사실과 다른 세금계산서인지 여부

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사실과 다른 세금계산서인지 여부

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사실과 다른 세금계산서인지 여부

수원지방법원-2023-구합-69061

생산일자 2026.01.22.

AI 요약

요지

원고는 위 물품을 제작한 것으로 보이고(갑 제68호증의 3, 을 제44호증 제22면), Q 대표이사 R이 작성한 사실확인서(을 제52호증)에 의하면 Q는 2021년 국방사업 참여를 위하여 원고와 위 계약을 체결하였으나, Q의 자금난으로 위 계약 유지를 위해 위 계약상 물품대금의 10%만 지급하였으며, 현재까지 나머지 대금을 지급하였다거나 위 계약이 해제되었다고 볼 만한 사정은 확인되지 않는다. 그리고 원고가 대금을 지급받지 않았음에도 먼저 매출거래에 관한 세금계산서를 선발급할 이유를 찾기 어렵고, 원고는 이에 관한 부가가치세를 납부하였던 것으로 보이는바, 원고는 위 물품을 제작하고 Q의 요청에 따라부가가치세법상 요건을 충족하는 것을 전제로 세금계산서를 선발급하였다가 Q로부터 대금을 받지 못하여 인도를 하지 않았다는 원고 주장이 사실이 아니라고 보기는 어렵다. 그렇다면, 이 부분 세금계산서에 대한 수정세금계산서를 발급해야 할지는 별론으로, 이 부분 세금계산서의 거래가 존재하지 아니하여 당초 발급 당시에 사실과 다른 세금계산서라고 보기 어렵다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 관계자의 지위

원고는 지능형 영상감시 시스템 제조, 도소매, 수출입업 등을 영위하는 회사이고, 농업회사법인 주식회사 A(변경 전 상호 ‘B’, 이하 ‘A’라고 한다)는 미세조류 배양설비 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이며, 주식회사 C(이하 ‘C’라고 한다)는 열상카메라용 센서 도소매, 수출입업 등을 영위하는 회사이고, 주식회사 D(변경 전 상호 ‘E’, 이하 ‘D’라고 한다)는 소프트웨어 개발 및 공급업, 열상카메라용 센서 도소매, 수출입업 등을 영위하는 회사이다(이하 위 각 회사들을 통틀어 ‘원고 등’이라고 한다).

나. 세무조사 등

1) F세무서장은 2021. 2. 1. C에 대하여 아래와 같은 내용의 현장확인 안내를 통보하고 같은 날부터 2021. 2. 5.까지 현장확인을 실시하였다(이하 ‘이 사건 현장확인’이라고 한다).

2) G지방국세청장은 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제81조의7 제1항 단서 규정을 들어 세무조사 사전통지를 하지 아니하고 원고에 대하여 2021. 5. 27.부터 2021. 11. 27.까지 아래와 같은 내용으로 세무조사를 실시하였다(이하 ‘이 사건 세무조사’라고 한다).

3) 위 세무조사 결과, G지방국세청장은 ① 원고가 교부·수취한 별지2 기재 각 세금계산서(이하 위 각 세금계산서에 관한 거래를 통틀어 ‘이 사건 각 거래’라고 한다)가 실제 재화·용역의 거래 없이 교부·수취된 것으로서, 원고가 2020년 제2기부터 2021년 제1기까지 가공매출액 1,639,090,908원, 가공매입액 7,745,399,090원을 신고한 것으로 보아, 피고에게 이를 통보하는 한편, ② 2021. 11. 30. 원고가 위 가공매입액 중 2020년 C로부터의 가공매입 792,360,000원(별지2 목록 2. 연번 6, 8)을 거래처 선급금(외상매입금)으로 계상한 후 원고의 대표이사 H에 대한 가지급금 792,360,000원과 상계한 것을 H에 대한 상여로 보아 법인세법 제66조 제2항, 제67조, 구 소득세법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것)에 따라 계정과목을 상여로 정정하고, 위 돈을 H에게 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘종전 소득금액변동통지’라고 한다).

다. 원고에 대한 법인세 및 부가가치세 경정처분 등

1) 피고는 G지방국세청장으로부터 통보받은 위 과세자료를 바탕으로 아래와 같이 원고에 대하여 법인세(2020 사업연도 법인세 관련하여 1,738,657,807원을 과세표준에 합산하여 포함시켰다) 및 부가가치세를 경정·고지하였다(이하 ‘종전 각 경정처분’이라고 한다).

2) G지방국세청장은 2023. 2. 1. 원고에 대하여 소득금액변동통지를 할 수 있는 관할관청이 아님을 이유로 직권으로 종전 소득금액변동통지를 취소하고 피고에게 원고에 대하여 위 통지와 같은 내용의 소득금액변동통지를 할 것을 요청하였다.

3) 이에 따라 피고는 2023. 2. 1. 원고에게 별지1 목록 연번 5 기재와 같이 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라고 한다).

4) 2023. 2.경 종전 각 경정처분의 2020년 2기 및 2021년 1기 부가가치세에 대하여 일부 가산세를 감액하는 것으로 재경정·고지가 이루어졌고, 그에 따른 부가가치세, 법인세 및 이 사건 소득금액변동통지는 별지1 목록 기재와 같다(이하 위 목록 기재 각 경정처분을 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

라. 전심절차

1) 원고는 2023. 1. 28. 조세심판원에 종전 각 경정처분 및 소득금액변동통지의 취소를 구하는 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2023. 4. 24. 종전 소득금액변동통지에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.

2) 원고는 2023. 3. 30. 조세심판원에 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2023. 6. 20. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 17, 37, 38, 39, 41, 44호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제8 내지 11, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

3. 당사자 주장의 요지

가. 원고

이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 절차적 위법

가) 이 사건 현장확인은 원고 등 사이에 이루어진 거래가 실거래에 해당하는지를 확인하여 부가가치세 및 법인세 등 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서, 과세관청은 I 등에 대하여 질문하거나 장부·서류·물건 등을 제출받아 검사·조사하였던바, 이는 세무조사에 해당한다. 따라서 이 사건 현장확인 후에 이루어진 이 사건 세무조사는 재조사에 해당하여 구 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반하였다.

나) 이 사건 세무조사는 증거인멸 등 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서 소정의 사유가 없음에도 사전 통지 없이 이루어졌으므로, 구 국세기본법 제81조의7 제1항 본문을 위반하였다.

다) 결국 이 사건 세무조사는 위법하고 그에 기한 이 사건 각 처분도 위법하다.

2) 실체적 위법

가) 원고 등은 독립된 회사들로서, 이 사건 각 거래는 실거래에 해당한다. 따라서 이 사건 각 거래가 가공거래임을 전제로 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

나) 이 사건 각 처분 중 가산세 부분에 대하여, 피고는 그 증명책임이 있음에도 산정근거를 밝히지 않고 있는바, 해당 부분은 위법하다.

