이 유

1. 처분개요

 가. 청구인은 피상속인의 상속인이고, 피상속인은 서울시 A, B, C 총 3필지의 토지와 A, B필지 지상 건물 1개동 및 C필지 지상 건물 1개동(이하 전체를 “쟁점부동산”, 3필지 토지를 “쟁점토지”, 2개동 건물을 “쟁점건물”이라 한다)를 피상속인 외 4인과 공동소유하였다.

피상속인 외 4인은 2019.10.30. 매수인과 쟁점부동산을 쟁점건물의 매매대금은 없는 것으로 하여 660억원에 일괄 양도하는 매매계약을 체결하고 2020.7.29. 쟁점부동산을 양도하였으며, 피상속인 외 4인은 쟁점건물 양도가액을 0원으로 하여 2020.9.24. 쟁점부동산 양도소득세 예정신고를 하였다.

쟁점건물의 매매대금이 없는 것으로 쟁점부동산 매매계약 및 양도소득세 신고가 이루어진 사유에 대해 청구인은 쟁점토지의 임차인이 예식장 사업을 운영하기 위해 쟁점건물을 본인의 비용과 노력으로 신축(등기부상 소유명의는 피상속인 외 4인으로 함)하였고 임대차 기간이 만료 시 임차인은 쟁점건물을 철거한 후 반환하는 것으로 임대차 계약을 체결하였기 때문이라고 조사청에 소명한 바 있으나,

피상속인이 피상속인의 모친으로부터 쟁점부동산을 상속받을 당시(상속개시일 : 2016.11.16.) 상속세 결정과 관련하여 제기된 쟁점건물의 상속재산 제외 여부를 다투는 소송에서 쟁점건물은 피상속인의 모친 등 토지 임대인의 소유라는 대법원 판결(대법원 2024두00000, 2024.9.16.)로 쟁점건물의 소유관계가 확정되었다.

 나. 조사청은 쟁점건물의 소유관계가 불분명했던 관계로 피상속인이 이행한 2020년 귀속 쟁점부동산 양도소득세 신고에 대해 유보해온 신고내용 적정성을 검증한 결과,

사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 그 가액의 구분이 불분명한 경우 및 사업자가 구분한 가액과 기준시가 등으로 안분계산한 가액이 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하므로,

쟁점부동산을 개별 건물 및 토지의 기준시가로 안분한 가액을 양도가액으로 한 피상속인의 2020년 과세연도 양도소득세 경정 결의서를 D세무서장(이하 “처분관서”라 한다)에게 통보하였고, 처분관서는 이에 따라 상속인인 청구인에게 피상속인의 2020년 귀속 양도소득세 2,172,770,347원을 고지하였다.

 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.30. 이 건 이의신청을 하였다.

2. 청구인 주장

가. 건물 철거 의무가 매수인이 아닌 임차인에게 있는 쟁점부동산은 1차로 토지와 건물 가액을 기준시가로 안분하고, 2차로 쟁점토지를 감정평가액으로 안분하여 양도가액을 산정해야 한다.

 조사청은 쟁점부동산의 기준시가에 따른 1차 안분 후 감정평가액으로 쟁점토지에 대해 2차 안분하는 것은 법령상 그 근거가 존재하지 않는다는 의견이나 2단계 안분 계산의 법적 근거는,

 1) 국세기본법 제14조의 실질과세 원칙으로,“조세의 부담은 납세의무자의 실질에 따라 공평하게 부과되어야 한다”는 조항이다. 이 원칙은 형식적이고 기계적인 기준보다는, 경제적 실질과 가치를 우선하여 과세하도록 요구하고 있는데, 청구인이 주장하는 2단계 안분법은 바로 이 실질과세 원칙에 부합한다.

 부가가치세법 시행령 제64조는 소득세법 제100조의 안분계산 기준을 구체화하는 핵심 하위법령으로, 계층적(감정평가액 → 기준시가 → 장부가액)으로 안분계산을 수행하도록 규정하고 있고, 나아가 법령 어디에도‘단일 기준’적용을 명시한 규정은 없으며, 오히려 법령은 가치평가 기준의‘위계’를 설정함으로써, 상황에 따라 다른 기준이 적용될 수 있음을 전제하고 있고, 부가가치세 집행기준 29-64-1은 가치평가 정보가 혼재 된 경우 2단계 안분 방식이 타당함을 그 논리 구조를 통해 명확히 보여주고 있다.

