1. 사실관계

○’89년    A아파트 5호(국민주택 이하 규모) 신축

○’99.12월 A아파트 5호 취득 후 임대개시

○’17.09월 A아파트^* 재건축 관리처분계획인가 및 임차인 퇴거

   *관리처분계획인가일 당시 A아파트 5호는 조특법§97의 요건을 모두 갖춘 것으로 전제함

○’21.12월 A’아파트 3채 재건축 준공인가 및 임대 재개

○예정      A’아파트 3채를 순차적으로 양도

2. 질의요지

○조특법§97의 요건을 충족한 임대주택 5호가 재건축에 따라 신축주택 3호로 전환된 후 양도하는 경우

 -관리처분계획인가 후 양도소득에 대해서도 조특법§97에 따른 감면을 적용할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

□조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세 감면】

①대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 또는 ｢공공주택 특별법｣에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다. <개정 2015.8.28>

 1.1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

 2.1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

②｢소득세법｣제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

①법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.
이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다. <개정 2001.12.31, 2009.2.4, 2019.2.12>

②법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 ｢소득세법 시행령｣제122조제4항 및 제5항을 준용한다. <개정 2005.2.19, 2010.2.18, 2014.2.21>

③법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2001.12.31, 2008.2.29>

④법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2001.12.31, 2005.2.19, 2008.2.29, 2015.12.28, 2020.2.11, 2023.9.26>

 1.｢민간임대주택에 관한 특별법 시행령｣제4조제5항에 따른 임대사업자 등록증 또는 ｢공공주택 특별법｣제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료

 2.임대차계약서 사본

 3.임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우 ｢주민등록법｣제29조제1항에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.

 4. 삭제 <2006.6.12>

 5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

⑤법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29>

 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

 2. 삭제 <2001.12.31>

 3.상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

 3의2. 삭제 <2001.12.31>

 4.5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

 5.제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

⑥법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 ｢전자정부법｣제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기사항증명서 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다. <신설 2006.6.12, 2007.6.28, 2010.5.4, 2010.11.2, 2018.2.13>