주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. *. *. 원고에게 한 2015년 사업연도 종합소득세****원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 수정하고 원고가 이 법원에서 강조한 주장에 대하여 제2항에서 추가로 판단하는 외에는 제1심판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제3면 아래에서 제2행의 ****원을 『****원』으로 고쳐쓴다.

○ 제1심판결 제4면 아래 각주를 삭제한다.

○ 제1심판결 제4면 제3행 다음에 아래 내용을 추가한다.

『3) 한편, 이 사건 법인에 대한 부가가치세 및 법인세 부과처분은 조세심판과 감액

경정 절차를 거쳐 2015 사업연도 법인세 ***원, 2016 사업연도 법인세***원, 2015년 제2기 부가가치세 ****원, 2016년 제2기 부가가치세 ****원의 부과처분으로 잔존하였다가, 이 사건 법인이 위 잔존세액 부분에 대

한 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하여 2024. 7. 25. 2015 사업연도 법인세****원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 2015년 제2기 부가가치세 ****원의 부과처분 중 ****원을 초과하는 부분, 2016년 제2기

부가가치세****원의 부과처분 중****원을 초과하는 부분을 취소하는

판결이 선고되었다(수원지방법원 2022구합61619호). 이 사건 법인이 패소부분에 대하여 항소하였으나 2025. 9. 3. 항소기각 판결이 선고되었고(수원고등법원 2024누14421호), 이에 이 사건 법인이 상고하여 현재 상고심 계속 중이다(대법원 2025두35056호).』

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

원고는 이 법원에서도 거듭하여, ① ##동 토지의 실제 양도대금은**** 원이고, aaa와 이 사건 법인의 실질적 운영자인 bbb이 양도대금을**** 원으로 하여 소위 ‘업계약서’를 작성한 것일 뿐이므로, 이 사건 법인이 XX동 토지 양도대금으로**** 원을 수령하고도 이 사건 누락금액(**** 원 = **** 만원 – **** 만 원)에 대한 신고를 누락하였음을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 근거 없이 과세된 것으로 위법한 점, ② 설령 이 사건 법인이 이 사건 누락금액에 대한 수입 신고를 누락하였다고 보더라도, aaa가 작성한 사실확인서(갑 제27호증)에의하면 이 사건 누락금액은 원고가 아닌 ddd에게 귀속되었으므로, 이를 원고의 소득으로 상여처분한 것은 위법한 점 등에 비추어, 이 사건 처분은 취소되어야 한다고 주장한다.

나. XX동 토지의 양도대금 관련

1) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다. 그렇지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 사건에서 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2016. 6. 10. 선고 2015두60341 판결 등 참조).

2) 제1심이 인정한 사실 및 사정에 갑 제3, 5, 21, 23, 27, 31호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사실이나 사정까지 보태어 보면, XX동 토지의 매매대금이**** 원이라는 사실이 상당한 정도로 증명되었다고 봄이 타당하다. 원고가 주장하는 사정이나 제출한 증거만으로는 XX동 토지의 실제 매매대금이 **** 원이라고 보기 어렵고, 달리 그와 같이 볼 자료가 없다.

① 원고는, XX동 토지에 관하여 업계약서가 작성된 경위에 대하여 ‘XX동 토지 관련 사업과 &&동 토지 관련 사업은 서로 연계되어 있는데, aaa가 ddd으로부터 &&동 토지를 매입하며 실제 양수대금인 **** 원이 아니라 **** 원으로 소위 다운계약서를 작성하였고, 이를 숨기기 위해 이 사건 법인과 aaa 사이에 XX동 토지 매매계약을 체결하면서 실제 양도대금에 **** 원을 더하여 업계약서를 작성하게 된 것‘이라고 주장한다. 그러나 이 사건 법인과 aaa 사이에 작성된 2015. 9. 10.자 토지매매계약서 2부(갑 제23호증의 1 제15 내지 16면), 2015. 9. 21.자 토지 및 사업권 양도·양수계약서(갑 제3호증), 원고가 2016. 11. 15. aaa에게 발송한 내용증명(을 제2호증),XX동 토지 호텔에 대한 수지분석자료(갑 제5호증 제2면)에 모두 XX동 토지 양도대금이 **** 만 원으로 기재되어 있는바, 이를 모두 단순한 오기로 보기는 어렵다.

② 원고가 실제 계약서라고 주장하는 2015. 9. 21.자 매매계약서에 의하더라도, 토지매매대금 **** 만 원 외에 XX동 토지에 경료된 근저당권채무는 매수인 aaa가 인수하기로 하는 내용의 특약이 있고(갑 제21호증의 1), 당시 XX동 토지에는 채무자를 이 사건 법인으로, 근저당권자를 &&새마을금고로 하는 채권최고액 **** 원 및 **** 원의 각 근저당권설정등기가 마쳐져 있었다(을 제4호증). aaa는 2015.10. 30. 이 사건 법인에 ****원을 지급하였고(을 제3호증), 이 사건 법인은 같은날 ****원(= 원금 ****원 + 이자 ****원 + 중도상환수수료****원) 및 ****원(= 원금****원 + 이자 ****원 + 중도상환수수료****원) 합계 ****원(= ****원 + ****원)을 중도상환하여 위 각 근저당권설정등기가 말소되었는바(갑 제31호증), aaa가 이 사건 법인에지급한 금액은 위 중도상환금 합계액과 정확히 일치한다.