나. 피고

이 사건 각 거래는 가공거래이므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 각 처분은 적법하다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 절차적 위법 여부에 관한 판단

1) 이 사건 세무조사가 재조사에 해당하는지 여부에 관한 판단

가) 관련 규정

구 국세기본법 제81조의4 제2항에 의하면, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사는 원칙적으로 금지되고, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(같은 조 제1호) 등에만 예외적으로 허용된다.세법은 세무공무원에게 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등에게 필요에 따라 질문을 하고, 관계서류, 장부 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있는 권한을 부여하고 있다(소득세법 제170조, 법인세법 제122조, 부가가치세법 제74조 등). 과세표준과 세액을 결정·경정하기 위한 목적으로 질문조사권을 행사하여 과세요건 사실을 조사·확인하고, 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 수집하는 일련의 행위가 세무조사이다(국세기본법 제2조 제21호). 과세처분을 위해 과세관청이 질문조사권을 행사하는 경우, 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자(이하 ‘거래상대방’이라 한다) 등은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하게 된다. 이로써 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 정도의 수준을 넘어 납세자의 영업의 자유 및 사생활의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 납세자에 대한 세무조사에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조). 나아가 납세자에 대한 세무조사 과정에서, 거래상대방에게 세무공무원의 질문에 대답하거나 수인할 의무가 있다고 하더라도, 이는 원칙적으로 납세자에 대한 세무조사에 그칠 뿐, 거래상대방에 대한 세무조사에 이르는 것은 아니다. 다만 질문조사권 행사 시 거래상대방에 대한 과세요건 사실에 대해서까지 수인의무를 부담시킴으로써, 거래상대방이 누리는 영업의 자유 등이 침해될 염려가 있는 때에는, 단지 최초의 납세자에 대한 세무조사에 그치는 것이 아니라, 별도로 거래상대방에 대한 세무조사에도 해당한다고 보아야 한다. 이와 같이 납세자에 대한 세무조사 과정 중에 거래상대방을 대상으로 이루어진 질문조사권의 행사가 별도로 거래상대방에 대한 세무조사에 해당하는지 여부는, 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하되, 질문조사권의 행사가 이루어진 절차의 형식이나 명칭에 구애될 것이 아니라, 해당 세무조사 과정에서 거래상대방에 대해서까지 과세처분을 하고자 하는 과세관청의 의도가 구체화되어 나타났는지, 거래상대방이 부담한 수인의무가 납세자의 과세요건 사실을 확인하기 위하여 객관적으로 필요한 범위를 초과할 정도로까지 확대되었는지, 거래상대방의 영업의 자유 등 권리 침해를 방지하기 위해 세무조사 과정에서 각종 절차적 권리를 보장하여 줄 필요성이 있는지 등의 요소를 바탕으로 그 실질에 따라 판단하여야 한다(대법원 2025. 8. 28. 선고 2024두63830 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

(1) F세무서장이 2021. 2. 1.부터 2021. 2. 5.까지 “동일 IP 다사업자 세금계산서 발급이 확인된 2020년 제2기 4개 업체 간의 열영상 검출 센서 칩에 관한 실거래 여부”를 확인하기 위하여 C에 대한 현장확인을 실시한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그리고 앞서 든 증거들, 갑 제98 내지 101호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 위 4개 업체는 원고 등이고, I(A 및 D의 사내이사)이 2021. 3. 1. 세무공무원에게 이메일로 D의 소개 자료, 2020년 7월부터 같은 해 12월까지 기간 동안 D와 원고, C, A(당시 상호 B), 주식회사 J(이하 ‘J’라고 한다), 주식회사 K(이하 ‘K’라고 한다), 주식회사 L(이하 ‘L’라고 한다) 사이에 이루어진 거래에 관한 계약서, 거래내역확인증을 제출한 사실은 인정된다.

(2) 살피건대, 앞서 본 사실, 증거들, 을 제6호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 현장확인은 원고에 대한 세무조사에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(가) 이 사건 현장확인은 C에 대한 것이었고, 확인할 내용은 “동일IP(1XX.1XX.1X.2XX CPU고유번호 동일) 다사업자 세금계산서 발급이 확인된 2020년 제2기 특정 4개 업체 간의 실거래여부(품목명: 열영상 검출 센서 칩)”였다.

(나) 발급일자별 IP주소 및 랜카드 고유내역(을 제6호증)에는 원고 등이 같은 IP 및 랜카드로 세금계산서를 발급한 내역이 기재되어 있고, 앞서 본 바와 같이 I은 이 사건 현장확인의 예정기간(2021. 2. 1.부터 2021. 2. 5.까지)이 지난 뒤인 2021. 3. 1. 세무공무원에게 이메일로 D에 관한 자료를 제출하였는데, 이는 위 내역에서 D가 발행한 세금계산서의 ’공급받는자‘로 기재된 회사들과의 거래에 관한 통상적인 기초자료로 보이며, 그 제출 과정에서 별다른 어려움이 있었다고 보이지 않고, 달리 위 자료에 관하여 제출을 강제하였다고 볼 수 있는 객관적 자료도 확인되지 않는다.

(다) 세무공무원이 이 사건 현장확인 당시 원고 등의 사무실에서 질문검사권을 행사하였다거나 원고 등이 당시 특별히 영업의 자유나 사생활의 비밀을 심각하게 제한받거나 침해받았다고 볼 만한 사정도 확인되지 않는다(원고 주장에 의하더라도 과세관청이 2021. 2. 25.경 원고, D, C를 방문하여 자료를 받아갔을 뿐이다).

2) 이 사건 세무조사가 사전통지 결여로 위법한지 여부에 관한 판단

가) 관련 법리

헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되는 것이므로(헌법재판소 1998. 5. 28. 선고 96헌바4 전원재판부 결정 등 참조), 세무공무원이 세무조사권 등을 행사하는 경우에도 이러한 적법절차의 원칙은 마찬가지로 준수되어야 한다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조).

구 국세기본법 제81조의7 제1항은 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.’라고 규정하고, 제4항은 ‘세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할 때, 1. 사전통지사항, 2. 사전통지를 하지 아니한 사유, 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다.’고 규정하고 있다.

나) 구체적 판단

(1) G지방국세청장이 원고에 대하여 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제2호 (무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우)에 따라 2021. 5. 27.부터 2021. 11. 27.까지 세무조사를 실시하였고, 이에 관한 사전통지를 하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같다.

(2) 살피건대, 앞서 본 사실, 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, G지방국세청장이 이 사건 세무조사를 시작하기에 앞서 원고에게 사전통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당한다고 보아 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 이 사건 세무조사에 대한 사전통지를 생략할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(가) G지방국세청장은 원고 등이 사실과 다른 세금계산서를 교부 및 수취하였다고 보아 이 사건 세무조사를 한 것으로 보이는데, 위와 같은 경우 사전통지를 할 경우 증거를 인멸할 우려가 있다고 판단하여 사전통지를 생략했던 것으로 보이고, 이는 사전통지 의무의 예외를 규정한 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서, 조사사무처리훈령 제21조 제1항 제1호에 해당한다.

(나) F세무서장은 D(사내이사 I)로부터 2020년 7월부터 같은 해 12월까지 사이의 거래에 관한 계약서, 거래내역확인증 등을 받았으나, 당시 관련 자료 전부를 제출하였던 것으로 단정할 수 없어 증거 인멸의 우려를 완전히 배제할 수 없었던 것으로 보인다.

(다) G지방국세청장의 세무조사 통지(갑 제5호증)에는 ‘국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였습니다‘라는 기재가 있고, 위 사전 통지서상 사전통지를 생략한 법적 근거로 들고 있는 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서의 규정내용을 더하여 보면, 원고로서는 ‘사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되어’ 사전통지를 하지 아니하였음을 충분히 이해 할 수 있다.

3) 소결론

따라서 이 사건 세무조사는 적법하다.

나. 실체적 위법 여부에 관한 판단

1) 인정사실

아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증거들, 갑 제23, 63 내지 70, 72, 73, 101, 119, 121호증, 을 제27 내지 37호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다.

가) 원고 등의 설립일 등

원고 등의 설립일, 설립자, 이 사건 각 거래 및 세금계산서 발행 당시(이하 구분

없이 ’이 사건 당시‘라고만 한다) 대표자, 현재 대표자, 본점소재지 등은 아래와 같다.

나) 원고의 C 등과 사이의 거래 및 세금계산서 수취

(1) 원고는 2020. 4. 27. 유한공사 O(이하 ‘O’라고 한다)와 사이에 아래와 같이 원고가 O에게 TC640 적외선센서 공급계약을 체결하였다(을 제12호증, 이하 위 계약에 따라 O에 공급되는 위 적외선센서를 ‘이 사건 보안장비’라고 한다).

(2) 원고, C, D는, J가 생산한 이 사건 보안장비(소프트웨어부분을 제외한 검출기, 칩 부분)를 D(J가 공급한 부분에 소프트웨어 부분추가), C, 원고가 순차적으로 매입하여 원고가 O에 수출하기로 하였고, 그에 따라 원고, C, D, J 사이에 각 공급계약이 체결되었던바, 각 계약의 주요 내용은 아래와 같다(이하 개별 계약은 아래 표의 ‘계약’란 기재와 같이 특정한다).

