1. 제1심판결 중 피고 00시 BB구청장에 대한 부분을 취소하고, 원고의 피고 00시 BB구청장에 대한 소를 각하한다.

2. 피고 BB세무서장의 항소를 기각한다.

3. 원고와 피고 BB세무서장 사이에 생긴 항소비용은 피고 BB세무서장이 부담하고, 원고와 피고 00시 BB구청장 사이에 생긴 소송 총비용은 원고가 부담한다.

1. 청구취지

피고 BB세무서장이 2021. 4. 13. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 1,000,000,000원과 100,000,000의 각 경정처분 및 피고 00시 BB구청장이 2021. 4. 16. 원고에게 한 2016년 귀속 지방소득세 100,000,000원과 10,000,000원의 각 경정처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 피고 BB세무서장

제1심판결 중 피고 BB세무서장에 대한 부분을 취소하고, 원고의 피고 BB세무서장에 대한 청구를 기각한다.

나. 피고 00시 BB구청장

주문 제1항과 같다.

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고치거나 추가하고, 제2항과 같이 원고의 피고 00시 BB구청장에 대한 소의 적법 여부에 관한 판단을 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제4쪽 5행부터 6행의 “경정ㆍ고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).”를 “경정ㆍ고지하였다(이하 피고 BB세무서장의 양도소득세 경정처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).”로, 제1심판결 제5쪽 표 아래 12, 13행, 제6쪽 10행, 제9쪽 7, 19행, 제11쪽 16행의 각 “이 사건 각 처분”을 “이 사건 처분”으로 각 고친다.

○ 제1심판결 제5쪽 표 아래 10행, 제9쪽 6, 12, 17, 21행, 제10쪽 2행의 각 “피고들”을 “피고 BB세무서장”으로 각 고친다.

○ 제1심판결 제5쪽 아래에서 5행부터 제6쪽 9행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

“나. 피고 BB세무서장

이 사건 조항의 적용 대상인 ‘가업상속공제가 적용된 자산’은 ‘상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식(이하 ‘가업법인 주식’이라 한다) 전체‘를 의미하고, 구 상증세법 제18조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제15조 제5항 제2호의 ‘가업상속 재산’이란 위 ‘가업상속공제가 적용된 자산’과 구분되는 별개 개념으로서 ‘개개의 가업법인 주식 중 사업관련비율에 해당하는 부분’을 의미한다. 따라서 이 사건 물납 주식은 원고가 상속받은 가업법인 주식으로서 ‘가업상속공제가 적용된 자산’에 해당하므로 위 주식의 양도차익을 계산할 때 그 취득가액을 이 사건 조항에 따라 계산하여야 하고, 이 경우 가업상속공제적용률은 사업관련비율인 28%이다.

*피고 BB세무서장은 이 사건 처분 당시 감사원의 지적에 따라 가업상속공제적용률을 28%로 적용하여 양도소득세액을 계산하였는데, 이 사건 제1심과 당심에서는 원고에게 적용된 가업상속공제적용률이 100%임에도 관련 규정을 오해하여 가업상속공제적용률을 28%로 적용하여 이 사건 처분을 하였다고 주장하다가, 이 법원에서 제출한 2025. 9. 4. 자 준비서면을 통해 이 사건 조항에 따라 가업상속공제적용률을 28%로 산정한 것은 정당하다는 취지로 가업상속공제적용률에 관한 주장을 변경하였다.

원고는 이 사건 주식을 임의로 가업상속 재산에 해당하는 주식과 가업상속 재산에 해당하지 않는 주식으로 구분하여 가업상속 재산에 해당하지 않는 주식만 물납하였다고 주장하나, 이와 같은 구분은 법률상 근거가 없을 뿐 아니라 가업상속 재산의 개념에도 어긋나며, 납세자의 임의적인 구분에 따라 양도소득세의 감경 여부가 결정되는 결과를 초래하여 조세법률주의 원칙 및 가업상속공제 제도의 취지에도 반한다.”

○ 제1심판결 제7쪽 아래에서 6행의 괄호 부분을 삭제한다.

○ 제1심판결 제9쪽 4행과 5행 사이에 아래 내용을 추가한다.

