1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

피고가 2024. 5. 27. 원고 염○○에게 한 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원의 경정거부처분 및 2024. 5. 23. 원고 박○○에게 한 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원의 경정거부처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

 가. 부부인 원고들은 2011. 9. 22. 서울 ○○구 ○○로 000, ○○○○아파트 000동 000호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)의 각 1/2 지분을 취득하여 2018. 8. 3. 정○○, 배○○과 이 사건 주택을 0,000,000,000원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2018. 9. 27. 이 사건 주택에 관하여 위 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 정○○, 배○○ 앞으로 마쳐주었으며(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 2018. 11. 30. 9억 원 초과분 양도차액에 대하여 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 각 00,000,000원을 신고ㆍ납부하였다.

 원고들은 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 이외에도 아래 표 기재와 같이 성남시 ○○구 ○○로 55, ○○○○아파트 000동 000호(이하 ‘이 사건 제1 임대주택’이라 한다)와 서울 ○○구 ○○로 000, ○○○○○○○아파트 000동 0000호(이하 ‘이 사건 제2 임대주택’이라 한다) 및 서울 ○○구 ○○동 000 ○○아파트 000동 000호(이하 ‘이 사건 대체주택’이라 한다)를 보유하고 있었다.

 나. 원고들은 2020. 7. 16. 9억 원 초과분 양도차액에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2018년 귀속 양도소득세 각 000,000,000원을 수정신고ㆍ납부하였다.

 다. 원고들은 2024. 2. 6. 피고에게 9억 원 초과분 양도차액에 대하여 일반세율 및 장기보유특별공제가 적용되므로 수정신고 시 추가 납부한 각 00,000,000원을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 일반세율을 적용하여 달라는 경정청구는 이유 있으나, 장기보유특별공제를 적용하여 달라는 경정청구는 이유 없다는 이유로, 2024. 5. 23. 원고 박○○에게 00,000,000원을 환급하고, 2024. 5. 27. 원고 염○○에게 00,000,000원을 환급하는 취지로 원고들의 경정청구를 일부 거부하였다(이하 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 7, 9, 10호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

 가. 원고들 주장의 요지

 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

   1) 원고들은 7년 넘게 거주한 이 사건 주택을 팔고 이사하기 위하여 이 사건 대체주택을 취득하였으므로 투기 목적이 없었던 점, 이 사건 대체주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 1년 3개월 남짓에 불과한 점 등에 비추어 이 사건 양도에 대하여 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 법리가 적용되어야 하므로, 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 취급하여 장기보유특별공제를 배제하는 것은 위법하다(이하 ‘제1 주장’이라 한다).

   2) 국세청은 1세대가 2년 이상 보유 및 거주한 거주주택과 장기임대주택, 대체주택을 보유하던 중 거주주택 취득일로부터 1년 이상이 지난 후에 대체주택을 취득하고 대체주택 취득일로부터 3년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택 비과세 적용 가능하다는 유권해석을 일관되게 하여 이를 신뢰한 원고들은 이 사건 대체주택을 취득하고 이 사건 주택을 양도하였는데, 피고가 이 사건 양도 이후 2019. 2. 14. 자 유권해석을 통해 기존의 유권해석을 변경하고 그에 따라 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다(이하 ‘제2 주장’이라 한다).

 나. 원고들의 제1 주장에 대한 판단

   1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

   구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ‘구 소득세법 제95조 제1항에 따른 양도차익’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있고, 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유 특별공제액은 ‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제7항 각호에 따른 자산은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ‘장기보유 특별공제액’이라고 규정하고 있다.

   위 법령의 문언에 의하면, 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도소득금액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 정한 바에 따라 계산하여야 한다. 이 사건에서 피고가 이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원 초과분을 양도차익으로 본 것은 위 법령에서 정한 바에 따른 것이므로, 장기보유특별공제 적용 여부도 위 법령에서 정한 바에 따라야 할 것인바, 이 사건 주택이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각호에 해당하는 자산에 해당하는 이상, 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 보아야 한다[원고들은 이 사건 양도에 대하여 중과세율 적용이 배제된 이상, 그와 한 쌍을 이루는 장기보유특별공제도 적용되어야 한다고 주장하나, 이 사건 양도에 대하여 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제14조 제1항이 적용되어 중과세율 적용이 배제된다고 하여 장기보유특별공제도 적용되어야 한다고 볼 만한 근거를 찾을 수 없으므로, 원고들의 위 주장은 받아들일 수 없다].

