[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.12.28. 경기도 A아파트 D호(이하 “A주택”이라 한다)를 취득하였고, 청구인의 배우자 G는 2011.7.13. 경상남도 양산시 B아파트 E호(이하 “B주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2018.5.23. 경상남도 양산시 C아파트 F호(이하 “C주택”이라 한다)의 분양권을 취득하여 2021.3.5. 잔금을 지급하고 2021.6.3. 소유권이전등기하였다.

나. 청구인의 배우자 G는 2021.3.19. B주택을 양도하였으며, 청구인은 2021.6.22. A주택을 양도하고 2021.7.15. 비과세 적용 없이 양도소득세를 신고하였다.

<그림1> 주택 취득 및 양도

다. 청구인은 2024.12.24. A주택 양도는 일시적 2주택 양도소득세 비과세 대상에 해당한다며 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.2.27. 경정청구 거부처분을 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.2. 이의신청을 거쳐, 2025.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 당초 청구인은 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-953, 2021.11.2.) 등에 따라 A주택 양도소득세를 과세로 신고하였으나, 해당 예규는 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 및 열거주의 원칙을 위반한 것으로 위법하다.

청구인은 A주택 양도가 「소득세법」 제89조 및 같은 법 시행령 제154조 및 제155조에 따른 일시적 2주택 비과세 요건을 충족한다고 판단하였으나, 2021.7.12.자 ○○일보 기사에 대한 2021.7.12.자 기획재정부 반박 보도자료 및 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-953, 2021.11.2.) 사례3을 고려하여 A주택 양도소득세를 과세로 신고하였다.

2019.2.12. 개정되고 2021.1.1. 시행된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서는 “다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.”고 규정하여,

일시적 2주택의 보유기간에 대하여 최종 1주택을 소유했을 경우에만 보유기간을 리셋할 수 있다고 규정하고 있다.

2021.7.12.자 기획재정부 반박 보도자료에 따르면, 2021.1.1.부터 다주택자의 최종 1주택에 대한 보유·거주기간이 최종 1주택자가 된 날부터 기산되고, 일시적 2주택도 종전주택 양도 시점에 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 경우에 한하여 비과세된다고 보도하였다.

그러나 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-953, 2021.11.2.)는 이와 달리 해석하고 있어 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서를 위반한 것이다.

(2) 청구인과 청구인 배우자는 조세회피 목적 없이 주택들을 취득하였으며, 설령 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-953, 2021.11.2.)에 의하더라도 C주택 분양계약은 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서가 신설된 2019.2.12. 전에 체결되었고, A주택 양도는 해당 예규가 생기기 전인 2021.6.22.에 하였으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.

(가) 청구인은 2004.12.28. 취득한 A주택이 있었고, 혼인 후 경상남도 양산시에 거주하여 배우자 명의로 2011.7.13. 취득한 B주택이 있었는데, 계속하여 경상남도 양산시에 거주하기 위하여 배우자 명의의 C주택 분양권을 2018.5.23. 취득하였으며 C주택 완공 후 현재도 계속하여 C주택에 거주 중이다.

청구인이 B주택 양도 후 일시적 2주택 비과세를 활용하여 절세하고자 하는 의도는 우리나라 세법을 신뢰하는 선량한 시민으로서 정상적인 행위이며, 청구인은 2019.2.12. 전에 C주택 분양권을 취득하였고, 기획재정부 예규가 생성되기 전에 A주택을 양도한 선의의 피해자이다.

(나) C주택이 분양권이 아니라 일반적인 주택이었다면 C주택 취득일을 분양권 계약일인 2018.5.23.으로 볼 수 있고, 2021.11.2. 이전 A주택을 양도하였므로 기획재정부 예규 사례2를 적용하여 A주택 취득일인 2004.12.28.로부터 보유기간을 기산하여 비과세를 적용할 수 있다.

C주택의 취득 시점을 분양권 계약일로 본다면, 2021.1.1. 전에 3주택인 상태에서 하나의 주택을 양도 후 일시적 2주택 요건이 성립되므로, A주택 양도시 보유기간의 기산점을 A주택 취득일로 보아 일시적 2주택 양도세 비과세 특례를 적용할 수 있다.

(다) 유사하게 조정대상지역 공고일 이전 아파트 분양계약을 체결하고 조정대상지역인 상태에서 잔금 청산 후 아파트를 양도하는 경우에는 분양계약 체결 당시 조정대상지역이 아니었기 때문에 1세대1주택 비과세 거주요건을 적용하지 않는 사례가 있다.