“즉, 구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따라 가업상속 재산가액과 한도액(200억 원 내지 500억 원) 가운데 더 적은 금액을 상속세 과세가액에서 공제하므로, 이 사건 조항에 따르면 가업상속 재산가액이 한도액에 미달하여 그 전액에 대해 가업상속공제가 적용된 경우 양도된 가업상속 재산 전부에 대하여 피상속인의 취득가액을 적용하여 양도차익을 계산하고, 가업상속 재산가액이 한도액을 초과하여 한도액만큼만 가업상속공제가 적용된 경우 양도된 가업상속 재산 중 실제로 공제가 이루어진 한도액 부분에 대하여만 피상속인의 취득가액을 적용하여 양도차익을 계산하게 된다.

4) 앞서 본 바와 같이 이 사건 조항에 의하면 가업상속공제적용률은 ‘가업상속공제가 적용된 자산의 가액 중 가업상속공제가 적용된 비율’을 의미하는데, 가업상속공제적용률은 구 소득세법 시행령 제163조의2 제3항에 따라 ‘상증세법 제18조 제2항 제1호에 따라 상속세 과세가액에서 공제한 금액을 같은 항 제1호에 따른 가업상속 재산가액으로 나눈 비율’에 의하여 산정하여야 한다. 그런데 원고의 경우 가업상속 재산가액이 16,000,000,000원이고, 공제 한도액이 300억 원(15년 이상 20년 미만 경영)이므로, 가업상속 재산가액이 공제 한도액보다 작아 가업상속 재산가액 전액을 공제받을 수 있어 ‘상속세 과세가액에서 실제 공제된 금액’과 ‘가업상속 재산가액’이 일치하므로, 원고에게 적용되는 가업상속공제적용률은 100%이다. 그런데도 피고 BB세무서장은 가업상속공제적용률 산정방법을 규정한 구 소득세법 시행령 제163조의2 제3항과 달리 원고에게 적용된 가업상속공제적용률이 사업관련비율에 해당하는 28%임을 전제로 이 사건 물납 주식의 양도에도 이 사건 조항이 적용되어야 한다고 주장하나, 피고 BB세무서장의 가업상속공제적용률 관련 주장은 구 소득세법 시행령 제163조의2 제3항의 문언에 반하여 받아들일 수 없다.

5) 피고 BB세무서장은 이 사건 조항의 적용 대상인 ‘가업상속공제가 적용된 자산’이란 ‘상속받은 가업법인 주식 전체’를 의미하는 개념으로서 구 상증세법 제18조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제15조 제5항 제2호의 ‘가업상속 재산’과는 구분되는 별개의 개념이라고 주장한다. 그러나 앞서 본 구 소득세법령의 문언과 체계 및 가업상속공제 제도의 입법 취지, 소득세법상 양도소득 산정의 기초가 되는 ‘자산’은 양도의 목적물 내지 대상을 지칭하는 것으로 상속세법상 ‘재산’과 달리 볼 이유가 없는 점 등을 종합하여 볼 때 ‘가업상속공제가 적용된 자산’이란 구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속 재산과 동일한 개념으로서 가업법인 주식의 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 주식을 의미하는 것으로 해석함이 타당하고, 피고 BB세무서장의 주장과 같이 위 각 개념이 서로 다른 법령에 규정되어 있다거나 그 문언(‘자산’과 ‘재산’)에 차이가 있다는 등의 이유를 들어 양자가 그 의미를 달리하는 것으로 해석하기에는 무리가 있다.