(3) 원고는 이 사건 각 거래 중 이 사건 보안장비와 관련하여, ① 공급자 D, 공급받는자 원고로 하는 별지2 목록 1. 연번 5, ② 공급자 C, 공급받는자 원고로 하는 별지2 목록 1. 연번 6 내지 10, 12 내지 16 기재 각 매입세금계산서를 수취하였다(이하 이 사건 각 거래 중 위 각 세금계산서의 거래를 통틀어 ‘이 사건 보안장비거래’라고 한다).

다) 원고의 A와 사이의 거래 및 세금계산서 발행

(1) A는 2020. 2. 7. 주식회사 P(이하 ‘P’라고 한다)와 사이에 A가 P에게 지능현 직립형 광배양기 솔루션(이하 ‘이 사건 솔루션’이라고 한다) 등 장비를 총 공급가액 125만 달러에 2020. 2. 29.까지 수출·공급하는 계약을 체결하였다(갑 제70호증의 6, 갑 제109호증).

(2) A는 2020. 12. 1. 원고와 사이에 A가 아래와 같이 원고로부터 이 사건 솔루션을 공급받는 내용의 계약을 체결하였다(갑 제64호증의 5, 이하 ‘이 사건 솔루션 계약’이라고 한다).

(3) 원고는 이 사건 각 거래 중 이 사건 솔루션과 관련하여, 공급자 원고, 공급받는자 A로 하여 별지2 목록 2. 연번 1, 4, 6, 7 기재 각 매출세금계산서를 발급하였다(이하 위 각 세금계산서의 거래를 통틀어 ‘이 사건 솔루션 거래’라고 한다).

라) 원고와 K 등과의 거래 및 세금계산서 발행

(1) 원고는 2020. 12. 7. K와 사이에 원고가 K에게 ‘지능형 콘텐츠 개발용역’을 계약금 220,000,000원(부가가치세 포함)으로 하여 공급하는 계약을 체결하였고(갑 제73호증의 3), 이 사건 각 거래 중 위 계약과 관련하여 2020. 12. 7. 공급자 원고, 공급받는자 K로 하여 별지2 목록 2. 연번 2 기재 매출세금계산서를 발급하였다.

(2) 원고는 2020. 12. 7. Q 주식회사(이하 ‘Q’라고 한다)와 사이에 원고가 Q에게 ‘고성능 감시시스템 데모 장비(Model: SLINC)’를 계약 금액 165,000,000원(부가가치세포함)으로 하여 공급하는 계약을 체결하였고(갑 제68호증의 1), 이 사건 각 거래 중 위 계약과 관련하여 2020. 12. 7. 공급자 원고, 공급받는 자

로 하여 별지2 목록 2. 연번 3 기재 매출세금계산서를 발급하였다.

마) 원고의 기타 세금계산서 발행

원고는 2020. 12. 28. 공급자 원고, 공급받는자 D로 하여 별지2 목록 2. 연번 5 기재 세금계산서를 발급하였다.

2) 이 사건 각 거래가 가공거래에 해당하는지 여부에 관한 판단

가) 관련 법리

특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ’사실과 다른 세금계산서‘에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조). 다만, 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두6100 판결의 각 취지 등 참조).

나) 이 사건 보안장비 거래(별지2 목록 1. 연번 5 내지 10, 12 내지 16)에 관한 판단

(1) 관련 법리

납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하고(대법원 2017. 4. 7. 선고 2015두49320 판결 등 참조), 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2017두57516 판결 등 참조).

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라고 한다)이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 거래에 개입한 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받아 이를 다시 공급하는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과한 이른바 ‘끼워넣기 거래’를 들 수 있는데, 이때 어느 일련의 거래 과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래로서 이른바 ‘끼워넣기 거래’인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급 관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결의 취지 등 참조).

(2) 원고 등의 관계

(가) 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증거들, 을 제1 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

○ 이 사건 당시 ① 원고의 대표이사 H은 A 및 D의 사내이사 I과 사촌이고, ② 원고의 주주(발행주식 중 20% 보유)이자 사내이사인 R는 I의 배우자이며, ③ C의 사내이사 S은 원고로부터 근로소득 명목으로 2019년 190만 원(근무기간 2019. 1. 1.~2019. 1. 28.), 2020년 1,380만 원 (근무기간 2020. 1. 1.~ 2020. 6. 30.)을 받았다(을 제1, 2호증).

○ H은 2020. 5. 14. S의 대리인으로서 C의 사업자등록신청을 하였다(을 제3호증).

○ 2020. 4. 9.부터 2021. 1. 6.까지 사이(작성일자는 2020. 3. 25.부터 2020. 12. 28.까지 사이) 기간에 원고 등이 발급한 33개의 세금계산서가 발급된 IP(1XX.1XX.1X.2XX. 등 3개) 주소, 랜카드 고유번호(XX-XX-XX-XX-XX-XX)가 같다(을 제6호증).

○ 원고의 사무실(앞서 본 본점소재지 00시 00구 00로 000)에서 원고, A(당시 B), D의 인감도장, 원고 및 A의 통장이 발견되었다(을 제7호증).

(나) 피고는 위 인정사실을 들어 원고 등이 ‘특수관계’로서 각각이 독립된 실체가 없고, 이를 전제로 이 사건 각 거래 중 이 사건 보안장비와 관련한 거래가 도관거래에 해당한다고 주장하므로 이에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들, 갑 제49 내지 52, 57, 58, 59, 108호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고 등은 각각 독립되어 운영되는 회사라고 보는 것이 타당하다.

○ 원고 등은 각자 자산, 자금을 보유·관리하고 회계처리 등도 별도로 한 것으로 보인다. H, I이 사촌이라거나 I의 배우자가 원고의 주주라는 사정만으로 원고(대표이사 H), A·D(사내이사 I)가 하나의 법인이라고 볼 수 없다. S이 원고로부터 급여 명목으로 돈을 받은 것으로 보이기는 하나, 그 금액, 기간에 비추어 위 각 회사와 C가 하나의 법인과 같이 운영할 만한 인적관계가 있다고 볼 수 없다.

○ 피고는 ‘특수관계’의 법률상 의미에 대하여 구체적으로 밝히고 있지 않다. 이를 원고 등이 실질적으로는 하나의 법인에 해당한다는 의미로 보더라도, 피고는 실제 부가가치세 등 부과처분을 원고 등에게 각각 한 것으로 보이는바, 원고 등의 법인격을 부인하고 있지도 않다.

○ 원고 등의 세금계산서가 같은 장소에서 발행된 것으로 보이기는 하나, 원고는 C의 경우 S의 요청에 따라 이루어진 것이라고 주장하고, S이 I에게 입출금 관련 확인 문자를 보낸 내역이 확인될 뿐만 아니라(갑 제52, 108호증), 원고의 사무실에서 C의 통장이나 인감도장이 발견된 것으로 보이지도 않고, S을 배제하고 H이나 I이 C의 거래를 결정하거나 세금계산서를 발행하였다고 단정할 만한 자료도 없다. 그리고 I의 배우자인 R가 보유하고 있는 원고의 주식은 발행주식의 20%에 불과하여 I이 원고를 지배하고 있다고 볼 수도 없고, 원고 등의 재산이 혼용되었다고 볼 만한 근거도 없다.

○ H이 2020. 5. 14. S을 대리하여 C의 사업자등록신청을 하였으나, S이 2020. 5. 22. C의 자본금을 납입하였고, 그 무렵 임대료, 설립등기, 설립비용 등을 지출하였던바(갑 제49, 50호증), H이 위와 같이 사업자등록신청을 대리하였다는 사정을 들어 그를 C의 실질적인 대표라고 볼 수도 없다.

