1. 처분개요

가. 청구인은 2023.6.22. 사망한 A(청구인의 모친, 이하 “피상속인”이라 한다)의 상속인이다.

한편, 피상속인은 배우자 B(청구인의 부친)의 사망으로 2011.4.1. 서울특별시 동대문구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 상속받아 취득하였고, 2021.5.27. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후 다주택 중과세율(일반세율 42% + 20%)을 적용하여 산정한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구인은 피상속인이 2011.4.1. 취득한 쟁점주택은 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 「소득세법」 부칙 제14조(이후 2009.5.21. 법률 제9672호 및 2010.12.27. 법률 제10408호로 재차 개정된 것으로, 이하 “쟁점부칙”이라 한다)의 적용대상으로, 쟁점주택의 양도소득에 대해 일반세율을 적용하여야 한다는 취지로 2025.4.1. 처분청에 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.5.22. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 피상속인이 쟁점주택을 취득한 시기는 2011.4.1.이므로, 쟁점부칙에서 정한 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지’ 기간 이내이므로 쟁점 부칙에 따라 일반세율이 적용되어야 한다.

 처분청은 국세청의 기존해석사례와 관련 예규(부동산거래관리과-236, 2010.2.11.)에 비추어 동일세대원으로부터 상속 또는 증여받은 주택은 쟁점부칙이 적용되지 않는다고 주장하나,

 쟁점부칙의 내용에는 취득기간의 제한만이 있을 뿐 그 취득의 원인에 대해서는 별도의 제한을 두고 있지 않으므로 동일세대원으로부터 상속 또는 증여받은 주택에 해당한다 하여 쟁점부칙의 적용대상이 아니라고 보는 것은 부당하다.

 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것OOO이다.

 따라서 쟁점주택의 양도소득은 쟁점부칙에 따른 일반세율을 적용대상에 해당하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 상속으로 취득한 쟁점주택은 개정취지 등에 비추어 볼 때 일반세율 적용대상에 해당하지 않는다.

 기획재정부는 2008.12.5. “2008년 세제개편안 국회 재정위 의결” 보도참고자료를 배포하면서, 주택거래 활성화 및 부동산 세제를 정상화 하기 위해 2년간(2009.1.1.～2010.12.31.) 양도하거나 취득한 주택에 대해 거래 동결 효과(Lock-in Effect)를 해소하기 위해 다주택자 중과세율을 완화한다고 발표하였고,

 이에 대해 해당기간 중 상속 또는 증여를 원인으로 취득한 주택이 ‘거래 동결 효과(Lock-in Effect)’를 해소하는 세제개편 취지에 합당한지 논쟁이 있었으며, 이에 대한 국세청 예규는 아래와 같다.

 이는 별도 세대원 간에 주택의 이전이 이뤄지면 그 취득 원인이 무엇이든 간에 세제개편 취지에 부합한 ‘거래 동결 효과(Lock-in Effect)’를 해소하므로 일반세율을 적용할 수 있고, 동일 세대원간에 상속 또는 증여를 원인으로 주택의 이전이 이루어지는 경우, 이는 세대 내 주택의 이전에 불과하여 ‘거래 동결 효과(Lock-in Effect)’를 해소하는 것으로 볼 수 없다고 판단하여, 당초대로 중과세율을 적용해야 한다고 해석한 것이다.

 피상속인은 동일 세대원 간에 상속으로 쟁점주택을 취득하여 ‘거래 동결 효과(Lock-in Effect)’를 해소하고자 한 세제개편 취지에 부합하지 않으므로 쟁점주택의 양도소득은 일반세율 적용대상에 해당하지 않는다.

 (2) 피상속인은 쟁점주택의 취득 당시 1세대 2주택자에 해당하므로 일반세율 적용대상에 해당하지 않는다.

 피상속인은 쟁점주택의 취득 당시 1세대 2주택을 보유한 다주택자에 해당하여 일반세율을 적용할 수 없고, 쟁점주택의 취득시기가 쟁점부칙에서 정한 기간 내에 있다고 하여 일반세율 적용대상으로 인정한다면 세제개편안의 취지에 부합하지 않을뿐더러, 당초부터 다주택자인 피상속인에게 되려 세제혜택을 주는 과세 형평에 어긋난 불합리한 결과를 초래하게 된다.

 따라서 당초부터 다주택자에 해당하면서 동일 세대간 상속으로 취득한 쟁점주택에 대해 일반세율을 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 상속으로 취득한 쟁점주택의 양도가 쟁점부칙에 따른 일반세율 적용대상인지 여부

나. 관련 법률

 (1) 국세기본법

 제24조(상속으로 인한 납세의무의 승계) ① 상속이 개시된 때에 그 상속인[「민법」 제1000조, 제1001조, 제1003조 및 제1004조에 따른 상속인을 말하고, 「상속세 및 증여세법」 제2조제5호에 따른 수유자(受遺者)를 포함한다. 이하 이 조에서 같다] 또는 「민법」 제1053조에 규정된 상속재산관리인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이 납부할 국세 및 강제징수비를 상속으로 받은 재산의 한도에서 납부할 의무를 진다.