또한 법령은‘자산 전부에’감정평가액이 있을 것을 요구하지 않는다.‘감정평가액이 있는 경우’란, 적용 가능한 감정평가액 정보가 하나라도 존재하는 경우를 의미하는 것으로 해석함이 타당한바, 정보가 있는 부분에 대해서는 그 정보를 사용하고, 없는 부분에 대해서는 차순위 기준을 적용하는 것이‘활용 가능한 최상의 정보 우선 적용’이라는 입법 취지에 부합하는 합리적 해석이다.

조사청이 적용한‘기준시가 일괄 적용’방식은 법령상 제1순위 기준인 감정평가액을 정당한 이유 없이 배제한 것으로, 법이 정한 위계질서를 명백히 위반한 위법한 처분이며, 이는 거래의 경제적 실질을 왜곡하여 실질과세의 원칙에도 반하게 된다.

 2) 소득세법 제100조 제2항의 목적은 납세자가 자의적으로 가액을 배분하여 조세를 회피하는 것을 방지하기 위함이나, 본 건에서는 건물 철거 의무가 매수인이 아닌 임차인에게 있다는 특수성이 존재하여 조세회피를 위한 이해관계가 근본적으로 부존재 한다.

 매수인은 건물을 취득하여 사용하는 것이 아니라, 어차피 제3자인 임차인에 의해 철거될 운명에 있는 건물을 토지와 함께 거래한 것에 불과하므로, 이 건은‘매도인과 매수인의 이해관계 일치(매수인 입장에서는 건물가액이 얼마로 책정되든 아무런 경제적 이해관계가 없어 건물가액을 낮추는 데 협조할 어떠한 유인도 존재하지 않음)에 기반한 조세회피’라는 대전제 자체가 성립하지 않는다.

 3) 조사청이 토지와 건물을 안분한 근거로 건물 비율이 30% 차이가 나므로, 신고한 토지와 건물 가액을 무시하고 모든 자산에 적용 가능한 기준시가로 토지와 건물을 안분한 금액으로 양도소득세를 결정하고 종결하였다.

 그러나 1차 안분 후 남은 각 토지도 토지 비율이 30% 차이가 나므로, 남은 토지도 적용 가능한 최우선 기준인 감정평가액으로 추가 안분하여 줄 것을 주장하는 것이다.

 4) 조세심판원은 유사 사안에서“5필지 토지·지상 건물·기계장치를 일괄 양도하면서 ① 장부가액을 근거로 1차 안분계산 후 ② 감정가액을 기준으로 2차 안분계산”이라고 판시하여,‘일부’감정평가액이 있는 경우에도 기준시가 보다 감정가액이 우선함을 명확히 판시하였다.

 나. 청구인이 제시하는 감정평가서의 일단지 토지평가액은 적정한 토지의 개발가치를 반영한 평가로서, 쟁점토지의 안분기준으로 사용 가능하다.

 1) 일단지 평가가 타당한 근거는 감정평가에 관한 규칙 제7조 제2항“둘 이상의 대상물건이 일체로 거래되거나 대상물건 상호 간에 용도상 불가분의 관계가 있는 경우에는 일괄하여 감정평가할 수 있다”는 규정이 존재하고, 대법원 판례(2016두940 등 다수)에 따르면 2개 이상의 토지 등에 거래상 일체성 또는 용도상 불가분의 관계가 인정되는 경우에 일괄 평가가 인정된다고 하면서 일단지 평가의 정당성을 일관되게 인정하고 있는바,

 매수인은 쟁점토지 3필지 전체를 매입하여 하나의 건축물을 신축 개발할 명확한 목적을 가지고 있어, 여러 필지가 하나의 개발 사업 부지로 사용될 것이 예정된 경우, 각 필지는 독립적으로 기능하기보다 전체 부지의 일부로서 유기적으로 결합하여 가치를 형성하게 되므로 일단지로 평가하는 것이 거래의 실질에 부합하고,

 개별공시지가는 표준지공시지가를 기준으로 토지 가격 비준표를 적용하여 산정되는 행정 목적의 가격으로, 각 필지의 개별적인 특성(형상, 도로 접면, 용도지역 등)을 기준으로 산정되기에 여러 필지가 결합하여 하나의 개발 부지로 사용될 때 발생하는 시너지 효과나 개발 이익을 반영하지 못하는 한계가 있다.