(3) 이 부분 거래의 구조

앞서 본 사실, 증거들, 갑 제44, 45, 46, 61, 91, 92, 93, 99, 101, 102, 103, 107호증, 을 제44, 45호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고, D, C는 J로부터 공급받은 이 사건 보안장비를 O에 공급하면서 발생하는 수익을 그 역할에 따라 배분하기 위하여 순차적으로 위 부품을 납품받아 각자의 이윤을 더하여 공급한 것으로 보인다.

(가) 이 사건 보안장비는 크게 검출기, 칩(하드웨어) 및 이를 통합하는 소프트웨어(엔진)로 구성되는 것으로 보이는데, J가 생산한 이 사건 보안장비의 검출기, 칩은 ‘J → D → C → 원고 → O’의 순서로 매도·수출되어 중국에서 소프트웨어를 이용하여 위 검출기, 칩이 통합됨으로써 완성된다. 그리고 원고 등은 앞서 본 이 사건 보안장비와 관련한 각 계약에 따른 대금을 그 상대방에게 모두 지급하였고, 그에 관한 부가가치세를 모두 납부하였으며, 원고는 J가 공급한 이 사건 보안장비(총 300개)를 O에게 모두 공급하였고, O에서는 그에 따른 완성품(소프트웨어 포함)을 모두 제작한 것으로 보인다.

(나) 원고는, 이 사건 보안장비를 수출하게 된 것은 S(C)의 영업으로 인한 것으로 S이 거래를 주도하였음을 전제로, 원고 등 및 J가 이 부분 거래에 참여하는 이유와 위와 같은 거래구조를 만든 이유에 관하여 아래와 같은 취지로 주장한다.

① J의 경우, 이 사건 보안장비의 검출기, 칩 등의 생산업체로서 참여한 것이다.

② D의 경우, D 측에서 J가 생산하는 이 사건 보안장비의 칩, 검출기를 통합하기 위한 소프트웨어를 개발하여 O에 공급하였고, O는 이 사건 보안장비의 검출기, 칩을 통합하여 완성품을 만들 때마다 위 소프트웨어를 사용하므로, D도 이 사건 보안장비에 관한 거래가 이루어질 때마다 대가를 지급받아야 하며, 소프트웨어 부분의 이 사건 보안장비의 A/S를 맡아 줄 업체가 필요하여 참여한 것이다.

③ C의 경우, 이 사건 보안장비 수출에 관한 영업의 대가를 받을 필요가 있었다.

④ 원고의 경우 이 사건 보안장비와 같은 전략물자를 수출한 이력이 있고, O에서는 이 사건 보안장비의 하드웨어, 소프트웨어의 수출처를 일원화하기를 원하였다.

(다) 이 사건 세무조사 당시 I(을 제4, 5, 45호증), H(을 제13, 44호증)의 진술에 의하면 S이 O를 소개하여 거래를 하게 된 것으로서, 이 사건 보안장비 거래에서 단가는 C의 S과 협의하여 결정하였다.

특히 이 사건 보안장비와 관련하여 체결된 각 계약상 공급대상인 적외선센서의 수와 계약총액을 보면, ① J → D 300개, 미화 360만 달러, ② D → C 300개, 432만 달러, ③ C → 원고 532만 달러, 280개 / D→ 원고 20개, 3억 7,400만 원, ④ 원고 → O 300개, 600만 달러인바, J가 공급하는 금액과 원고가 수출하는 금액의 차액 240만 달러 중 C에게 D, 원고보다 많은 100만 달러(= 532만 달러 –432만 달러)가 귀속되는바, 이는 위와 같은 원고 주장을 뒷받침한다.

그리고 S은 원고와 O 사이에 이 사건 보안장비에 관한 계약이 체결될 무렵인 2020. 3. 15.부터 2020. 5. 1.까지 기간 중국에 있었고(갑 제47호증), 이 사건 이 사건 보안장비의 하드웨어에 검출엔진을 결합하여 완성품인 이 사건 보안장비를 만들어 중국 내에서 판매하는 회사인 베이징컴시몬드의 담당자와도 이 사건 보안장비에 관하여 이메일을 주고 받았던 것으로 보이는 등(갑 제61호증의 2), 실제 이 사건 보안장비 거래에 관여한 정황도 확인된다.

뿐만 아니라, 위와 같이 C에게 귀속된 이득이 실질적으로 원고나 D 등 이 사건 보안장비 거래에 참여한 다른 회사에게 귀속되었다고 볼 만한 사정은 찾을 수 없다.

(라) I의 진술에 의하면, D는 J로부터 공급받은 부품에 칩(중국에서 엔진을 설치하는 부분)을 부착하였고, 불량 부분에 따라 D, J가 A/S를 한다는 것이고(을 제4호증 제4면), 이 사건 보안장비의 개발 과정에서 I이 S과 협의하여 소프트웨어 개발에 상당 기간 관여했던 것으로 보이며(갑 제46호증), D와 C 사이에 체결된 계약(제2 계약)의 공급대상에 소프트웨어 부분이 포함되어 있을 뿐만 아니라, J와 같이 무상수리 규정이 포함되어 있었던 점 등을 고려하면, D에게 이 사건 보안장비와 관련하여 A/S를 제공할 능력이 있었던 것으로 보인다.

그리고 I은 소프트웨어(엔진) 개발에 대한 용역비 보전을 받고자 했었다는 취지로 진술한바 있고(을 제4호증 제2, 3, 9면), D가 이 사건 보안장비를 J로부터 매수한 금액(300개)과 C에게 공급한 금액(280개)13)만 보더라도(뒤에서 볼 바와 같이 나머지 20개는 시제품으로서 D가 앞서 본 이 사건 보안장비에 관한 계약 중 제3-3 계약에 따라 C를 거치지 아니하고 원고에게 바로 공급한 것으로 보인다), 그 차액은 72만 달러(= 432만 달러 –360만 달러)에 이르러 단지 D가 이 사건 보안장비 관련 거래의 외형만을 창출하는데 협조한 대가라고 보기에는 그 금액이 상당하며, 달리 위 돈이 원고, C 등에게 귀속되었다고 볼 만한 사정도 찾을 수 없다.

(마) 원고는 이 사건 이전부터 S의 영업으로 중국에 이 사건 보안장비와 유사한 제품을 수출한 적이 있었던 것으로 보이고, 앞서 본 사정에 비추어 원고가 O와 이 사건 보안장비를 공급하는 계약(제4 계약)을 체결한 것도 S의 영업으로 인한 것으로 보이는바, 원고가 이 사건 보안장비의 수출자가 되는 것을 수긍하지 못할 바는 아니다. 나아가 이 사건 보안장비 거래를 통하여 얻게 되는 금액이 C, D 등 다른 회사에게 실질적으로 귀속되었다고 볼 만한 사정도 없다.

(바) 이러한 사정들을 더하여 보면, S의 영업으로 O에 이 사건 보안장비를 수출하기로 하였고, 원고 등이 각자 역할에 따른 수익을 배분하기 위한 방법으로 위와 같은 거래구조를 택한 것으로 판단된다.

(4) 이 사건 보안장비 거래(별지2 목록 1. 연번 5 내지 10, 12 내지 16의 가공거래 해당 여부에 관한 구체적 판단 앞서 본 사실, 증거들, 갑 제64, 66, 74 내지 77, 81 내지 93호증, 을 제23내지 30, 42호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 보안장비 거래가 가공거래에 해당한다고 볼 수 없다.

(가) 앞서 본 바와 같이 원고 등은 제조, A/S, 수출 등의 역할을 나누어 그에 따른 이윤을 취득하는 방법으로 원고 등은 J로부터 이 사건 보안장비를 O에 순차 공급한 것으로 설정하여 각 회사가 수행한 역할에 따라 수익을 분배받을 수 있도록 각 공급단계마다 각 회사의 이윤(차익)을 더하는 거래구조를 만들었고, 원고는 O에게 제4 계약에 따른 이 사건 보안장비의 공급을 마쳐 O 측에서 완성품(소프트웨어 포함)을 만든 것으로 보이는바, 이 사건 보안장비 거래에 관한 각 매입세금계산서는 그 역할에 따른 재화나 용역을 공급하고 발급된 세금계산서에 해당한다. 그리고 설령 위와 같은 거래구조가 실제 거래의 실질을 정확하게 반영하지 못한 측면이 있다고 하더라도, 납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있으므로, 그러한 이유로 당사자들이 선택한 거래구조를 부정하고 임의로 다른 거래구조로 변경할 수 없다.