⑥ 피상속인에게 한 처분 또는 절차는 제1항에 따라 상속으로 인한 납세의무를 승계하는 상속인이나 상속재산관리인에 대해서도 효력이 있다.

 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 (2) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것)

 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

   제55조 제1항에 따른 세율

 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

   양도소득과세표준의 100분의 40

 2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

   양도소득과세표준의 100분의 50

 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

   양도소득과세표준의 100분의 60

 2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)

   양도소득과세표준의 100분의 60

부칙＜제9270호, 2008.12.26. 개정된 후 2009.5.21.ㆍ2010.12.27. 개정사항이 반영된 것＞

 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. <개정 2010. 12. 27.>

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

 (3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것)

 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

   제55조 제1항에 따른 세율

 4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

   양도소득 과세표준의 100분의 60

 5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)

   양도소득 과세표준의 100분의 60

 (4) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정된 것)

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

   제55조 제1항에 따른 세율

 4. 삭제 <2014. 1. 1.>

 5. 삭제 <2014. 1. 1.>

 6. 삭제 <2014. 1. 1.>

 7. 삭제 <2014. 1. 1.>

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율 중 높은 세율을 적용한다.

 1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

 2. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우의 해당 주택

 3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

 4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

 (5) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것)

 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

    제55조 제1항에 따른 세율

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 1. 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 (6) 민법

제1005조(상속과 포괄적 권리의무의 승계) 상속인은 상속개시된 때로부터 피상속인의 재산에 관한 포괄적 권리의무를 승계한다. 그러나 피상속인의 일신에 전속한 것은 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 쟁점주택은 2000.4.19. B 명의로 소유권이전등기가 되었고, 2011.3.30. 협의분할로 인한 상속을 원인으로 2011.4.1. 피상속인의 명의로 소유권이전등기가 경료되었다.

  (나) 처분청이 제출한 주민등록표등본 등의 자료를 살펴보면, 피상속인은 2018.7.23. 피상속인의 자녀 C 세대로 전입한 것으로 나타나고, 쟁점주택의 양도 당시 피상속인의 세대는 조정지역 내 2주택과 조합원입주권을 보유한 것으로 나타난다.

<표1> 쟁점주택의 양도일 현재 피상속인 세대의 주택보유현황

ㅇㅇㅇ

  (다) 피상속인은 2021.5.27.쟁점주택을 OOO원에 양도하였다.

  (라) 쟁점부칙은 2008.12.26. 개정시 최초로 규정된 후 2009.5.21. 및 2010.12.27. 법률 개정 시 재차 개정(아래 <표2> 기재)되었고, “2008년 간추린 개정세법(기획재정부 발간)”을 살펴보면, 개정이유로 거래동결효과(Lock-in Effect)를 해소하고자 2년간 양도하거나 취득한 주택에 대해 다주택 중과를 완화한다는 내용이 기재되어 있다.

<표2> 쟁점부칙 관련 개정내용

 (2) 국세청 예규(부동산납세과-909, 2017.8.11.)에 따르면 ‘쟁점부칙을 적용함에 있어 취득이라 함은 매매 뿐만 아니라 교환・상속・증여 등의 사유에 의한 경우도 포함한다’고 회신한 것으로 나타난다.

ㅇㅇㅇ

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

 처분청은 부동산 거래동결효과 해소를 위해 쟁점부칙이 입법되었으므로 그 취지에 비추어 피상속인이 동일세대원으로부터 상속받아 취득한 쟁점주택은 쟁점부칙의 적용대상이 아니고, 다주택자인 경우에는 동 부칙이 적용되지 않는다는 의견이나,

 쟁점부칙이 시행될 당시의 「소득세법」 제104조 제1항에서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여는 일반세율보다 높은 세율(양도소득 과세표준의 100분의 60)을 적용하도록 규정하고 있었고, 쟁점부칙이 신설․개정되면서 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득’에 대하여는 일반세율을 적용하는 것으로 특례를 둔 점, 피상속인이 쟁점주택을 취득한 시기는 2011.4.11.로, 쟁점부칙에서 규정한 취득기간(2009.3.16.〜2012.12.31.) 내에 있고, 쟁점부칙은 일반세율을 적용하는 자산의 취득기간의 제한만을 규정하고 있을 뿐, 상속을 제외하거나 다른 주택이 없을 것을 요구하고 있지 아니한 점OOO, 국세청의 관련 예규OOO에서도 쟁점부칙의 적용에 있어 취득에는 매매뿐만 아니라 교환・상속・증여 등도 포함한다고 해석한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 양도소득을 쟁점부칙의 적용대상에 해당하지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.