1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가, 2020. 8. 7. 원고에 대하여 한 별지1 ‘부과처분 내역’ 기재 각 부과처분을 모두 취소하고, 2020. 8. 18. 원고에 대하여 한 소득자 AAA, 소득처분 상여, 소득금액 2015년 귀속 1,158,783,017원, 2016년 귀속 281,996,587원, 2017년 귀속 351,384,014원의 소득금액변동통지 및 소득자 BBB, 소득처분 상여, 소득금액 2015년 귀속 1,158,783,017원, 2016년 귀속 237,436,546원, 2017년 귀속 324,677,479원의 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

1) 원고는 2013. 4. 10. 분양대행업 등을 목적으로 설립된 법인이다.

2) AAA은 원고의 대표이사이고, BBB는 원고의 사내이사이다.

나. 피고의 법인통합조사

피고는 2020. 2. 24.부터 2020. 6. 29.까지 원고에 대하여 조사대상기간을 2015.1.1.부터 2017. 12. 31.까지로 하여 법인통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라고 한다)를 실시하였다. 이 사건 조사 내용은 아래와 같다.

1) 원고가 2015 사업연도 및 2017 사업연도에 인적용역사업소득자들에게 지급하였다고 신고한 수수료(사업소득) 합계 1,441,918,628원(= 2015 사업연도 1,161,362,978원 + 2017 사업연도 280,555,650원, 이하 ‘제1인건비’라고 한다)은 AAA, BBB의 계좌로 송금되었다. 이는 가공인건비이므로 원고의 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 이를 손금불산입하고, AAA, BBB의 상여로 소득처분하여야 한다.

2) 원고는 AAA, BBB에 대한 급여, 사업소득으로, 2016 사업연도에 AAA 385,670,000원, BBB 334,082,000원, 2017 사업연도에 AAA 220,157,390원, BBB 188,162,610원을 각 이체하였는데, 그중 급여대장에 AAA, BBB의 근로소득으로 계상된 금액은 2016 사업연도 AAA 112,979,300원, BBB 104,480,860원, 2017 사업연도 AAA 98,188,530원, BBB 92,018,970원에 불과하다. 원고의 이체금액과 근로소득 계상액의 차액에 대한 원천징수 전 금액(2016 사업연도 AAA 281,996,587원, BBB 237,436,546원, 2017 사업연도 AAA 126,131,189원, BBB 99,424,654원, 이하 통칭하여 ‘제2인건비’라고 한다)은 과소신고된 것으로 가공인건비이므로, 원고의 2016 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 이를 손금불산입하고, AAA, BBB의 상여로 소득처분하여야 한다.

3) 원고가 2015년 제1기에 주식회사 CCC로부터, 2015년 제2기에 주식회사 DDD 및 주식회사 EEE로부터, 2017년 제1기에 주식회사 FFF(이하 ‘주식회사’는 생략하고, 위 4개 회사를 통칭하여 ‘CCC 등’이라고 한다)로부터 각 수취한 세금계산서(이하 ‘제1세금계산서’라고 한다)는 가공거래에 관한 세금계산서이고, 원고가 2017년 제2기에 GGG로부터 수취한 세금계산서(이하 ‘제2세금계산서’라고 한다)는 공급자가 사실과 다른 세금계산서이므로, 원고의 2015년 제1, 2기 및 2017년 제1, 2기 부가가치세를 계산할 때 매출세액에서 제1,2세금계산서 중 가공거래 금액에 관한 매입세액을 불공제하고, 원고의 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 해당 공급가액을 손금불산입하며, AAA, BBB의 상여로 소득처분하여야 한다.

4) 원고가 복리후생비 계정으로 계상한 내역(을 제23호증)은 접대비이므로, 원고의 2016 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 법인세법상 접대비 한도 초과 금액인 183,946,713원을 손금불산입하여야 한다.