   2) 원고들은, 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기 목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다는 취지의 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결에 비추어 판단하면, 이 사건 양도는 위와 같은 특별한 사정이 인정되는 경우에 해당하므로 장기보유특별공제 대상에서 제외되지 않는다는 취지로 주장한다.

   그러나 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 일괄적으로 중과세 대상을 규정하는 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는 점, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것을 당초 입법 의도로 보아야 하는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정하여 해석하기는 어렵다.

   나아가 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고들이 주거 이전을 위하여 불가피하게 이 사건 주택을 양도하기 이전에 이 사건 대체주택을 취득하였다고 보기 어렵고, 원고들이 들고 있는 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결과 같은 사안으로 보기도 어렵다. 따라서 원고들의 제1 주장은 받아들일 수 없다.

   가) 이 사건 대체주택에 관한 매매계약서(갑 제7호증)의 특약사항란에 ‘단지 내 1주택 조합원자격 승계되는 물건이며, 1순위 84㎡(34평형) 신청한 물건이다. 현 임대차 관계(전세 9천만 원)는 매수인이 승계하며 잔금에서 공제한다’고 기재되어 있다. 원고들이 특정 필요에 따라 적시에 주거를 이전하기 위한 목적에서 주택을 구입하려고 하였다면, 임차인이 없는 주택을 매수하고서 그 주택으로 이사할 수 있었을 것으로 보인다. 그럼에도 원고들은 위와 같이 임차인이 있고 재건축이 예정되어 있는 이 사건 대체주택을 취득하였다(이 사건 대체주택은 2019. 1. 30. 멸실되었다).

   나) 원고들은 2012. 2. 17. 이 사건 주택에 전입하여 거주하기 시작하여 2018. 8. 3. 이 사건 주택을 매도하는 매매계약을 체결하고 2018. 9. 27. 그에 따른 소유권이전등기를 마쳐준 후에도 2019. 3. 10.까지 이 사건 주택에 거주한 점 등을 고려하면, 원고들에게 이 사건 주택 양도 이전에 이 사건 대체주택을 먼저 매수하였어야 할 불가피한 사정이 있었다고 보기도 어렵다.

   다) 원고들이 이 사건 대체주택을 취득하기 전에 보유하고 있던 다른 주택을 양도함으로써 3주택 이상을 보유하지 않을 수 있었고, 다른 주택을 처분하는 데에 특별한 제약이 있었던 것으로 확인되지 않으며, 이 사건 주택 매수인의 불가피한 요구에 따라 잔금지급기일을 조정하는 등으로 인하여 이 사건 대체주택 취득과 이 사건 주택양도 순서가 바뀌게 되었다는 등의 특별한 사정도 인정되지 않는다.

   라) 이 사건 대체주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도할 때까지 소요된 기간은 약 1년 3개월인바, 대체주택 취득 후 종전 주택 양도까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적인 기간이라고 보기도 어렵다.

 다. 원고들의 제2 주장에 대한 판단

   조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하도록 규정한 구 소득세법 규정은 2017. 12. 19. 소득세법이 법률 제15225호로 개정되면서 신설된 것으로 해당 소득세법 부칙 제1조 제1호에 따라 2018. 4. 1.부터 시행되었는데, 위 조항의 신설 이유는 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내의 주택을 양도하는 경우에 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 과세형평을 제고하기 위한 것으로서 2018. 4. 1. 이후에 양도된 주택부터 적용되었다(위 부칙 제2조 제2항). 그러므로 원고들이 주장하는 국세청의 2019. 2. 14. 자 유권해석이 있기 전까지의 과세관행은 위와 같이 소득세법이 개정되기 전의 사안에 관한 것으로서 위와 같이 개정ㆍ신설된 법 조항이 적용되는 이 사건에 그대로 적용될 수 없고, 이를 위와 같이 개정ㆍ신설된 법 조항이 적용되는 이 사건에 대한 공적인 견해표명으로 볼 수도 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고들의 제2 주장도 받아들일 수 없다.

4. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.