6) 주식은 개개 주식의 권리 내용이 같아 동일한 가치를 지니므로, 가업상속 재산에 해당하는 주식과 해당하지 아니한 주식을 수량적으로 분할하여 관리․처분하는 것이 가능하다. 이에 반하여 토지, 건물 등 부동산은 위치, 면적 등에 따라 개별 부동산의 가치가 달라져 가업상속 재산에 해당하는 부동산과 해당하지 아니한 부동산을 수량적으로 분할하기 어려우므로, 상속재산에 속하는 개별 부동산을 공유지분 등 비율적으로 분할하여 관리․처분하는 것이 일반적이다. 또한 구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호는 가업상속 재산의 의미를 ‘상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식 등(해당 주식 등의 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 것)’으로 규정하고 있는바,(2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정된 상증세법 시행령 제15조 제5항은 상증세법 제18조 제2항 제1호의 “가업상속 재산가액”의 의미에 관하여 규정하면서 같은 항 제2호에서 ‘｢법인세법｣을 적용받는 가업: 가업에 해당하는 법인의 주식 등의 가액(해당 주식 등의 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 것을 말한다)’이라고 정하고 있으나, 이는 개정 전 구 상증세법 시행령에서 ‘가업상속 재산’의 의미를 정하고 있던 것과 달리 2016. 2. 5. 개정된 상증세법 시행령에서는 ‘가업상속 재산가액’의 의미를 정하게 됨에 따라 이루어진 문언의 변경으로 보일 뿐, 구 상증세법상 ‘가업상속 재산’의 의미를 달리 보아야 할 사정에 해당한다고 보기 어렵다.) 문언상 상속재산에 포함된 가업법인 주식 가운데 일정한 수량의 주식(즉, 가업법인 주식의 총 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 수량의 주식)이 가업상속 재산에 해당하는 것으로 해석하는 것이 보다 자연스럽고, 피고 BB세무서장의 주장과 같이 개개의 가업법인 주식을 비율적으로 분할한 부분이 가업상속 재산에 해당하는 것으로 해석할 합리적인 이유를 찾기 어렵다.

나아가 이 사건 조항의 입법 취지는 ‘가업상속공제가 적용된 자산 부분’에 대하여는 피상속인의 취득가액을 적용하여 양도차익을 계산하도록 하여 피상속인의 보유기간 동안의 자본이득에 대하여 양도소득세를 부과하기 위함인데, 앞서 본 구 상증세법령의 문언 및 주식이 갖는 재산적 특성 등에 비추어 볼 때 이 사건 조항이 규율하고자 하는 ‘가업상속공제가 적용된 자산 부분’이란 ‘가업법인 주식 가운데 가업상속공제의 적용대상이 된 일정 수량의 주식’을 의미한다고 보는 것이 보다 합리적이다.

결국 ‘가업상속공제가 적용된 자산’ 및 ‘가업상속 재산’은 모두 상속받은 가업법인주식의 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 수량의 주식을 의미하며, 상속인이 그와 같은 수량의 주식을 가업상속 재산으로 구분하여 관리해 왔다면 해당 주식을 양도하는 경우에만 이 사건 조항이 적용된다고 봄이 타당하다.

7) 구 상증세법 제18조 제5항 제1호는 가업상속공제를 받은 상속인이 상속개시일부터 10년 내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 가업용 자산의 100분의 20 이상을 처분하거나 주식 등을 상속받은 상속인의 지분이 감소하는 등 같은 호 각목의 어느 하나에 해당하게 된 경우, 가업상속공제를 받은 금액에 해당일까지의 기간을 고려하여 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 상속개시 당시의 상속세 과세가액에 산입하여 상속세를 부과한다고 정하고 있다. 그러나 이와 같은 규정은 피상속인이 영위하던 가업을 상속인이 승계한 것으로 보아 가업상속공제를 적용하였으나 사후적으로 상속인이 가업용 자산을 처분하거나 가업법인에 대한 상속인의 지배력이 감소ㆍ상실되는 등 일정한 사유가 발생할 경우 당초에 공제하였던 상속세를 추징하여야 한다는 취지에 불과할 뿐, 가업상속공제의 대상인 ‘가업상속 재산’의 의미와는 무관하다. 따라서 위와 같은 규정 내용이 가업상속 재산의 범위를 상속받은 가업법인 주식 전체로 확장하여 해석하여야 할 근거가 된다고 보기 어렵다.”

○ 제1심판결 제10쪽 3행 “않고 있다.” 다음에 아래 내용을 추가한다.

“또한 이 사건 조항은 ‘가업상속공제가 적용된 자산이 양도된 경우’를 전제로 그러한 경우의 자산의 취득가액 산정방법을 정할 뿐이고, 이 사건 조항을 비롯하여 구 소득세법령, 구 상증세법에서는 가업법인 주식을 양도한 경우에 양도되는 주식의 우선순위를 정하거나, 가업상속공제가 적용된 주식이 우선적으로 양도된다는 취지로 규정하고 있지 않다. 이와 같이 가업법인 주식의 양도 순서에 관하여 법령상 근거가 없는 이상 과세관청에 임의로 양도되는 주식의 순위를 정할 수 있는 권한이 있다고 보기 어렵다.”