다. 이 사건 각 처분

피고는 2020. 8. 7. 원고에 대하여 별지1 ‘부과처분 내역’ 기재 법인세 및 부가가치세를 경정․고지하였고, 2020. 8. 18. 원고에 대하여 소득자 AAA, 소득처분 상여, 소득금액 2015년 귀속 1,158,783,017원, 2016년 귀속 281,996,587원, 2017년 귀속 351,384,014원의 소득금액변동통지 및 소득자 BBB, 소득처분 상여, 소득금액 2015년 귀속 1,158,783,017원, 2016년 귀속 237,436,546원, 2017년 귀속 324,677,479원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 피고의 법인세, 부가가치세 경정․고지 및 소득금액변동통지를 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

라. 원고의 심판청구

원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 11. 9. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3, 7, 18, 20, 23호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 이 사건 각 처분과 관련 쟁점의 정리

이 사건 각 처분과 관련 쟁점을 정리하면 아래 표와 같다.

(생략)

나. 제1인건비 관련

1) 원고의 주장 요지

AAA, BBB는 인적용역사업소득자인 HHH 등이 신용불량자였던 관계로 HHH 등에게 분양대행 용역대금을 현금으로 먼저 지급하였고, 원고는 AAA, BBB에게 이들이 선지급한 용역대금을 보전해주기 위한 차원에서 제1인건비를 AAA, BBB의 계좌로 이체해주었다. 제1인건비는 실제로 HHH 등에게 지급된 것이고 가공인건비가 아니다. 피고가 원고의 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 제1인건비를 손금불산입하고, AAA, BBB의 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

2) 관련 법리

행정사건의 재판에 있어서는 다른 민사사건, 형사사건 및 행정사건의 판결에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 사건의 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 된다고 할 것이므로 합리적인 이유설시 없이 이를 배척할 수는 없다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두14771 판결 등 참조).

3) 판단

갑 제5 내지 24, 28 내지 31, 35, 39호증, 을 제1, 2, 7, 19호증의 각 기재 및 변론전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하면, 피고가 제1인건비를 가공인건비로 보고 원고의 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 이를 손금불산입하고, AAA, BBB의 상여로 소득처분한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 원고가 2015 사업연도 및 2017 사업연도에 인적용역사업소득자인 HHH 등에게 지급하였다고 신고한 제1인건비는 원고의 임원인 AAA, BBB의 계좌로 송금되었다.

나) 아래와 같이 관련 형사사건에서 제1인건비는 가공인건비로 인정되었고, 원고가 제출한 갑 제5 내지 24, 39호증은 관련 형사사건에서도 대부분 제출되었던 증거로 보이므로, 관련 형사사건에서 인정된 사실을 배척하기 부족하다.

⑴ 원고, AAA, BBB는 ‘사실은 영업비용 등으로 사용하기 위하여 제1인건비를 원고 계좌에서 현금 인출 후 AAA, BBB의 계좌로 입금하였음에도 인건비 명목으로 지출한 것처럼 꾸며 법인세 과세표준을 누락하였다.’는 조세범처벌법위반으로 기소되었다[수원지방법원 2023고단XXXX, XXXX(병합)].

⑵ 원고, AAA, BBB는 제1인건비 중 2015 사업연도 1,161,362,978원 부분은 다투었으나, 2017 사업연도 280,555,650원 부분은 인정하였다.

⑶ 제1심 법원은 2024. 2. 7. 2015 사업연도 1,161,362,978원1) 부분에 관하여 별지3 ‘2015년도 법인세 포탈의 점에 관한 피고인들의 주장에 대한 판단’과 같이 ① 실제 인건비 내지 용역수수료라는 사실에 부합하는 업무 수행 내역, 수수료 지급 장부, 인적용역사업소득자들의 현금 수령 영수증, 수수료 지급 당시 원고와 인적용역사업소득자들의 계좌 입출금내역 등이 일체 제출된 바 없는 점, ② 인적용역사업소득자들 중 III(HHH의 처) 등 9명의 각 확인서는 그 성립의 진정성을 입증할 자료가 부족하고, 그중 경찰관과 통화에서 확인서 기재 내용을 구체적으로 확인한 사람도 없으며, 나머지 19명은 확인서조차 제출하지 않은 점, ③ JJJ 등 4명의 각 진술서도 그 기재 형식과 내용, KKK, III, LLL의 법정 진술 등에 비추어 그대로 믿기 어려운 점 등을 들어 원고, AAA, BBB의 주장을 배척하면서, 제1인건비에 관한 조세범처벌법 위반의 점을 모두 유죄로 인정하는 판결을 선고하였다.

