1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 3. 16. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 종합소득세 000,000,000원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거에다가 이 법원에 제출된 각 증거를 보태어 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원의 판결이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고, 원고가 이 법원에서 추가한 주장에 관하여 아래 제2항과 같이 추가 판단하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제5쪽 아래에서 3행의 “없다.” 다음에 아래 내용을 추가한다.

『특히 원고는 사업용 부동산의 양도에 관하여 양도소득세 감면 요건이 갖추어진 경우에도 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후문을 적용하여 필요경비인 부동산의 취득가액을 계산하는 것은 부당하다고도 주장하나, 사업소득과 양도소득은 소득세법상 계산 및 과세 방식 등을 달리하는 별개의 개념인바, 양도소득세 감면 요건의 충족 여부에 따라 사업소득의 필요경비 계산에 관한 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후문의 적용 여부가 결정되어야 한다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.』

○ 제1심판결 제5쪽 아래에서 2행부터 제6쪽 2행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『6) 원고는 이 사건 신주택을 건축하여 분양한 것은 비사업용으로 취득한 이 사건 각 부동산을 현물출자한 것과 실질적으로 동일하므로, 그 출자 시점으로 볼 수 있는 이 사건 건물의 철거 당시를 기준으로 필요경비를 계산해야 한다고도 주장한다. 그러나 원고가 사업자등록 전후로 이 사건 토지 및 이 사건 신주택을 계속해서 보유하다가 개인사업자의 지위에서 이 사건 신주택을 분양하였는바, 이를 원고가 이 사건 각 부동산을 조합 등에 현물출자한 것과 동일하게 취급할 수 없고, 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후문에서 정한 바와 달리 이 사건 각 부동산의 취득 시점이 아니라 이 사건 건물의 철거 시점을 기준으로 사업소득의 필요경비를 계산하여야 할 합리적 이유도 찾기 어렵다. 원고가 근거로 드는 대법원 1985. 5. 28. 선고 84누545 판결 등의 법리는 조합원의 재산을 조합에 현물출자함으로써 해당 재산의 소유권이 변동된 경우에 관한 것으로, 이 사건에 그대로 적용하기에는 적절치 않다.』

2. 추가 판단

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 2001. 11. 19. AAA으로부터 이 사건 각 부동산을 4억 2,000만 원에 매수하였으므로, 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후문에 따르더라도 사업소득의 필요경비인 이 사건 각 부동산의 취득가액은 4억 2,000만 원으로 계산되어야 한다.

2) 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)는 다음과 같이 원고의 재산권 및 평등권을 침해하여 위헌․무효이므로, 이에 근거한 이 사건 처분 역시 위법하다.

가) 이 사건 시행령 조항은 사업용 부동산의 양도에 관하여 양도소득세 감면 요건이 갖추어진 경우에도 예외 없이 해당 부동산의 취득가액을 기준으로 사업소득의 필요경비를 계산하도록 함으로써, 양도소득세 감면의 효과를 소급하여 박탈하는 효과를 발생시킨다.

나) 사업소득의 총수입금액에 해당하는 부동산의 양도가액을 해당 부동산의 시가를 기준으로 계산하는 경우에도 부동산의 취득가액 계산에 있어서는 해당 부동산의 시가가 아닌 감정가액 내지 상증세법 제61조에 따른 평가액 등을 기준으로 하는 것은 과세형평에 어긋나 불합리함에도, 이 사건 시행령 조항에서는 이러한 경우에 관한 예외 규정을 두고 있지 아니하다.

다) 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용하는 것은 현물출자와 실질적으로 동일한데, 현물출자의 경우 출자 당시의 가액을 기준으로 필요경비 계산이 이루어짐에도 불구하고, 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용하는 경우에는 이 사건 시행령 조항에 따라 부동산의 취득가액을 기준으로 필요경비 계산이 이루어진다. 이는 개인사업자가 주택을 신축하여 판매하는 경우와 조합을 설립하여 공동으로 사업을 수행하는 경우를 부당하게 차별 취급하는 것일 뿐 아니라, 이 사건 시행령 조항의 적용 대상인 건물건설업과 부동산 개발 및 공급업을 그 이외의 업종과 부당하게 차별 취급하는 것이다.

나. 판단

1) 이 사건 각 부동산의 취득가액이 4억 2,000만 원이라는 주장에 관한 판단

앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 부동산의 2001. 11. 19. 당시 취득가액이 4억 2,000만 원이라는 원고의 주장은 받아들이기 어렵고, 이 사건 각 부동산의 취득가액이 불분명함을 전제로 한 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다.

