주 문

1. 제1심 판결 주문 제1항 중 아래에서 부과처분 취소를 명하는 부분에 포함되지 아니하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

피고가 2020. ✕. ✕. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함) 부과처분 중 ✕✕✕원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2015년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함) 부과처분 중 ✕✕✕원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2016년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함) 부과처분 중 ✕✕✕원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2017년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함) 부과처분 중 ✕✕✕원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2015년 1기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2015년 2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2016년 1기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2016년 2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2017년 2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함)에 해당하는 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 항소와 피고의 나머지 항소를 각 기각한다.

3. 소송총비용 중 80/100은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2020. ✕. ✕. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2015년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2016년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2017년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2015년 1기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2015년 2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2016년 1기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2016년 2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함), 2017년 2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함)에 해당하는 각 부과처분과 2020. ✕. ✕. 원고에 대하여 한 2015년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕원, 2016년 귀속연도 소득자 BBB로 한 소득금액 ✕✕✕원, 2016년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕원, 2017년 귀속연도 소득자 BBB로 한 소득금액 ✕✕✕원, 2017년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕원의 각 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2020. ✕. ✕. 원고에 대하여 한 2015년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕원, 2016년 귀속연도 소득자 BBB로 한 소득금액 ✕✕✕원, 2016년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕원, 2017년 귀속연도 소득자 BBB로 한 소득금액 ✕✕✕원, 2017년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕원의 각 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

나. 피고

 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고에 대한 청구를 모두 기각한다.

이    유

1. 제1심 판결 부분 인용과 항소심 최종 판단 추가 등

원고와 피고의 각 항소이유는 제1심에서 한 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건변론에 제출된 모든 증거와 소송자료[항소심에 추가로 제출된 서증인 갑 제40 내지 50호증, 을 제17 내지 19호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다) 포함]를 원고, 피고의 각 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 아래에서 고쳐 쓰거나 삭제하는 부분을 제외하고는 정당한 것으로 인정된다.

 이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 제1심 판결 이유 중 해당부분을 제2항 기재와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고, 제1심 판결 이유 제3의 사항 부분을 제3항 기재와 같이 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어, 별지를 포함하여 이를 인용한다.

2. 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심 판결문 제5면 제5행 “위 판결은”과 “그대로” 사이에 “2013. 11. 12.”을 추가한다.

○ 제1심 판결문 제7면 제15행 “한 것이다” 뒤에 다음 괄호를 추가한다.

『[위 부당이득금 반환청구의 소는 원고가 BBB로부터 법률상 원인 없이 이 사건 제1 쟁점 금액 상당 이익을 얻었음을 전제로 하는 것이며, BBB가 위와 같이 부당이득금 반환청구의 소를 제기한 것 자체가 이 사건 합의서 제3항 기재 내용(BBB는 원고에 대하여 위 대지급금과 관련하여 재판상 또는 재판 외로 부당이득반환청구 등 일체의 청구를 할 수 없다)과 배치된다]』

○ 제1심 판결문 제8면 제4행과 제5행 사이에 다음 내용을 추가한다.

 『라) 원고는 2014년 ✕✕지방국세청 세무조사에 따라 이 사건 제1 쟁점 금액이 이미 익금산입 및 소득처분 되었으므로 피고가 이를 자산수증이익으로 보아 익금에 산입하여 이 사건 처분을 하는 것은 중복과세에 해당한다는 취지로 주장한다. 그러나 중복과세는 단수 또는 복수의 과세주체가 동일한 과세물건을 대상으로 납세의무자에게 중복하여 과세하는 것을 말하는데, 위 세무조사에서 손금불산입･익금산입된 부분은 ‘원고가 지출한 bbbbb 직원의 인건비’인 반면, 이 사건 처분에서 익금산입된 부분은 ‘BBB가 원고에게 지급한 이 사건 피해회복금’으로 서로 항목이 다르다. 따라서 이 사건 처분이 중복과세에 해당한다고 보기는 어렵다.』

○ 제1심 판결문 제10면 제15행부터 제11면 제2행까지의 부분 {“그러나 … 단정할 수 없다” }을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