⑷ 원고, AAA, BBB와 검사는 제1심 판결에 대하여 모두 항소하였고, 원고, AAA, BBB는 항소심에서도 2015 사업연도 1,161,362,978원 부분에 관하여 가공인건비가 아니라는 취지로 주장하였다. 항소심 법원은 2025. 12. 24. 별지3 ‘2. 피고인들의 사실오인 및 법리오해 주장에 관한 판단’과 같은 이유로 원고, AAA, BBB의 주장을 배척하고, 원고, AAA, BBB와 검사의 항소를 모두 기각하는 판결을 선고하였고(수원지방법원 2024노XXXX), 위 판결은 2026. 1. 1. 그대로 확정되었다.

다. 제2인건비 관련

1) 원고의 주장 요지

제2인건비는 담당세무사의 실수로 사업소득으로 잘못 처리된 것일 뿐 원고가 실제로 AAA, BBB에게 지급한 상여금이므로, 피고가 원고의 2016 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 이를 손금불산입하고, AAA, BBB의 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

2) 판단

가) 갑 제25 내지 27호증, 을 제2, 3호증의 각 기재에 의하면, ① 원고는 AAA, BBB에 대한 급여, 사업소득으로, 2016 사업연도에 AAA 385,670,000원, BBB 334,082,000원, 2017 사업연도에 AAA 220,157,390원, BBB 188,162,610원을 각 이체하였는데, 그중 급여대장에 AAA, BBB의 근로소득으로 계상된 금액은 2016 사업연도 AAA 112,979,300원, BBB 104,480,860원, 2017 사업연도 AAA 98,188,530원, BBB 92,018,970원인 사실, ② OOO(前 세무사사무실 사무장)은 2020. 10. 22. ‘2016년, 2017년 AAA, BBB로 지급된 금액은 미지급 급여 정산 및 상여금으로 기장하고 수정신고요청을 받았으나, 당시 저희 내부적인 사정으로 인하여 담당직원이 자주 교체되는 일이 발생되어 받아두었던 자료를 한꺼번에 기장하는 부분에서 혼란이 가중되었다. 2016년 1월부터 12월까지, 2017년 1월부터 7월까지 급여 정액만 신고하고, 2016년, 2017년 상여금 지급에 대한 내용이 신고, 기장 누락되었음을 확인한다.’라는 내용의 확인서를 작성한 사실, ③ 피고는 2020. 8. 13. 수원지방검찰청에 제2인건비에 관한 조세범처벌법위반의 점으로 원고, AAA, BBB를 고발하였는데, 수원지방검찰청 담당검사는 2023. 3. 15. 원고, AAA, BBB의 제2인건비에 관한 조세범처벌법위반의 점에 대하여 혐의없음(증거불충분)을 한 사실을 인정할 수 있다.

나) 그러나 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.”라고 규정하고 있고, 제19조 제2항은 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있으며, 제4항은 “제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 구 법인세법 제26조는 “다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하면서 제1호에서 ‘인건비’를 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제43조 제2항은 “법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관․주주총회․사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 이에 의하면 법인이 임원에게 지급하는 상여금은 정관․주주총회․사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액의 범위 내에서 손금에 손입하고, 위 범위를 초과하여 지급한 금액은 이를 손금에 산입하지 않는다.

앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 제2인건비의 경우 원고의 급여대장에 AAA, BBB의 근로소득으로 계상된 금액을초과하는 금액인 점, ② 제2인건비가 원고의 정관․주주총회․사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준의 범위 내에서 지급된 것이라고 볼 증거가 없는 점, ③ 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의불기소처분사실에 대하여 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있는 점(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), ④ 원고가 AAA, BBB에게 이체한 금액의 규모 등을 종합하면, 피고가 원고의 2016 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 제2인건비를 손금불산입하고, AAA, BBB의 상여로 소득처분한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 제1세금계산서 관련

