1. 사실관계

○ ’13.08.23. A주택 취득

○ ’21.09.07. 경기도 가평군 소재 B주택 취득*

 * 지역요건 외 조특법§99의4에 따른 농어촌주택 요건을 충족한 것으로 전제

○ (예정) A주택 양도

2. 질의요지

○일반주택과 ’25.3.21.전 취득한 가평군 읍·면 소재 주택을 보유한 1세대가 ’25.3.21. 이후 일반주택을 양도하는 경우 「조세특례제한법」 제99조의4에 따른 특례를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조제1항제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)

  가. 취득 당시 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」제2조제13호에 따른 기회발전특구(인구감소지역 및 「접경지역 지원 특별법」제2조제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 “기회발전특구”라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

   1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

   2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조에 따른 도시지역. 다만, 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

   3) 「주택법」제63조의2에 따른 조정대상지역

   4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조에 따른 허가구역

   5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

  나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

□ 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령이 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택취득기간”이라 한다)중에 다음 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조제1항제3호의 규정을 적용한다.

 3. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액(소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가를 말한다)의 합계액이 당해 주택의 취득 당시 1억5천만원을 초과하지 아니할 것

□ 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다)중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 해당 농어촌주택등 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 해당 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

 1. 취득 당시 다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재할 것

  다. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

□ 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)

  나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

□ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서“대통령령으로 정하는 1세대”란 「소득세법」제88조제6호에 따른 1세대를 말한다.

② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 동”이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동을 말한다.

③ 법 제99조의4제1항제1호가목1) 단서에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다.

 1. 「접경지역 지원 특별법」제2조제1호에 따른 접경지역

 2. 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」제2조제12호에 따른 인구감소지역

□ 조세특례제한법 시행규칙 45조 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 영 제99조의4제3항 각 호 외의 부분에서 “재정경제부령으로 정하는 지역”이란 다음 각 호의 지역을 말한다.

 1. 경기도 연천군 및 가평군

 2. 인천광역시 강화군 및 옹진군

□ 조세특례제한법 시행규칙(2025.3.21. 기획재정부령 제1119호로 개정되기 전의 것) 제45조 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 영 제99조의4제3항 각 호 외의 부분에서 “기획재정부령으로 정하는 지역”이란 다음 각 호의 지역을 말한다.

 1. 경기도 연천군

 2. 인천광역시 강화군 및 옹진군

□ 지방자치법 제3조 【지방자치단체의 법인격과 관할】

① 지방자치단체는 법인으로 한다.

② 특별시, 광역시, 특별자치시, 도, 특별자치도(이하 "시ㆍ도"라 한다)는 정부의 직할(直轄)로 두고, 시는 도 또는 특별자치도의 관할 구역 안에, 군은 광역시ㆍ도 또는 특별자치도의 관할 구역 안에 두며, 자치구는 특별시와 광역시의 관할 구역 안에 둔다. 다만, 특별자치도의 경우에는 법률이 정하는 바에 따라 관할 구역 안에 시 또는 군을 두지 아니할 수 있다. <개정 2023.6.7>

③ 특별시ㆍ광역시 또는 특별자치시가 아닌 인구 50만 이상의 시에는 자치구가 아닌 구를 둘 수 있고, 군에는 읍ㆍ면을 두며, 시와 구(자치구를 포함한다)에는 동을, 읍ㆍ면에는 리를 둔다.

④ 제10조제2항에 따라 설치된 시에는 도시의 형태를 갖춘 지역에는 동을, 그 밖의 지역에는 읍ㆍ면을 두되, 자치구가 아닌 구를 둘 경우에는 그 구에 읍ㆍ면ㆍ동을 둘 수 있다.