(나) 원고는 C와 사이에 계약을 체결함으로써 공급되는 대상이 되는 이 사건 보안장비에 대한 공급가액 등에 관하여 합의하였고, 이 부분 각 거래에 따른 권리·의무를 상대방에게 실제 귀속시키고자 하는 의사의 합치가 있었다고 할 것이다. 그리고 이 사건 보안장비 거래를 통해 공급받은 물품은 O로 공급되었고 실제로 그 대금의 지급도 완료된 것으로 보이는바, 원고는 이 사건 보안장비의 수출자로서 거래에 참여하여 O에 대한 물품공급 의무를 직접 부담하고 그에 대한 대가로 이윤을 취득하였던 것이다[앞서 본 바와 같이 D의 경우에도 S의 요구 외에도 칩의 설치, A/S 수행(특히 소프트웨어 부분)을 위한 필요가 있어 거래에 참여하였고, 계약상 A/S 의무도 부담하였다].

(다) 피고는 이 사건 보안장비가 실제로 원고 등에게 인도되지 않았음을 들어 이 사건 보안장비 거래가 가공거래라고 주장하는바, 이 사건 보안장비에 관한 각 계약은 공장인도조건으로 체결되었고, 그에 따라 이 사건 보안장비가 J에서 중국으로 바로 배송된 사실은 인정된다.

그러나 그러한 ‘재화의 공급’은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 의미하고(부가가치세법 제1조 제1항 제1호, 제6조 제1항), 여기서의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하며(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두16476 판결 등 참조), 동산 소유권의 양도 요건인 ’인도‘는 점유개정이나 목적물반환청구권의 양도 등 현실의 인도 외의 방법으로도 이루어질 수 있는 것인바, 원고 등 및 J가 이 사건 보안장비에 관한 각 계약을 체결하고 대금의 지급이 모두 이루어진 것으로 보이는 이상, D, C, 원고가 실제 해당 물품의 점유를 한 적이 없더라도 해당 물품을 사용·소비할 수 있는 권한을 각 계약에 따라 순차적으로 이전받았다고 볼 수 있다. 그리고 공장인도조건으로 계약이 체결되어 O가 최종적으로 배송비용을 부담하는 구조에서 배송시간, 비용을 고려하면, 최초 생산자에서 최종 수입자로 바로 배송되는 것이 이례적이라고 보이지도 않는다. 따라서 피고 주장과 같이 위와 같은 배송방식을 이유로 재화의 이동이나 용역의 수행이 없다고 보아 이 사건 보안장비 거래가 가공거래에 해당한다고 볼 수 없다(피고는 같은 아이피 주소에서 원고 등의 세금계산서가 발행되었다는 점을 들어 해당 거래들이 용역의 수행이나 재화의 이동이 없었다고 주장하나, 앞서 본 원고 등의 관계에 비추어 보면 그러한 사정만으로는 위 거래가 가공거래에 해당한다고 보기 어렵다).

(라) 피고는 위와 같은 거래구조가 원고 등이 조세회피 목적 내지 허위의 거래 외형을 만들어 금융권에서 대출을 받기 위한 것이어서 이 사건 보안장비 거래 및 그와 관련한 각 거래를 가공거래라고 보아야 한다는 주장도 한다. 그러나 ① 이 사건 보안장비 거래에 대한 부가가치세는 모두 납부가 이루어진 것으로 보이고, ② 원고의 경우 2020년, 2021년 차입금은 거의 변동이 없는 반면, A, D의 경우 2021년에 단기차입금이 발생한 것으로 보이기는 하나, 이 사건 각 거래로 인한 매출 증대가 원고 등이 대출을 받는데 있어 구체적으로 어떠한 영향을 미치는지 알 수 있는 자료가 없고(특히 앞서 본 바와 같이 피고가 주장하는 원고의 가공매입액은 가공매출액보다 큰데, 그러한 경우 원고의 실적은 오히려 악화되므로 대출에서 불리할 것으로 보인다), 원고가 A, D의 대출을 위하여 가공거래에 참여하여야 할 뚜렷한 동기나 유인도 찾기 어려워 보이는바, 해당 대출을 위해 위와 같은 거래구조를 만들었다고 볼 수 없다.

(마) 나아가 피고는 이 사건 보안장비의 가격이 임의로 설정되었다거나, J가 공급한 이 사건 보안장비의 수(D에게 300개)가 D(C에게 280개), C(원고에게 300개)를 거쳐 원고에게 공급되는 과정에서 불일치하다는 등의 사정을 들어 이 사건 각 거래가 가공거래에 해당한다고 주장한다.

그러나 ① 이 사건 보안장비의 가격은 원고 등의 합의에 의한 것으로 보이고, ② 원고는 D와 사이에 이 사건 보안장비 20개(제3-3 계약), C와 사이에 제어 모듈 20개를 각 공급받기로 하여 이를 발주하였고(제3-2 계약), 원고는 2020. 9. 25. 한국무역정보통신에서 제3-3 계약에 따라 공급받은 이 사건 보안장비 20개 (영세율)에 대한 외화획득용원료ㆍ기재구매확인서를 받았던바(갑 제81호증의 5), 원고의 주장과 같이 D는 J로부터 공급받은 이 사건 보안장비 300개 중 280개를 C에게 공급하였고, 나머지 20개는 시제품으로 C를 거치지 않고 직접 원고에게 공급한 것으로 볼 수 있으며, ③ 공급품목은 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서의 필요적 기재사항(같은 법 제32조 제1항 제1호 내지 제4호)이 아니므로, 설령 그 품목이 실제와 다소 다른 부분이 있다고 하더라도 이를 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 정한 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하는 경우에 해당한다고 보기는 어려운바, 피고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

다) 이 사건 솔루션 거래 등 D, A와의 거래(별지2 목록 1. 연번 1 내지 4, 11, 별지2 목록 2. 연번 5)의 가공거래 해당 여부에 관한 판단

(1) 원고의 D와의 매입거래(별지2 목록 1. 연번 1 내지 4,

(가) 별지2 목록 1. 연번 1[2020. 6. 2. D(공급자)-원고(공급받는자), 110,000,000원(공급대가), 냉각식 적외선 검출기 제어용 엔진 및 프로그램 패키지(RC-NET_20-18.01)(품목)] 앞서 본 사실, 갑 제78호증, 을 제31호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 세금계산서에 관한 거래를 가공거래라고 볼 수 없다.

○ 피고는 이 부분 품목의 공급에 관한 증빙이 없다고 주장하는 반면, 원고는 D로부터 실제로 위 품목의 공급이 이루어졌고, 이 부분 세금계산서는 ’원격 네트워크 제어 프로그램‘, ’광 생물 반응기용 스마트 제어 시스템 및 방법, 스마트농업 현장 관리 시스템 및 방법‘을 포함하여 ’패키지‘라는 명칭으로 발급된 것이라고 주장한다.

○ 원고는 2020. 1. 17. D(당시 E)와 사이에 D가 원고에게 ’원격 네트워크 제어 프로그램 6식‘을 계약금액 1,320,000,000원(부가가치세 포함)에 공급하는 내용의 계약을 체결하였고(갑 제78호증의 4), 그 주요 내용은 아래와 같다.

그리고 원고는 2020. 4. 14. D(당시 E)와 사이에 원고가 D로부터 ’광 생물 반응기용 스마트 제어 시스템 및 방법, 인텔리전트 콜드 체인물류 관리 시스템 및 방법, 포그 스프레이 시스템을 구비한 수직형 작물 재배 장치 및 방법, 스마트 농업 현장 관리 시스템 및 방법‘ 등 특허에 대한 소유권 및 사용권한 등을 이전받는 내용의 기술이전계약을 체결하고(갑 제78호증의 5), 2020. 5. 11. E가 D로 상호를 변경함에 따라 D와 사이에 같은 내용의 기술이전계약을 체결한 뒤(갑 제78호증의 6), 2020. 8. 20. 이전받는 특허에 관한 기술에 ’직립형 광배양기‘, 2021. 6. 10. ’이산화탄소 포집 방법 및 이를 이용한 광배양방법‘을 각 추가하였다(갑 제78호증의 7, 8, 10, 11, 12).