 2) 부가가치세법 시행령 제64조는 법정 기간 내의 공신력 있는 감정평가액을 최우선 안분 기준으로 규정할 뿐 그 목적을 제한하지 않으며, 조세심판원 심판례 등 다수의 판례에서 감정평가사 등이 대출 등을 담보할 목적으로 평가한 감정평가액은 부가가치세법 시행령 제64조의 안분계산의 기준에 부합한다고 판시하고 있으므로, 청구인이 제시하는 감정평가서는 작성 목적이 담보목적이라 하더라도 쟁점토지의 안분기준으로 사용 가능하다.

 다. 이 건 피상속인 외 쟁점부동산 공동소유자 1인에 대한 동일 쟁점 과세전적부심사청구에서 E세무서에서는 위 청구주장을 채택하였다.

 이 건과 동일한 쟁점에 대해 E세무서가 내린 과세전적부심사‘채택’ 결정(적부-E-2025-0***)은 이러한 청구주장의 정당성을 공적으로 확증한바, 1차로 토지와 건물을 기준시가로 안분하여 경제적 실질이 없는 건물 가액을 분리하고, 2차로 1단계에서 배분된 토지 가액을 법정 최우선 기준인 감정가액으로 (재)안분하는 방식이야말로 실질과세의 원칙에 부합하며, 경제적 실질을 왜곡하는 과세처분을 바로잡는 유일한 방안임을 명백히 하였다.

 따라서 조세회피 의도를 대전제로 입법된 법령을, 입법 취지와 사실관계를 근본적으로 달리하는 이 사건에 처분청이 기준시가만으로 획일적으로 안분하여 과세한 처분은, 실질과세의 원칙에 반하는 위법한 처분이므로 마땅히 취소되어야 하고, 청구인의 주장에 따라 양도소득세 과세표준과 세액을 재결정하는 것이 타당하다.

3. 조사청 의견

가. 소득세법 제 100조 제2항 및 제3항과 이에 위임받은 소득세법 시행령 제166조 제6항에 따른 부가가치세법 시행령 제64조 내지 부가가치세 집행기준 29-64-1에 의거하여 쟁점부동산을 기준시가로 안분하여 양도가액을 산정한 조사청의 처분은 정당하다.

 1) 소득세법 제100조에서는 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우, 그 가액 구분이 불분명한 때(사업자가 구분한 가액과 기준시가 등으로 안분계산한 가액이 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 구분이 불분명한 것으로 봄)에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하도록 되어 있고,

 이에 위임받은 소득세법 시행령 제166조 제6항에서는 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산 하도록 되어있으며,

 부가가치세법 시행령 제64조 제3호에는 제1호(기준시가가 모두 있는 경우 및 감정가액 우선 적용 규정)와 제2호(기준시가가 일부 또는 모두 없는 경우 규정)를 적용할 수 없거나 적용이 곤란한 경우 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액으로 하도록 규정하고 있는바,

   쟁점부동산인 3필지 토지와 2개동의 건물은 모두 기준시가가 존재하나 감정평가액은 존재하지 않는 경우(청구인은 토지에 대한 감정평가액이 존재한다고 주장하나 해당 감정평가액은 안분기준으로서의 요건을 충족하지 않음)로서, 조사청은 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 내지 제3호에 따른 부가가치세 집행기준 29-64-1 ‘③기준시가가 모두 있는 경우’에 근거하여 안분한 것인 반면,

   청구인은 쟁점부동산의 기준시가에 따른 1차 안분에 더하여 안분기준으로서 요건을 갖추었다고 주장하는 감정평가액으로 쟁점토지에 대해 다시 2차 안분을 해야 한다고 하나, 법령상 어디에도 (재)안분을 가능케 하는 근거가 존재하지 않는다.

   청구인은 소득세법 제100조의 위임규정과 부가가치세 시행령 제64조의 안분 계산 시 적용 순서를 인용하며 기준시가는 하위기준이고 감정가액은 어떤 경우이든 우월한 상위기준이라는 명제를 씌우고, 지나친 일반화의 오류 논리로써 양도자산 각각의 감정가액이 ‘모두’ 있는 경우가 아닌, 양도자산 중 ‘일부’ 감정가액이 있는 경우에도 법령상 명확한 조문에 근거함 없이 기준시가(하위기준)에 의한 안분 결과를 일부라도 감정가액(상위기준)으로 (재)안분을 할 수만 있다면 감정가액(상위기준)을 통한 (재)안분 결과가 법령상의 체계와 경제적 실질에 가장 부합하는 것이라고 왜곡하여 해석하고 있다.

