사 건 2024구합56485 종합소득세경정거부처분취소

원 고 A

피 고 B세무서장

판 결 선 고 2025. 5. 2.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 2. 23. 원고에게 한 2018년 귀속 종합소득세 629,604,740원 중 191,052,090원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 2. 6. C와 함께 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동에서 한식 프랜차이즈 업체인 주식회사 D(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)을 설립·운영하며 각각 이 사건 회사의 주식 1,000주(발행주식의 50%)를 보유하고 있었으며, C는 이 사건 회사의 대표자 사내이사 내지 대표이사로서 이 사건 회사를 운영해왔다.

나. 원고는 2018. 3. 16. 이 사건 회사에 원고가 보유한 이 사건 회사의 주식 1,000주를 150억 원에 양도하기로 하되, 계약체결일에 우선적으로 이 사건 회사가 원고에게 1,798,278,060원을 지급하고 원고가 그에 상응하는 이 사건 회사의 주식 284주(2017.12. 31. 상속세 및 증여세법에 의해 평가된 주당 6,331,965원으로 주식 수 산정, 이하‘이 사건 주식’이라 한다)를 양도하며, 위 양도대금은 원고의 이 사건 회사에 대한 차용금 채무와 상계처리하는 내용의 주식양수도계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였으며, 그 즈음 이 사건 주식을 이 사건 회사에 양도하고 명의개서절차를 이행하였다.

다. 이 사건 회사는 2018. 4. 3. 이 사건 주식을 소각하는 내용의 이사회 결의를 거쳐 2018. 4. 12. 법인등기부 등본에 발행주식의 총수를 기존 2,000주에서 1,716주로 변경하는 등기를 마쳤으며, 2018. 4. 10. 피고에게 1,796,858,060원[= 양도가액 1,798,278,060원 – 취득가액 1,420,000원(=284주 × 5,000원)]을 원고의 배당소득으로 보고 그 배당소득세를 원천징수하였다는 취지의 원천징수이행상황신고서를 제출하고 그 즈음 배당소득세를 납부하였다.

라. 원고는 2019. 5. 25. 2018년 귀속 종합소득세의 과세표준에 이 사건 회사가 배당소득으로 처리한 1,796,858,060원을 포함하고 이를 기준으로 산정된 629,604,740원을 2018년 귀속 종합소득세로 자진신고 및 납부하였다.

마. 원고는 2024. 1. 29. 이 사건 주식에 대한 2018. 3. 16. 자 거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)로 인한 소득 1) 은 배당소득이 아닌 양도소득으로 보아야 한다면서 2018년 귀속 종합소득세 중 191,052,091원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

바. 이에 대하여 피고는 2024. 2. 23. ‘원천징수의무자인 이 사건 회사가 당초 이 사건 거래로 인한 소득을 배당소득으로 원천징수한 후 변경하지 않은 점, 원고가 종합소득세 신고 시 배당소득으로 확정신고한 점, 종합소득세 신고 후 상당기간 경정청구 하지 않은 점 등으로 볼 때 이 사건 거래로 인한 소득은 배당소득으로 봄이 타당하다.’,‘이 사건 회사가 이 사건 주식을 취득 즉시 소각한 사정에 비추어 볼 때 이 사건 회사의 자기주식 취득과정, 소각과정 등의 의결내용에 대한 제반 서류 제출 없이, 원고가 제출한 이 사건 계약서의 내용만으로 이 사건 거래의 목적이 단순 양도에 해당한다는 원고의 주장은 이유 없다.’는 취지의 사유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다.

사. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2024. 4. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 8. 20. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

      1) 앞서 본 바와 같이 이 사건 거래로 인한 소득은 1,796,858,060원이나, 2018년 귀속 종합소득세 경정청구서(을 제5호증)에 의하면 원고는 경정청구 시 그 소득(양도차액)을 1,795,438,060원으로 잘못 산정한것으로 보인다.