○ 앞서 본 바와 같이 원고는 2020. 12. 1. A에게 이 사건 솔루션을 공급하는 계약을 체결하였는데, 원고는 그 체결일 이전인 2019년부터 A에게 위 솔루션을 공급했던 것으로 보이고, 이 사건 솔루션은 지능형 제어프 로그램, 지능형 센서 모듈, 네트워크 관제시스템, 정밀농업 필드센서 및 관제시스템 등 을 포함하고 있다. 원고는 그 공급을 위한 기술 확보를 위해 D와 위와 같은 각 계약을 체결하는 등 그와 관련된 기술을 양수했던 것으로 볼 수 있다. 그리고 원고는 위 기술에 관한 특허를 출원하였고(갑 제78호증의 10, 11, 12), 소프트웨어의 파일 내역, 프로그램 설명자료(갑 제78호증의 9, 13)도 제출하였다. 따라서 이 부분 세금계산서의 거래가 가공거래라고 보기는 어렵다.

(나) ① 별지2 목록 1. 연번 2[2020. 6. 9. D(공급자)-원고(공급받는자), 110,000,000원(공급대가), 열화상프로세싱 엔진(OIRC-EvPBR)(품목)], ② 별지2 목록 1. 연번 3[2020. 8. 11. D(공급자)-원고(공급받는자), 110,000,000원(공급대가), 열화상 프로세싱 엔진(OIRC-EvPBR)(품목)], ③ 별지2 목록 1. 연번 11[2021. 3. 11. D(공급자)-원고(공급받는자), 220,000,000원(공급대가), 정밀농업용솔루션(CS@smartview)(품목)]

앞서 본 사실, 갑 제65, 75, 78, 79, 80, 89, 118호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 부분 각 세금계산서에 관한 거래를 가공거래라고 볼 수 없다.

○ 피고는 이 부분 품목의 공급에 관한 증빙이 없고, 별지2 목록 1. 연번 11 기재 세금계산서에 ’CS@smartview 10개‘가 기재되어 있으나, 그에 관한 계약서에는 ’정밀농업용 솔루션 1식‘으로 기재되어 있어 서로 다르다고 주장하는 반면, 원고는 이 부분 각 세금계산서에 관한 거래는 P에 수출된 이 사건 솔루션을 업그레이드하기 위한 소프트웨어를 공급한 것으로서 그에 따라 세금계산서가 발급된 것이라고 주장한다.

○ 원고는 D와 사이에 2020. 8. 11. 원고가 D로부터 ’열화상 프로세싱 엔진‘을 계약금액 110,000,000원(부가가치세 포함)에 공급받는 계약(갑 제65호증의 2), 2020. 8. 26. 원고가 D로부터 ’정밀농업용 솔루션 1식‘을 계약금액 220,000,000원(부가가치세 포함)에 공급받는 계약(갑 제65호증의 14)을 각 체결하였다. 그리고 원고는 D에게 2020. 6. 9. 110,000,000원15), 2020. 8. 11. 110,000,000원, 2020. 8. 26. 220,000,000원을 각 지급하였다(갑 제79호증의 8).

○ 이 사건 솔루션에는 정밀농업16) 필드센서 및 관제시스템(제어프로그램 포함) 등 정밀농업 관련 솔루션이 포함되어 있는데, 위 솔루션에는 필드센서 등의 장비를 통해 경작환경을 모니터링하는 기능이 포함되어 있고, 열화상 프로세싱 엔진은 센서에 관한 소프트웨어이고, CS@smartview는 위 센서 등을 원격제어하기 위한 프로그램 및 모듈로 보이므로(갑 제89호증의 12), 별지2 목록 1. 연번 11 기재 세금계산서에 ’CS@smartview 10개‘의 기재는 정밀농업용 솔루션에 관한 것으로 보인다. 그리고 원고는 A가 P에 공급한 이 사건 솔루션이 설치된 영상을 제출하였고(갑 제78호증의 14), 수출 관련 서류의 기재를 더하여 보면, A와 P와의 계약(갑 제70호증의 6, 갑 제109호증)에 따라 이 사건 솔루션이 실제로 P에 수출된 것으로 보인다. 그리고 위 계약에 의하더라도 A는 P에게 이 사건 솔루션에 관한 소프트웨어 및 그에 관한 정기적인 업데이트를 제공하여야 하는바(제8조, 갑 제109호증), 그에 따라 이미 P에 수출된 이 사건 솔루션에 대하여 소프트웨어 및 그 업데이트를 지속적으로 제공하여야 하므로, 이를 위하여 원고도 D로부터 소프트웨어를 제공받을 필요가 있었다. 또한 위 송금내역에 비추어 보면 각 세금계산서의 공급대가는 모두 지급된 것으로 보인다. 그렇다면, 이 부분 각 세금계산서의 거래가 가공거래라고 보기 어렵다.

(다) 별지2 목록 1. 연번 4[2020. 9. 14. D(공급자)-원고(공급받는자), 5,500,000원(공급대가), 열화상 프로세싱 엔진 수리(OIRC-EvPBR)(품목)] 앞서 본 사실, 갑 제65, 117호증, 을 제32, 33호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 세금계산서에 관한 거래를 가공거래라고 볼 수 없다.

○ 피고는, 원고와 D 사이의 2020. 8. 11.자 열화상 프로세싱 엔진에 관한 물품구매계약상 무상 A/S 보증기간이 1년이나, 원고는 그 보증기간 중인 2020. 9. 14. D와 열화상 프로세싱 엔진 수리계약을 체결하였고, 그 수리용역의 제공에 관한 증빙도 없다고 주장한다. 반면 원고는 이 부분 세금계산서는 기존 솔루션에 네트워크 기능(TCP/IP)을 추가하면서 발급된 것이라고 주장한다.

○ 원고가 2020. 8. 11. D와 사이에 원고가 D로부터 열화상 프로세싱 엔진을 계약금액 110,000,000원(부가가치세 포함), 무상 A/S 보증기간 1년으로 하여 공급받는 내용의 계약을 체결하였고(갑 제65호증의 2), 그에 대한 세금계산서의 품목에는 열화상 프로세싱 엔진(OIRC-EvPBR)이 기재되어 있다(별지2 목록 1. 연번 3에 해당한다). 그리고 원고는 2020. 9. 14. D와 사이에 원고가 D로부터 열화상 프로세싱 엔진 수리를 계약금액 5,500,000원(부가가치세 포함)에 받는 내용의 계약을 체결하였고(갑 제65호증의 4, 제82호증의 2), 2020. 9. 14. D에게 5,500,000원을 지급하였다(갑 제82호증의 3).

○ 원고는 위 네트워크 기능(TCP/IP)에 관한 소스코드를 제출하였고(갑 제117호증), 위 2020. 9. 14.자 계약과 같은 날에 D로부터 위 계약상 금액을 지급 받았던바, 원고는 D로부터 공급받은 기존 솔루션에 위 기능을 추가한 것으로 볼 여지가 있고, 달리 이 부분이 기존의 무상 A/S 부분에 포함된 부분이라고 단정할 만한 자료가 없다. 따라서 이 부분 세금계산서의 거래를 가공거래라고 보기 어렵다.

(2) 원고의 D와의 매출거래[별지2 목록 2. 연번 5 2020. 12. 28. 원고(공급자)-D(공급받는자), 88,000,000원(공급대가), 열영상 검출센서 모듈제어프로그램 (품목)]

앞서 본 사실, 갑 제66, 69호증, 을 제38호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 거래는 가공거래라고 볼 수 없다.

