안 될 것이지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피한데(대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등 참조), 구 소득세법 제1조의2 제1항 제5호, 제19조를 종합하면, 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적․반복적으로 행하는 활동을 통하여 발생하는 소득이 있는 거주자가 사업자가 되고, 구 부가가치세법 제2조 제3호, 제3조 제1항 제1호를 종합하면, 영리 목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 사업자라 하며 부가가치세의 납세의무자가 되는데, 여기서 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’란 부가가치를 창출하여 낼 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 의미하므로(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 참조), 부가가치세법상 사업자로 인정되면 영리의 목적이 있는 한 일응 구 소득세법상 사업자로 볼 수 있는 점, 이와 같이 구 소득세법 제1조의2 제1항 제5호, 제19조에 규정된 사업자의 의미는 영리의 목적 유무를 제외하고는 구 부가가치세법 제2조 제3호에 규정된 사업자의 의미와 크게 다르지 않다고 보이므로, 구 소득세법상 사업소득과 관련된 사업 개시일을 구 부가가치세법상의 사업 개시일과 통일적으로 해석할 필요성이 있는 점(이는 하나의 사업과 관련하여 동시에 부가가치세의 납세의무자와 소득세의 납세의무자가 되기 쉬운 사업자들에 대하여 법적 안정성이 부여되어야 한다는 측면에서도 그러하다), 구 소득세법은 제168조 제1항에서 새로 사업을 시작하는 사업자로 하여금 사업자등록을 하여야 할 의무를 부과하면서 같은 조 제2항에서 구 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 구 소득세법에 따른 사업자등록을 한 것으로 간주하는 규정을 둔 점, 사업자등록에 관하여 구 소득세법 제168조 제3항을 준용하도록 정한 구 부가가치세법 제8조 제1항은 사업자등록의 시기에 관하여 ‘사업 개시일’이라는 용어를 사용하고 있고, 구 부가가치세법 제5조 제2항 또한 신규 사업자에 대한 최초 과세기간에 관하여 규정하면서, ‘사업 개시일’이라는 동일한 용어를 사용하고 있는데, 구 부가가치세법 시행령 제6조가 구 부가가치세법제5조 제2항에 따른 ‘사업 개시일’을 제조업과 광업 이외의 사업에 관하여는 ‘재화나 용역의 공급을 시작하는 날’로 정하고 있는 점, 사업 개시일은 사업자등록일 등을 기준으로 형식적으로 판단할 것이 아니라 사업의 준비가 끝나고 본래의 사업목적을 수행하거나 수행할 수 있는 상태로 된 때를 기준으로 실질적으로 판단함이 타당한 점(대법원 1995. 12. 8. 선고 94누15905 판결 등 참조), 소규모 영세사업자에 대한 납세부담을 최소화하려는 단순경비율 제도의 취지와 조세의 형평성을 고려할 때 단순경비율의 적용요건은 가급적 엄격하게 해석할 필요가 있는 점 등에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령제143조 제4항에 따른 단순경비율 적용 여부와 관련하여, 제조업과 광업 이외의 사업의 개시일은 ‘사업의 목적에 따른 재화나 용역의 공급을 시작하는 날’로 봄이 타당하다(대법원 2021. 1. 14. 선고 2020두40914 판결 및 같은 일자 선고 2020두43289 판결취지 등 참조).

나) 구체적 판단

살피건대, 앞서 인정한 사실에 더하여 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들 즉, ① 원고는 2013. 12.경 이 사건 사업장에 대한 사업자등록을 한 것으로 보이는데, 2013년 귀속 수입금액은 발생하지 않은 점, ② 원고가 2014년 제1기 부가가치세를 신고하면서 함께 제출한 수출실적명세서상 가장 이른 선적일자는 2014. 2. 24.인 점, ③ 달리 원고가 2013년에 사업의 목적에 따른 재화나 용역의 공급을 시작하였다고 볼만한 아무런 사정을 발견할 수 없는 점 등에 비추어 보면,이 사건 사업장은 2014년에 재화나 용역의 공급을 시작하여 사업을 개시하였다고 보아야 하고, 이처럼 원고가 2014년에 신규로 사업을 개시한 이상 원고가 2014년 귀속 종합소득세와 관련하여 단순경비율 적용대상자에 해당하는지에 대하여는 구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제1호가 적용되게 된다. 그런데 원고의 2014년 수입금액이 729,556,336원인 사실은 앞서 본 바와 같고, 이는 구 소득세법 시행령 제208조 제5항 제2호 가목에서 정한 수출업의 기준금액 3억 원을 초과하는바, 구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제1호에 규정된 단순경비율적용 요건이 충족되었다고 볼 수 없다.

따라서 피고가 기준경비율을 적용하여 원고의 2014년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 산출세액을 경정한 것이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 제3 주장에 관한 판단

가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다(대법원 2006. 6. 9. 선고 2004두46 판결, 대법원 2024. 3. 12. 선고 2022두60011 판결 등 참조). 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조)

나) 살피건대, 앞서 인정한 사실에 더하여 앞서 든 증거들, 을 제4호증의 기재및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들 즉, ① 종합소득세는 신고납부방식의 조세로서 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고함으로써 구체적인 납세의무가 확정되는 것이므로, 납세의무자로서는 자신의 책임 하에 종합소득세의 과세표준과 세액을 계산하여 신고·납부하여야 하고, 과세관청으로서는 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 등 소득세법 제80조 제2항 각 호에 열거된 경정사유에 해당하면 당연히 경정이 가능한 점, ② 이 사건 처분은 원고가 2014년 귀속 종합소득세와 관련하여 단순경비율을 적용하여 세액을 신고한 오류를 바로 잡기 위하여 구 소득세법령에 의해 기준경비율을 적용하여 경정한 것인 점, ③ 피고가 2016. 1.5. 원고에게 고지한 2014년 귀속 종합소득세 10,032,708원은 원고가 2014년 귀속 종합소득세를 신고한 후 무납부한 세액에 대하여 원고의 위 신고에 기초하여 종합소득세(가산세 포함)를 단순 고지한 것일 뿐인 점, ④ 달리 원고의 2014년 귀속 종합소득세에 대하여 세액의 오류나 누락된 내용이 발견되더라도 다시 부과처분을 하지 아니할 것이라는 피고의 공적인 견해표명이 있었다거나, 원고가 이에 대하여 보호가치 있는 신뢰를 형성하였다고 볼만한 아무런 사정을 발견할 수 없는 점, ⑤ 원고는, 세무사의 과실로 잘못 신고하였다는 취지로 주장하고 있는바, 2014년 귀속 종합소득세 신고에 원고의 귀책사유가 없다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고의 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.