1. 기초사실

가. 미국 델라웨어주 법인 Cㅇㅇㅇㅇㅇ Inc.(이하 ‘미국 ㅇㅇ’이라 한다)은 한국 ㅇㅇ 주식회사(이하 ‘한국 ㅇㅇ’이라 한다)의 주식을 100% 소유한 모기업으로 2021. 3. 11. 미국 뉴욕증권거래소(NYSE)에 상장되었다.

나. 원고는 한국 ㅇㅇ에 근무하던 중 2014년경 미국 ㅇㅇ로부터 주식매수선택권 58,750주(이하 ‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다)를 부여받고 퇴사하였다.

다. 원고는 2017. 9. 6. 한국 ㅇㅇ에 이 사건 주식매수선택권을 행사하였다.

라. 원고는 2021. 3. 10. 미국 ㅇㅇ에서 주식매수선택권을 관리하는 사이트에 공개한 FMV(Fair Market Value) 1.97달러(이하 ‘FMV 공개 주식 가액’이라 한다)를 시가로 한 주식매수선택권 행사이익 111,687,592원을 반영하여 2017년 종합소득세에 대한 기한후신고(이하 ‘이 사건 기한후신고’라 한다)를 하였고, 2021. 3. 11. ㅇㅇ세무서장에 종합소득세 58,581,330원을 납부하였다(이하 ‘이 사건 납부’라 한다).

마. 원고는 2023. 7. 21. ㅇㅇ세무서장에 대하여 위 행사주식의 시가가 고평가되어 행사이익이 과다 계산되었다는 이유로 위 신고납부세액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, ㅇㅇ세무서장은 2023. 7. 25. 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호1)(후발적 사유로 인한 경정 등 청구)에 해당하지 않는다는 이유로 위 청구를 각하하였다. 바. 원고는 2024. 3. 22. 조세심판원에 조세심판을 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 9. 9. 원고의 심판청구가 국세기본법 제68조에 정한 청구기간(90일)을 도과하였다는 이유로 각하하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 미국 ㅇㅇ의 미국 뉴욕증권거래소 상장 전인 2017년에 주식매수선택권을 행사하였는데, 이 사건 기한후신고에서 과세표준의 전제가 된 이 사건 주식의 FMV 공개 주식 가액 1.97달러(이하 ‘이 사건 주식 시가’라 한다)는 실제 시가가 아니고, 관련 법령에 따른 시가(상속세 및 증여세법 시행령 제58조의32) 제1항 또는 제2항에 따른 평가액)도 아니어서 소득세법상 근거가 없으므로, 원고의 이 사건 납부는 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효이다. 따라서 피고는 원고에게 법률상 원인 없이 취득한 이 사건 납부 금액 58,581,330원 및 이에 대한 법정이자 등을 부당이득으로 반환하여야 한다.

3. 판단

가. 법리

취득세, 등록세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고(과세관청은 납세의무자로부터 신고가 없는 경우에 한하여 비로소 부과처분에 의하여 이를 확정하게 되는 것이다), 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결 등 참조).

과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017

다242409 전원합의체 판결 참조).

나. 판단

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 원고가 신고한 이 사건 주식 시가는 관련 법령에 따라 평가 및 계산된 것으로서 법인세법 제89조 제1항에서 규정한 시가에 해당하거나 상속세 및 증여세법 시행령 제58조의3에 의해 평가된 가액에 해당하여 법령상 근거가 있다고 할 것이고, 설령 위와 같은 근거법령 적용 여부나 그 해석에 다툼이 있어 결과적으로 원고의 이 사건 기한후신고에 하자가 있다고 하더라도 그 하자가 중대명백하다고 보기 어려우므로 당연무효가 될 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1) 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다’고 정하고 있고, 제2항은 ‘시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다’고 규정하면서 제2호에서 ‘상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 등을 준용하여 평가한 가액’을 들고 있다.

2) 그런데 원고와 동일한 조건으로 주식매수선택권 계약을 체결한 다수의 사례들이 FMV 공개 주식 가액을 비상장주식의 정상가격으로 보아 주식매수선택권을 행사하였고 위 가격을 시가로 하여 종합소득세 신고를 한 점 등에 비추어 이 사건 주식 시가는 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우’에 해당한다.

3) 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목에서는 ‘「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 이외의 주식은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다’고 정하고 있고, 같은 법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32414호로 일부개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항에서 ‘외국에 있는 상속 또는 증여재산으로서 법 제60조 내지 법 제65조의 규정을 적용하는 것이 부적당한 경우에는 당해 재산이 소재하는 국가에서 양도소득세·상속세 또는 증여세등의 부과목적으로 평가한 가액을 평가액으로 한다’고 규정하고 있다.

4) 그런데 미국 국세법(Section 409A of the Internal Revenue Code for the IRS)에서는 비상장회사 스톡옵션의 행사가는 409A ‘가치산정 방법에 따른 공정시장가치’로 결정하도록 하고 있고, 미국 ㅇㅇ에서 제공한 FMV 공개 주식 가액은 미국법에 따라 공정시장가치를 평가하는 전문기관인 JP모건 자회사(Global Shares)가 평가한 가액으로서 상속세 및 증여세법 시행령 제58조의3(국외재산에 대한 평가)에 의해 산출된 가액으로 볼 수 있다.

5) 앞서의 법리에 비추어 보더라도 원고의 이 사건 기한후신고에 적용된 이 사건 주식 시가에 관하여 ㅇㅇ세무서장이 위 각 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였는바, 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀졌다고 볼 수 없으므로 이와 같이 법령 해석에 다툼의 여지가 있는 때 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.