1) 원고의 주장 요지

원고는 인적용역사업자들을 비롯한 여러 이해관계자가 현금 거래를 선호하였기 때문에 현금을 마련하기 위하여 CCC 등에게 거래대금을 초과지급하고, 이를 AAA, BBB의 계좌로 이체받은 후 현금으로 출금하여 원고의 사업경비로 사용하였다. 제1세금계산서는 가공거래에 관한 것이 아니므로 원고의 2015년 제1, 2기 및 2017년 제1기 부가가치세를 계산할 때 매출세액에서 제1세금계산서의 매입세액을 공제하여야 하고, 원고의 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 제1세금계산서의 공급가액을 손금에 산입하여야 한다. 특히 피고는 원고가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세 및 법인세를 포탈’하였다는 전제에서 이미 국세 부과제척기간을 경과한 2015년 제1기 부가가치세 부과처분을 하고, 각 부가가치세 및 법인세 부과처분을 하면서 부정과소신고가산세를 부과하였는데, 원고는 CCC 등에게 제1세금계산서에 상응하는 부가가치세를 지급하였고, CCC 등은 이를 신고․납부하였으므로, 위 각 부과처분은 부당하다.

2) 제1세금계산서가 가공거래에 관한 것인지 여부

가) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다. 따라서 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자 측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

나) 인정사실

⑴ CCC 관련

원고는 2015년 제1기에 CCC으로부터 총 4건의 세금계산서를 수취하였다. ① 2015. 2. 12.자 세금계산서와 관련하여 원고는 2015. 2. 12. 14시 47분경 CCC에 213,401,500원을 송금하였으나, CCC는 같은 날 15시 37분경 PPP의 계좌로 63,238,000원을 송금하였고, PPP은 같은 날 15시 46분경 BBB의 계좌로 63,238,000원을 송금하였다. 피고는 BBB의 계좌로 송금된 63,238,000원 중 부가가치세를 공제한 57,489,090원을 가공거래 금액으로 특정하였다. ② 2015. 2. 24.자 세금계산서와 관련하여 원고는 2015. 2. 24. 17시 23분경 CCC에 562,750,900원을 송금하였으나, CCC는 같은 날 18시 4분경 PPP의 계좌로 440,826,466원을 송금하였고, PPP은 같은 날 18시 10분경 BBB의 계좌로 440,829,466원을 송금하였다. 피고는 BBB의 계좌로 송금된 440,829,466원 중 부가가치세를 공제한 400,754,060원을 가공거래 금액으로 특정하였다. ③ 2015. 2. 25.자 각 세금계산서와 관련하여 원고는 2015. 2. 25. 15시 38분경 CCC에 353,461,000원을, 16시 18분경 77,000,000원을 각 송금하였으나, CCC는 같은 날 16시 23분경 PPP의 계좌로 124,856,989원을 송금하였고, PPP은 같은 날 16시 27분경 BBB의 계좌로 124,856,989원을 송금하였다. 피고는 BBB의 계좌로 송금된 124,856,989원 중 부가가치세를 공제한 113,506,355원을 가공거래금액으로 특정하였다.

⑵ DDD

원고는 2015년 제2기에 DDD로부터 2015. 7. 17.자 세금계산서를 수취하였다. 위 세금계산서와 관련하여 원고는 2015. 7. 17. 11시 55분경 DDD에 297,001,500원을 송금하였으나, DDD은 같은 날 12시경 QQQ에 297,000,000원을 송금하였고, QQQ은 같은 날 12시 5분경 BBB에게 275,402,000원을 송금하였다. 피고는 위 세금계산서의 공급가액 270,000,000원 전액을 가공거래 금액으로 특정하였다.

⑶ EEE

원고는 2015년 제2기에 EEE로부터 2015. 11. 24.자 세금계산서를 수취하였다. 위 세금계산서와 관련하여 원고는 2015. 11. 24. 13시 13분경 EEE에 804,277,100원을 송금하였으나, 삼성세무서장의 EEE에 대한 자료상 범칙조사 결과 EEE는 위 돈을 송금받은 즉시 BBB에게 575,000,000원을 송금한 것으로 확인되었고, 삼성세무서장은 위 세금계산서의 공급가액 731,161,000원 전액을 가공거래에 관한 것으로 확정하였다. 피고는 위 세금계산서의 공급가액 731,161,000원 전액을 가공거래 금액으로 특정하였다.