   2) 청구인은 소득세법 제100조 제2항의 제정 목적이 납세자가 자의적으로 가액을 배분하여 조세를 회피하는 것을 방지하기 위함이라 언급하면서 매도인들의 조세회피 목적이 없음을 이유로 쟁점부동산을 기준시가로 1차 안분 후 쟁점토지를 감정가액으로 2차 안분함에 아무런 제약이 없다는 취지의 주장이나,

 소득세법 제100조는 강행규정으로서 아래와 같이 조세회피 목적 유무와 관련 없이 안분계산한 가액을 실지거래가액으로 보는 것이다.

   3) 청구인은 조사청의 토지·건물 안분 근거가 건물 비율이 30% 차이가 나기 때문이니, 1차 안분 후 쟁점토지도 30% 차이가 있으므로 안분 대상이라는 주장이나, 이는 청구인이 소득세법 제100조를 잘못 이해한 것으로,

해당 조문은 토지와 건물 등을 일괄 양도한 경우에 사업자가 안분한 가액이 기준시가 등으로 안분한 가액과 30%이상 차이가 나는 경우 가액 구분이 불분명한 것으로 보는 것인데, 청구인은 1차 안분한 토지의 기준시가 차이도 30% 이상이니 감정평가액으로 추가 안분대상이라고 주장하고 있다.

   4) 부가가치세 집행기준 29-64-1에서는 각각의 양도자산의 실거래가액, 감정평가액, 기준시가가 모두 있는 경우 ①실거래가액, ②감정평가액, ③기준시가 순서에 따라 안분하도록 하고 있고, 위 3가지 이외의 경우 그 다음 순서로 ④기준시가가 일부 있는 경우 1차적으로 장부가액으로 안분 후 기준시가가 있는 자신에 대하여 그 합계액을 기준시가로 (재)안분할 것을 명시하고 있는 바,

청구인이 2차 안분의 정당함을 주장하며 인용하고 있는 조심2010중3848의 심판례는 부가가치세 집행기준 29-64-1에 따라 토지, 건물, 기계장치라는 각각의 자산이 실거래가액, 감정평가액, 기준시가가 중 그 가액이 모두 존재하는 경우가 없으므로 그 다음 순서인 ④기준시가가 일부 있는 경우 1차적으로 장부가액으로 안분 후 기준시가가 있는 자신에 대하여 그 합계액을 기준시가로 (재)안분할 것이나, 기준시가보다 시가에 가깝다고 판단한 감정평가액을 (재)안분의 기준으로 바꿔 삼은 것일 뿐, 각각의 자산의 기준시가가 모두 존재하므로 ③기준시가로 안분해야 하는 것을 일부 감정평가액이 존재한다고 하여 임의로 ④기준시가가 일부 있는 경우의 안분 방법을 적용한 것이 아니며,

해당 심판례의 주요 쟁점은 건물 장부가액 산정 시 매수인인 청구법인은 매도인의 건물신축가액을 주장하였고, 처분청은 매도인의 현물출자 당시 장부가액을 주장하였던 것으로, 본 건 쟁점과는 아무런 관계가 없고 (재)안분에 대한 논의 내용 또한 없어 본 건에 동 심판례를 인용하는 것은 적절하지 않다.

 나. 청구인이 제시하는 감정평가서의 일단지 토지평가액은 매수인의 개발행위를 전제로 금융권 대출을 위해 평가된 것으로서, 공시지가가 70%이상 차이 나는 토지들의 안분기준으로 적절하지 않다.

 청구인 제시 감정평가서에는 쟁점토지를 일괄감정평가한 이유와 내용에 대하여 기재되어 있고, 둘 이상의 용도지역에 걸쳐 토지가 가치를 달리하지만 면적으로 평가하였으며, 면적은 개략적으로 산출하였다고 되어 있는바,

 이는 개별 토지의 가치를 고려하지 않은 매수인의 대출 목적을 위한 감정평가서로서 A 및 B번지와 C번지의 안분기준을 위한 감정가액으로 적합하지 않다.

