[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO. 금융업을 주업으로 하여 설립된 법인으로서 2017~2022사업연도 미환류소득 계산 시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목에 따라 각 사업연도소득에서 차감하는 이월결손금을 ‘각 사업연도 과세표준 계산 시 공제되지 않은 결손금(직전 사업연도의 이월결손금 잔액)으로 보아 이월결손금을 OOO원으로 산정하고 2022사업연도 미환류소득을 OOO원으로 하여 2022사업연도 미환류소득 법인세를 신고하였다.

나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.26.부터 2024.9.11.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과 청구법인이 2020~2021사업연도 미환류소득에 대한 법인세 신고 시 각 사업연도에서 차감하는 이월결손금을 개정 전 법령에 따라 ‘각 사업연도의 공제한 결손금’으로 산정하여야 함에도 불구하고 ‘각 사업연도에 공제할 수 있는 결손금’으로 산정(재차 공제)함에 따라 이월결손금을 과다하게 공제한 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2025.2.3. 청구법인에게 2022사업연도 미환류소득 OOO원에 대한 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

<표1> 법령 개정 전 이월결손금 차감방식 예시(청구법인 vs. 처분청)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구주장에 앞서 조특법 제100조의32의 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례제도와 이 건 부과 처분 경위를 설명하면 아래와 같다.

  (가) 조특법 제100조의32는 기업의 일부분 중에서 투자, 임금 증가 및 상생협력에 사용하지 않은 금액(이하 “미환류소득”이라 한다)의 20%를 법인세액에 추가하여 납부하는 제도로서 미환류소득세액 산정 시 각사업연도소득에서 일정 항목을 가산 또는 차감하여 기업소득을 산정한 후 투자액·임금증가액·상생협력출연금액의 합계액을 공제하여 미환류소득을 구한 후 차기환류적립금과 이월된 초과환류액을 공제한 금액에 대하여 20%의 배율을 적용한다.

  (나) 이 건의 쟁점이 되는 부분은 각 사업연도소득에서 기업소득을 구할 때 차감하는 결손금(이하 “쟁점결손금”이라 한다)으로서 조특법 시행령 제100조의32 제4항을 보면 ‘각 사업연도소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액’을 기업소득으로 정의하고 있고, 같은 조 같은 항 제2호 각목 중 라목에서는 ‘「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금, 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않는다’고 규정하고 있다.

  (다) 예를 들어 20x1사업연도에 이월된 결손금이 300이고, 20x1사업연도의 각사업연도소득이 200, 20x2사업연도의 각사업연도소득도 200이라고 가정하여 청구법인과 처분청이 쟁점결손금을 산정한 방식을 보면,

  청구법인의 경우 20x1사업연도 ‘법인세 과세표준’ 계산 시 공제하는 이월결손금은 「법인세법」상 한도(60%)를 적용하여 120(=200×60%)이고, ‘미환류소득 법인세’ 계산 시 공제하는 이월결손금은 한도규정이 없으므로 300(한도 미적용)이 된다. 그리고 이어서 20x2사업연도의 ‘법인세 과세표준’ 계산 시 공제하는 이월결손금은 전년도 공제분을 제외한 120(=200×60%)이고, ‘미환류소득 법인세’ 계산 시 공제하는 이월결손금은 전년도에 300에서 120이 공제되고 남은 180이라는 입장이나,

  처분청은 20x2사업연도에 ‘미환류소득 법인세’ 계산 시 공제하는 이월결손금은 전년 ‘미환류소득 법인세’ 계산 시 300에서 공제분 200을 제외한 100이 된다는 의견이다.

 (2) 조특법 제100조의32를 문언에 따라 해석하는 경우 청구법인이 산정한 것과 같은 쟁점결손금을 공제할 수밖에 없다.

  (가) 조세법규는 과세요건이나 비과세·감면요건을 막론하고 문언대로 엄격하게 해석하여야 하고, 단순히 ‘과세할 필요성이 있다’는 이유만으로 ‘법률의 공백’을 확장 내지 유추해석하여 메울 수 없다.

  (나) 정책목적 달성을 위한 제재적 이중과세라는 투자·상생협력 촉진세제의 특성에 비추어 보았을 때 조특법 제100조의32은 일반적인 조세법규보다 더욱 엄격하게 해석하여야 한다.

  (다) 조특법 제100조의32는 ‘「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금’이라고 규정하고 있으므로, 법문에 따르면 청구법인이 신고한 방법처럼 쟁점결손금을 공제하여야 한다.

 (3) 조세법규의 엄격해석원칙에 관한 대법원 판례의 취지에 비추어 보았을 때 단순히 과세할 필요성이 있다는 이유만으로 확장 내지 유추해석할 수 없고, 달리 처분청의 주장과 같이 해석할 합리적인 이유도 없다.

  (가) 처분청은 단순히 과세할 필요성이 있다는 이유만으로 명문의 근거없이 쟁점결손금의 한도를 창설적으로 해석하고 있다.