⑷ FFF

원고는 2017년 제1기에 FFF로부터 2017. 1. 23.자 세금계산서를 수취하였다. 위 세금계산서와 관련하여 원고는 2017. 1. 23. 13시 13분경 FFF에 169,950,000원을 송금하였으나, FFF는 같은 날 13시 25분경 RRR에게 162,950,000원을 송금하였고, RRR은 같은 날 14시 25분경 SSS, TTT, UUU에게 각 50,000,000원을 송금하였으며, SSS는 2017. 1. 25. 17시 58경 AAA에게 5,040,000원을, TTT는 2017. 1. 25. 18시 1분경 AAA에게 50,000,000원을, UUU은 2017. 1. 26. 11시 7분경 BBB에게 50,000,000을 각 송금하였다. 피고는 위 세금계산서의 공급가액 154,500,000원 전액을 가공거래 금액으로 특정하였다.

⑸ AAA의 진술

AAA은 2020. 6. 5. 조세범칙혐의자 심문 과정에서 ‘원고와 EEE 사이의 거래는 가공거래이다.’라는 취지로 진술하였다.

⑹ 불기소처분

피고는 2020. 8. 13. 수원지방검찰청에 제1세금계산서에 관한 법인세, 부가가치세 포탈의 점으로 원고, AAA, BBB를 고발하였는데, 수원지방검찰청 담당검사는 2023. 3. 15. 원고, AAA, BBB의 제1세금계산서에 관한 조세범처벌법위반의 점에 대하여 혐의없음(증거불충분) 및 공소권없음 처분2)을 하였다.

[인정근거] 갑 제26, 27호증, 을 제4, 6, 8 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다) 판단

앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 제1세금계산서와 관련하여 CCC 등에게 지급한 돈 중 상당한 부분이 AAA, BBB에게 다시 반환된 점, ② 원고는 그 이유에 관하여 인적용역사업자들을 비롯한 여러 이해관계자가 현금 거래를 선호하였기 때문에 현금을 마련하기 위하여 CCC 등에게 거래대금을 초과지급하고, 이를 AAA, BBB의 계좌로 이체받은 후 현금으로 출금하여 원고의 사업경비로 사용하였다고 주장하나, 위와 같은 거래 방식부터 이례적일 뿐만 아니라 앞서 나.항에서 본 바와 같이 원고가 인적용역사업소득자에게 지급하였다고 주장하는 제1인건비는 가공인건비로 봄이 타당하고, AAA, BBB가 자신이 지급받은 돈을 원고의 사업경비로 지출하였다고 볼 별다른 증거가 없는 점, ③ AAA은 조세범칙혐의자 심문에서 ‘원고와 EEE 사이의 거래는 가공거래이다.’라는 취지로 진술한 점 등을 종합하면, 제1세금계산서 중 피고가 가공거래 금액으로 특정한 부분에 관하여 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 봄이 타당하고, 원고가 제출한 증거만으로는 제1세금계산서의 기재에 부합하는 실물거래가 있었다는 점이 증명되었다고 보기 어렵다.

피고가 원고의 2015년 제1, 2기 및 2017년 제1기 부가가치세를 계산할 때 매출세액에서 제1세금계산서 중 가공거래 금액으로 특정한 부분에 관한 매입세액을 불공제하고, 원고의 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 해당 공급가액을 손금불산입하며, AAA, BBB의 상여로 소득처분한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 2015년 제1기 부가가치세 부과처분과 2015년 제1, 2기 및 2017년 제1기 각 부가가치세 부과처분 중 부정과소신고가산세 부분

가) 관련 규정 및 법리

⑴ 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호는 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년’으로 규정하면서 제1호에서 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 국세를 포탈하거나 환급․공제를 받은 경우에는 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년’으로 규정하고 있다. 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호는 납세의무자가 ‘부정행위’로 과소신고하거나 초과신고한 경우에는 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등의 100분의 40을 적용하여 가산세를 부과하도록 규정하고 있다.

⑵ 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’나 제47조의3 제1항 제1호에서 규정한 ‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과 신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2021. 12. 30. 선고 2017두72256 판결 등 참조).

나) 판단

⑴ 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제49조 제1항은 ‘사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.’라고 규정하고 있다.