 청구인은 과세자료 해명 시 C번지 건물과 토지에 대한 별도의 감정평가서를 제출한 바 있는데, 가격산정 기준일은 2020.5.14.로 쟁점토지를 일단지로 평가한 위 청구인 제시 감정평가서의 가격산정 기준일과 불과 14일 차이밖에 나지 않고, 감정평가 목적 또한 동일하게 담보목적이었음에도 해당 감정평가서에서는 논현 C의 토지 평가 단가는 19,500,000원으로, 청구인 제시 감정평가서상 일단지 평가 단가인 36,700,000원과 약 2배 정도의 차이가 존재하였다.

 즉, 청구인이 제시한 감정평가서는 목적 및 감정평가 기관에 따라 감정가액이 달라질 수 있는 여러 감정평가서들 중 하나로, 해당 감정평가서가 쟁점토지의 시가(가치)를 절대적으로 반영하고 있다고 볼 수 없으므로, 쟁점토지의 안분기준으로 적절하지 않다.

 다. 이 건 피상속인 외 쟁점부동산 공동소유자 각 2인에 대한 동일 쟁점 과세전적부심사청구에서 F세무서와 G세무서에서는 위 청구주장을 불채택하였다.

   본 건 쟁점부동산 양도와 관련하여 본 건 피상속인을 제외한 공동상속인 4인은 조사청의 과세 결정에 과세전적부심사청구를 하였는데,

 E세무서에서 본 건과 동일 사안에 대해 채택 결정을 한 바 있으나, 이는 쟁점건물의 소유권과 관련하여 본 건 피상속인을 포함한 공동상속인 4인의 토지 소유자를 쟁점건물 소유권자로 확정한 대법원 판결이 있었음에도 사실상 소유권이 토지 임차인에게 있다는 취지의 청구 주장과, 2025.2.28. 신설되어 본 건 쟁점부동산 양도 당시에는 적용이 불가한 소득세법 시행령 제166조 제8항 제2호에 따른 건물 철거를 사유로 한 실질과세 원칙 주장을 그대로 받아들인 E세무서 국세심사위원회의 오해에서 비롯된 결과이다.

E세무서를 제외한 F세무서와 G세무서 국세심사위원회에서는 본건과 동일 사안에 대해 조사청이 쟁점부동산을 기준시가로 안분하여 양도가액을 산정한 처분은 정당하므로 불채택 결정하였다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

토지와 건물을 일괄양도함에 있어 토지만 감정평가액이 있는 경우, 양도가액은 토지와 건물을 기준시가로 1차 안분하고, 각 토지를 감정평가액으로 2차 안분계산 해야한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

   1) 국세기본법 제14조【실질과세】

    ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

   2) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】(제13558호, 2016.01.01. 시행, 2015.12.15. 일부개정)

    ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

    ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

    ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>

    ④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2015.12.15>

   3) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】(제27074호, 2016.03.31. 시행, 2016.03.31. 일부개정)

    ⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제62조제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. <개정 2005.2.19, 2007.2.28, 2013.6.28, 2016.2.17, 2016.3.31>

   4) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】(제29535호, 2019.02.12. 시행, 2019.02.12. 일부개정)

  법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2015.2.3, 2016.8.31, 2019.2.12>

     1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

     2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

     3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

   5) 부가가치세법 집행기준 (2020)

   6) 감정평가에 관한 규칙 제7조【개발불건 기준 원칙 등】

    ② 둘 이상의 대상물건이 일체로 거래되거나 대상물건 상호 간에 용도상 불가분의 관계가 있는 경우에는 일괄하여 감정평가할 수 있다.

다. 사실관계

   1) 본 건 피상속인 외 공동소유자 4인과 매수인이 채결한 아래 쟁점부동산 매매계약서의 매매대금 관련 내용을 살펴보면, 매수인은 매매목적물을 매수한 후 건물을 철거하여 신축 개발사업을 영위하고자 하여 매도인과 매수인은 건물의 매매대금을 없는 것으로 하기로 합의하였으며, 매매대금은 육백육십억원이고, 매매계약서상 매매목적물 및 매도인별(토지별, 건물별, 고유지분별) 구체적 내용은 다음과 같다.

< 쟁점부동산 매매계약서 일부 발췌 >

( 그림 생략 )

   2) 본 건 쟁점부동산 매수인의 쟁점부동산 담보대출과 관련하여 대출실행 은행이 쟁점부동산을 감정평가 의뢰한 감정평가서의 주요 내용을 살펴보면, 평가 기준일은 2025.5.28.이고, 쟁점건물을 철거 예정으로 평가에서 제외하였으며, 쟁점토지는 이단을 이루어 일괄 평가한바, 총 696억원(토지단가 36.7백만원)으로 평가되었다.