원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 우병근 작성의 사실관계확인서(갑 제6호증의 1)는 이 사건 건물의 세입자였던 BBB이 AAA으로부터 ‘원고가 4억 2,000만 원에 이 사건 건물을 매입하였다’는 말을 들었다는 내용에 불과할 뿐 아니라, 그 작성 일자도 이 사건 각 부동산의 취득일로부터 20년 이상 경과한 2023. 1.경이므로, 그 기재 내용을 믿기 어렵다.

나) 전입세대 열람 내역(갑 제6호증의 2)은 2019. 5. 7. 당시 이 사건 건물의 전입세대 세대주 내역 등이 기재된 서류에 불과하고, 영수증(갑 제7호증)에도 원고가 이 사건 건물을 철거할 당시 해당 건물의 세입자들에게 지급한 전세금 액수만이 기재되어있을 뿐이어서, 위 각 서류의 기재 내용을 살펴보더라도 2001. 11. 19. 당시 이 사건 각 부동산의 취득가액을 추단할 수 없다.

다) 그 밖에 기록상 나타난 자료들만으로는 이 사건 각 부동산의 취득가액을 파악할 수 없다. 더욱이 원고가 국세심사 과정 및 제1심에서는 이 사건 각 부동산의 취득가액이 불분명하다는 점을 전제로 2019년 기준 간이평가액 또는 2010년 기준 감정평가액을 기준으로 이 사건 각 부동산의 취득가액을 산정하여야 한다고 주장하다가, 이 법원에 이르러 비로소 이 사건 각 부동산의 취득가액이 4억 2,000만 원이라는 주장을 추가하고 있는 점에 비추어 보면, 그와 같은 원고의 주장을 받아들이기 어렵다.

2) 이 사건 시행령 조항의 위헌 여부에 관한 판단

앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 시행령 조항이 원고의 재산권 및 평등권을 침해하여 위헌이라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

가) 이 사건 시행령 조항은 사업소득의 필요경비 계산에 관한 규정에 해당하고, 사업소득과 양도소득은 소득세법상 계산 및 과세 방식 등을 달리하는 별개의 개념이다. 사업으로서 행하는 부동산의 양도가 외견상 소득세법에서 정한 양도소득세 감면요건을 충족하였다고 하더라도, 부동산의 양도에 의하여 발생한 소득이 양도소득이 아닌 사업소득에 해당하는 이상 양도소득세 감면에 관한 규정은 당초부터 적용될 여지가 없다. 따라서 이 사건 시행령 조항을 기초로 산정된 사업소득에 대하여 종합소득세가 부과된다고 하더라도, 원고의 주장과 같이 양도소득세 감면의 효과가 소급하여 소멸하는 결과가 발생한다고 볼 수 없다.

나) 이 사건 시행령 조항은 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 경우 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 구 소득세법 시행령 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다고 정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제89조 제1항은 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세․등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 하되(제1호), 취득가액이 불분명한 경우 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세․등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 한다고 정하고 있으며(제3호), 이에 따라 자산의 취득가액이 불분명한 경우에는 소득세법 시행규칙 제48조 및 구 법인세법 시행령 제89조 등에서 정한 바와 같이 감정평가업자의 감정가액, 상증세법 제61조 내지 제66조에 따른 평가액 등을 기준으로 필요경비를 계산하게 된다. 이와 같이 이 사건 시행령 조항 및 소득세법령은 원칙적으로 부동산의 실제 취득가액을 기준으로 필요경비를 계산하도록 하면서 취득가액이 불분명한 경우에 한하여 취득가액에 준하는 것으로 볼 수 있는 감정가액, 평가액등을 기준으로 필요경비를 계산하도록 하고 있다. 이러한 소득세법령상 필요경비의 계산 방법이 합리성을 결여하여 납세자의 재산권을 침해한다거나 차별 취급을 초래한다고 볼 만한 사정이 없고, 부동산의 실제 취득가액이 아니라 감정가액 또는 상증세법 제61조에 따른 평가액 등을 기준으로 사업소득의 필요경비가 계산된다고 하여 총수입금액에 산입되는 부동산의 양도가액 역시 실제 양도가액이 아닌 감정가액이나 평가액 등을 기준으로 계산되어야 한다고 해석할 합리적 이유도 찾기 어렵다.

다) 개인사업자가 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용하는 경우에는 해당 부동산의 소유권이 동일인에게 귀속되어 변동되지 않는다는 점에서, 조합원 내지 사원 소유 부동산의 현물출자가 이루어져 해당 부동산이 조합이나 법인의 소유로 변동되는 경우와 본질적으로 동일하다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 시행령조항에서 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용하는 경우 해당 부동산의 취득가액을 기준으로 필요경비를 계산하도록 정하고 있다고 하여 개인사업자를 조합 내지 법인과 차별 취급하는 것이라고 볼 수 없고, 건물건설업과 부동산 개발 및 공급업을 그 외의 업종과 차별 취급하는 것이라고 볼 수도 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.