 『그러나 설령 피고 주장과 같이 이 사건 관련 소송이 경영권･재산권 다툼 때문에 발생된 것이라고 하더라도, ✕✕✕지방법원 2016가합✕✕✕ 사건에서 이○○의 원고에 대한 주권 교부 및 위 주권에 대한 명의개서절차 이행을 구하는 청구는 기각되었고, 위 사건의 항소심인 ✕✕고등법원 2017나✕✕✕ 사건에서 이○○의 항소가 기각되었으며, ✕✕✕지방법원 2015카합✕✕✕ 사건에서 채무자인 원고의 가처분 이의신청이 각하되기는 하였으나, 그 항고심인 ✕✕고등법원 2015라✕✕✕ 사건에서 위 사건의 제1심 결정을 취소하여 원고의 항고를 받아들인 사실이 인정되므로, 이 사건 관련 소송이 오로지 개인들 사이의 상속재산 분배에만 관련되며 법인인 원고의 경영상, 사업상 이익과 상관이 없는 것으로 단정하기는 어렵다. 또한, 만약 원고가 소송에 적극적으로 대응하지 아니할 경우 상대방 청구 등이 인용되어 그 소송의 소송비용을 부담하여야 할 책임이 발생하며, 경영상 불이익, 예상하지 못한 손해 등이 발생할 수 있으며,법인이 제소당하는 경우 당해 법인이 경영상 필요나 다른 손해 발생 방지, 이익 유지･창출 등을 위하여 변호사 선임료를 포함한 소송비용을 지출하는 것은 일반적으로 용인되는 통상적인 것이므로, 원고가 당사자로서 제소되어 이에 응소하기 위하여 들어간 변호사 선임료는 원고 사업과 관련되어 지출된 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 관련된 것이라고 봄이 상당하다.』

○ 제1심 판결문 제11면 제12행 “26” 뒤에 “, 40, 41”을 추가한다.

○ 제1심 판결문 제13면 제3행과 제4행 사이에 다음 내용을 추가한다.

 『5) 이에 대해 피고는 구 부가가치세법(2014. 12. 23. 법률 제12851호로 일부개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제7호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 규정하고 있고, 이 사건 제3 쟁점금액은 부가가치세가 과세되지 아니하는 주식 매각과 관련된 매입세액이므로 공제대상이 될 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 수출입업, 세제 등 제조 및 판매업을 영위하는 법인인 점, 원고가 경영상 목적에서 중국 현지 법인인 bbbbb을 통해 진행하였던 사업을 정리하고자 바른과 용

역계약을 체결한 점, 위 용역계약 체결 목적이나 bbbbb 발행주식 매각이 원고의 과세대상 사업과 관련이 없거나 과세대상 사업과는 독립된 별개 업무는 아닌 점, 원고가 bbbbb 발행주식을 매각한 것은 청산을 효율적으로 진행하고자 선택한 방법일 뿐인 점 등을 고려하면, 이 사건 제3 쟁점금액이 주식 매각과 관련 있다는 사정만으로‘면세사업등에 관련된 매입세액’이라고 할 수 없다.』

○ 제1심 판결문 제14면 제2행부터 제10행까지 법리를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

 『나) 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입 대상이 된다. 하지만 구 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호, 제26조 제1호, 구 법인세법 시행령 제43조 제1항의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 구 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 따라 판단하면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적･계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득

을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로, 구 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 2

1. 선고 2015두60884 판결 등 참조).』

○ 제1심 판결문 제14면 제11행과 제12행 사이에 다음 내용을 추가한다.

 『AAA은 원고의 전 대표이사이자 실질적인 운영자인 BBB의 아내이면서 원고의 현재 대표이사인 CCC의 어머니이다. 이와 같이 긴밀한 친족관계에 있는 당사자 사이에서는 조세부담 회피라는 공통된 이해관계 하에 외형적인 거래조건을 만들어 낼 수도 있고, 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 원고에게 유보된 이익을 대표이사 또는 그의 가족들에게 분여하기 위하여 대외적으로 보수 형식을 취할 가능성을 배제할 수도 없으므로, AAA이 원고에게 실제로 근로를 제공하였는지 판단함에 있어서 보다 엄격한 기준이나 객관적인 기준을 적용함이 타당하다.』

○ 제1심 판결문 제15면 제14행 “알 수 없다” 뒤에 다음 괄호를 추가한다.