③ 원고는, aaa가 작성한 사실확인서(갑 제27호증)에 XX동 토지에 관하여 업계약서가 작성된 경위, 이 사건 법인의 실질적 운영자였던 bbb이 aaa로부터 &&동 토지대금 **** 원을 수령하여 이를 다시 ddd 측에게 지급한 사정, 매매계약서(갑제3호증)에 기재된 XX동 양도대금**** 만 원은**** 원’의 오기라는 사정이 상세히 기재되어 있음을 이유로, XX동 토지의 실제 매매대금이**** 원이라고 주장한다. 그러나 aaa는 당초 세무조사 과정에서 XX동 토지의 양도대금으로 지급한 금액이 아래 표 기재와 같이 약**** 만 원이라는 취지로 대금 지급 내역을 소명하면서 금융증빙자료를 제시하였는바(을 제3호증), aaa가 사후 작성한 위사실확인서는 위와 같은 객관적 증거에 배치되어 그 기재내용을 그대로 믿기 어렵다.

1) 이 사건 법인의 사내이사였다가 2016. 3. 30. 사임하였다.

④ 원고는 XX동 토지의 실제 매매대금이 **** 원이라고 주장하면서, 2015.9. 21.자 계약금 **** 억 원, 2015. 10. 1.자 잔금 **** 원, 2015. 10. 30. 근저당권부 채무 **** 원, 합계 ****만 원(= ****원 + **** 원 + ****원)이라고 주장하다가(항소이유서 제18 내지 19면), 이후 XX동 토지의 매매대금****만 원(= 2015.9. 30.자 **** 중 ddd에게 전달된 1억 원을 제외한 ****원 + 2015.10. 1.자 ****원 + 근저당권부 채무 ****원 + 근저당권 채무 인수 당시 지급된 ****원) 중 현실적으로 지급된 금액은 ****원이고, aaa가 근저당권부 채무이자와 중도상환수수료가 너무 과도하다고 하면서 채무인수액으로 봐달라고 요구하여****을 토지매매대금으로 포함하였다고 주장하는(2025. 10. 15.자 준비서면 제8면)등 그 주장 내용이 일관되지 아니한다.

⑤ 한편 원고는 XX동 토지 ‘업계약’에 따른 차액 ***의 지급과정에 대하여 ‘**** 중****원은 aaa가 허용회 계좌로 ****원을 입금하자 허용회가 그중 ****원을 수표로 출금하여 bbb에게 지급하였고, bbb이 다시 그 수표를 본인이 보유하던수표로 바꾸어 eee에게 지급하였다. 나머지****원은 bbb이 보유한 채권으로 ddd에게 지급하였다(aaa가 발행한 ****원의 수표를 bbb에게 따로 지급한 것으로 추정된다)’고 주장하였다가(소장 제14면), ‘bbb이 aaa로부터 &&동 토지 매매대금 차액 ****원을 수표로 지급받아 ddd에게 전달해주었다’고 주장하는 등(항소이유서 제20면) 그 주장이 일관적이지 않고 불명확하며 이를 뒷받침할 객관적인 증거도 제출되지 않았다. 그 외에도 원고는 XX동 양도대금의 지급 내역을 구체적으로 특정하지 못하고 주장을 번복하고 있다.

다. 이 사건 누락금액의 귀속 주체 관련

1) 장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명하지 않은 한 과세관청이 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정 2) 에의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없고, 이 경우 사외유출된 수입금이누군가에게 귀속되었을 것임은 분명하나 그 구체적 귀속자를 밝힐 수 없는 경우도 ‘귀속이 불분명한 경우’에 포함되며(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 참조), 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게있다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 등 참조).

2) 앞서 본 사실 및 사정에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① aaa 작성의 사실확인서(갑 제27호증)의 기재 내용이 객관적 증거에 배치되어 그대로 신빙하기 어려운 점, ② 허용회나 aaa가 발행한 수표가 최종적으로 ddd에게 귀속되었음을 확인할 수 있는 객관적 자료가 없는 점 등 제1심판결 이유에서적절히 판시하고 있는 여러 사정들에 비추어 보면, 이 사건 누락금액의 구체적 귀속자를 밝힐 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 원고가 주장하는 사정이나 제출한 증거만으로는 이 사건 누락금액이 ddd에게 귀속되었다고 보기 어렵고, 달리 그와같이 볼 증거가 없다.

2) 법인세법

제67조(소득처분)

다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법 시행령

제106조(소득처분)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

3. 결론

제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.