1. 이 사건 소를 모두 각하한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주위적으로, 피고가 2025. 4. 25. 원고에 대하여 한 2020년 제2기 귀속 부가가치세 5,321,480원 부과처분 및 2023년 제2기 귀속 부가가치세 42,037,910원의 부과처분을 각 취소한다.

예비적으로, 위 각 부과처분은 각 무효임을 확인한다.

 행정처분이 취소되면 그 처분은 취소로 인하여 그 효력이 상실되어 더 이상 존재하지 않는 것이고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).

 그런데 피고는 이 사건 소 제기 후 2025. 10. 22. 원고에 대하여 청구취지 기재 각 처분을 모두 직권취소하였으므로, 이 사건 소는 더 이상 존재하지 않는 처분의 취소 또는 무효를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

 따라서 이 사건 소를 모두 각하하고, 소송비용은 행정소송법 제32조에 따라 피고가 부담하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.