⑵ 피고가 원고에 대하여 한 2015년 제1기 부가가치세 부과처분의 경우 그 신고기한인 2015. 7. 25.의 다음날인 2015. 7. 26.부터3) 5년이 경과하여 이루어졌다. 갑 제1호증, 을 제18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고가 원고에 대하여 2015년 제1, 2기 및 2017년 제1기 각 부가가치세에 관하여 과소신고를 이유로 과소신고납부세액의 100분의 40에 해당하는 가산세를 부과한 사실을 인정할 수 있다.

⑶ 한편, 을 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, CCC 등 은 이 사건 조사 당시 모두 폐업한 상태였고, 제1세금계산서와 관련하여 부가가치세를 납부하지도 않은 사실을 인정할 수 있고, 여기에 앞서 2)의 다)항에서 본 사정들을 종합하면, 원고에게 제1세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받는 것이 국가의 조세수입감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 봄이 타당하다. 피고가 원고에 대하여 2015년 제1기 부가가치세 부과처분을 한 것은 10년의 국세부과제척기간 내에 이루어졌으므로 적법하고, 2015년 제1, 2기 및 2017년 제1기 각 부가가치세에 관하여 과소신고를 이유로 가산세를 부과한 것도 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 2016 사업연도 및 2017 사업연도 각 법인세 부과처분 중 부정과소신고가산세부분

가) 관련 법리

구 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호에 규정된 ‘부정행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 적극적 은닉 의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 않거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2021. 7. 8. 선고 2017두69977 판결, 대법원 2022. 5. 26. 선고 2022두32825 판결 등 참조).

나) 판단

갑 제1호증, 을 제20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고가 원고에 대하여 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세에 관하여 과소신고를 이유로 과소신고납부세액의 100분의 40에 해당하는 가산세를 부과한 사실을 인정할 수 있다. 이 부분 거래의 구조, 원고에게 부과된 법인세의 규모, 앞서 2)의 다)항, 3)의 나)항에서 본 사정들을 종합하면, 원고가 CCC 등으로부터 실물거래 없이 제1세금계산서를 수취하고, 원고의 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 제1세금계산서의 공급가액을 손금에 산입한 것은, 법인세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위로 볼 수 있으므로, 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호에 규정된 ‘부정행위’에 해당한다.

피고가 원고에 대하여 2015 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세에 관하여 과소신고를 이유로 가산세를 부과한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 제2세금계산서 관련

1) 원고의 주장 요지

원고는 VVV으로부터 실제로 분양대행용역을 공급받았고, VVV이 지정하는 GGG로부터 제2세금계산서를 수취하였을 뿐이므로, 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없어 원고의 2017년 제2기 부가가치세를 계산할 때 매출세액에서 제2세금계산서의 매입세액을 공제하여야 한다. 특히 피고는 원고가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세를 포탈’하였다는 전제에서 2017년 제2기 부가가치세 부과처분을 하면서 부정과소신고가산세를 부과하였는데, 원고는 제2세금계산서에 상응하는 부가가치세를 GGG에 지급하였고, GGG는 이를 신고․납부하였으므로, 위 부과처분은 부당하다.

2) 관련 법리

가) 전 단계 세액공제법을 채택하고 있는 구 부가가치세법 아래에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 하므로, 사업자등록과 함께 부가가치세 제도를 효과적으로 시행하기 위한 필수적인 요소이다. 이러한 취지를 반영하여 부가가치세법령에서는 세금계산서의 필수적 기재사항을 정하는 한편, 이러한 필수적 기재사항이 세금계산서에서 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정하고 있다. 구체적으로 구 부가가치세법 제32조 제1항은 세금계산서의 기재사항으로 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호)’, ‘공급받는 자의 등록번호(제2호)’를 들고 있고, 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다. 여기에서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 등에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 형식적인 기재내용에 불구하고, 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다.

