서 울 행 정 법 원

사 건 2023구단61588 양도소득세부과처분취소

원 고 AAA

피 고 **세무서장

변 론 종 결 2024. 12. 18.

판 결 선 고 2025. 1. 22.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 11. 1. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다¹⁾.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 10. 30. BBB(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 ***시 *** 대 712㎡(이하 ‘이 사건 합병 전 토지’라 한다) 및 그 지상 6층 건물(이하 ‘이 사건 증축 전 건물’이라 하고, 이 사건 합병 전 토지와 합하여 ‘이 사건 제1 부동산’이라 한다)에 관하여 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 2007. 11. 23. 이 사건 제1 부동산에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2007. 11. 23. ***시 *** 대 68㎡ 및 같은 동 *** 대 23㎡(이하 합하여 ‘이 사건 제2 부동산’이라 한다)를 각 취득하였고, 이 사건 제2 부동산은 2008. 9. 24. 같은 동 144 대 803㎡(이하 ‘이 사건 합병 후 토지’라 한다)로 합병되었다.

다. 원고는 2008. 10. 9. 이 사건 증축 전 건물의 1층을 48.97㎡에서 71.59㎡로 증축하고 7층 117.21㎡를 증축하였다(이하 ‘이 사건 증축 후 건물’이라 하고, 증축 부분을 ‘이 사건 제3 부동산’이라 한다).

라. 원고는 2021. 2. 3. 이 사건 합병 후 토지 및 이 사건 증축 후 건물을 2,340,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하고, 2021. 4. 30. 취득가액을 1,949,377,472원(= 이 사건 제1 부동산 1,847,430,000원 + 이 사건 제2 부동산 50,000,000원 + 이 사건 제3 부동산 82,890,569원), 양도가액을 2,340,000,000원으로

하여 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 신고ㆍ납부하였다.

마. 피고는 2021. 7. 19.부터 2021. 8. 27.까지 양도소득세 조사를 실시한 후, 이 사건 제1 부동산의 취득가액을 1,420,000,000원으로 보아 2021. 11. 1. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’ 이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 소외 회사와 이 사건 제1 부동산에 관하여 실제 매매대금을 1,832,430,000원으로 하되, 그 매매대금 중 1,343,930,000원은 실제로 지급하고 나머지 매매대금 488,500,000원은 동액 상당의 임차인들에 대한 임대차보증금반환채무를 인수하며, 다만 매매계약서에는 매매대금을 1,420,000,000원으로 기재하기로 합의하여 이 사건 매매계약을 체결하였고, 그에 따라 원고는 2007. 10. 30.부터 2007. 11. 23.까지 소외 회사에 합계 1,343,930,000원(= 2007. 10. 30. 자기앞수표 450,000,000원 및 텔레뱅킹 95,000,000원 + 2007. 11. 5. 자기앞수표 529,630,000원 + 2007. 11. 23. 자기앞수표 269,300,000원)을 지급하였고, 나머지 매매대금 488,500,000원은 동액 상당의 임차인들에 대한 임대차보증금반환채무를 인수하였다.

이처럼 원고가 이 사건 제1 부동산을 취득한 실지거래가액은 1,832,430,000원임에도, 피고는 미흡한 세무조사 결과에 따라 원고가 이 사건 제1 부동산을 취득한 실지거래가액을 1,420,000,000원으로 보고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분에는 실질과세의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위반한 위법이 있어 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법리

양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 참조).

한편 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자

로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 참조). 필요경비의 구체적인 항목에 대한 증명에 관하여 그 증명의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 증명의 필요를 돌리는 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우 등을 가리키는 것이다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결, 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 증거들과 갑 제1, 5, 7호증, 을 제2 내지 7호증의 각 기재 및 이 법원의 주식회사 우리은행에 대한 2024. 7. 24. 자 금융거래정보 제출명령 결과에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 제1 부동산의 취득 당시 실지거래가액은 ‘부동산거래계약 신고필증’에 기재된 거래가격인 1,420,000,000원이라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 같은 전제에 선 이 사건

처분은 적법하고, 거기에 원고가 주장하는 실질과세의 원칙이나 신의성실의 원칙에 위반한 위법이 있다고 볼 수 없다.

가) 구 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률(2008. 6. 13. 법률 제9127호로 개정되기 전의 것) 제27조 제1항은 거래당사자가 부동산 등에 관한 매매계약을 체결한 때에는 부동산 등의 실제 거래가격 등 대통령령이 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 60일 이내에 매매대상 부동산 소재지의 관할 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하도록 하고 있고, 같은 조 제3항은 신고를 받은 시장ㆍ군수 또는 구청장은 그 신고내용을 확인한 후 신고필증을 신고인에게 즉시 교부하도록 하고 있는데, 같은 조 제4항은 신고필증을 교부받은 때에는 매수인은 부동산등기 특별조치법 제3조 제1항의 규정에 의한 검인을 받은 것으로 본다고 규정하고 있다. 그리고 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 4. 9. 선고 93누2353 판결 참조).