나. 처분청 의견

(1) 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-953, 2021.11.2.)는 「소득세법 시행령」 제154조 제5항을 위반한 세법 해석이 아니다.

(가) 2022.5.31. 개정 전 「소득세법 시행령」 제155조 제1항은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득하고 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 같은 영 제154조 제1항을 적용한다고 규정하고 있고,

같은 영 제154조 제1항은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상일 것을 양도소득세 비과세 요건으로 규정하고 있으며,

제5항은 제1항에 따른 보유기간의 계산은 「소득세법」 제95조 제4항을 따르되 단서를 두어 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하고 있다.

「소득세법 시행령」 제154조 제5항의 단서 규정 신설 당시 개정 이유는 ‘주택임대사업자에 대한 1세대1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함’이라고 개정이유에 기재되어 있다.

「소득세법 시행령」 제154조 제5항의 단서 규정의 괄호 안의 문구는 “2주택 이상”을 수식하므로, 단서 규정이 아니라 “2주택 이상”과 결합하여 해석하는 것이 문언상 명백하다.

그러므로 청구인의 주장과 같이 ‘1세대 일시적 2주택’에 해당하는 경우 단서 규정이 적용되지 않는다고 해석하는 것은 타당하지 않으며, ‘1세대 일시적 2주택’에 해당하는 경우 단서 규정상 2주택 이상으로 보지 않고 1주택으로 취급한다는 의미로 해석하는 것이 법령의 체계적·논리적 해석이다.

(나) 청구인의 법해석에 따르면 B주택 양도 후 A주택과 C주택을 소유하여 ‘1세대 일시적 2주택’에 해당하게 된 상태에서 A주택을 양도하더라도, 청구인은 「소득세법 시행령」 제154조 제5항의 단서 규정의 “2주택 이상”을 보유한 1세대에 해당하여 보유기간 기산점은 ‘1주택 외의 주택을 모두 처분하여 처분 후 1주택을 보유하게 된 날’이 되므로, A주택을 처분하여 1주택인 C주택만 보유하게 된 2021.6.22.이 보유기간 기산점이다.

만일 청구인이 C주택을 취득하지 않았더라면 A주택의 보유기간은 B주택을 양도하여 최종 1주택이 된 때부터 기산하였을 것이므로, 청구인의 주장처럼 단서 규정 전체의 적용이 배제된다고 보아 보유기간의 기산일을 A주택의 취득일로 해석한다면 주택을 한 채 더 취득함으로써 비과세를 적용받는 결과가 발생하여 입법취지에도 부합하지 않게 된다.

(2) 청구인은 B주택 양도 당시(2021.3.19.) 3주택자로, B주택 양도 이후 「소득세법 시행령」 제154조 제5항의 단서 규정 괄호에서 제외하는 같은 영 제155조, 제155조의2, 제156조의2 및 제156조의3에 따른 일시적 2주택 비과세 특례 대상에 해당하지도 않았다.

「소득세법」 제98조에 따라 일반적인 자산의 취득시기는 대금청산일이고, 청구인의 배우자는 2021.3.5. C주택 잔금을 완납하고 2021.6.3. 소유권등기하였다.

그러므로 청구인은 2021.1.1. 기준 일반 2주택자였고, 2021.3.5. C주택 잔금 완납에 따라 3주택자가 되었다.

(3) C주택 취득일은 잔금을 완납한 2021.3.5.이므로, 이 사건 A주택 양도에는 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-953, 2021.11.2.) 사례3이 적용되어야 한다.

청구인은 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-953, 2021.11.2.) 사례2가 적용되어야 한다고 주장하나, 사례2는 1세대 3주택자가 2020.12.31. 이전 3주택을 취득하고 2021.1.1. 이후 주택들을 양도하는 경우에 1채를 양도한 후 일시적 2주택의 양도에 대하여, 2주택 중 먼저 취득한 주택의 보유기간 기산일을 최초 양도한 주택의 양도일, 즉 일시적 2주택이 된 시점으로 해석한 사례이다.

<그림2> 기획재정부 예규 사례2

한편 사례3은 2020.12.31. 2주택을 취득하고 2021.1.1. 이후 1주택을 취득한 1세대 3주택자가 주택들을 양도하는 경우에 1채를 양도한 후 일시적 2주택의 양도에 대하여, 보유기간 기산일을 처음 양도한 주택의 양도일, 즉 일시적 2주택이 된 시점으로 보고 있다.