재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 제3자의 위임 아래 제3자의 사업자등록을 이용하여 실제 거래를 하면서 제3자 명의로 된 세금계산서를 발급․수취한 경우, 이때의 사업자는 거래상대방과 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 제3자가 아니라 실제로 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자로 보아야 한다. 그렇지만 그 세금계산서는 실제 거래행위자의 거래행위가 아닌 제3자의 거래행위를 나타내기 위해 제3자에 의해 발급․수취된 것일 뿐이므로, 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 자에 의해 발급․수취된 것으로 볼 수 없다. 이러한 경우 제3자 명의로 된 세금계산서는, 실제 거래를 한 사업자와 세금계산서상의 명의자가 다르므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 규정하는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다. 따라서 실제 거래를 한 사업자로부터 재화 등을 공급받은 거래상대방이 제3자 명의로 된 세금계산서가 명의위장된 것임을 몰랐다는 특별한 사정이 없는 한 해당 매입세액은 공제 또는 환급받을 수 없다. 이 경우에는 앞서 본 바와 같이 세금계산서를 발급․수취한 명의자는 세금계산서에 기재된 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 것이 아니므로, 결과적으로 재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급․수취한 것에 해당한다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 등 참조).

나) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 등 참조).

3) 인정사실

가) 원고의 제2세금계산서 수취

원고는 2017년 제2기에 VVV으로부터 공급가액 109,360,430원 상당의 분양대행용역을 공급받고, GGG로부터 2017. 8. 5.자 세금계산서(제2세금계산서)를 수취하였다.나) 동수원세무서장의 GGG에 대한 조사 결과 동수원세무서장의 2018년 GGG에 대한 조사 결과 GGG가 원고로부터 제2세금계산서에 관한 용역대금을 입금받은 뒤 이를 대표자인 WWW의 계좌를 거쳐 VVV의 계좌로 보내준 것이 확인되었고, 동수원세무서장은 제2세금계산서의 공급가액 109,360,430원 전액을 가공거래에 관한 것으로 확정하였다.

다) AAA의 진술

AAA은 2020. 6. 5. 조세범칙혐의자 심문 과정에서 제2세금계산서와 관련하여 ‘GGG 대표자 WWW에 대해 전혀 알지 못한다. 당시 동탄 현장에서 일했던 VVV(가명 XXX)이 수수료를 집행하는 과정에서 VVV의 사업자로 받아야 하나, VVV의 요청에 의해 GGG로 거래대금을 지급하고 제2세금계산서를 수취하였다. 업무를 하다보면 본인의 요청에 의해 다른 계좌로 돈을 보내는 경우가 관례상 비일비재하여 저희는 수수료만 지급하면 된다고 생각하여 이렇게 지급하게 되었다.’라는 취지로 진술하였다.

라) 관련 형사사건

⑴ 앞서 본 관련 형사사건[수원지방법원 2023고단XXXX, XXXX(병합)]에서 원고, AAA, BBB는 ‘2017. 8. 5.경 GGG로부터 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 마치 공급가액 109,360,430원 상당을 공급받은 것처럼 제2세금계산서를 수취하였다.’는 조세범처벌법위반으로 기소되었다.

⑵ 제1심 법원은 2024. 2. 7. 별지3 ‘무죄 부분’과 같이 원고, AAA, BBB가 GGG를 분양용역대행을 수행한 업체로 인식한 채 실제 용역수행의 대가를 지급한 것으로 보이므로 허위세금계산서 수취의 고의가 있었다고 보기 어렵다는 이유로 제2세금계산서에 관한 조세범처벌법위반의 점을 무죄로 인정하는 판결을 선고하였고, 앞서 본 바와 같이 항소심 법원은 원고, AAA, BBB와 검사의 항소를 모두 기각하는 판결을 선고하였으며, 위 판결은 그대로 확정되었다.

마) GGG의 폐업 등

GGG는 이 사건 조사 당시 폐업한 상태였고, 제2세금계산서와 관련하여 부가가치세를 납부하지도 않았다.

바) 피고의 가산세 부과

피고는 원고에 대하여 2017년 제2기 부가가치세 부과처분을 하면서 과소신고를 이유로 과소신고납부세액의 100분의 40에 해당하는 가산세를 부과하였다.