○ 제1심판결 제11쪽 8행 “없는 점”과 “등에 비추어” 사이에 아래 내용을 추가한다.

“, ③ 국세청과 기획재정부도 상속인이 보유한 가업법인 주식에 가업상속공제를 받은 주식과 가업상속공제를 받지 아니한 주식을 구분하여 관리․처분함이 가능함을 전제로 ‘가업상속공제를 받지 아니한 주식 일부를 사후관리기간 내에 처분하더라도 사후관리 위반에 해당하지 않는다’는 취지의 유권해석을 한 적이 있는 점(갑 제4호증의 1, 2)”

○ 제1심판결 제11쪽 9행과 10행 사이에 아래 내용을 추가한다.

”5) 피고 BB세무서장은 원고가 가업상속 재산을 임의로 구분하여 관리하는 것이 조세회피만을 목적으로 하는 것이므로 인정될 수 없고, 납세자의 임의적인 구분에 따라 양도소득세의 감경 여부가 결정되는 것은 조세법률주의 원칙 및 가업상속공제 제도의 취지에도 반한다고 주장한다. 살피건대 가업상속공제 제도는 상속세를 면제하는 것이 아니라 가업상속 재산에 대하여는 상속세 납부를 유예하였다가 추후 해당 자산을 양도할 경우 피상속인의 취득가액을 적용하여 계산된 양도소득세를 부과하는 데에 그 본질이 있으므로, 원고가 추후 이 사건 주식 가운데 가업상속 재산에 해당하는 주식을 양도할 경우에는 이 사건 조항에 따라 피상속인의 취득가액을 적용하여 계산된 양도소득세를 납부하여야 한다. 따라서 원고가 가업상속공제의 대상이 되지 아니한 이 사건 물납 주식을 우선적으로 양도하여 이 사건 조항의 적용을 면하였다는 사정만으로는 원고가 양도소득세를 회피하였다고 볼 수 없으므로, 원고의 임의적인 재산 구분에 따라 양도소득세의 감경 여부가 좌우되었다고 평가하기에도 무리가 있다.

6) 원고가 피고 BB세무서장에게 제출한 가업상속공제신고서(을가 제4호증)의 ‘가업상속재산 명세’ 란에 주식의 수량이 36만 주(이 사건 주식 전체의 수량)로 기재되어 있기는 하다. 그러나 원고가 위 기재의 우측에 주식의 가액으로 18,000,000,000원(원고가 당초에 가업상속 재산가액으로 신고한 금액이다)을 기재하고, 첨부된 가업상속재산명세서에 이 사건 주식의 총 가액과 사업관련비율 등 위 가액의 산출근거를 상세히 기재한 점, 원고가 가업상속공제신고 이후 주권대장을 통해 이 사건 주식 가운데 가업상속 재산인 주식을 별도로 구분하여 관리하여 온 점 등에 비추어 볼 때, 가업상속공제신고 당시 원고의 의사가 이 사건 주식 전체를 가업상속 재산으로 취급하고자 하는 것이었다고 추단하기 어렵다. 나아가 가업상속 재산의 가액 및 수량은 구 상증세법 제18조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제15조 제5항 제2호 등에 따라 일률적으로 산출되는 것이므로, 원고의 주관적 의사에 따라 가업상속 재산의 범위가 좌우된다고 볼 수도 없다.“

○ 제1심판결 제11쪽 16행부터 제12쪽 2행까지의 괄호 부분을 삭제한다.

○ 제1심판결 제16쪽 4행과 5행 사이에 아래 내용을 추가한다.

”■ 구 지방세법(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것)

제86조(납세의무자 등)

① 소득세법에 따른 소득세 또는 법인세법에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항에 따른 지방소득세 납부의무의 범위는 소득세법과 법인세법에서 정하는 바에 따른다.

제103조(과세표준)

① 거주자의 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 개인지방소득세 과세표준과 구분하여 계산한다.