  (나) 처분청과 같은 방식으로 해석할 경우 쟁점결손금에 ‘명문의 규정이 없는 자체 한도가 존재’한다는 점에 대하여 납세자의 예측가능성이 전혀 없다.

  (다) 「법인세법」상 이월결손금 잔액 전부를 쟁점결손금으로 공제한다고 해석하는 것이 조특법 제100조의32의 입법취지에도 부합한다.

  (라) 쟁점결손금 일부가 다시 공제되는 효과는 ‘담세력에 기초하지 않은 제재적 이중과세’라는 미환류소득에 대한 법인세의 성격에 비추어 보았을 때 과도하다고 볼 수 없고, 설령 당초 의도한 것보다 과도하다고 하더라도 이는 법률 개정을 통해 시정해야 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 미환류소득 계산 시 이월결손금을 차감한 금액을 다음 사업연도에서 재차 차감할 수 없다.

  (가) 기획재정부는 ‘기업의 미환류소득 계산 시 각사업연도의 소득에서 차감하는 「법인세법 시행령」제93조 제4항 제2호 라목의 해당 사업연도에 공제하는 결손금은 「법인세법」제13조 제1호의 각사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액이다’(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.)라고 그 의미를 명확히 하였고,

   관련 규정이 조특법으로 이관된 후 조특법 집행기준에도 ‘기업의 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 「법인세법 시행령」제93조 제4항 제2호 라목의 해당 사업연도에 공제한 결손금은 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라고 규정하였다.

  (나) 국세청도 ‘기업의 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목의 해당 사업연도에 공제한 결손금은 「법인세법 」제13조 제1항 제1호에 따른 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’을 의미한다고 유권해석(사전-2020-법령해석법인-1059)한 바 있다.

  (다) 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목이 2022.2.15. 종전 ‘공제한 결손금’에서 ‘공제할 수 있는 결손금’으로 개정되었으나, 이는 법인세 각 사업연도소득 과세표준 계산 시 적용되는 당해 사업연도 이월결손금 공제 한도 규정이 미환류소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 기존의 유권해석을 명문화한 것으로서 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 의미가 아니다(조심 2023서8184, 2024.9.26. 외 다수).

  (라) 더욱이 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 이월결손금 재차 차감이 가능하다는 명시적인 규정이 없음에도 이를 당초 이월결손금 잔액을 초과하여 공제 가능하다고 해석하는 것이야말로 법령을 유추·확대해석하는 것이다. 이에 기획재정부에서도 조특법 제100조의32 미환류소득에서 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 없다(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.)고 회신한 바 있다.

 (2) 미환류소득 계산 시 이월결손금의 재차 차감이 허용된다면, 조세평등주의 원칙에 위배 되는 것이다.

  기업소득에서 이월결손금을 차감하는 것은 과세대상 미환류소득을 적게 함으로써 미환류소득에 대한 법인세 부담을 완화하기 위한 것인데, 이월결손금을 재차 차감하도록 한다면, 동일한 소득이 발생한 법인임에도 이월결손금 존재여부에 따라 이월결손금이 존재하지 않는 법인에 비하여 이월결손금이 존재하는 법인의 경우 그 금액을 넘어 차감하게 하여 조세평등주의 원칙을 위반하게 되는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 전년도 미환류소득 산정 시 공제하였으나 공제한도에 따라 각사업연도 소득에서 공제되지 아니한 이월결손금을 금년도 미환류소득 산정 시 다시 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

 (2) 조세특례제한법(2022.1.1. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것)

  제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. (단서 생략)

2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

 (3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것)

  제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 “기업소득”이라 한다)으로 한다. (단서 생략)

2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(괄호 생략)

 (4) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것)

  제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 “기업소득”이라 한다)으로 한다. (단서 생략).

2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금 (후단 생략)

 (5) 법인세법

  제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

  제14조(각 사업연도의 소득) ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목 관련 기획재정부의 2022년 간추린 개정세법 주요 내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 2022년 간추린 개정세법 주요 내용

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 전년도 미환류소득 산정 시 공제하였으나 각 사업연도소득에서 공제되지 아니한 이월결손금을 금년도 미환류소득 산정 시 다시 공제하여야 한다고 주장하나,

  2022.2.15. 개정전 조특법 시행령 제100조의32 제4항 본문 및 제2호 라목에 따르면, 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득에서 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) 등을 차감하도록 규정하고 있고, 기획재정부의 종전 유권해석에서 “미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금은 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 되어 있는바, 위 법령이나 유권해석에서 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 산정에 있어 이월결손금의 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정이나 표현이 존재하지 아니하고,

  2022.2.15. 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호에 따르면 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었으나, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 미환류소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명문화한 것에 불과한 것으로 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보이며, 「국세기본법」 제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는 것으로 규정하고 있으나, 처분청이 이 건 과세에 적용한 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.) 이전에 이월결손금을 재차 차감(공제)할 수 있다는 명시적인 해석례가 존재하지 않으며, 이와 다른 세무상 관행이 존재한다고도 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2023서7720, 2024.6.4., 외 다수 같은 뜻임).

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.