1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다

피고가 2023. 4. 10. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 179,477,930원 및 2019년 귀속 종합소득세 261,690,010원의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 2017년 귀속 양도소득세 신고·납부

1) 원고는 2016. 2. 26. ○○ ○○구 ○○동 00 대 707.9㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 제1토지 지상에 지상 4층 규모의 철근콘크리트구조 다가구주택 건물 2채(이하 ‘이 사건 제1건물’이라 하며, 이 사건 제1토지와 합하여 ‘이 사건 제1부동산’이라 통칭 한다)를 신축하여 2016. 9. 21. 이 사건 제1건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

이후 원고는 2017. 10. 23. 한국○○○○○○에게 이 사건 제1토지를 661,355,575원, 이 사건 제1건물을 1,079,247,950원(= 각 건물 양도가액 539,623,975원 × 2채), 합계 1,740,603,525원에 매도하였으며, 위 매매에 따라 2017. 11. 1. 매수인인 한국○○○○○○ 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 제1양도행위’라 한다).

2) 원고는 2017. 12. 8. 이 사건 제1부동산에 관하여 과세표준을 ’51,896,625원‘으로, 세율을 ’24%‘로, 양도소득세액을 ’7,235,190원‘으로 기재한 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하여 위 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 원고의 2019년 귀속 양도소득세 신고·납부

1) 원고는 2018. 4. 19. ○○시 ○○동 00 대 452.9㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 제2토지 지상에 지상 4층 규모의 철근콘크리트구조 단독주택(이하 ‘이 사건 제2건물’이라 하며, 이 사건 제2토지와 합하여 ‘이 사건 제2부동산’이라 통칭한다)을 신축하여 2018. 12. 26. 이 사건 제2건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

이후 원고는 2018. 12. 28. 한국○○○○○○에게 이 사건 제2토지를 302,197,525원, 이 사건 제2건물을 888,367,500원, 합계 1,190,565,025원에 매도하였으며, 위 매매에 따라 2019. 1. 10. 매수인인 한국○○○○○○ 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 제2양도행위’라 한다).

2) 원고는 2018. 7. 27. ○○시 ○○동 1182-5 대 440.6㎡(이하 ‘이 사건 제3토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 제3토지 지상에 지상 4층 규모의 철근콘크리트구조 단독주택(이하 ‘이 사건 제3건물’이라 하며, 이 사건 제3토지와 합하여 ‘이 사건 제3부동산’이라 통칭한다)을 신축하여 2019. 8. 29. 이 사건 제3건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

이후 원고는 2019. 10. 11. 한국○○○○○○에게 이 사건 제3토지를 308,530,100원, 이 사건 제3건물을 908,199,900원, 합계 1,216,730,000원에 매도하였으며, 위 매매에 따라 2019. 11. 1. 매수인인 한국○○○○○○ 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 제3양도행위’라 한다).

3) 또한 원고는 2018. 6. 15. ○○시 ○○동 1213-1 대 491.6㎡(이하 ‘이 사건 제4토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이후 원고는 2019. 10. 11. 한국○○○○○○에게 이 사건 제4토지를 343,136,750원에 매도하였다(이하 ‘이 사건 제4양도행위’라 한다).

4) 이후 원고는 2019. 2. 13. 이 사건 제2부동산에 관하여 과세표준을 ’24,836,428원‘으로, 세율을 ’40%‘로, 양도소득세액을 ’9,934,571원‘으로 기재한 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하여 위 양도소득세 및 가산세 43,948,694원을 신고·납부하였으며, 2019. 11. 29. 이 사건 제3부동산 및 이 사건 제4토지에 관하여 과세표준을 ’-13,649,758원‘으로, 세율을 ’40%‘로, 양도소득세액을 ’0원‘으로, 환급세액을 ’9,934,571원‘으로 기재한 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하였다.

다. 피고의 원고에 대한 양도소득세 조사 및 종합소득세부과 처분

피고는 2021. 7. 26.부터 2021. 8. 13.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 원고가 주택 신축 부지를 취득하여 주택 신축 후 단기간에 토지 및 주택 양도행위를 반복하는 등 부동산매매업을 영위하였으므로 이 사건 제1 내지 4양도행위(이하 ’이 사건 각 양도행위‘라 한다)로 인한 소득은 양도소득이 아니라 사업소득에 해당한다는 이유로, 원고에 대하여, 2023. 4. 10. 2017년 귀속 종합소득세 179,477,930원, 2019년 귀속 종합소득세 261,690,010원을 각 결정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

라. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 대한 이의신청을 거쳐 2023. 11. 8. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2024. 3. 25. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 원고는 이 사건 제1 내지 3양도행위를 포함하여 2013. 7. 1.부터 2023. 4. 10.까지 약 10년 동안 총 5차례 부동산 양도행위를 하였으며, 이 사건 제1 내지 3건물(이하 ’이 사건 각 건물‘이라 한다)을 임대사업 목적으로 신축하였고, 실제로 이 사건 각 건물에 관하여 다수의 임대차계약을 체결하였다. 또한 원고는 한국○○○○○○의 적극적인 매도제의에 따라 이 사건 각 양도행위를 하였고, 특히 이 사건 제2양도행위는 이 사건 제2건물의 임대사업 부진으로 인한 경제적 어려움에 기인한 것에 불과하다. 위와 같은 사정들을 종합하여 볼 때, 원고의 이 사건 각 양도행위는 사업목적과 사업의 계속성 및 반복성이 인정되지 않으므로 부동산매매업에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이를 사업소득에 해당한다는 이유로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 설령 이 사건 각 양도행위를 부동산매매업으로 보아 과세한다고 하더라도, 이 사건 제2건물의 취득가액을 확인할 수 없는 이 사건 제2양도행위에 대해서는 추계과세의 방법으로, 이 사건 제3부동산의 취득 및 양도가액이 모두 증빙된 이 사건 제3양도행위에 대해서는 실지조사의 방법으로 과세표준을 결정하여야 한다. 따라서 이 사건 제2내지 4양도행위를 하나의 사업소득으로 보아 추계과세의 방법으로 2019년 귀속 종합소득세 과세표준을 결정한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

다. 피고는 원고의 이 사건 각 양도행위에 따른 2017년 및 2019년 귀속 양도소득세 신고·납부에 관하여 상당 기간 별다른 이의를 제기하지 않았는데 이는 위 양도소득세의 신고·납부에 문제가 존재하지 않는다는 공적인 견해표명에 해당한다. 원고는 위 공적인 견해를 신뢰하여 양도소득세를 납부하였으나, 피고가 약 3~5년여가 지난 상황에서 원고에 대해 종합소득세를 과세하는 것은 신뢰보호원칙에 위반된다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 각 양도행위가 부동산매매업의 영위에 해당하는지 여부

1) 관련 법리

부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 함에 있어서는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 할 것이다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2004두3700 판결, 2001. 4. 24. 선고 99두5412 판결 등 참조). 또한 부동산의 거래행위가 사업소득세 및 부가가치세 과세요건인 부동산매매업에 해당하는지 여부는 그 거래행위가 수익을 목적으로 하고, 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 비추어 가려져야 할 것이고, 부가가치세법 시행규칙 제2조 제2항은 부동산매매업으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정한 것에 불과하여 그 부동산 거래가 전체적으로 사업목적 하에 계속성과 반복성을 갖고 이루어진 이상 위 규정상의 판매횟수에 미달하는 거래가 발생하였다고 하더라도 그 과세기간 중에 있은 거래의 사업성이 부정되는 것이 아니다(대법원 1996. 2. 3. 선고 95누10969 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

이 사건 처분의 경위 및 앞서 든 증거들에 갑 제16, 17호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들을 고려하면, 원고의 이 사건 각 양도행위는 객관적으로 보아 수익 목적과 사업 활동으로서의 계속성․반복성을 인정할 수 있어 그 양도로 인한 소득은 사업소득에 해당한다고 할 것이다.

가) 원고와 원고의 배우자 진○○ 및 원고의 자녀 김○○의 2016년부터 2019년까지의 부동산 취득 및 양도 내역은 다음 표 기재와 같고, 진○○ 명의의 건물이 이 사건 제4토지와 함께 한국○○○○○○에게 양도된 점, 김○○ 명의의 토지와 그 지상 건물이 원고의 이 사건 제2양도행위와 같은 날 한국○○○○○○에게 양도된 점 등에 비추어볼 때, 진○○ 및 김○○의 각 부동산 양도행위가 이 사건 각 양도행위와 무관하다고 단정할 수 없다.

나) 원고가 이 사건 제1 내지 4토지(이하 ’이 사건 각 토지‘라 한다)를 취득한 후 이 사건 각 건물을 신축하여 이를 양도할 때까지의 소요 기간이 최단 9개월 내지 최장 1년 5개월에 불과하고, 이 사건 각 양도행위의 상대방은 모두 한국○○○○○○이며, 그 양도의 규모나 양도가액의 합계액 또한 적지 아니하다.

다) 나아가 원고는 이 사건 제3건물을 2019. 8. 22. 취득하고, 2019. 11. 1. 이 사건 제3부동산과 이 사건 제4토지를 양도하였는바, 이는 부가가치세법상 부동산매매업을 판단하는 기준인 '1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매한 경우'에 해당하고, 그렇게 보지 않더라도 부가가치세법 시행규칙 제2조 제2항 제2호는 부동산매매업으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정한 것에 불과하여 그 부동산거래가 전체적으로 수익목적 하에 계속성과 반복성을 갖고 이루어진 이상 위 규정상의 판매횟수에 미달하는 거래가 발생하였다고 하더라도 그 과세기간 중에 있은 거래의 사업성이 부정되는 것은 아니다.