○ 피고는, D가 원고로부터 받은 280,000,000원 중 88,000,000원을 반환함으로써 위 계약 대금을 지급한 외관을 만든 것이라고 주장한다. 반면 원고는, D가 원고에게 공급하는 냉각식 적외선 검출기 제어용 엔진 및 프로그램 패키지가 장착된 시제품의 제작을 원고에게 발주하여 구입한 것이라고 주장한다.

○ 2020. 12. 28. 원고가 D에게 ’열영상 센서모듈 제어프로그램 개발 용역‘을 계약금액 88,000,000원(부가가치세 포함)에 공급하는 내용의 계약을 체결하였다(갑 제66호증의 5, 제69호증의 3). 그리고 원고는 2021. 1. 21. D에게 280,000,000원을 송금하였고, D로부터 같은 날 80,000,000원, 2021. 3. 5. 8,000,000원을 각 송금받았다(갑 제69호증의 4, 을 제38호증).

○ 위와 같이 원고가 D에게 280,000,000원을 지급한 뒤에 D로부터 88,000,000원을 지급받았다는 사정만으로 D가 거래의 외관을 만들기 위하여 위 280,000,000원의 일부를 반환한 것이라고 볼 수 없다. 그리고 원고가 제출한 사진(갑 제69호증의 1)에 의하면 원고가 주장하는 제품이 실재하는 것으로 보인다. 따라서 이 부분 세금계산서의 이 부분 거래가 외관만 존재한다고 볼 수 없다.

(3) 원고의 A와의 매출거래

(가) 별지2 목록 2. 연번 1[2020. 12. 1. 원고(공급자)-A(공급받는 자), 350,000,000원(공급대가), 정밀농업 필드센서 제어프로그램(FS@SmartView)(품목)]

앞서 본 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제70, 71, 74, 95호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 세금계산서의 거래를 가공거래라고 볼 수 없다.

○ 피고는, 이 사건 솔루션 계약의 내용과 세금계산서의 항목이나 가격이 일치하지 않고, 재화·공급의 증빙이 없으며, 선적서류(갑 제70호증의 8)는 이 부분 세금계산서에 관한 것이나, 공급품목이 위 계약과 다르고 A는 수출자 대행자로 기재되어 있을 뿐, 환급신청인 역시 제조자(원고)로 기재되어 있으므로, 원고가 A에게 해당물건을 공급한 것이라고 볼 수 없다고 주장한다.

○ 원고는 2020. 12. 1. A와 사이에 원고가 A에게 정밀농업 필드센서 프로그램을 계약금액 350,000,000원에 공급하는 내용의 계약을 체결하였고(갑 제70호증의 4), 이 사건 솔루션 계약(갑 제64호증의 5)에 의하면, 이 부분 물품은 이 사건 솔루션에 포함되어 있다. 그리고 위 선적서류(갑 제70호증의 8)에는 ’수출화주‘에는 ’(주)B‘, 즉 A가 기재되어 있는바, 이를 근거로 피고 주장과 같이 이 부분 품목이 공급되지 않았다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 거래가 가공거래라고 볼 수 없다.

(나) 별지2 목록 2. 연번 4[2020. 12. 21. 원고(공급자)-A(공급받(갑 제69호증의 1)에 의하면 원고가 주장하는 제품이 실재하는 것으로 보인다. 따라서 이 부분 세금계산서의 이 부분 거래가 외관만 존재한다고 볼 수 없다.

(3) 원고의 A와의 매출거래

(가) 별지2 목록 2. 연번 1[2020. 12. 1. 원고(공급자)-A(공급받는 자), 350,000,000원(공급대가), 정밀농업 필드센서 제어프로그램(FS@SmartView)(품목)]

(나) 별지2 목록 2. 연번 4[2020. 12. 21. 원고(공급자)-A(공급받는자), 330,000,000원(공급대가), 지능형 컨텐츠 개발용역(품목)]

앞서 본 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제72호증, 을 제45호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 세금계산서의 거래를 가공거래라고 볼 수 없다.

○ 원고는, 이 부분 세금계산서의 거래에 관한 계약(갑 제66호증의 6)은 용역계약임에도 재화에 관한 ’EXW’가 기재되어 있어 상충되므로, 이 부분 세금계산서의 거래에 관한 재화·용역에 관한 증빙이 될 수 없다고 주장한다. 반면 원고는, A가 이 사건 솔루션의 수출을 통하여 취득한 유기농 비료에 관한 데이터를 바탕으로 정밀농업에 적용할 추가 솔루션을 기획하여, 원고는 A에게 그에 필요한 소프트웨어를 공급한 것이라고 주장한다.

○ 원고는 2020. 12. 21. A와 사이에 원고가 A에게 지능형 컨텐츠 개발 용역을 계약금액 330,000,000원(부가가치세 포함)에 공급하는 계약을 체결하였고(갑 제66호증의 6), I은 위 용역에 관하여 ‘위 용역계약은 마스터 계약(이 사건 솔루션 계약)에 연결된 것으로서, 마스터 계약에 들어가 있는 전반적 데이터를 모아서 분석해서 그래픽 등으로 표현하는 것을 지능형 컨텐츠라고 하는데, 이를 모아서 제공하는 용역이다. 2020. 12.경 원고가 P에 공급하였다’는 취지로 진술하였다(을 제45호증 제26면). 그리고 그 대금도 모두 지급된 것으로 보이는바, 이 부분 세금계산서의 거래가 가공거래에 해당한다고 보기 어렵다.

(다) ① 별지2 목록 2. 연번 6[2021. 3. 15. 원고(공급자)-A(공급 받는자), 400,000,000원(공급대가), 능동형 직립형 광배양기 솔루션(EvPBR-6 LOT)(품목)], ② 별지2 목록 2. 연번 7.[2021. 5. 20. 원고(공급자)-A(공급받는자), 250,000,000원(공급대가), 능동형 직립형 광배양기 솔루션(EvPBR-4 LOT)(품목)]

앞서 본 사실, 갑 제64, 74 내지 77호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 각 세금계산서의 거래를 가공거래라고 볼 수 없다.

○ 피고는, 이 부분 각 세금계산서의 내용이 이 사건 솔루션 계약의 내용과 일치하지 않고, 그 품목을 공급하였다는 점에 관한 증빙이 없다고 주장한다. 반면 원고는, 위 계약서에 기재된 개별 품목은 원고가 공급하는 상품인 ’능동형 직립형 광배양기 솔루션‘에 포함된 것이고, 구매자가 원하는 품목을 세분화하여 기재하는 계약서와 달리 세금계산서에는 목적물의 상품명만 기재할 수 있으며, P의 주문에 따른 (P는 호주와 일본에서 위 솔루션을 사용할 것이라고 하였다) A의 발주에 따라 해당 광배양기 솔루션을 제작하였으나 P에서 이를 취소하여 보관 여력이 없는 A를 대신하여 현재 원고가 보관 중이라고 주장한다.

○ 원고는 A와 사이에 ① 2021. 1. 15. 원고가 A에게 능동형 직립형 광배양기 솔루션(GTV-호주)을 계약금액 400,000,000원(부가가치세 포함)에 공급하는 계약(갑 제74호증의 2), ② 2021. 3. 29. 원고가 A에게 능동형 직립형 광배양기 솔루션(GTV-일본)을 계약금액 250,000,000원(부가가치세 포함)에 공급하는 계약(갑 제64호증의 9)을 각 체결하였다. 원고는 위 각 계약의 해당 솔루션을 제작하였고, A로부터 해당 금액을 지급받았으나 위 솔루션을 창고에 보관하고 있다(갑 제74호증의 3, 제76호증의 1, 2).

○ 위와 같은 원고의 주장 및 인정사실에 비추어 보면, 이 부분 각 세금계산서의 거래는 이 사건 솔루션 계약 및 위 각 계약에 따라 이루어진 것으로 보이고, 동산의 소유권 이전을 위한 인도는 점유개정(민법 제189조)이나 목적물반환청구권의 양도(민법 제190조)로 할 수 있는 점까지 고려하면, 이 부분 각 세금계산서의 거래가 가공거래라고 볼 수 없다.