<그림3> 기획재정부 예규 사례3

청구인은 1세대 3주택자로 C주택에 대하여 잔금을 2021.3.5.에 납부하여 C주택 취득일은 2021.1.1. 이후이므로, 기획재정부 예규(기획재 정부 재산세제과-953, 2021.11.2.) 사례3에 해당하여 A주택의 보유기간 기산일은 B주택 양도일인 2021.3.19.로 보아야 한다.

명시적인 규정이나 해석 없이 청구인의 주장과 같이 C주택의 분양계약일인 2018.5.23.을 C주택 취득일로 보아 사례2에 해당하는 것으로 확대적용할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서규정에 따라 보유기간의 기산점을 주택 취득일로 보아 일시적 2주택 양도소득세 비과세를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지>

다. 사실관계 및 판단

(1) A주택 양도 관련 사실관계는 아래 <그림4>와 같고 양도소득세 신고·결정 내용은 아래 <표1>과 같이 나타난다.

<그림4> 주택 취득 및 양도

<표1> A주택 양도소득세 신고·결정 및 경정청구 내용

                                                                          (단위 : 원)

(2) 2019.2.12. 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서 신설 및 2021.7.12.자 ○○일보 기사 관련 2021.7.12.자 기획재정부 보도설명자료는 아래 <그림5>와 같은데, 2021.1.1.부터 다주택자의 최종 1주택에 대한 보유·거주기간은 최종 1주택자가 된 날부터 기산되며, 일시적 2주택은 종전주택 양도 시점에 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 경우 비과세되고, 다주택자가 추가로 주택을 취득하더라도 양도소득세 혜택이 없다고 설명하고 있다

<그림5> 2021.7.12.자 기획재정부 보도설명자료

(3) 기획재정부 재산세제과-953(2021.11.2.)는 아래 <그림6>과 같이 1세대 3주택자가 2021.1.1. 전후로 주택을 처분하여 일시적 2주택자가 된 경우 보유기간 기산일에 대하여 해석하고 있다.

<그림6> 기획재정부 재산세제과-953, 2021.11.2.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 분양주택인 C주택의 취득일을 분양계약 체결일인 2018.5.23.로 보아야 하며, 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서규정에 따라 청구인이 2021.6.22.에 양도한 A주택에 대하여 보유기간의 기산점을 A주택 취득일인 2004.12.28.로 보아 일시적 2주택에 대한 양도소득세 비과세 특례를 적용해야 한다고 주장하나,

「소득세법」 제98조는 해당 자산의 대금을 청산한 날을 그 취득시기로 규정하고 있으며, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일을 취득시기로 하고 있는바, 청구인이 분양받은 주택인 C주택의 취득시기는 분양권 취득 시점이 아닌 잔금 청산일인 2021.3.5.로 보아야 하고, 청구인은 2주택 이상을 보유하다가 2021년 이후 양도한 것이므로 2021.1.1. 이후 시행된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서 규정에 따라 양도주택인 A주택의 보유기간을 산정하여 일시적 2주택 여 부를 판정해야 하는 점,

「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서 규정에서 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하고 있는바, 청구인은 2021.3.5. C주택을 취득하여 3주택자가 된 후 2021.3.19. B주택을 양도함에 따라 일시적 2주택자가 되었으나, 2021.6.22. A주택 양도시 A주택의 보유기간 기산일은 일시적 2주택 시점인 B주택의 양도 일인 2021.3.19.부터 기산하는 것이 합리적인 점, 양도주택인 A주택이 일시적 2주택 특례를 적용받기 위해서는 보유기간 2년의 요건을 충족하여야 하나, B주택 양도시점인 2021.3.19.부터 기산하면 A주택은 보유기간 요건을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정 하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지" 라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제95조(양도소득금액) ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우 에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

(2) 소득세법 시행령

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주 택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상 지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

⑤ (2019.2.12. 개정) 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정: 2021년 1월 1일

제2조(일반적 적용례) ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

⑤ (2021.2.17. 개정) 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4 항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다) 을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

부칙 제2조(일반적 적용례) ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정 은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

⑤ (2022.5.31. 개정) 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다.

부칙 제2조(주택 보유기간 계산에 관한 적용례 등) ① 제154조 제5항의 개정규정은 2022년 5월 10일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용한다.

② 2022년 5월 10일 전에 주택을 양도한 경우의 보유기간 계산에 관하여는 제154조 제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득하고 신규주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 (제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 가목 및 같은 항 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지 의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.