 『[원고는 위 사무실을 AAA과 BBB가 함께 쓰던 사무실이라고 주장하나(2025. 2. 3. 제출 원고 항소이유서 등 참조), 위 사진의 영상에 의하면 위 사무실에서 2인 이상이 함께 주식회사인 법인 업무를 수행하기는 어려웠을 것으로 판단된다]』

○ 제1심 판결문 제15면 제18행 “알 수 없다” 뒤에 다음 괄호를 추가한다.

『(감사는 기업의 업무 적정성과 회계투명성 확보를 위하여 회사의 업무를 감독하여야 하고, 갑 제28, 29호증의 각 기재에 의하면, 원고의 정관에 ‘감사는 회사의 회계와 업무를 감사하고, 회의의 목적사항과 소집의 이유를 기재한 서면을 이사회에 제출하여 임시주주총회의 소집을 청구할 수 있다’고 기재되어 있는 사실이 인정된다. 그러나 원고는 당시 사내이사이던 CCC과 감사이던 AAA의 연봉 책정 안건에 대한 가결 내역이 기재되어 있는 위 이사회 회의록을 제출하였을 뿐 AAA이 회사의 회계와 업무를 감사하는 등 구체적 감사 업무를 하였다는 사실에 관한 객관적 증거는 제출하지 않았다)』

○ 제1심 판결문 제16면 제4행과 제5행 사이에 다음 내용을 추가한다.

 『마) 원고는 또한 AAA이 2016년경에서 2017년경 ○○ 사무실에서 열린 회의에 참석한 사실을 AAA이 원고의 업무를 수행하였다는 근거로 들고 있으나, 갑 제50호증의 기재에 의하더라도 AAA이 회의에 참석하였음이 분명하게 인정되는 것은 1회에 불과하고(회의실 1201호 2017. ×. ×. 예약내역에 ‘피죤 회장님, 사모님’이라고 기재되어 있다), 설령 AAA이 회의에 참석한 사실이 인정된다고 하더라도 위 증거만으로는 AAA이 법인인 주식회사 임원으로서 구체적으로 수행한 업무를 인정하기 부족하다.』

○ 제1심 판결문 제17면 제8행 “2014.경부터는”과 “매수의향사와의” 사이에 “원고로부터 이메일 등을 통해 업무지시를 받아”를 추가한다.

○ 제1심 판결문 제17면 제18행부터 제18면 제4행까지 법리를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

 『법인세법 제27조 제1호, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제2호 (나)목이 규정하는 ‘업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차’에 해당하는지 여부는 해당 법인의 목적사업 및 영업내용, 해당 자동차를 취득하게 된 경위 및 용도와 그 사용실태 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다. 그리고 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있지만, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2015. 2. 12. 선고 2014두43028 판결, 대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조).』

3. 취소 범위

과세처분 취소소송에 있어서 세액 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 소송자료에 따라 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 판단하여 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조).

앞서 판단한 것처럼 제2, 5 쟁점금액이 원고 사업과 관련 있는 비용으로서 손금에 해당하고, 제2, 3 쟁점금액이 부가가치세 매입세액 공제대상에 해당함에도 피고는 이와 다른 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하고, 앞서 든 증거들, 을 제19호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 이 사건 제2, 5 쟁점금액을 손금에 산입하고, 제2, 3 쟁점금액을 부가가치세 매입세액 공제대상에 포함하여 고지세액과 원고 청구가 인용된 세액의 차액을 계산할 경우 정당한 산출세액(가산세 포함)은 아래 표 기재와 같다(2025. 6. 13. 제출 피고 준비서면 제3면, 2025. 7. 2. 제출 피고 참고서면 제3면 및 그 첨부자료 1번 등 참조).

(표 생략)

 결국 이 사건 처분 중에서, 2014년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함) 부과처분 중 ✕✕✕원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2015년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함) 부과처분 중 ✕✕✕원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2016년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함) 부과처분 중 ✕✕✕원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2017년 귀속 법인세 ✕✕✕원(가산세 포함) 부과처분 중 ✕✕✕원(가산세 포함)을 초과하는 부분과 부가가치세 부과처분은 위법하여 각 취소되어야 한다.

4. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 위에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각하며, 원고의 항소와 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.