라) 또한 원고는 2015. 4. 16.부터 2018. 12. 7.까지 부동산업(주택신축 판매업, 부동산 임대업, 부동산 중개업) 및 부동산 컨설팅업을 목적으로 하는 유한회사 ○○엔씨(이하 '○○엔씨'라 한다)를 설립·운영하다가, 2018. 12. 7. ○○엔씨를 폐업한 뒤 2019. 4. 3.부터 ○○엔씨와 동일한 업종으로 유한회사 ○○건설(이하 '○○건설'이라 한다)을 설립·운영하였다. 비록 그 영업활동에 따른 수입신고가 이루어지지는 아니하였지만, 원고가 이 사건 각 건물을 신축하여 판매할 목적으로 그 연장선상에서 ○○엔씨 및 ○○건설을 설립하였고 봄이 타당하다.

마) 이에 대하여 원고는 부동산 임대업을 영위하기 위하여 이 사건 각 건물을 신축하였고, 실제 세입자들과 사이에 임대차계약을 체결한 사실도 존재한다고 주장하나, 주택신축 판매업을 위해 신축한 건물에 세입자들과 임대차계약 등을 체결하여 신축 건물이 양도되기 전까지 사업비용을 충당하는 것은 이례적이지 않고(실제로 이 사건 제1건물에 관한 임대차계약 15건 중 1건만이 월세계약이며 나머지는 전세계약이었으며, 이 사건 제3건물에 관한 임대차계약 8건 중 2건만이 월세계약이며, 나머지는 모두 전세계약이었다), 부동산 매매업자가 부동산 보유기간 동안 임대업을 하였더라도 이는 부동산 매매 사업 활동의 일환에 불과하며, 원고가 부동산임대사업자등록을 하거나 임대소득을 따로 신고한 사실도 없는 점 등을 종합하여볼 때, 원고의 주장은 이유없다.

나. 2019년 귀속 종합소득세 과세표준 결정을 위한 추계조사 방법의 타당성

1) 관련 법리

가) 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 참조).

나) 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 소득세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없다(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결).

2) 구체적 판단

이 사건 처분의 경위 및 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들을 고려하면, 이 사건 제2 내지 4부동산에 관하여 추계과세의 방법으로 2019년 귀속 종합소득세 과세표준을 결정한 피고의 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.

가) 피고는 다음과 같이 이 사건 제2 내지 4양도행위를 단일한 과세목적물로 보아 각 부동산 양도가액을 합하여 수입금액을 산정하였고, 주요경비(이 사건 제2 내지 4토지 취득가액, 취득세, 기타비용 및 이 사건 제3건물에 관한 도급비용 등의 총합) 및 기준경비(수입금액 × 기준경비율 12.4%)를 총 경비로 보아 수입금액에서 이를 공제하는 방식인 추계과세의 방법으로 2019년 종합소득세 결정세액을 산정하였다

나) 원고는 이 사건 제2건물 신축 공사와 관련한 세금계산서 등의 발행을 통해 관련 공사비 지출을 용이하게 증빙할 수 있었으며, 이를 통해 이 사건 제2건물의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지거래가액으로 신고하는 등 이 사건 제2건물을 실지조사의 방법으로 과세표준을 결정할 수 있게 하는 방법이 있음에도 불구하고 위와 같은 증빙자료를 전혀 제출하지 않은 채, 오히려 이 사건 제2양도행위 이후 2019. 2. 13. 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하며, 이 사건 제2건물에 관하여 실지거래 가액이 아닌 환산가액으로 신고하였고, 이후 2020. 11. 27. 이 사건 제2건물에 관한 취득가액을 환산가액이 아닌 감정가액으로 정정하는 내용의 경정청구를 하였다.

다) 앞서 살핀 바와 같이, 이 사건 제2 내지 4양도행위가 부동산매매업에 해당하는 이상 각 부동산에 대한 양도소득세가 아닌 2019년 귀속 종합소득세가 과세되어야 하므로, 이 사건 제2건물과 이 사건 제3건물은 단일한 과세목적물에 해당하여 실지조사와 추계조사의 방법을 혼합하여 취득가액을 산정할 수 없다. 따라서 이 사건 제3건물의 실지취득가액 산정이 가능하여 이 사건 제3양도행위에 관하여는 실지조사 방법에 의한 과세표준 결정이 가능하다고 하더라도, 이 사건 제2건물의 취득가액 산정 등 실지조사에 필요한 장부와 증빙서류가 존재하지 않고 달리 이를 입증할 수 있는 방법이 없는 한, 이 사건 제2 내지 4양도행위는 별도의 구분 없이 하나의 추계조사의 방법으로 2019년 귀속 종합소득세를 과세표준을 결정하는 것이 타당하다.

다. 신뢰보호원칙 위반 여부

일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하는데, 피고는 이 사건 각 양도행위와 관련하여 원고 스스로 양도소득세 신고 및 이에 기초하여 계산된 양도소득세액을 피고에게 납부하도록 한 것에 불과하고, 피고가 원고의 양도소득세 신고·납부 이후 이 사건 양도소득세 조사가 있기 전까지 특별한 처분을 하지 않은 것이 위 양도소득세 신고·납부에 하자가 없다거나 이 사건 각 양도행위에 따른 소득을 양도소득으로 본다는 피고의 공적인 견해표명이라 볼 수도 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.