② 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제92조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제103조의7(과세표준 확정신고와 납부)

① 거주자가 소득세법 제110조에 따라 양도소득과세표준 확정신고를 하는 경우에는 해당 신고기한까지 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준과 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 확정신고ㆍ납부하여야 한다.

제103조의59(지방소득세 관련 세액 등의 통보)

① 세무서장 또는 지방국세청장(이하 이 조에서 "세무서장 등"이라 한다)은 소득세의 부과ㆍ징수 등에 관한 자료를 행정자치부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 구분에 따른 기한 내에 대통령령으로 정하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다.

5. 국세기본법 또는 소득세법에 따라 소득세를 환급한 경우: 환급한 날이 속하는 달의 다음달 15일. 다만 소득세법 제70조, 제71조, 제74조 및 제110조에 따른 과세표준 확정신고에 따라 소득세를 환급하는 경우에는 신고를 받은 날이 속하는 달의 다음 달 1일부터 2개월

③ 지방자치단체의 장은 제1항 제5호 및 제2항 제5호에 따른 통지를 받은 경우 해당 소득세 및 법인세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다.“

2. 피고 00시 BB구청장에 대한 소의 적법 여부에 관한 판단

가. 피고 00시 BB구청장의 본안전 항변 요지

피고 BB세무서장이 원고에게 한 양도소득세 경정처분이 취소되어 소득세가 환급될 경우 피고 00시 BB구청장은 해당 소득세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생할 경우 이를 원고에게 환급하여야 한다. 따라서 원고는 피고 BB세무서장을 상대로 양도소득세 경정처분의 취소판결을 받으면 될 뿐, 피고 00시 BB구청장을 상대로 지방소득세 경정처분의 취소를 구하는 것은 소의 이익이 없어 부적법하다.

나. 판단

구 지방세법(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제86조 제1항은 ‘소득세법에 따른 소득세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다’고 규정하고 있고, 같은 법 제103조 제2항은 ‘양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제92조에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다. 또한 구 지방세법 제103조의7 제1항에 따르면 거주자가 소득세법 제110조에 따라 양도소득과세표준 확정신고를 하는 경우에는 해당 신고기한까지 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 확정신고ㆍ납부하여야 한다.

한편, 구 지방세법 제103조의59 제1항 제5호, 제3항에 따르면, 세무서장 또는 지방국세청장은 국세기본법 또는 소득세법에 따라 소득세를 환급한 경우 원칙적으로 환급한 날이 속하는 달의 다음 달 15일 내에 대통령령으로 정하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 하고, 지방자치단체의 장이 위 통보를 받은 경우 해당 소득세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다.

이와 같은 지방소득세의 관련 규정에 비추어 보면, 소득세법상 양도소득세 납세의무자는 양도소득에 대한 개인지방소득세를 납부할 의무가 발생하고, 양도소득에 대한 개인지방소득세의 과세표준은 양도소득세의 과세표준과 동일하므로, 양도소득세 부과처분과 함께 개인지방소득세 부과처분이 이루어진 경우 특별한 사정이 없는 한 개인지방소득세 부과처분의 위법사유를 다투는 납세의무자로서는 관할 세무서장을 상대로 한 항고소송에서 양도소득세 부과처분의 취소판결을 받으면 충분하고, 이와 별도로 개인 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기할 필요가 없다(대법원 2023. 8. 18. 선고 2023두40588 판결 참조).

따라서 원고로서는 피고 BB세무서장을 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 외에 피고 00시 BB구청장을 상대로 지방소득세 경정처분의 취소를 별도로 구할 소의 이익이 있다고 보기 어려우므로, 원고의 피고 00시 BB구청장에 대한 소는 부적법하다.

3. 결론

가. 원고의 피고 00시 BB구청장에 대한 소는 부적법하므로 각하하여야 한다.

제1심판결 중 피고 00시 BB구청장에 대한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고 00시 BB구청장의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 00시 BB구청장에 대한 부분을 취소하고, 원고의 피고 00시 BB구청장에 대한 소를 각하한다.

나. 원고의 피고 BB세무서장에 대한 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결 중 피고 BB세무서장에 대한 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고 BB세무서장의 항소는 이유 없어 기각한다.