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고의 주장

원고는 이 사건 주식을 종국적으로 제3자 내지 C에게 매각하는 것을 전제로 진정한 양도의사에 기하여 이 사건 거래를 한 것이고, 이 사건 회사 역시 법인매각 또는 사업양수도를 원활하게 진행하기 위한 목적에서 상법 제341조의2 제2호에 따라 이 사건 주식을 양수한 것이다. 원고는 이 사건 회사가 이 사건 주식을 매입 내지 양수한 후 소각할 것을 예상하지 못하였으며, 이 사건 회사의 대표이사 C가 원고와의 약정을 어기고 자신의 이익을 위해 일방적으로 이 사건 회사가 양수한 이 사건 주식을 소각한 후 원고로부터 배당소득세를 원천징수하였을 뿐인바, 이 사건 거래로 인한 소득은 양도소득으로 보아야 한다.

4. 판단

가. 관계 규정 내지 관련 법리

1) 국세기본법 제14조는 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다(제2항).’, ‘제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다(제3항).’고 규정하고 있다.

2) 주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는지 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는지는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 단순히 당해 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두19628 판결 참조). 그리고 의제배당은 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출되지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등의 형식으로 사내에 유보된 이익이 소득세법 제17조 제2항 각 호 소정의 사유로 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제하여 과세하는 것을 의미한다(대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두4587 판결 참조).

나. 인정사실

아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거, 갑 제8호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

1) 원고는 2015. 10. 17. 이 사건 회사로부터 16억 원을 변제기 2016. 1. 26.으로정하여 차용하였으며, 이 사건 회사에게 위 차용금 채무를 담보하기 위해 원고가 보유한 이 사건 회사의 주식 1,000주(발행주식의 50%)에 관하여 질권(이하 ‘이 사건 질권’이라 한다)을 설정해주었으나, 위 차용금 채무의 변제기가 도래하였음에도 이를 변제하지 못하였다.

2) 이 사건 계약의 주요 내용은 아래와 같다.

전 문

원고(양도인)는 본 계약 체결일 현재 이 사건 회사(양수인)의 주식을 이 사건 회사의 자사주로 편입하였고, 그 정산을 위하여 본 계약을 체결하고자 한다.

1.1 대상주식의 자사주 편입 사실

원고는 2015. 10. 27. 본인이 보유한 50%의 이 사건 회사 주식(이하 이 사건 계약에 한하여 ‘대상주식’이라 한다)에 질권을 설정하고, 금 1,600,000,000원(십육억원)을 이 사건 회사로부터 차용한 사실이 있으며, 변제기일까지 변제를 하지 못하여 부득이 이 사건 회사에서 본건 대상주식에 대한 질권을 실행하여 이 사건 회사가 위 주식을 자사주로 취득한 사실에 대하여 당사자간 다툼이 없으며, 아무런 당사자간 법적 이의를 제기하지 않기로 합의한 사실이 존재한다.

1.2 대상주식의 양수도

본 계약이 정하는 조건에 따라, 이 사건 회사는 본 계약 체결일인 2018년 3월 16일 원고에게 본 계약에 정한 방식으로 각 지급일정에 따라 양수도대금을 지급하기로 하고, 원고는 그에 따라 이 사건 회사에게 대상주식의 소유권을 이전한다.

1.3 총 양수도대금

원고가 대상주식을 이 사건 회사에게 양도하는 대가로 이 사건 회사가 원고에게 지급하는 금원은 총15,000,000,000원(150억원)으로 한다. 다만, 본 계약체결일에 우선적으로 이 사건 회사는 원고에게1,798,278,060원을 지급하고 그에 상응하는 대상주식 284주(2017년 12월 31일 현재 상속세 및 증여세법에 의해 평가된 주당 6,331,965원으로 주식수를 산정함)를 양도하되, 그 대금은 이 사건 회사에 대하여 1.1항에서 언급한 원고의 채무 중 2017년 12월 31일 잔액 1,519,871,557원과 즉시 상계처리하고 이 사건 회사에 대한 명의개서를 종국적으로 확정한다.

1.4 본 계약을 통한 자사주 취득 및 처리 주총 위임동의

본 계약은 이 사건 회사의 자기주식취득과 관련된 내용으로 상법 제341조에 의하여 주총결의를 거쳤음을 확인한다. 이에 대하여 원고는 현재 이 사건 회사가 회사의 권리 실행을 위하여 그 목적달성을 위해 취한자사주로 의결권을 행사하지 못하였으나 본 계약으로 인해 1.3항에 따른 권리 실행을 통한 상계처리 이외의 주식[716주]에 대하여 명의개서를 회복한다. 단 본 계약을 위한 사전주총결의에 대하여 이의를 제기하지 아니하며, 의결권 주식 전원의 동의에 의하여 본 계약이 체결되었음을 확인한다.