라) 원고와 K, Q와의 매출거래(별지2 목록 2. 연번 2, 3) (1) 별지2 목록 2. 연번 2[2020. 12. 7. 원고(공급자)-K(공급받는자), 220,000,000원(공급대가), 지능형 콘텐츠 개발용역(품목)]

앞서 본 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제73, 124, 126호증, 을 제14, 41, 46, 47호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 세금계산서의 거래를 가공거래라고 볼 수 없다.

(가) 피고는, K가 D로부터 받은 220,000,000원을 원고에게 그대로 전달하였을 뿐이고, K는 이 부분 용역에 관한 증빙을 하지 못하였다고 주장하고, 원고는 이에 대하여 부인한다.

(나) 원고는 2020. 12. 7. 서비스·광고대행업을 영위하는 K와 사이에 원고가 K에게 지능형 콘텐츠 개발용역을 계약금액 220,000,000원(부가가치세 포함)에 공급하는 내용의 계약(대금 지급 후 1개월 이내 용역 완료)을 체결하였고(갑 제73호증의 3), 2020. 12. 16. K로부터 220,000,000원을 지급받았다(갑 제73호증의 4, 을 제41호증).

(다) K의 대표 T은 이 사건 세무조사 당시 위 거래내용에 관하여 ‘원고 자체 개발 진행 중인 식물공장 관련 생산 과정 및 유통관리 통합 컨텐츠 관련 개발 용역, 가공 ONT Farm 프로젝트의 식물공장 부분 적용을 위함’이라는 내용이 포함된 사실확인서와 ‘지능형 컨텐츠는 특수식물공장의 생비료(미세조류 기반 생물제재)를 활용한 채소 재배 식물공장 운용, 상품(채소)의 운영자(생산자)와 유통자(상품유통자) 모두를 위한 데이터 일체를 말함’이라는 내용이 포함된 증빙자료를 제출하였다(을 제14호증 제44면). 그리고 H은 2021. 10.경 원고에 대한 조세범칙혐의자 심문당시에 ‘지능형 컨텐츠 공급을 위한 솔루션은 개발 중에 있다. 공급완료가 되지 않았지만, 계약서 작성은 개발 시작과 함께 작성하고 세금계산서를 발행했고, 이후에 선금을 받았다’고 진술하였고(을 제44호증 제21면), I은 2022. 5.경 수사기관에서 ‘원고가 K에게 공급한 것은 수경재배에 필요한 장비를 설치하고 특수한 컨테이너를 제작하여 그곳에서 나온 결과물인 지능형 컨텐츠를 제공한 것이다’라고 진술한바 있다(갑제126호증 제2, 3면). 또한 원고는 D로부터 포그 스프레이 시스템을 구비한 수직형 작물 재배 장치 및 방법 등 특허를 이용한 기술을 취득하는 등 식물공장에 관한 기술뿐만 아니라, 그에 관한 설비도 보유하고 있었던 것으로 보인다(갑 제73호증의 5 내지 18). 이러한 사정들에 비추어 보면, 원고는 K의 요청으로 위와 같은 식물공장 관련 지능형 컨텐츠를 개발하고 그에 관한 실제 대가를 지급받았던 것으로 보이는바, 이 부분 세금계산서의 거래를 가공거래라고 보기 어렵다.

(라) 한편, 원고가 K로부터 220,000,000원을 지급받은 날에 K가 D로부터 220,000,000원을 지급받은 것으로 보이기는 하나, 그러한 사정만으로 피고 주장과 같이 K가 D로부터 지급받은 돈을 원고에게 거래관계 없이 그대로 이체한 것이라고 단정할 수 없다.

(2) 별지2 목록 2. 연번 3[2020. 12. 7. 원고(공급자)-Q(공급받는자), 165,000,000원(공급대가), 고성능 감시시스템(SLINC)(품목)]

살피건대, 앞서 본 사실, 갑 제68호증, 을 제14, 49 내지 52호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 세금계산서의 거래가 가공거래라고 볼 수 없다.

(가) 피고는 이 부분 세금계산서에 관한 계약에 따른 재화의 공급이 이루어지지 않았고, 그 대금도 일부만 지급되었으므로 가공거래라고 주장한다. 반면 원고는, Q로부터 위 세금계산서의 물품을 발주 받은 후 세금계산서의 발급을 요청받아, 물품을 제작한 뒤 Q에게 청구용 세금계산서를 발급한 것인데, 그 후 대금을 모두 지급받기 전까지는 Q에게 이를 인도할 수 없었고, 계약 해제 여부도 확정되지 아니하여 수정세금계산서 발급 시기를 놓쳤을 뿐이라고 주장한다.

(나) 원고는 2020. 12. 7. Q와 사이에 원고가 Q에게 고성능 감시시스템 데모 장비(Model: SLINC)를 계약금액 165,000,000원(부가가치세 포함, 계약시 선금 10%, 최종 검수 후 잔금 90%)에 공급하는 계약(납품일자 계약 후 5개월 이내)을 체결하였고(갑 제68호증의 1), 2021. 1. 29. Q로부터 선금 15,000,000원을 지급받았다(갑 제68호증의 2).

(다) 원고는 위 물품을 제작한 것으로 보이고(갑 제68호증의 3, 을 제44호증 제22면), Q 대표이사 R이 작성한 사실확인서(을 제52호증)에 의하면 Q는 2021년 국방사업 참여를 위하여 원고와 위 계약을 체결하였으나, Q의 자금난으로 위 계약 유지를 위해 위 계약상 물품대금의 10%만 지급하였으며, 현재까지 나머지 대금을 지급하였다거나 위 계약이 해제되었다고 볼 만한 사정은 확인되지 않는다. 그리고 원고가 대금을 지급받지 않았음에도 먼저 매출거래에 관한 세금계산서를 선발급할 이유를 찾기 어렵고, 원고는 이에 관한 부가가치세를 납부하였던 것으로 보이는바, 원고는 위 물품을 제작하고 Q의 요청에 따라부가가치세법상 요건을 충족하는 것을 전제로 세금계산서를 선발급하였다가 Q로부터 대금을 받지 못하여 인도를 하지 않았다는 원고 주장이 사실이 아니라고 보기는 어렵다. 그렇다면, 이 부분 세금계산서에 대한 수정세금계산서를 발급해야 할지는 별론으로, 이 부분 세금계산서의 거래가 존재하지 아니하여 당초 발급 당시에 사실과 다른 세금계산서라고 보기 어렵다.

3) 이 사건 각 처분 중 법인세 및 부가가치세 경정처분의 위법 여부

앞서 본 바와 같이 이 사건 각 세금계산서의 거래가 가공거래라고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 각 처분 중 법인세 및 부가가치세(가산세 포함) 경정처분은 위법하다.

4) 이 사건 소득금액변동통지의 위법 여부

가) 을 제43호증의 기재에 의하면 원고가 C에 대한 792,360,000원의 외상매입금을 H에 대한 같은 금액의 가지급금과 상계한 것으로 보이는데, 별지2 목록 1. 연번 6, 8 기재 각 세금계산서의 거래가 가공거래라고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 위 각 거래가 가공거래임을 전제로 이루어진 이 부분 처분은 위법하다.

나) 이에 대하여 피고는, 원고가 C에게 가공매입 792,360,000원(별지2 목록1. 연번 6, 8)을 지급한 뒤에 이를 회수하여 원고 대표이사 H에 대한 가지급금을 변제한 것이라고 주장하나, 위 거래는 가공거래라고 볼 수 없으므로 원고가 그 대금을 회수할 이유가 없고, 이를 회수하였다고 볼 만한 자료도 없을 뿐만 아니라, 위 대금을 회수하였다는 점에 관한 피고의 구체적 주장·증명도 없으므로, 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

다. 소결론

따라서 이 사건 각 처분(법인세, 부가가치세 경정처분 및 이 사건 소득금액변동통지)은 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.