< 청구인 제시 쟁점부동산 감정평가서 일부 발췌 >

( 그림 생략 )

   3) 조사청은 청구인이 과세자료 해명 시 제출한 C번지 건물과 토지에 대한 별도 감정평가서상 C의 토지 평가 단가는 청구인 제시 쟁점부동산 감정평가서상 토지 평가 단가의 약 1/2로(토지단가 19.5백만원), 그 차이가 극명하여 청구인 제시 감정평가액의 시가(가치) 반영 주장을 신뢰할 수 없다는 의견의 근거로 아래 C번지 별도 감정평가서를 제출하였다.

< C번지 별도 감정평가서 일부 발췌 >

( 그림 생략 )

   4) 쟁점토지의 개별공시지가, 감정평가액Ⅰ(일단지 평가), 감정평가액Ⅱ(C번지 개별평가)를 정리하면 아래와 같다.

   5) 청구인은 본 건 쟁점건물은 철거 의무가 매수인이 아닌 임차인에게 있는 특수성이 존재한다는 주장의 근거로 아래 쟁점부동산 임대차계약서 일부를 발췌하여 제출하였다.

< 쟁점부동산 임대차계약서 일부 발췌 >

( 그림 생략 )

라. 판단

  소득세법 제100조 및 같은 법 시행령 제166조, 부가가치세법 제29조 및 같은 법 시행령 제64조에서는 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 하도록 하는 한편,

 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 위 규정에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 것으로 보고 있는 바,

여기서 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라, 계약서상 토지의 가액과 건물이 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하다(대법원 2012두22492, 2013. 1. 24.).

 청구인은 부가가치세법 시행령 제64조에는 감정평가액이 있는 경우 감정평가액을 우선 하여 그 가액에 비례하여 안분하도록 하고 있고, 법령상 자산 전부에 감정평가액이 있을 것을 요건으로 하는 것은 아니므로 건물 철거 의무가 매수인이 아닌 임차인에게 있는 쟁점부동산의 건물과 토지를 기준시가에 의해 1차 안분한 후, 쟁점토지에 대해 감정평가액으로 2차 안분하여 양도가액을 계산해야 한다는 주장이나,

 부가가치세법 시행령 제64조 제1호의 감정평가액에 따른 안분계산은 조문의 단서 부분인바, 선행 문구상 기준시가가 “모두” 있는 경우와 동일하게 감정평가액이 “모두” 있는 경우로 해석하는 것이 문리상 자연스럽고 타당하며,

 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는바(대법원 1984.6.26. 선고 83누709 판결; 1990.5.22. 선고 89누7191 판결; 1991.7.9. 선고 90누9797 판결),

 쟁점부동산의 각 자산별 기준시가가 모두 존재함에도 일부 자산의 감정가액이 존재한다고 하여 이를 감정가액으로 (재)안분 하는 것이 법령상의 체계와 실질과세 원칙에 부합한다는 청구인의 주장은 구체적인 법령에 근거하지 않아 받아들이기 어려우며,

 청구인이 쟁점토지의 (재)안분 기준으로 타당하다고 주장하는 일단지 감정평가금액은 매수인이 쟁점토지 3필지 전체를 매입하여 하나의 건축물을 신축 개발할 목적이 있어 일단지 평가가 거래의 실질에 부합한다는 주장이나,

 이는 어디까지나 매매계약에 의하여 쟁점토지가 매수인에게 공급된 후의 부가적인 사정에 불과하여 쟁점토지 양도 시점 양도가액 산정에 고려하여야 할 요소가 아니므로 개별 필지의 특성이 고려되지 않은 일단지 감정평가금액이 (재)안분 기준으로 타당하다는 주장 또한 받아들이기 어려운바,

 쟁점부동산을 매수인에게 일괄 양도하는 방식으로 매매계약을 채결하고 쟁점토지에 대한 감정평가액은 있으나 쟁점건물에 대한 감정평가액이 없는 상황에서 쟁점부동산 양도인들이 신고한 양도가액이 기준시가에 비례하여 안분한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 토지와 건물 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하므로,

 본 건 처분관서가 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 비례하여 안분한 가액을 양도가액으로 하여 2020년 과세연도 양도소득세를 경정 ‧ 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구인 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.