[인정근거] 갑 제1, 28 내지 31, 35호증, 을 제1, 5, 6, 16 내지 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

4) 판단

앞서 본 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 제2세금계산서는 실제 분양대행용역 공급자인 VVV이 아닌 GGG의 분양대행용역 공급행위를 나타내기 위해 GGG에 의해 발급된 것이므로, 공급자가 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 있는 점, ② 원고가 GGG 명의로 된 제2세금계산서가 명의위장된 것임을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 점을 인정할 증거가 부족한 점, ③ 오히려 AAA의 조세범칙혐의자 심문 진술에 의하면, 원고는 GGG나 그 대표자인 WWW에 대하여 전혀 알지 못하였음에도 VVV의 요청에 따라 GGG의 계좌에 용역대금을 송금하였고, 위 용역대금은 WWW의 계좌를 거쳐 VVV의 계좌로 이체되었으므로, 원고는 GGG 명의로 된 제2세금계산서가 명의위장된 것임을 알았다고 볼 여지가 큰 점, ④ 원고는 이전에도 실물거래 없이 제1세금계산서를 수취한 적이 있었고, GGG는 이 사건 조사 당시 폐업한 상태였으며, 제2세금계산서와 관련하여 부가가치세를 납부하지도 않았으므로, 원고에게 제2세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받는 것이 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 볼 수 있는 점 등을 종합하면, 관련 형사사건에서 허위세금계산서 수취의 고의가 없다는 이유로 원고 등에 대하여 무죄 판결이 선고된 점을 감안하더라도, 피고가 원고의 2017년 제2기 부가가치세를 계산할 때 매출세액에서 제2세금계산서 매입세액을 불공제하고, 2017년 제2기 부가가치세에 관하여 과소신고를 이유로 가산세를 부과한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

바. 접대비 한도 초과 관련

1) 원고의 주장 요지

피고가 접대비 한도 초과로 손금불산입한 183,946,713원 중 2016 사업연도의 상품권 구입비 97,272,736원은 원고가 분양계약 촉진을 위해 고객들에게 지급한 것으로 ‘판매부대비용’에 해당하고, 2017 사업연도의 상품권 구입비 13,027,929원(이하 위 각 상품권 구입비를 통칭하여 ‘이 사건 상품권 구입비’라고 한다)은 원고가 원고 소속 직원들에게 명절 선물로 지급한 것으로 ‘복리후생비’에 해당한다. 피고가 원고의 2016 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 이 사건 상품권 구입비를 ‘접대비’로 보고 손금불산입한 것은 부당하다.

2) 관련 법리

가) 구 법인세법 제25조 제1항은 ‘내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.’라고 규정하고 있고, 제25조 제5항은 ‘접대비란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.’라고 규정하고 있다. 이들 규정의 문언내용과 취지 등에 비추어 보면, 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 사람들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데에 있는 것이라면 그 비용은 접대비라고 할 것이지만, 법인이 수익과 직접 관련하여 지출한 비용은 섣불리 이를 접대비로 단정하여서는 아니 된다(대법원 2012. 9. 27. 선고 2010두14329 판결 등 참조).

나) 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조).

3) 판단

갑 제36 내지 38호증, 을 제23호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들, 즉 ① 원고는 2015 사업연도에도 거래처 명절 선물로 상품권을 구입한 적이 있는 점, ② 원고는 2022 사업연도에 남산 오피스텔 분양사업과 관련하여 분양계약자들에게 상품권을 지급하고 ‘상품권 구매․배부 관리대장’을 작성하는 한편 해당 분양계약자들로부터 ‘상품권 수령증’을 받았는데, 2016 사업연도의 상품권 구입비에 관하여는 그러한 관리대장, 상품권 수령증이 제출되지 않은 점, ③ 원고가 2017년 1월에 지출한 상품권 구입비는 8,402,274원이고 2017년 9월에 지출한 상품권 구입비는 4,625,655원으로 그 금액 차이가 약 2배에 이르므로, 2017 사업연도의 상품권 구입비가 원고 소속 직원들에게 명절 선물로 지급된 것으로 보이지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 상품권 구입비는 접대비로 손비의 요건을 갖추지 못하였음이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 것이다.

이 사건 상품권 구입비가 실제로 판매부대비용 또는 복리후생비로 손비의 요건을 갖추었다는 점에 관한 증명책임은 납세의무자인 원고에게 돌아가는데, 갑 제37호증을 비롯한 원고가 제출한 증거만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 피고가 2016 사업연도 및 2017 사업연도의 법인세 소득금액을 계산할 때 이 사건 상품권 구입비를 접대비로 보고 손금불산입한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

사. 소결론

이 사건 각 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.