2.3 양도 거래 종결 전 의결권 행사 합의

원고는 본건 거래에 따라 주식양도절차가 종결(이 사건 회사에 명의개서 이전) 되기 전이라고 하더라도 본 계약 체결 후에는 주주총회에서 대주주인 대표이사 C에게 의결권 행사에 관한 주주로서의 권리를 위임하도록 한다.

3.2 계약상 지위의 양도

원고는 본 계약상의 당사자 지위 또는 그에 따른 권리 및 의무를 제3자에게 양도하지 못한다. 다만,이 사건 회사는 자사주 편입 이외에 다른 방식으로 제3자에게 주식을 매각할 수 있고, 이 경우 그 주식의 매매대금은 이 사건 회사 및 대표이사 C의 결정에 따른다. 그러나 제3자에게 매각하는 경우라고 하더라도 본 계약에서 정한 총 양수도대금인 150억원보다 낮은 금액에 매각할 수는 없다.

4.1 이 사건 회사 주식의 양수도 일정

본 계약에 따라 원고의 주식을 이 사건 회사에게 양도함에 있어 다음과 같은 일정에 의한다.

양수도 일정 : 매 사업년도 정기주총일

양수도 금액 : 매 사업년도 당기순이익의 30%에 상응하는 금액 (단, 회사사정에 따라 상법에서 정하는 한도이내에서 추가적으로 주식을 양수도할 수 있으며, 원고는 이에 응할 의무가 있음)

4.2 이 사건 회사의 매수의 의사표시

본 계약에 따라 이 사건 회사가 대상주식의 비율을 정하여 양수하겠다는 의사표시를 할 경우 원고는 그 의사표시의 내용에 따라 본 계약에 규정된 원고의 이행사항을 이행한다.

4.3 이 사건 회사 주식의 제3자 매각

본 계약 3.2항에 따라 이 사건 회사가 원고의 자사주 편입 후 잔존 대상주식을 제3자에게 매각할 수 있으며, 제3자 매각시 이 사건 회사의 대표이사인 C가 우선매수권을 갖는다. 그러나 그 매각대금은 본 계약에서 정한 총 양수도대금 150억원을 기준으로 이보다 낮은 평가금액을 정하지 못한다.

3) 원고가 제출한 2018년 귀속 종합소득세 신고서에 첨부된 배당소득명세서에는 이 사건 회사로부터 배당액 1,796,858,060원을 지급받았으며, 이와 관련하여 251,560,120원의 소득세가 원천징수되었다고 기재되어있다.

4) 이 사건 회사는 2019. 11. 12. 96주, 2023. 8. 29. 245주를 원고로부터 양수한 즉시 소각하였으며, 2019. 11. 19. 및 2023. 11. 15. 각각 발행주식 총수를 변경하는 등기를 마쳤다.

5) 원고는 이 사건 회사에 대하여 서울중앙지방법원 2021가합572362호로 주식양수도대금 청구의 소를 제기하여 이 사건 계약에 따른 양도대금의 지급을 구하였으며,위 소송(이하 ‘관련 소송’이라 한다)은 위 법원의 2023. 7. 26. 자 화해권고결정에 대하여 양 당사자가 이의를 제기하지 않아 2023. 8. 19. 확정되었다.

다. 구체적 판단

관계 규정 및 관련 법리의 내용에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한사실, 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 이 사건 계약의 체결 목적 내지 경위, 그 내용, 이 사건 거래의 경과, 당사자의 의사 등 제반사정을 종합해 보면, 이 사건 거래는 주식소각방법에 의한 자본감소절차의 일환으로 이루어진 것으로서 주주인 원고에 대한 자본의 환급에 해당하므로 그로 인하여 원고가 얻은 소득은 의제배당소득이라고 봄이 타당한바, 이와 같은 전제에 선 이 사건 거부처분에 위법이 있다고 할 수 없다.

