1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 7. 11. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 673,338,037원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1974. 2. 11. EE FF구 GG동 000-00 대 112.4㎡를 매매를 원인으로, 1996. 10. 17. EE FF구 GG동 0000-00 대 350.1㎡를 유증을 원인으로 각 취득한 후 (위 두 필지 토지가 2005. 4. 22. 합병되어 EE FF구 GG동 1266-16 대 462.5㎡로 되었다. 이하 ‘이 사건 토지’라고 한다), 위 토지 지상에 지하 1층, 지상 6층 규모의 상가건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 1998. 6. 24. 사용승인과 1998. 8. 3. 원고 명의로 소유권보존등기를 마치고 위 건물에서 ‘BB개발’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하였다.

나. 원고는 2021. 6. 4. 주식회사 CC개발에 이 사건 토지 및 건물을 매매대금 9,157,500,000원에 매도하고 2021. 6. 22. 주식회사 CC개발 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

다. 원고는 2021. 7. 31. 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 양도가액을 8,702,999,889원(매매대금 중 부가가치세법령에 따라 토지와 건물의 가액을 안분한 금액에서 건물분에 해당하는 부가가치세 454,500,111원을 차감한 금액)으로, 취득가액을 3,775,173,802원 이 사건 토지 취득가액 662,855,510원＋이 사건 건물 취득가액 3,112,318,292원(환산취득가액 3,328,201,268원－감가상각 누계액 215,882,976원) 으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 1,477,534,180원을 신고·납부하였다.

라. DD지방국세청장은 이 사건 건물 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하지 않는다고 보아 원고가 신고한 이 사건 건물의 환산취득가액을 부인하고 위 건물의 장부가액 958,829,782원(이하 ‘이 사건 장부가액’이라 한다)을 실지거래가액으로 적용하여 위 장부가액에서 감가상각 누계액 215,882,976원을 차감한 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 부과하도록 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 2023. 7. 11. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 937,022,960원(가산세 포함)을 증액하여 경정·고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 12. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 5. 29. 원고의 심판청구를 일부 받아들여 ‘원고가 이 사건 건물을 신축하며 지출한 소액공사비 147건 합계 668,285,964원을 건물 취득가액에 포함하여 과세표준 및 세액을 경정한다’는 취지의 결정을 하였다.

바. 피고는 2024. 6. 14. 조세심판원 위 결정에 따라 원고에게 아래 표와 같이 2021년 귀속 양도소득세를 당초 937,022,961원에서 673,338,037원으로 감액하여 재경정·고지하였다(이하 2023. 7. 11. 자 양도소득세 937,022,960원 증액경정처분 중 재경정처분으로 감액되고 남은 673,338,037원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 6, 7호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 장부가액은 관련 증빙이 국세청 통합전산에서 확인한 세금계산서 수취내용뿐으로 그 금액은 이 사건 건물의 총공사비 중 극히 미미한 금액이고, 원고가 직접 도급을 하여 시공한 비계공사, 조적공사, 미장공사, 창호공사, 바닥공사, 방수공사, 타일 공사, 석공사, 조경공사, 설비공사, 인테리어공사, 인건비 등의 주요 공사비용이 누락되어 있어 이 사건 장부가액을 이 사건 건물의 실지거래가액으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 건물은 그 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 당초 원고가 신고한 대로 환산취득가액을 적용하여 양도소득을 산정하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

소득세법 제96조, 제97조 및 제114조에 따르면, 양도소득의 과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액과 취득가액은 실지거래가액에 따라 정하는 것이 원칙이되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있고, 소득세법 시행령 제176조의2 제1항은 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 가액을 결정 또는 경정할 수 있도록 정하고 있다.

실지거래가액이란 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 등 참조), 양도소득세의 과세표준과 세액은 실지거래가액에 의하여 결정하는 것이 원칙이므로 환산가액을 기준으로 하기 위해서는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실지거래가액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용된다고 보아야 하며, 이때 실지거래가액을 밝히는 방법은 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없고, 근거 세의 원칙에 위반되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지거래가액에 해당한다고 볼 수 있다.

한편 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 본 사실관계 및 갑 제2, 4호증, 을 제1 내지 5, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정하거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 장부가액을 이 사건 건물의 취득 당시 실지거래가액으로 보아 취득가액 산정의 기준으로 삼은 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 취득세의 과세표준은 취득 당시 가액을 기준으로 하는바, 원고는 이 사건 건물을 신축한 후 EE광역시 FF청장에게 취득세 및 등록세를 신고할 때 위 건물의 과세표준을 686,000,000원으로 신고하였다.

② 원고가 이 사건 건물을 신축한 후 작성한 종합소득세 신고서의 표준대차대조표에 기재된 위 건물의 자산 가액은 1998년에 955,029,782원, 1999년에 958,829,782원으로 확인된다.

③ 원고는 1998년경부터 2021. 10. 8.경 폐업할 때까지 이 사건 건물에서 ‘BB개발’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 동안 위 건물의 취득가액 상당액을 장부에 반영하여 그 장부가액을 바탕으로 감가상각비를 산정한 후 비용으로 계상하여 왔고, 2020. 12. 31. 기준 ‘BB개발’의 재무상태표에도 이 사건 건물의 자산 가액은 958,829,782원(감가상각 누계액은 215,882,976원)으로 기재되어 있다.

④ 원고와 같이 부동산을 임대하고 보증금 등을 받은 경우에는 소득세법 제25조 및 소득세법 시행령 제53조 제3항에 따라 간주임대료를 계산하여 사업소득 금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하여야 하는바, 원고가 간주임대료를 계상한 2020년 귀속 종합소득신고서의 ‘부동산 임대보증금 등의 총수입금액 조정명세서’에도 이 사건 건물의 실제 취득금액이 확인되는 경우로서 건설비 총액을 958,829,782원으로 하여 건설비 상당액을 계산한 것으로 나타난다.

⑤ 피고는 이 사건 장부가액인 958,829,782원뿐만 아니라 조세심판원의 심판 절차에서 원고가 주장한 필요경비 중 일부 소규모 공사비 668,285,964원도 합산하여 이 사건 건물의 취득 당시 실지거래가액으로 인정하였는바, 이는 당초 이 사건 건물의 신축공사를 맡았던 원종합건설 주식회사 대표이사 전권식이 원고에게 작성하여 준 공사 포기각서에 기재된 공사금액 1,144,000,000원을 상회하는 금액이다.

⑥ 납세의무자가 종합소득세 등을 신고할 당시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 작성·제출한 바 있는 장부를 그 외의 조세에서 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고·납부체계의 근간이 흔들리게 되고, 결국 양도소득세 산정과 관련한 취득가액의 결정에 있어 환산가액의 적용 여부를 납세의무자로 하여금 취사선택할 수 있게끔 하는 부당한 결론에 이르게 된다.

⑦ 그 밖에 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부 등 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당한다거나 장부 등 증빙 서류의 내용이 매매사례가액, 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우에 해당한다고 볼 만한 구체적인 정황이나 자료도 찾아볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.