그런데 ***시장이 2007. 11. 13.경 발급한 ‘부동산거래계약 신고필증’에는 이 사건 매매계약의 거래가격이 1,420,000,000원(= 계약금 120,000,000원 + 중도금 500,000,000원 + 잔금 800,000,000원)이라고 기재되어 있고, 계약체결일이 2007. 10. 30., 중도금 지급일이 2007. 11. 5., 잔금 지급일이 2007. 11. 23.이라고 기재되어 있다(갑 제5호증 16쪽 참조). 이 사건 제1 부동산에 관한 등기사항전부증명서에도 이 사건 매매계약의 거래가액이 1,420,000,000원이라고 기재되어 있다.

나) 원고는 이 사건 제1 부동산을 취득하고 2007. 11. 23. 이 사건 제1 부동산의 과세표준액을 1,420,000,000원으로 하여 취득세 28,400,000원 등을 납부하였다. 소외 회사의 2007 사업연도 법인세 신고서상 표준손익계산서의 유무형자산처분이익에 102,330,370원이 계상되어 있고, 표준대차대조표의 토지 대변에 385,112,000원, 건물 대변에 932,557,630원이 각 계상되어 있는데, 위 각 금액을 합산하면 1,420,000,000원(= 102,330,370원 + 385,112,000원 + 932,557,630원)이 된다.

다) 피고는 2021. 7. 28. 원고의 이 사건 제1 부동산 취득 당시 소외 회사의 대표이사로 재직하였던 CCC에게 이 사건 매매계약서 및 그 매매대금 수령 증빙을 제출할 것을 요청하고, 2021. 8. 20. CCC에게 양도소득세 조사 관련 출석 요청을 하였는데, CCC는 2021. 8. 23. 피고에게 ‘그때 판 금액이 14억 원인지, 15억 원인지 정확하게 기억나지 않는다’고 회신하였다.

라) 원고의 주장과 같이 소외 회사와 이 사건 제1 부동산에 관하여 실제 매매대금을 1,832,430,000원으로 하되, 그 매매대금 중 1,343,930,000원은 실제로 지급하고 나머지 매매대금 488,500,000원은 동액 상당의 임차인들에 대한 임대차보증금반환채무를 인수하며, 다만 매매계약서에는 매매대금을 1,420,000,000원으로 기재하기로 합의하여 이 사건 매매계약을 체결하였다고 볼 만한 매매계약서, 약정서 등의 처분문서가 제출되지 않았다(만일 원고와 소외 회사 사이에 다운계약서를 작성하기로 하였다면, 실제매매계약서나 최소한 실거래가격을 확인할 수 있는 확인서 등을 작성하는 것이 경험칙에 부합한다고 할 것인데, 그에 대한 자료가 전혀 없다).²⁾

위 1,343,930,000원 중 원고가 2007. 10. 30. 소외 회사에 텔레뱅킹으로 지급한 95,000,000원 외에 나머지 1,248,930,000원(= 1,343,930,000원 – 95,000,000원)은 원고의 계좌에서 자기앞수표로 발행된 내역이 확인될 뿐, 소외 회사에 지급되었다고 볼 만한 객관적인 자료가 없을 뿐만 아니라, 원고가 주장하는 위 1,248,930,000원의 지급일별 지급 금액이 ‘부동산거래계약 신고필증’에 기재된 계약금과 중도금 및 잔금의 지급일별 액수와 일치하지도 아니하므로, 위 1,248,930,000원이 전부 실제 이 사건 매매계약에 따른 매매대금으로 지급된 것인지 불분명하다.

원고는 488,500,000원의 임대차보증금반환채무를 인수하기로 하였다는 증거로 아래 표 기재와 같은 내용의 임대차계약서 38부를 제출하였으나, 그중 임대차계약서 10부는 임차인의 서명 또는 날인이 없거나, 원고의 이 사건 제1 부동산 취득 당시(2007. 11. 23.) 이미 임대차기간이 만료된 점³⁾ , 원고가 제출한 **은행 계좌(계좌번차계약서상 임차인 명의나 개별 호수 명의로 월 차임이 입금된 경우는 총 15건으로 보이는 점⁴⁾ , 원고가 2007년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 표준대차대조표상 임대차보증금 액수는 199,000,000원에 불과한 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 매매계약체결 시 488,500,000원의 임대차보증금반환채무를 인수하였다고 보기 어렵다.

[표 생략]

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.