1) 이 사건 계약의 전문에서 ‘원고는 본 계약 체결일 현재 이 사건 회사의 주식을 이 사건 회사의 자사주로 편입하였고, 그 정산을 위하여 본 계약을 체결하고자 한다.’고 해당 계약의 체결 목적 내지 경위를 밝히고 있는데, 이에 의하면 이 사건 계약은 이 사건 회사가 이 사건 질권을 실행하여 원고가 보유한 이 사건 회사의 주식 1,000주를 취득함으로써 원고에 대한 대여금 채권의 만족을 받고, 위 주식 취득에 따른 정산으로서 원고에게 주식양수도대금을 지급을 하기 위해 체결된 것으로 보인다[원고 역시 관련 소송에서도 같은 취지로 주장한 바 있다(갑 제8호증 화해권고결정정본 제14면 2) )].따라서 이 사건 계약에 따라 이루어진 이 사건 거래는 원고가 이 사건 회사에 대하여 부담하고 있는 차용금 채무 내지 가지급금 반환의무를 이행하기 위한 것이라고 봄이 상당하다.

2) 원고는 원고가 보유하였던 이 사건 회사의 주식 전부를 제3자 내지 C에게 매도하는 것을 전제하고 이 사건 계약을 체결하였다고 주장하고 있으나, 이 사건 계약 제4.3항의 문언 해석상 이 사건 회사가 원고로부터 취득한 주식을 제3자에게 매각할 수도 있다는 가능성을 규정한 것에 불과한 점, 이 사건 계약 제4.1항에서 매 사업연도별로 이 사건 회사의 당기순이익의 30%에 상응하는 금액에 해당하는 주식만을 양도하기로 정한 점, 앞서 본 이 사건 계약 전문의 내용, 관련 소송에서의 원고의 주장에 비추어 볼 때, 갑 제4 내지 6호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함하며, 이하 같다)만으로 원고의 위 주장을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

3) 상법 제341조의 규정에 의하면, 주식회사는 거래소에서 시세가 있는 주식이 아닌 경우 각 주주가 가진 주식 수에 따라 균등한 조건으로 자기주식을 취득할 수 있을 뿐이며, 예외적으로 상법 제341조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 특정 주주로부터 자기주식을 취득할 수 있다. 주식회사가 자기주식을 취득할 수 있는 경우로서 상법 제341조의2 제2호가 규정하고 있는 ‘회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 때’라 함은 회사가 그 권리를 실행하기 위하여 강제집행, 담보권의 실행 등을 함에 있어 채무자에게 회사의 주식 이외에 재산이 없을 때 회사가 자기주식을 경락 또는 대물변제로 취득하는 경우 등을 말하는데(대법원 2006. 10. 12. 선고 2005다75729 판결 등 참조), 이 사건 거래 당시 원고가 무자력이었다고 볼 만한 사정은 없으며(대법원 1977. 3. 8. 선고 76다1292 판결 등 참조), 달리 상법 제341조의2각 호에 해당하는 경우에 해당한다고 보기도 어려우므로, 이 사건 회사가 원고로부터 이 사건 주식을 취득하여 보유하는 것은 상법상 허용되지 않는바, 이 사건 회사로서는 이 사건 거래로 취득한 이 사건 주식을 그 즉시 소각할 수밖에 없었기 때문에 이 사건주식은 이 사건 회사가 취득 후 소각하는 것이 예정되어 있었다고 할 수 있다.

4) 이 사건 회사가 이 사건 주식을 소각한 후 2018. 4. 12. 법인등기부 등본에 발행주식의 총수를 기존 2,000주에서 1,716주로 변경하는 등기를 마쳤기에 원고는 이 사건 주식이 소각되었다는 사실을 충분히 알 수 있었음에도 이와 관련하여 이 사건 회사에 어떠한 이의도 제기한바 없고, 특히 원고는 이 사건 회사로부터 배당액1,796,858,060원을 지급받았으며 이에 관한 251,560,120원의 소득세가 원천징수되었다는 내용의 배당소득명세서를 첨부하고 2018년 귀속 종합소득세 과세표준에 배당소득 1,796,858,060원을 포함하여 산정한 2018년 귀속 종합소득세를 스스로 신고 및 납부하였는바, 원고도 이 사건 거래의 실질이 자본의 환급에 해당한다는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보인다.

5) 이 사건 거래 이후에도 이 사건 회사는 이 사건 계약에 따라 취득한 원고 보유의 이 사건 회사 주식을 모두 소각해오고 있다.

5. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.